# TARGET T0293 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 396 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.022 0.003 0.232 0.218 0.222 0.051 0.004 0.246 2 S 0.011 0.003 0.188 0.102 0.170 0.037 0.003 0.487 3 L 0.013 0.003 0.319 0.206 0.255 0.028 0.002 0.174 4 N 0.014 0.004 0.081 0.079 0.150 0.185 0.003 0.484 5 F 0.075 0.005 0.117 0.049 0.191 0.142 0.007 0.414 6 K 0.062 0.010 0.039 0.019 0.040 0.527 0.009 0.295 7 D 0.146 0.014 0.015 0.018 0.038 0.303 0.011 0.455 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 9 E 0.004 0.003 0.001 0.002 0.006 0.757 0.001 0.226 10 A 0.423 0.016 0.001 0.001 0.002 0.391 0.009 0.157 11 V 0.100 0.765 0.002 0.003 0.004 0.014 0.001 0.110 12 R 0.004 0.594 0.006 0.003 0.005 0.029 0.001 0.357 13 A 0.015 0.788 0.005 0.004 0.006 0.026 0.004 0.154 14 L 0.020 0.950 0.002 0.003 0.004 0.005 0.003 0.014 15 T 0.014 0.940 0.006 0.006 0.007 0.005 0.005 0.016 16 C 0.008 0.958 0.006 0.004 0.004 0.003 0.003 0.014 17 T 0.008 0.955 0.007 0.006 0.007 0.004 0.003 0.011 18 L 0.022 0.910 0.005 0.010 0.013 0.006 0.009 0.024 19 L 0.086 0.795 0.020 0.012 0.028 0.010 0.013 0.036 20 R 0.075 0.736 0.014 0.024 0.023 0.015 0.031 0.083 21 E 0.108 0.593 0.030 0.018 0.022 0.020 0.070 0.138 22 D 0.179 0.410 0.032 0.032 0.033 0.029 0.072 0.213 23 F 0.219 0.143 0.134 0.079 0.079 0.056 0.074 0.217 24 G 0.166 0.044 0.077 0.062 0.075 0.081 0.048 0.447 25 L 0.132 0.022 0.336 0.083 0.129 0.075 0.016 0.208 26 S 0.020 0.015 0.061 0.111 0.119 0.082 0.005 0.587 27 I 0.022 0.007 0.134 0.101 0.159 0.043 0.006 0.528 28 D 0.042 0.010 0.096 0.142 0.164 0.114 0.010 0.423 29 I 0.064 0.008 0.171 0.161 0.192 0.058 0.007 0.337 30 P 0.001 0.001 0.005 0.007 0.015 0.015 0.001 0.957 31 L 0.003 0.002 0.009 0.009 0.040 0.042 0.001 0.895 32 E 0.082 0.013 0.020 0.024 0.023 0.152 0.014 0.672 33 R 0.526 0.010 0.023 0.015 0.020 0.121 0.028 0.255 34 L 0.227 0.066 0.213 0.073 0.088 0.074 0.019 0.240 35 I 0.047 0.049 0.191 0.158 0.198 0.055 0.007 0.294 36 P 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.003 0.001 0.987 37 T 0.021 0.016 0.059 0.054 0.155 0.141 0.015 0.539 38 V 0.096 0.017 0.033 0.037 0.036 0.067 0.009 0.705 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 40 L 0.015 0.016 0.018 0.033 0.056 0.146 0.003 0.714 41 R 0.310 0.077 0.027 0.022 0.036 0.115 0.011 0.402 42 L 0.145 0.231 0.037 0.046 0.057 0.089 0.007 0.388 43 N 0.118 0.327 0.033 0.067 0.064 0.083 0.010 0.297 44 Y 0.096 0.419 0.050 0.045 0.073 0.048 0.010 0.258 45 I 0.028 0.610 0.027 0.044 0.088 0.038 0.006 0.159 46 H 0.026 0.593 0.014 0.029 0.044 0.057 0.009 0.226 47 W 0.038 0.781 0.006 0.010 0.018 0.030 0.007 0.111 48 V 0.036 0.812 0.010 0.006 0.020 0.012 0.007 0.096 49 E 0.025 0.766 0.006 0.004 0.010 0.019 0.008 0.163 50 D 0.064 0.744 0.003 0.002 0.003 0.011 0.016 0.156 51 L 0.070 0.822 0.005 0.002 0.004 0.006 0.015 0.077 52 I 0.049 0.815 0.009 0.004 0.008 0.010 0.015 0.091 53 G 0.247 0.418 0.014 0.005 0.007 0.016 0.054 0.238 54 H 0.389 0.236 0.059 0.006 0.006 0.020 0.054 0.230 55 Q 0.138 0.197 0.070 0.008 0.010 0.059 0.040 0.478 56 D 0.075 0.081 0.094 0.012 0.015 0.085 0.022 0.617 57 S 0.090 0.064 0.083 0.014 0.018 0.144 0.011 0.576 58 D 0.052 0.042 0.037 0.007 0.014 0.279 0.008 0.561 59 K 0.081 0.057 0.028 0.007 0.014 0.211 0.008 0.593 60 S 0.054 0.063 0.015 0.006 0.010 0.556 0.010 0.287 61 T 0.187 0.118 0.015 0.010 0.013 0.279 0.023 0.354 62 L 0.162 0.178 0.043 0.015 0.025 0.162 0.022 0.393 63 R 0.110 0.150 0.136 0.082 0.078 0.139 0.023 0.283 64 R 0.091 0.067 0.282 0.102 0.155 0.089 0.019 0.196 65 G 0.051 0.027 0.359 0.077 0.177 0.045 0.010 0.253 66 I 0.005 0.011 0.749 0.098 0.075 0.012 0.002 0.048 67 D 0.006 0.017 0.458 0.093 0.127 0.073 0.007 0.220 68 I 0.006 0.010 0.754 0.036 0.071 0.019 0.003 0.101 69 G 0.009 0.012 0.273 0.034 0.058 0.399 0.006 0.209 70 T 0.029 0.014 0.162 0.019 0.031 0.172 0.010 0.563 71 G 0.025 0.110 0.200 0.031 0.042 0.137 0.012 0.443 72 A 0.123 0.026 0.055 0.010 0.024 0.225 0.018 0.519 73 S 0.092 0.086 0.080 0.034 0.029 0.146 0.023 0.511 74 C 0.171 0.119 0.067 0.021 0.039 0.125 0.018 0.440 75 I 0.046 0.348 0.173 0.042 0.053 0.094 0.015 0.228 76 Y 0.047 0.260 0.057 0.024 0.063 0.068 0.009 0.472 77 P 0.008 0.111 0.014 0.007 0.016 0.029 0.002 0.814 78 L 0.032 0.561 0.017 0.013 0.040 0.105 0.008 0.225 79 L 0.024 0.893 0.005 0.004 0.009 0.010 0.004 0.051 80 G 0.043 0.887 0.002 0.004 0.007 0.005 0.009 0.044 81 A 0.256 0.628 0.009 0.006 0.005 0.007 0.040 0.050 82 T 0.594 0.262 0.006 0.005 0.004 0.006 0.078 0.046 83 L 0.159 0.439 0.176 0.022 0.029 0.014 0.055 0.106 84 N 0.042 0.164 0.053 0.028 0.036 0.050 0.049 0.579 85 G 0.162 0.047 0.108 0.021 0.018 0.065 0.096 0.483 86 W 0.260 0.026 0.318 0.035 0.026 0.110 0.027 0.198 87 Y 0.029 0.007 0.548 0.095 0.079 0.073 0.008 0.161 88 F 0.007 0.004 0.348 0.093 0.119 0.038 0.002 0.389 89 L 0.002 0.002 0.666 0.148 0.122 0.012 0.001 0.046 90 A 0.004 0.007 0.312 0.160 0.227 0.025 0.001 0.264 91 T 0.005 0.005 0.412 0.085 0.273 0.041 0.002 0.176 92 E 0.013 0.014 0.145 0.127 0.125 0.193 0.005 0.379 93 V 0.057 0.031 0.106 0.035 0.080 0.222 0.008 0.461 94 D 0.041 0.033 0.031 0.012 0.049 0.266 0.008 0.560 95 D 0.017 0.048 0.006 0.002 0.007 0.035 0.003 0.881 96 M 0.018 0.066 0.001 0.001 0.002 0.285 0.004 0.623 97 C 0.047 0.465 0.001 0.001 0.002 0.239 0.006 0.239 98 F 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 99 N 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 100 Y 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 101 A 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 102 K 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 103 K 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 104 N 0.021 0.946 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.015 105 V 0.020 0.939 0.011 0.002 0.003 0.002 0.005 0.019 106 E 0.018 0.879 0.017 0.004 0.007 0.029 0.010 0.036 107 Q 0.136 0.733 0.009 0.004 0.004 0.028 0.032 0.054 108 N 0.175 0.723 0.012 0.005 0.002 0.006 0.029 0.048 109 N 0.187 0.305 0.066 0.014 0.011 0.050 0.085 0.282 110 L 0.147 0.119 0.110 0.020 0.048 0.167 0.032 0.357 111 S 0.062 0.070 0.016 0.015 0.039 0.405 0.022 0.372 112 D 0.161 0.144 0.023 0.027 0.022 0.166 0.035 0.423 113 L 0.371 0.089 0.065 0.025 0.039 0.204 0.035 0.172 114 I 0.152 0.082 0.135 0.167 0.158 0.117 0.019 0.169 115 K 0.015 0.018 0.193 0.408 0.317 0.012 0.004 0.033 116 V 0.006 0.007 0.047 0.127 0.261 0.018 0.002 0.534 117 V 0.004 0.004 0.276 0.290 0.379 0.008 0.002 0.037 118 K 0.007 0.012 0.102 0.217 0.251 0.034 0.005 0.373 119 V 0.012 0.006 0.220 0.148 0.318 0.027 0.004 0.265 120 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 121 Q 0.006 0.002 0.008 0.009 0.041 0.062 0.002 0.870 122 A 0.183 0.012 0.012 0.009 0.014 0.179 0.014 0.579 123 T 0.435 0.052 0.013 0.011 0.010 0.095 0.019 0.365 124 L 0.306 0.196 0.063 0.017 0.022 0.070 0.009 0.317 125 L 0.093 0.407 0.056 0.029 0.050 0.099 0.009 0.258 126 M 0.052 0.517 0.053 0.029 0.063 0.052 0.010 0.226 127 D 0.036 0.634 0.021 0.016 0.033 0.049 0.009 0.202 128 A 0.084 0.588 0.021 0.011 0.017 0.067 0.020 0.193 129 L 0.151 0.580 0.011 0.008 0.012 0.072 0.026 0.139 130 K 0.153 0.578 0.018 0.010 0.014 0.040 0.024 0.163 131 E 0.064 0.555 0.021 0.011 0.015 0.047 0.017 0.270 132 E 0.110 0.426 0.018 0.011 0.020 0.078 0.031 0.307 133 S 0.124 0.305 0.016 0.011 0.013 0.048 0.038 0.445 134 E 0.186 0.193 0.046 0.022 0.021 0.081 0.066 0.386 135 I 0.270 0.082 0.085 0.049 0.040 0.151 0.044 0.279 136 I 0.081 0.020 0.118 0.061 0.079 0.095 0.016 0.531 137 Y 0.024 0.010 0.287 0.154 0.165 0.073 0.005 0.281 138 D 0.007 0.002 0.571 0.195 0.143 0.022 0.003 0.056 139 F 0.003 0.002 0.627 0.106 0.167 0.015 0.001 0.079 140 C 0.001 0.001 0.829 0.073 0.083 0.004 0.001 0.009 141 M 0.001 0.001 0.794 0.077 0.073 0.014 0.001 0.039 142 C 0.002 0.001 0.743 0.045 0.087 0.019 0.002 0.101 143 N 0.003 0.002 0.548 0.038 0.093 0.071 0.003 0.241 144 P 0.002 0.001 0.031 0.005 0.009 0.042 0.001 0.911 145 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.021 0.001 0.971 146 F 0.055 0.007 0.033 0.016 0.036 0.241 0.006 0.605 147 F 0.094 0.118 0.082 0.042 0.052 0.090 0.008 0.514 148 A 0.043 0.099 0.026 0.016 0.041 0.105 0.007 0.664 149 N 0.147 0.127 0.016 0.009 0.020 0.154 0.011 0.517 150 Q 0.157 0.285 0.012 0.007 0.016 0.102 0.012 0.410 151 L 0.073 0.362 0.007 0.005 0.013 0.108 0.013 0.419 152 E 0.057 0.594 0.005 0.004 0.009 0.124 0.013 0.194 153 A 0.059 0.855 0.003 0.003 0.004 0.011 0.007 0.057 154 K 0.148 0.687 0.007 0.006 0.008 0.013 0.027 0.104 155 G 0.294 0.365 0.033 0.015 0.014 0.022 0.058 0.199 156 V 0.242 0.253 0.067 0.018 0.034 0.044 0.026 0.316 157 N 0.050 0.110 0.027 0.020 0.029 0.056 0.018 0.689 158 S 0.162 0.072 0.045 0.022 0.036 0.100 0.028 0.535 159 R 0.283 0.053 0.070 0.018 0.030 0.128 0.029 0.389 160 N 0.120 0.043 0.051 0.057 0.045 0.151 0.014 0.518 161 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 162 R 0.020 0.006 0.014 0.020 0.061 0.448 0.008 0.424 163 R 0.458 0.006 0.011 0.008 0.014 0.107 0.023 0.373 164 P 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.986 165 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.990 166 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 167 S 0.034 0.003 0.036 0.032 0.105 0.067 0.003 0.721 168 S 0.282 0.009 0.067 0.027 0.042 0.051 0.005 0.518 169 V 0.181 0.021 0.077 0.024 0.041 0.140 0.006 0.510 170 N 0.163 0.024 0.063 0.015 0.030 0.289 0.009 0.407 171 T 0.167 0.039 0.036 0.011 0.019 0.164 0.015 0.550 172 G 0.093 0.023 0.026 0.007 0.017 0.358 0.013 0.464 173 G 0.058 0.034 0.011 0.007 0.012 0.265 0.010 0.603 174 I 0.102 0.126 0.018 0.012 0.039 0.195 0.009 0.499 175 T 0.039 0.312 0.016 0.023 0.054 0.159 0.008 0.388 176 E 0.073 0.448 0.016 0.032 0.082 0.112 0.010 0.227 177 I 0.056 0.760 0.010 0.037 0.046 0.017 0.007 0.068 178 M 0.121 0.636 0.015 0.043 0.063 0.015 0.023 0.082 179 A 0.133 0.550 0.048 0.077 0.070 0.011 0.028 0.082 180 E 0.109 0.264 0.045 0.035 0.060 0.063 0.055 0.369 181 G 0.179 0.108 0.032 0.018 0.022 0.041 0.059 0.542 182 G 0.178 0.073 0.034 0.011 0.009 0.075 0.036 0.584 183 E 0.073 0.027 0.034 0.007 0.009 0.177 0.014 0.659 184 L 0.043 0.067 0.032 0.010 0.025 0.124 0.003 0.696 185 E 0.030 0.179 0.013 0.013 0.026 0.267 0.003 0.470 186 F 0.029 0.481 0.007 0.007 0.011 0.097 0.002 0.366 187 V 0.013 0.860 0.003 0.003 0.008 0.017 0.002 0.094 188 K 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 189 R 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 190 I 0.012 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 191 I 0.016 0.957 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.017 192 H 0.005 0.961 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.027 193 D 0.014 0.924 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.051 194 S 0.017 0.925 0.003 0.001 0.001 0.002 0.006 0.045 195 L 0.009 0.924 0.002 0.001 0.002 0.004 0.004 0.055 196 Q 0.025 0.898 0.003 0.001 0.001 0.008 0.009 0.056 197 L 0.076 0.857 0.006 0.002 0.002 0.004 0.017 0.036 198 G 0.160 0.737 0.007 0.003 0.003 0.005 0.029 0.056 199 K 0.153 0.469 0.101 0.018 0.015 0.040 0.059 0.144 200 R 0.089 0.336 0.048 0.017 0.017 0.055 0.042 0.394 201 L 0.104 0.194 0.103 0.033 0.031 0.053 0.064 0.419 202 R 0.129 0.069 0.201 0.085 0.041 0.085 0.061 0.329 203 W 0.031 0.012 0.327 0.044 0.049 0.088 0.010 0.438 204 Y 0.025 0.009 0.323 0.245 0.284 0.054 0.004 0.056 205 S 0.016 0.008 0.248 0.259 0.371 0.028 0.002 0.068 206 C 0.003 0.006 0.272 0.316 0.361 0.010 0.002 0.030 207 M 0.008 0.008 0.255 0.274 0.366 0.022 0.002 0.065 208 L 0.007 0.012 0.138 0.295 0.402 0.024 0.004 0.119 209 G 0.017 0.012 0.094 0.130 0.382 0.056 0.007 0.301 210 K 0.028 0.013 0.051 0.041 0.124 0.118 0.009 0.616 211 A 0.065 0.042 0.018 0.026 0.051 0.149 0.014 0.635 212 C 0.331 0.057 0.015 0.013 0.027 0.153 0.026 0.378 213 S 0.213 0.126 0.016 0.012 0.011 0.115 0.037 0.469 214 L 0.197 0.153 0.061 0.012 0.019 0.054 0.033 0.471 215 A 0.023 0.060 0.008 0.006 0.008 0.107 0.003 0.786 216 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 217 L 0.012 0.544 0.009 0.011 0.029 0.104 0.002 0.289 218 K 0.016 0.796 0.004 0.002 0.005 0.019 0.003 0.155 219 E 0.006 0.929 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.053 220 E 0.008 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 221 L 0.009 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 222 R 0.022 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 223 I 0.048 0.907 0.005 0.002 0.001 0.001 0.019 0.016 224 Q 0.142 0.679 0.009 0.006 0.005 0.004 0.073 0.083 225 G 0.184 0.211 0.047 0.014 0.011 0.013 0.216 0.304 226 V 0.211 0.043 0.173 0.038 0.032 0.069 0.029 0.405 227 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 228 K 0.010 0.003 0.058 0.066 0.127 0.108 0.004 0.624 229 V 0.228 0.006 0.138 0.070 0.074 0.067 0.007 0.409 230 T 0.044 0.010 0.186 0.283 0.216 0.041 0.003 0.216 231 Y 0.022 0.006 0.135 0.159 0.231 0.033 0.002 0.412 232 T 0.008 0.008 0.156 0.257 0.364 0.031 0.002 0.174 233 E 0.006 0.011 0.052 0.150 0.250 0.046 0.003 0.482 234 F 0.020 0.026 0.069 0.133 0.343 0.073 0.006 0.331 235 C 0.060 0.045 0.037 0.105 0.163 0.147 0.013 0.430 236 Q 0.082 0.061 0.027 0.052 0.076 0.119 0.021 0.561 237 G 0.143 0.051 0.016 0.027 0.032 0.075 0.037 0.618 238 R 0.331 0.035 0.021 0.022 0.027 0.159 0.026 0.379 239 T 0.049 0.042 0.014 0.025 0.029 0.129 0.010 0.702 240 M 0.054 0.084 0.028 0.055 0.118 0.157 0.009 0.495 241 R 0.035 0.201 0.038 0.104 0.110 0.154 0.010 0.349 242 W 0.048 0.237 0.047 0.085 0.122 0.097 0.011 0.353 243 A 0.043 0.380 0.056 0.134 0.175 0.069 0.007 0.136 244 L 0.017 0.501 0.048 0.154 0.176 0.028 0.007 0.069 245 A 0.021 0.384 0.058 0.171 0.299 0.020 0.007 0.040 246 W 0.025 0.427 0.040 0.177 0.241 0.018 0.007 0.064 247 S 0.052 0.309 0.061 0.235 0.223 0.024 0.029 0.067 248 F 0.073 0.245 0.106 0.186 0.185 0.023 0.025 0.157 249 Y 0.071 0.098 0.095 0.145 0.226 0.093 0.027 0.244 250 D 0.063 0.067 0.038 0.085 0.139 0.104 0.023 0.481