# TARGET T0293 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6869 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.033 0.004 0.217 0.147 0.181 0.064 0.005 0.349 2 S 0.017 0.004 0.121 0.078 0.134 0.057 0.003 0.586 3 L 0.027 0.004 0.249 0.111 0.187 0.048 0.004 0.370 4 N 0.018 0.005 0.055 0.046 0.071 0.235 0.004 0.567 5 F 0.106 0.005 0.060 0.025 0.085 0.103 0.007 0.609 6 K 0.060 0.008 0.036 0.015 0.038 0.538 0.010 0.294 7 D 0.129 0.010 0.013 0.018 0.030 0.321 0.010 0.468 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 9 E 0.006 0.003 0.002 0.006 0.018 0.657 0.002 0.306 10 A 0.502 0.018 0.004 0.004 0.006 0.254 0.015 0.197 11 V 0.243 0.381 0.012 0.016 0.023 0.042 0.006 0.277 12 R 0.057 0.347 0.058 0.051 0.062 0.076 0.006 0.342 13 A 0.017 0.159 0.017 0.020 0.031 0.049 0.005 0.702 14 L 0.079 0.419 0.033 0.055 0.140 0.062 0.013 0.198 15 T 0.065 0.514 0.034 0.066 0.080 0.070 0.015 0.157 16 C 0.093 0.460 0.038 0.043 0.071 0.056 0.021 0.219 17 T 0.056 0.668 0.036 0.055 0.050 0.028 0.010 0.097 18 L 0.062 0.522 0.045 0.071 0.083 0.032 0.019 0.166 19 L 0.124 0.335 0.050 0.066 0.124 0.045 0.028 0.227 20 R 0.120 0.269 0.052 0.049 0.110 0.063 0.026 0.310 21 E 0.054 0.223 0.025 0.025 0.043 0.077 0.026 0.528 22 D 0.136 0.230 0.020 0.021 0.031 0.084 0.039 0.440 23 F 0.338 0.164 0.049 0.035 0.043 0.071 0.050 0.251 24 G 0.205 0.113 0.057 0.046 0.047 0.093 0.045 0.394 25 L 0.230 0.068 0.169 0.056 0.098 0.089 0.022 0.268 26 S 0.078 0.074 0.042 0.077 0.108 0.111 0.011 0.499 27 I 0.056 0.031 0.093 0.062 0.103 0.055 0.012 0.588 28 D 0.062 0.040 0.067 0.078 0.103 0.195 0.017 0.437 29 I 0.131 0.028 0.073 0.067 0.108 0.093 0.012 0.489 30 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.001 0.982 31 L 0.015 0.011 0.014 0.017 0.055 0.109 0.005 0.774 32 E 0.151 0.039 0.016 0.019 0.020 0.168 0.019 0.569 33 R 0.420 0.057 0.020 0.022 0.032 0.084 0.024 0.342 34 L 0.368 0.104 0.068 0.046 0.078 0.065 0.023 0.249 35 I 0.096 0.074 0.085 0.138 0.145 0.062 0.010 0.390 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 37 T 0.024 0.015 0.024 0.041 0.117 0.109 0.011 0.659 38 V 0.326 0.017 0.033 0.035 0.031 0.058 0.014 0.484 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 40 L 0.026 0.017 0.032 0.030 0.068 0.143 0.003 0.680 41 R 0.169 0.055 0.024 0.013 0.020 0.159 0.010 0.550 42 L 0.163 0.127 0.023 0.014 0.028 0.071 0.008 0.566 43 N 0.096 0.177 0.022 0.017 0.018 0.124 0.009 0.535 44 Y 0.185 0.212 0.025 0.013 0.020 0.124 0.017 0.405 45 I 0.099 0.492 0.027 0.016 0.035 0.066 0.010 0.254 46 H 0.027 0.508 0.017 0.014 0.025 0.068 0.007 0.333 47 W 0.032 0.589 0.007 0.006 0.010 0.056 0.005 0.295 48 V 0.043 0.758 0.006 0.004 0.011 0.028 0.006 0.144 49 E 0.015 0.859 0.005 0.002 0.006 0.011 0.004 0.099 50 D 0.012 0.906 0.002 0.001 0.002 0.007 0.004 0.066 51 L 0.038 0.909 0.003 0.001 0.002 0.004 0.008 0.036 52 I 0.032 0.918 0.003 0.002 0.003 0.002 0.007 0.033 53 G 0.063 0.786 0.011 0.004 0.008 0.009 0.019 0.100 54 H 0.202 0.533 0.021 0.006 0.006 0.013 0.044 0.174 55 Q 0.213 0.390 0.041 0.007 0.008 0.028 0.057 0.257 56 D 0.119 0.220 0.058 0.013 0.015 0.046 0.032 0.497 57 S 0.064 0.078 0.062 0.012 0.016 0.099 0.016 0.653 58 D 0.068 0.048 0.028 0.008 0.013 0.232 0.013 0.590 59 K 0.127 0.053 0.026 0.006 0.011 0.132 0.012 0.634 60 S 0.065 0.060 0.025 0.009 0.013 0.432 0.011 0.385 61 T 0.092 0.054 0.019 0.010 0.015 0.234 0.016 0.560 62 L 0.122 0.091 0.046 0.017 0.029 0.187 0.018 0.490 63 R 0.154 0.082 0.110 0.061 0.061 0.216 0.022 0.295 64 R 0.115 0.051 0.228 0.074 0.104 0.118 0.019 0.291 65 G 0.052 0.027 0.370 0.082 0.169 0.056 0.009 0.234 66 I 0.008 0.016 0.631 0.132 0.117 0.019 0.003 0.073 67 D 0.006 0.020 0.362 0.098 0.174 0.068 0.006 0.266 68 I 0.010 0.016 0.582 0.057 0.118 0.035 0.005 0.177 69 G 0.016 0.019 0.237 0.053 0.078 0.324 0.010 0.262 70 T 0.047 0.020 0.196 0.030 0.046 0.131 0.016 0.515 71 G 0.031 0.069 0.205 0.037 0.047 0.137 0.015 0.460 72 A 0.085 0.023 0.067 0.014 0.026 0.169 0.015 0.600 73 S 0.059 0.078 0.079 0.033 0.036 0.123 0.017 0.574 74 C 0.160 0.062 0.053 0.021 0.043 0.138 0.016 0.508 75 I 0.058 0.211 0.123 0.047 0.047 0.119 0.014 0.380 76 Y 0.076 0.175 0.049 0.030 0.082 0.098 0.010 0.480 77 P 0.005 0.051 0.008 0.005 0.012 0.017 0.001 0.901 78 L 0.022 0.439 0.011 0.015 0.041 0.108 0.005 0.359 79 L 0.043 0.806 0.005 0.005 0.013 0.025 0.006 0.096 80 G 0.038 0.893 0.002 0.003 0.008 0.005 0.005 0.046 81 A 0.116 0.781 0.004 0.004 0.005 0.006 0.019 0.067 82 T 0.416 0.422 0.006 0.004 0.003 0.006 0.071 0.071 83 L 0.166 0.597 0.055 0.013 0.015 0.009 0.058 0.087 84 N 0.064 0.221 0.057 0.034 0.039 0.043 0.066 0.476 85 G 0.122 0.052 0.110 0.025 0.023 0.069 0.090 0.508 86 W 0.288 0.019 0.282 0.041 0.029 0.104 0.031 0.204 87 Y 0.025 0.004 0.604 0.096 0.063 0.058 0.007 0.143 88 F 0.005 0.001 0.539 0.076 0.103 0.026 0.002 0.248 89 L 0.001 0.001 0.857 0.078 0.049 0.003 0.001 0.012 90 A 0.001 0.001 0.494 0.133 0.165 0.014 0.001 0.191 91 T 0.001 0.001 0.753 0.042 0.135 0.011 0.001 0.057 92 E 0.003 0.003 0.371 0.099 0.110 0.134 0.002 0.278 93 V 0.021 0.005 0.166 0.023 0.065 0.242 0.004 0.474 94 D 0.027 0.009 0.040 0.010 0.038 0.328 0.004 0.544 95 D 0.013 0.015 0.007 0.002 0.006 0.038 0.002 0.917 96 M 0.015 0.025 0.001 0.001 0.001 0.422 0.003 0.532 97 C 0.065 0.231 0.001 0.001 0.002 0.481 0.006 0.213 98 F 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 99 N 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 100 Y 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 101 A 0.010 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 102 K 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 103 K 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 104 N 0.022 0.952 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.013 105 V 0.017 0.948 0.006 0.001 0.002 0.001 0.004 0.021 106 E 0.014 0.898 0.007 0.002 0.006 0.019 0.008 0.046 107 Q 0.052 0.882 0.005 0.002 0.002 0.011 0.015 0.031 108 N 0.102 0.835 0.005 0.003 0.001 0.003 0.027 0.024 109 N 0.588 0.108 0.018 0.005 0.003 0.012 0.139 0.126 110 L 0.207 0.093 0.390 0.025 0.030 0.063 0.034 0.157 111 S 0.030 0.048 0.036 0.021 0.051 0.199 0.020 0.594 112 D 0.086 0.056 0.060 0.040 0.037 0.101 0.037 0.582 113 L 0.339 0.015 0.110 0.023 0.036 0.243 0.033 0.200 114 I 0.099 0.012 0.271 0.137 0.092 0.119 0.013 0.257 115 K 0.009 0.003 0.369 0.312 0.242 0.018 0.003 0.046 116 V 0.004 0.001 0.069 0.095 0.187 0.020 0.001 0.624 117 V 0.002 0.001 0.446 0.237 0.286 0.005 0.001 0.022 118 K 0.003 0.002 0.126 0.109 0.171 0.022 0.002 0.564 119 V 0.005 0.001 0.439 0.143 0.264 0.016 0.002 0.130 120 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 121 Q 0.007 0.003 0.028 0.019 0.153 0.084 0.001 0.704 122 A 0.170 0.016 0.021 0.011 0.020 0.192 0.011 0.560 123 T 0.495 0.043 0.009 0.007 0.008 0.100 0.024 0.315 124 L 0.395 0.286 0.055 0.011 0.011 0.035 0.007 0.200 125 L 0.079 0.450 0.035 0.011 0.027 0.121 0.013 0.264 126 M 0.105 0.414 0.031 0.010 0.033 0.072 0.018 0.317 127 D 0.060 0.468 0.011 0.004 0.009 0.103 0.011 0.335 128 A 0.135 0.495 0.008 0.003 0.004 0.123 0.019 0.212 129 L 0.071 0.811 0.006 0.002 0.004 0.014 0.008 0.083 130 K 0.044 0.684 0.010 0.004 0.009 0.033 0.013 0.203 131 E 0.078 0.613 0.011 0.006 0.009 0.036 0.016 0.231 132 E 0.128 0.639 0.009 0.005 0.008 0.022 0.026 0.164 133 S 0.157 0.399 0.017 0.009 0.009 0.051 0.057 0.301 134 E 0.174 0.215 0.062 0.018 0.015 0.069 0.072 0.374 135 I 0.272 0.091 0.078 0.045 0.037 0.108 0.051 0.318 136 I 0.071 0.012 0.119 0.042 0.049 0.092 0.017 0.598 137 Y 0.022 0.007 0.317 0.107 0.118 0.086 0.005 0.338 138 D 0.007 0.002 0.573 0.197 0.141 0.025 0.002 0.053 139 F 0.004 0.001 0.591 0.120 0.192 0.015 0.001 0.076 140 C 0.001 0.001 0.819 0.078 0.088 0.004 0.001 0.009 141 M 0.001 0.001 0.820 0.083 0.070 0.008 0.001 0.018 142 C 0.001 0.001 0.694 0.064 0.124 0.015 0.001 0.099 143 N 0.002 0.001 0.625 0.044 0.119 0.045 0.002 0.163 144 P 0.001 0.001 0.024 0.004 0.007 0.029 0.001 0.934 145 P 0.001 0.001 0.007 0.002 0.004 0.035 0.001 0.951 146 F 0.080 0.008 0.053 0.021 0.045 0.311 0.008 0.473 147 F 0.108 0.103 0.066 0.036 0.040 0.103 0.010 0.534 148 A 0.046 0.092 0.032 0.016 0.032 0.081 0.007 0.694 149 N 0.142 0.091 0.017 0.010 0.017 0.224 0.012 0.487 150 Q 0.159 0.165 0.013 0.007 0.017 0.125 0.011 0.503 151 L 0.050 0.239 0.008 0.005 0.014 0.142 0.008 0.533 152 E 0.040 0.394 0.003 0.003 0.007 0.278 0.010 0.265 153 A 0.027 0.918 0.002 0.001 0.002 0.009 0.003 0.038 154 K 0.050 0.862 0.004 0.003 0.004 0.007 0.015 0.055 155 G 0.335 0.438 0.023 0.009 0.008 0.014 0.051 0.123 156 V 0.269 0.412 0.087 0.015 0.020 0.029 0.032 0.136 157 N 0.143 0.280 0.060 0.030 0.054 0.071 0.038 0.325 158 S 0.125 0.172 0.125 0.034 0.055 0.068 0.030 0.390 159 R 0.120 0.088 0.107 0.024 0.036 0.194 0.042 0.389 160 N 0.158 0.038 0.068 0.026 0.024 0.128 0.020 0.537 161 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 162 R 0.027 0.009 0.028 0.025 0.070 0.363 0.012 0.466 163 R 0.295 0.011 0.022 0.014 0.023 0.085 0.022 0.528 164 P 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.987 165 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 166 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 167 S 0.043 0.002 0.006 0.007 0.023 0.056 0.002 0.861 168 S 0.221 0.006 0.007 0.004 0.009 0.046 0.003 0.702 169 V 0.178 0.030 0.012 0.006 0.009 0.121 0.003 0.641 170 N 0.151 0.131 0.018 0.008 0.013 0.291 0.007 0.381 171 T 0.121 0.370 0.025 0.012 0.025 0.061 0.009 0.376 172 G 0.051 0.318 0.016 0.009 0.023 0.082 0.008 0.495 173 G 0.058 0.395 0.008 0.007 0.011 0.094 0.010 0.417 174 I 0.052 0.694 0.005 0.005 0.017 0.032 0.008 0.187 175 T 0.014 0.839 0.003 0.007 0.015 0.017 0.004 0.101 176 E 0.022 0.852 0.003 0.010 0.009 0.014 0.008 0.082 177 I 0.060 0.816 0.009 0.013 0.010 0.007 0.017 0.068 178 M 0.080 0.768 0.013 0.029 0.029 0.006 0.020 0.055 179 A 0.065 0.439 0.060 0.076 0.106 0.037 0.038 0.180 180 E 0.022 0.077 0.015 0.017 0.022 0.035 0.023 0.789 181 G 0.130 0.076 0.020 0.030 0.014 0.044 0.210 0.475 182 G 0.670 0.005 0.035 0.018 0.006 0.036 0.114 0.116 183 E 0.043 0.001 0.348 0.067 0.072 0.148 0.006 0.315 184 L 0.006 0.001 0.070 0.298 0.459 0.038 0.001 0.126 185 E 0.009 0.001 0.133 0.275 0.535 0.017 0.001 0.031 186 F 0.002 0.002 0.122 0.373 0.363 0.014 0.001 0.122 187 V 0.002 0.003 0.196 0.230 0.491 0.014 0.001 0.063 188 K 0.003 0.010 0.055 0.239 0.465 0.038 0.002 0.189 189 R 0.012 0.021 0.054 0.085 0.272 0.086 0.006 0.464 190 I 0.089 0.032 0.035 0.044 0.106 0.206 0.015 0.474 191 I 0.149 0.099 0.041 0.034 0.049 0.122 0.021 0.485 192 H 0.072 0.159 0.035 0.024 0.037 0.119 0.017 0.538 193 D 0.061 0.163 0.015 0.009 0.017 0.100 0.012 0.621 194 S 0.120 0.326 0.014 0.008 0.020 0.087 0.013 0.411 195 L 0.080 0.483 0.018 0.008 0.016 0.085 0.013 0.297 196 Q 0.077 0.544 0.009 0.007 0.010 0.131 0.016 0.207 197 L 0.109 0.730 0.008 0.005 0.008 0.029 0.010 0.101 198 G 0.081 0.772 0.007 0.006 0.008 0.015 0.012 0.099 199 K 0.124 0.589 0.028 0.013 0.014 0.041 0.031 0.161 200 R 0.118 0.576 0.022 0.011 0.014 0.033 0.027 0.199 201 L 0.142 0.519 0.044 0.020 0.037 0.033 0.025 0.179 202 R 0.062 0.418 0.064 0.040 0.040 0.063 0.026 0.288 203 W 0.051 0.245 0.083 0.027 0.033 0.054 0.020 0.488 204 Y 0.118 0.248 0.119 0.064 0.071 0.074 0.024 0.282 205 S 0.076 0.199 0.101 0.063 0.074 0.060 0.018 0.408 206 C 0.059 0.142 0.160 0.091 0.127 0.069 0.019 0.331 207 M 0.068 0.120 0.089 0.072 0.091 0.126 0.016 0.418 208 L 0.079 0.100 0.076 0.045 0.076 0.076 0.021 0.527 209 G 0.132 0.095 0.070 0.054 0.068 0.079 0.026 0.476 210 K 0.137 0.049 0.082 0.028 0.040 0.125 0.023 0.516 211 A 0.106 0.062 0.043 0.036 0.056 0.078 0.012 0.607 212 C 0.115 0.043 0.035 0.029 0.049 0.122 0.012 0.594 213 S 0.072 0.040 0.026 0.016 0.022 0.172 0.011 0.642 214 L 0.090 0.049 0.035 0.007 0.026 0.073 0.009 0.710 215 A 0.015 0.029 0.004 0.002 0.006 0.237 0.002 0.705 216 P 0.005 0.019 0.001 0.001 0.001 0.052 0.001 0.920 217 L 0.011 0.726 0.002 0.002 0.005 0.046 0.001 0.206 218 K 0.004 0.914 0.002 0.001 0.003 0.005 0.001 0.070 219 E 0.003 0.934 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.056 220 E 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 221 L 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 222 R 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 223 I 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 224 Q 0.041 0.900 0.003 0.002 0.001 0.001 0.042 0.010 225 G 0.550 0.057 0.006 0.002 0.001 0.001 0.334 0.048 226 V 0.131 0.018 0.678 0.019 0.010 0.020 0.017 0.107 227 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 228 K 0.002 0.001 0.034 0.014 0.044 0.031 0.001 0.873 229 V 0.085 0.006 0.348 0.086 0.096 0.067 0.005 0.307 230 T 0.035 0.010 0.295 0.187 0.105 0.046 0.003 0.320 231 Y 0.016 0.005 0.101 0.072 0.142 0.026 0.002 0.636 232 T 0.017 0.012 0.158 0.158 0.303 0.070 0.002 0.280 233 E 0.015 0.018 0.036 0.079 0.130 0.080 0.005 0.637 234 F 0.060 0.050 0.054 0.065 0.172 0.124 0.014 0.462 235 C 0.135 0.087 0.032 0.054 0.076 0.149 0.021 0.445 236 Q 0.118 0.092 0.032 0.045 0.055 0.106 0.032 0.520 237 G 0.161 0.060 0.023 0.031 0.036 0.073 0.042 0.574 238 R 0.248 0.040 0.046 0.036 0.044 0.130 0.029 0.427 239 T 0.047 0.040 0.041 0.055 0.064 0.124 0.012 0.617 240 M 0.041 0.042 0.065 0.086 0.153 0.124 0.009 0.479 241 R 0.036 0.065 0.108 0.189 0.189 0.111 0.008 0.293 242 W 0.032 0.080 0.125 0.177 0.224 0.068 0.008 0.287 243 A 0.026 0.082 0.128 0.211 0.333 0.056 0.006 0.157 244 L 0.021 0.122 0.098 0.251 0.351 0.042 0.006 0.109 245 A 0.031 0.154 0.087 0.214 0.367 0.037 0.010 0.100 246 W 0.067 0.126 0.091 0.182 0.275 0.046 0.020 0.193 247 S 0.115 0.098 0.070 0.157 0.172 0.056 0.033 0.299 248 F 0.111 0.050 0.104 0.093 0.132 0.054 0.026 0.430 249 Y 0.088 0.039 0.073 0.071 0.111 0.192 0.022 0.403 250 D 0.066 0.037 0.038 0.040 0.068 0.135 0.017 0.599