# TARGET T0293 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6869 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.031 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 2 S 0.184 0.064 0.003 0.006 0.006 0.007 0.729 3 L 0.305 0.070 0.013 0.013 0.085 0.027 0.487 4 N 0.202 0.022 0.018 0.008 0.073 0.050 0.628 5 F 0.065 0.015 0.045 0.019 0.161 0.215 0.480 6 K 0.038 0.031 0.014 0.026 0.316 0.161 0.414 7 D 0.013 0.008 0.003 0.006 0.419 0.006 0.546 8 P 0.002 0.001 0.133 0.533 0.021 0.283 0.027 9 E 0.004 0.002 0.145 0.601 0.019 0.217 0.011 10 A 0.016 0.006 0.139 0.710 0.012 0.053 0.064 11 V 0.046 0.005 0.022 0.830 0.011 0.022 0.063 12 R 0.141 0.006 0.011 0.735 0.030 0.019 0.058 13 A 0.119 0.003 0.007 0.806 0.017 0.017 0.031 14 L 0.074 0.002 0.005 0.870 0.009 0.017 0.023 15 T 0.163 0.003 0.007 0.741 0.015 0.033 0.038 16 C 0.184 0.002 0.015 0.708 0.013 0.035 0.042 17 T 0.132 0.004 0.016 0.740 0.022 0.052 0.034 18 L 0.147 0.008 0.024 0.584 0.033 0.101 0.103 19 L 0.246 0.018 0.024 0.343 0.067 0.093 0.209 20 R 0.137 0.007 0.108 0.420 0.052 0.077 0.198 21 E 0.054 0.003 0.200 0.350 0.070 0.239 0.084 22 D 0.032 0.005 0.194 0.300 0.050 0.348 0.071 23 F 0.062 0.017 0.092 0.161 0.114 0.447 0.108 24 G 0.066 0.006 0.041 0.057 0.116 0.526 0.188 25 L 0.172 0.018 0.023 0.062 0.151 0.134 0.440 26 S 0.257 0.039 0.022 0.080 0.099 0.078 0.425 27 I 0.309 0.023 0.012 0.041 0.143 0.052 0.421 28 D 0.254 0.023 0.009 0.017 0.108 0.045 0.543 29 I 0.138 0.037 0.010 0.020 0.203 0.024 0.568 30 P 0.060 0.013 0.015 0.013 0.049 0.043 0.807 31 L 0.021 0.006 0.303 0.107 0.070 0.336 0.157 32 E 0.028 0.005 0.374 0.109 0.071 0.295 0.118 33 R 0.069 0.018 0.334 0.088 0.121 0.184 0.186 34 L 0.168 0.055 0.056 0.063 0.159 0.106 0.394 35 I 0.183 0.034 0.022 0.027 0.133 0.055 0.546 36 P 0.164 0.030 0.019 0.023 0.097 0.078 0.589 37 T 0.140 0.019 0.023 0.030 0.209 0.096 0.483 38 V 0.170 0.024 0.010 0.025 0.324 0.024 0.422 39 P 0.134 0.022 0.014 0.034 0.084 0.039 0.673 40 L 0.119 0.037 0.028 0.053 0.129 0.072 0.561 41 R 0.098 0.017 0.032 0.066 0.106 0.070 0.611 42 L 0.040 0.006 0.135 0.378 0.101 0.128 0.213 43 N 0.040 0.008 0.111 0.483 0.050 0.158 0.149 44 Y 0.044 0.008 0.090 0.642 0.029 0.073 0.114 45 I 0.043 0.005 0.024 0.800 0.018 0.020 0.090 46 H 0.022 0.002 0.012 0.899 0.018 0.018 0.027 47 W 0.013 0.003 0.009 0.931 0.010 0.016 0.018 48 V 0.004 0.001 0.006 0.973 0.002 0.007 0.007 49 E 0.004 0.001 0.016 0.964 0.002 0.009 0.005 50 D 0.003 0.001 0.036 0.916 0.004 0.032 0.009 51 L 0.002 0.001 0.049 0.839 0.006 0.091 0.012 52 I 0.004 0.007 0.059 0.663 0.023 0.199 0.046 53 G 0.003 0.003 0.084 0.332 0.037 0.408 0.133 54 H 0.003 0.003 0.104 0.253 0.072 0.309 0.257 55 Q 0.003 0.007 0.072 0.167 0.158 0.198 0.396 56 D 0.003 0.006 0.072 0.108 0.153 0.165 0.494 57 S 0.003 0.003 0.107 0.091 0.186 0.264 0.345 58 D 0.005 0.005 0.094 0.078 0.171 0.301 0.345 59 K 0.008 0.008 0.140 0.074 0.211 0.134 0.424 60 S 0.016 0.006 0.145 0.070 0.215 0.143 0.405 61 T 0.028 0.009 0.157 0.036 0.189 0.260 0.320 62 L 0.096 0.012 0.041 0.005 0.177 0.080 0.590 63 R 0.245 0.007 0.012 0.002 0.209 0.044 0.480 64 R 0.913 0.003 0.003 0.001 0.012 0.007 0.061 65 G 0.987 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 66 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 67 D 0.933 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.057 68 I 0.599 0.004 0.009 0.003 0.048 0.039 0.298 69 G 0.160 0.013 0.017 0.005 0.225 0.156 0.424 70 T 0.055 0.029 0.038 0.025 0.302 0.176 0.375 71 G 0.043 0.022 0.041 0.051 0.356 0.206 0.281 72 A 0.034 0.018 0.129 0.249 0.148 0.228 0.196 73 S 0.022 0.010 0.142 0.426 0.130 0.204 0.067 74 C 0.019 0.014 0.084 0.630 0.067 0.137 0.049 75 I 0.012 0.007 0.038 0.837 0.017 0.055 0.033 76 Y 0.004 0.001 0.017 0.950 0.006 0.006 0.017 77 P 0.002 0.001 0.013 0.974 0.002 0.005 0.004 78 L 0.001 0.001 0.009 0.981 0.001 0.007 0.001 79 L 0.001 0.001 0.018 0.962 0.001 0.016 0.001 80 G 0.004 0.001 0.035 0.925 0.004 0.030 0.002 81 A 0.003 0.001 0.038 0.842 0.002 0.109 0.005 82 T 0.003 0.001 0.053 0.672 0.017 0.235 0.019 83 L 0.017 0.007 0.025 0.178 0.331 0.198 0.244 84 N 0.010 0.002 0.027 0.009 0.216 0.480 0.255 85 G 0.092 0.003 0.041 0.004 0.224 0.355 0.282 86 W 0.384 0.005 0.013 0.001 0.147 0.052 0.399 87 Y 0.933 0.002 0.002 0.001 0.008 0.003 0.051 88 F 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 89 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 90 A 0.960 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.032 91 T 0.861 0.003 0.002 0.001 0.028 0.006 0.100 92 E 0.565 0.017 0.003 0.002 0.041 0.015 0.356 93 V 0.088 0.019 0.006 0.004 0.294 0.055 0.535 94 D 0.011 0.006 0.001 0.004 0.313 0.007 0.658 95 D 0.001 0.001 0.053 0.818 0.015 0.103 0.010 96 M 0.001 0.001 0.048 0.866 0.005 0.077 0.004 97 C 0.001 0.001 0.022 0.960 0.001 0.013 0.004 98 F 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.001 99 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 100 Y 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 101 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 102 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 103 K 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.011 0.001 104 N 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.010 0.004 105 V 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.006 0.002 106 E 0.001 0.001 0.008 0.960 0.002 0.026 0.004 107 Q 0.001 0.001 0.013 0.817 0.007 0.159 0.004 108 N 0.001 0.001 0.006 0.255 0.013 0.716 0.009 109 N 0.001 0.001 0.007 0.026 0.052 0.776 0.137 110 L 0.006 0.008 0.043 0.014 0.143 0.033 0.752 111 S 0.022 0.007 0.316 0.019 0.109 0.130 0.397 112 D 0.058 0.006 0.300 0.014 0.253 0.252 0.117 113 L 0.275 0.020 0.181 0.013 0.098 0.090 0.323 114 I 0.570 0.007 0.017 0.007 0.054 0.033 0.313 115 K 0.920 0.005 0.003 0.005 0.007 0.007 0.054 116 V 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 117 V 0.970 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.020 118 K 0.870 0.005 0.001 0.003 0.021 0.003 0.096 119 V 0.286 0.008 0.002 0.005 0.247 0.007 0.443 120 P 0.121 0.023 0.003 0.007 0.094 0.010 0.742 121 Q 0.005 0.002 0.335 0.509 0.010 0.088 0.051 122 A 0.002 0.001 0.309 0.601 0.007 0.067 0.014 123 T 0.004 0.001 0.230 0.702 0.009 0.041 0.015 124 L 0.016 0.012 0.085 0.789 0.016 0.046 0.037 125 L 0.014 0.005 0.040 0.774 0.014 0.077 0.075 126 M 0.003 0.001 0.050 0.883 0.005 0.041 0.017 127 D 0.002 0.001 0.057 0.875 0.006 0.049 0.011 128 A 0.003 0.001 0.075 0.809 0.009 0.085 0.019 129 L 0.006 0.007 0.053 0.739 0.026 0.111 0.058 130 K 0.009 0.009 0.062 0.514 0.025 0.289 0.092 131 E 0.005 0.002 0.082 0.354 0.058 0.397 0.102 132 E 0.007 0.002 0.072 0.193 0.185 0.345 0.195 133 S 0.014 0.004 0.079 0.066 0.194 0.427 0.216 134 E 0.044 0.009 0.047 0.017 0.190 0.199 0.494 135 I 0.211 0.005 0.015 0.005 0.123 0.036 0.605 136 I 0.396 0.041 0.004 0.001 0.048 0.014 0.495 137 Y 0.664 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.326 138 D 0.740 0.001 0.001 0.001 0.141 0.002 0.116 139 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 140 C 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 141 M 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 142 C 0.891 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.097 143 N 0.221 0.002 0.004 0.001 0.079 0.013 0.680 144 P 0.065 0.004 0.150 0.018 0.217 0.089 0.456 145 P 0.024 0.018 0.295 0.039 0.117 0.243 0.264 146 F 0.032 0.018 0.310 0.078 0.076 0.291 0.196 147 F 0.041 0.028 0.070 0.114 0.197 0.133 0.417 148 A 0.021 0.005 0.091 0.168 0.132 0.266 0.317 149 N 0.026 0.009 0.067 0.232 0.173 0.284 0.209 150 Q 0.032 0.009 0.084 0.428 0.085 0.188 0.173 151 L 0.035 0.008 0.113 0.520 0.064 0.111 0.150 152 E 0.040 0.008 0.168 0.469 0.036 0.130 0.148 153 A 0.046 0.011 0.167 0.498 0.034 0.135 0.108 154 K 0.055 0.020 0.122 0.330 0.052 0.266 0.156 155 G 0.043 0.006 0.087 0.141 0.090 0.403 0.230 156 V 0.075 0.015 0.071 0.138 0.098 0.251 0.352 157 N 0.072 0.027 0.081 0.086 0.099 0.175 0.459 158 S 0.054 0.015 0.076 0.062 0.169 0.254 0.369 159 R 0.042 0.016 0.080 0.051 0.216 0.224 0.372 160 N 0.033 0.021 0.038 0.017 0.189 0.054 0.648 161 P 0.024 0.016 0.049 0.015 0.104 0.167 0.625 162 R 0.025 0.026 0.049 0.014 0.240 0.235 0.411 163 R 0.020 0.022 0.010 0.005 0.324 0.042 0.576 164 P 0.009 0.012 0.004 0.003 0.145 0.026 0.801 165 P 0.007 0.014 0.004 0.004 0.155 0.027 0.789 166 P 0.007 0.019 0.018 0.029 0.123 0.062 0.741 167 S 0.008 0.009 0.096 0.214 0.089 0.094 0.490 168 S 0.009 0.007 0.197 0.382 0.087 0.104 0.214 169 V 0.011 0.008 0.199 0.464 0.056 0.116 0.147 170 N 0.011 0.008 0.111 0.635 0.039 0.085 0.112 171 T 0.008 0.002 0.050 0.807 0.024 0.039 0.070 172 G 0.005 0.001 0.037 0.862 0.022 0.052 0.021 173 G 0.007 0.002 0.027 0.912 0.008 0.032 0.013 174 I 0.006 0.002 0.017 0.947 0.003 0.017 0.008 175 T 0.005 0.001 0.035 0.929 0.003 0.020 0.007 176 E 0.006 0.001 0.036 0.900 0.004 0.046 0.008 177 I 0.016 0.001 0.066 0.825 0.011 0.065 0.016 178 M 0.082 0.026 0.037 0.616 0.101 0.068 0.070 179 A 0.127 0.006 0.054 0.325 0.092 0.159 0.237 180 E 0.015 0.001 0.028 0.095 0.055 0.791 0.014 181 G 0.009 0.001 0.009 0.003 0.026 0.932 0.021 182 G 0.184 0.003 0.004 0.001 0.087 0.033 0.687 183 E 0.852 0.009 0.001 0.001 0.007 0.004 0.126 184 L 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 185 E 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 186 F 0.985 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.010 187 V 0.901 0.001 0.001 0.007 0.009 0.001 0.080 188 K 0.712 0.002 0.005 0.028 0.040 0.007 0.207 189 R 0.333 0.007 0.031 0.078 0.137 0.044 0.369 190 I 0.195 0.012 0.064 0.166 0.105 0.085 0.373 191 I 0.154 0.011 0.049 0.230 0.133 0.112 0.310 192 H 0.069 0.010 0.048 0.405 0.110 0.145 0.213 193 D 0.037 0.005 0.039 0.545 0.095 0.117 0.162 194 S 0.023 0.005 0.040 0.746 0.024 0.079 0.083 195 L 0.013 0.003 0.040 0.817 0.023 0.060 0.044 196 Q 0.011 0.002 0.052 0.813 0.014 0.066 0.042 197 L 0.010 0.002 0.043 0.808 0.011 0.097 0.029 198 G 0.018 0.003 0.055 0.673 0.028 0.161 0.062 199 K 0.033 0.003 0.062 0.624 0.048 0.148 0.082 200 R 0.047 0.006 0.060 0.665 0.030 0.109 0.083 201 L 0.091 0.011 0.040 0.559 0.048 0.065 0.185 202 R 0.102 0.005 0.049 0.513 0.052 0.126 0.153 203 W 0.136 0.006 0.056 0.529 0.052 0.142 0.078 204 Y 0.185 0.010 0.038 0.515 0.039 0.103 0.110 205 S 0.257 0.015 0.031 0.371 0.058 0.109 0.159 206 C 0.291 0.011 0.035 0.273 0.088 0.093 0.207 207 M 0.249 0.015 0.043 0.279 0.074 0.129 0.214 208 L 0.163 0.018 0.056 0.227 0.089 0.255 0.192 209 G 0.112 0.012 0.069 0.081 0.166 0.294 0.266 210 K 0.134 0.018 0.079 0.068 0.185 0.188 0.328 211 A 0.132 0.038 0.055 0.056 0.139 0.177 0.404 212 C 0.073 0.024 0.017 0.033 0.225 0.072 0.555 213 S 0.035 0.027 0.006 0.032 0.154 0.043 0.703 214 L 0.004 0.003 0.014 0.825 0.026 0.022 0.106 215 A 0.001 0.001 0.005 0.977 0.005 0.003 0.010 216 P 0.001 0.001 0.005 0.988 0.001 0.002 0.004 217 L 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.002 0.002 218 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 219 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 220 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.002 221 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 222 R 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 223 I 0.001 0.001 0.003 0.931 0.003 0.062 0.001 224 Q 0.001 0.001 0.002 0.274 0.007 0.714 0.002 225 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.020 0.948 0.023 226 V 0.007 0.002 0.001 0.002 0.053 0.004 0.930 227 P 0.169 0.016 0.012 0.005 0.050 0.008 0.740 228 K 0.736 0.011 0.009 0.008 0.035 0.009 0.192 229 V 0.876 0.004 0.003 0.008 0.012 0.002 0.095 230 T 0.935 0.002 0.002 0.007 0.009 0.002 0.042 231 Y 0.858 0.003 0.003 0.024 0.014 0.005 0.093 232 T 0.809 0.004 0.004 0.031 0.030 0.008 0.114 233 E 0.731 0.005 0.009 0.039 0.040 0.027 0.148 234 F 0.413 0.015 0.038 0.072 0.078 0.099 0.285 235 C 0.281 0.020 0.054 0.107 0.102 0.148 0.288 236 Q 0.063 0.006 0.036 0.060 0.127 0.626 0.081 237 G 0.034 0.002 0.015 0.015 0.130 0.699 0.105 238 R 0.166 0.010 0.009 0.022 0.210 0.059 0.524 239 T 0.443 0.027 0.007 0.033 0.083 0.032 0.375 240 M 0.682 0.011 0.005 0.035 0.037 0.011 0.220 241 R 0.812 0.004 0.003 0.033 0.015 0.005 0.127 242 W 0.921 0.003 0.003 0.027 0.010 0.004 0.033 243 A 0.912 0.002 0.004 0.031 0.008 0.006 0.037 244 L 0.914 0.002 0.003 0.023 0.010 0.009 0.040 245 A 0.883 0.004 0.004 0.031 0.012 0.014 0.052 246 W 0.760 0.005 0.005 0.032 0.021 0.014 0.163 247 S 0.719 0.011 0.006 0.040 0.039 0.031 0.154 248 F 0.492 0.021 0.009 0.043 0.088 0.049 0.298 249 Y 0.202 0.016 0.007 0.027 0.072 0.061 0.614 250 D 0.026 0.003 0.003 0.007 0.028 0.009 0.924