# TARGET T0293 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2149 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.066 0.088 0.036 0.099 0.100 0.094 0.113 0.404 2 S 0.144 0.090 0.028 0.055 0.097 0.067 0.072 0.446 3 L 0.053 0.048 0.019 0.052 0.090 0.094 0.039 0.606 4 N 0.070 0.087 0.027 0.036 0.062 0.121 0.053 0.544 5 F 0.027 0.068 0.026 0.048 0.046 0.123 0.045 0.618 6 K 0.034 0.093 0.018 0.015 0.017 0.091 0.037 0.695 7 D 0.326 0.278 0.017 0.012 0.009 0.030 0.183 0.144 8 P 0.372 0.254 0.009 0.006 0.007 0.049 0.056 0.248 9 E 0.104 0.168 0.012 0.007 0.009 0.046 0.059 0.594 10 A 0.027 0.228 0.007 0.007 0.014 0.093 0.019 0.605 11 V 0.030 0.118 0.019 0.009 0.020 0.098 0.204 0.501 12 R 0.041 0.491 0.015 0.021 0.017 0.070 0.141 0.202 13 A 0.051 0.236 0.027 0.008 0.016 0.046 0.403 0.213 14 L 0.025 0.388 0.029 0.028 0.028 0.051 0.306 0.145 15 T 0.029 0.499 0.048 0.021 0.058 0.038 0.130 0.177 16 C 0.090 0.422 0.046 0.046 0.060 0.056 0.057 0.222 17 T 0.059 0.209 0.096 0.065 0.086 0.084 0.127 0.273 18 L 0.033 0.130 0.105 0.057 0.065 0.100 0.105 0.405 19 L 0.096 0.123 0.068 0.037 0.059 0.102 0.125 0.390 20 R 0.121 0.044 0.090 0.044 0.032 0.094 0.159 0.415 21 E 0.197 0.033 0.026 0.016 0.029 0.094 0.063 0.543 22 D 0.120 0.011 0.026 0.011 0.015 0.068 0.074 0.676 23 F 0.027 0.006 0.030 0.020 0.039 0.156 0.035 0.687 24 G 0.026 0.003 0.031 0.019 0.059 0.080 0.053 0.728 25 L 0.039 0.003 0.033 0.082 0.084 0.106 0.029 0.624 26 S 0.015 0.002 0.088 0.084 0.151 0.088 0.042 0.529 27 I 0.007 0.002 0.052 0.073 0.112 0.112 0.025 0.616 28 D 0.007 0.003 0.139 0.112 0.124 0.095 0.026 0.494 29 I 0.045 0.008 0.053 0.055 0.040 0.082 0.049 0.667 30 P 0.287 0.054 0.051 0.042 0.035 0.067 0.179 0.286 31 L 0.146 0.032 0.044 0.027 0.048 0.106 0.056 0.542 32 E 0.049 0.011 0.039 0.030 0.062 0.095 0.048 0.667 33 R 0.007 0.005 0.086 0.068 0.134 0.132 0.071 0.496 34 L 0.032 0.008 0.065 0.047 0.121 0.133 0.054 0.539 35 I 0.225 0.011 0.060 0.115 0.087 0.092 0.087 0.324 36 P 0.018 0.007 0.040 0.028 0.057 0.113 0.026 0.712 37 T 0.027 0.012 0.044 0.026 0.082 0.106 0.041 0.662 38 V 0.092 0.021 0.042 0.070 0.059 0.127 0.068 0.522 39 P 0.042 0.020 0.049 0.041 0.045 0.117 0.071 0.614 40 L 0.067 0.047 0.025 0.018 0.029 0.099 0.057 0.657 41 R 0.205 0.141 0.021 0.016 0.021 0.080 0.079 0.437 42 L 0.049 0.143 0.020 0.015 0.021 0.094 0.051 0.605 43 N 0.021 0.337 0.021 0.018 0.037 0.070 0.099 0.397 44 Y 0.022 0.757 0.008 0.009 0.014 0.022 0.075 0.093 45 I 0.016 0.824 0.011 0.011 0.012 0.015 0.053 0.059 46 H 0.009 0.708 0.031 0.024 0.026 0.022 0.101 0.079 47 W 0.011 0.909 0.010 0.003 0.005 0.005 0.039 0.016 48 V 0.035 0.903 0.008 0.002 0.002 0.003 0.037 0.011 49 E 0.030 0.716 0.032 0.008 0.007 0.013 0.122 0.073 50 D 0.054 0.691 0.022 0.004 0.004 0.025 0.067 0.132 51 L 0.235 0.339 0.059 0.005 0.004 0.040 0.175 0.142 52 I 0.187 0.208 0.050 0.007 0.007 0.064 0.126 0.351 53 G 0.109 0.071 0.012 0.002 0.003 0.057 0.068 0.677 54 H 0.060 0.057 0.024 0.004 0.004 0.099 0.119 0.632 55 Q 0.208 0.075 0.018 0.004 0.006 0.111 0.054 0.525 56 D 0.187 0.020 0.007 0.002 0.003 0.076 0.076 0.629 57 S 0.032 0.013 0.015 0.003 0.004 0.119 0.123 0.691 58 D 0.058 0.032 0.016 0.004 0.007 0.126 0.107 0.649 59 K 0.097 0.025 0.016 0.005 0.007 0.116 0.042 0.692 60 S 0.104 0.022 0.036 0.006 0.010 0.139 0.075 0.609 61 T 0.060 0.028 0.039 0.007 0.014 0.146 0.063 0.643 62 L 0.027 0.018 0.080 0.015 0.032 0.208 0.087 0.533 63 R 0.008 0.009 0.140 0.032 0.054 0.132 0.117 0.509 64 R 0.005 0.008 0.587 0.058 0.104 0.049 0.091 0.099 65 G 0.004 0.006 0.502 0.041 0.079 0.054 0.074 0.240 66 I 0.005 0.002 0.716 0.086 0.060 0.030 0.044 0.058 67 D 0.016 0.008 0.469 0.053 0.101 0.073 0.138 0.143 68 I 0.034 0.012 0.348 0.034 0.063 0.157 0.106 0.246 69 G 0.039 0.021 0.253 0.029 0.058 0.147 0.107 0.346 70 T 0.051 0.040 0.160 0.018 0.042 0.148 0.113 0.428 71 G 0.063 0.082 0.117 0.036 0.071 0.138 0.159 0.335 72 A 0.060 0.185 0.067 0.025 0.061 0.129 0.111 0.361 73 S 0.053 0.225 0.063 0.028 0.042 0.117 0.117 0.355 74 C 0.013 0.338 0.098 0.040 0.043 0.084 0.127 0.255 75 I 0.022 0.799 0.014 0.007 0.010 0.022 0.049 0.077 76 Y 0.036 0.866 0.013 0.004 0.004 0.006 0.056 0.015 77 P 0.044 0.869 0.009 0.003 0.004 0.009 0.030 0.032 78 L 0.045 0.097 0.024 0.004 0.005 0.014 0.753 0.059 79 L 0.105 0.270 0.023 0.013 0.011 0.038 0.415 0.125 80 G 0.195 0.082 0.018 0.008 0.015 0.063 0.136 0.484 81 A 0.016 0.014 0.022 0.019 0.015 0.085 0.100 0.728 82 T 0.137 0.010 0.018 0.007 0.017 0.092 0.078 0.641 83 L 0.402 0.003 0.014 0.003 0.003 0.095 0.065 0.414 84 N 0.045 0.002 0.043 0.005 0.012 0.190 0.021 0.681 85 G 0.004 0.001 0.071 0.003 0.017 0.140 0.024 0.741 86 W 0.001 0.001 0.459 0.049 0.071 0.112 0.055 0.253 87 Y 0.001 0.001 0.828 0.043 0.044 0.011 0.041 0.033 88 F 0.001 0.001 0.639 0.108 0.083 0.013 0.062 0.093 89 L 0.001 0.001 0.863 0.052 0.047 0.005 0.013 0.018 90 A 0.006 0.003 0.596 0.087 0.136 0.025 0.046 0.100 91 T 0.013 0.023 0.467 0.060 0.082 0.072 0.043 0.239 92 E 0.042 0.158 0.148 0.052 0.063 0.142 0.061 0.333 93 V 0.039 0.460 0.035 0.007 0.009 0.076 0.072 0.302 94 D 0.080 0.818 0.002 0.001 0.001 0.006 0.071 0.022 95 D 0.027 0.243 0.005 0.001 0.001 0.008 0.690 0.025 96 M 0.005 0.887 0.002 0.001 0.001 0.007 0.066 0.031 97 C 0.013 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.009 98 F 0.007 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.009 99 N 0.010 0.950 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.021 100 Y 0.035 0.487 0.014 0.001 0.001 0.010 0.422 0.030 101 A 0.027 0.895 0.006 0.001 0.001 0.005 0.055 0.010 102 K 0.037 0.830 0.013 0.001 0.001 0.008 0.022 0.088 103 K 0.007 0.821 0.018 0.001 0.001 0.011 0.011 0.130 104 N 0.132 0.410 0.119 0.003 0.003 0.024 0.226 0.085 105 V 0.259 0.120 0.093 0.008 0.002 0.053 0.284 0.180 106 E 0.530 0.046 0.014 0.001 0.001 0.030 0.036 0.342 107 Q 0.121 0.006 0.007 0.001 0.001 0.049 0.044 0.770 108 N 0.005 0.003 0.010 0.002 0.004 0.119 0.030 0.827 109 N 0.028 0.007 0.010 0.002 0.003 0.083 0.027 0.840 110 L 0.402 0.021 0.009 0.010 0.007 0.079 0.034 0.437 111 S 0.157 0.017 0.021 0.005 0.013 0.102 0.044 0.641 112 D 0.015 0.013 0.066 0.017 0.058 0.134 0.034 0.663 113 L 0.008 0.006 0.180 0.042 0.113 0.100 0.054 0.497 114 I 0.013 0.007 0.226 0.159 0.126 0.065 0.067 0.338 115 K 0.018 0.005 0.312 0.147 0.254 0.043 0.045 0.176 116 V 0.021 0.003 0.205 0.157 0.209 0.051 0.043 0.311 117 V 0.003 0.002 0.183 0.205 0.291 0.052 0.023 0.241 118 K 0.016 0.006 0.065 0.071 0.143 0.075 0.025 0.598 119 V 0.047 0.023 0.045 0.128 0.080 0.116 0.077 0.484 120 P 0.038 0.081 0.019 0.020 0.021 0.088 0.029 0.705 121 Q 0.183 0.542 0.005 0.006 0.008 0.030 0.043 0.181 122 A 0.078 0.682 0.007 0.005 0.006 0.026 0.040 0.156 123 T 0.047 0.723 0.009 0.006 0.007 0.025 0.049 0.134 124 L 0.050 0.688 0.018 0.011 0.009 0.036 0.041 0.146 125 L 0.101 0.670 0.022 0.006 0.010 0.029 0.062 0.101 126 M 0.271 0.488 0.020 0.005 0.006 0.021 0.070 0.120 127 D 0.136 0.287 0.025 0.010 0.008 0.046 0.082 0.405 128 A 0.086 0.246 0.015 0.004 0.005 0.048 0.030 0.565 129 L 0.211 0.112 0.017 0.005 0.005 0.076 0.085 0.488 130 K 0.060 0.052 0.025 0.009 0.006 0.087 0.112 0.650 131 E 0.128 0.038 0.008 0.002 0.002 0.060 0.048 0.713 132 E 0.485 0.029 0.012 0.003 0.002 0.050 0.082 0.336 133 S 0.099 0.017 0.011 0.003 0.006 0.090 0.049 0.725 134 E 0.010 0.003 0.024 0.002 0.007 0.109 0.051 0.793 135 I 0.007 0.006 0.152 0.032 0.041 0.217 0.091 0.455 136 I 0.007 0.004 0.210 0.028 0.039 0.175 0.091 0.447 137 Y 0.002 0.002 0.396 0.046 0.050 0.112 0.090 0.301 138 D 0.001 0.001 0.817 0.028 0.046 0.016 0.062 0.030 139 F 0.001 0.001 0.747 0.032 0.050 0.013 0.105 0.051 140 C 0.001 0.001 0.892 0.034 0.028 0.006 0.021 0.016 141 M 0.005 0.002 0.798 0.036 0.050 0.027 0.040 0.041 142 C 0.009 0.008 0.550 0.034 0.064 0.114 0.065 0.155 143 N 0.075 0.050 0.161 0.017 0.043 0.198 0.099 0.357 144 P 0.173 0.076 0.060 0.008 0.015 0.197 0.106 0.367 145 P 0.038 0.060 0.099 0.017 0.027 0.154 0.201 0.403 146 F 0.075 0.141 0.057 0.012 0.025 0.119 0.192 0.379 147 F 0.296 0.179 0.040 0.018 0.022 0.096 0.094 0.255 148 A 0.066 0.110 0.029 0.017 0.022 0.104 0.050 0.603 149 N 0.063 0.260 0.014 0.006 0.012 0.067 0.048 0.530 150 Q 0.134 0.376 0.021 0.010 0.010 0.074 0.052 0.323 151 L 0.087 0.231 0.035 0.015 0.014 0.083 0.072 0.463 152 E 0.192 0.354 0.012 0.006 0.007 0.046 0.070 0.314 153 A 0.124 0.216 0.016 0.007 0.009 0.069 0.212 0.347 154 K 0.045 0.151 0.026 0.014 0.021 0.089 0.174 0.478 155 G 0.064 0.115 0.026 0.020 0.033 0.102 0.114 0.526 156 V 0.074 0.052 0.038 0.024 0.030 0.142 0.104 0.534 157 N 0.229 0.060 0.028 0.021 0.031 0.099 0.122 0.410 158 S 0.052 0.022 0.018 0.012 0.021 0.110 0.066 0.698 159 R 0.059 0.010 0.021 0.012 0.022 0.115 0.035 0.727 160 N 0.264 0.010 0.019 0.026 0.033 0.108 0.076 0.463 161 P 0.031 0.002 0.014 0.011 0.018 0.110 0.018 0.798 162 R 0.019 0.002 0.030 0.021 0.046 0.118 0.019 0.745 163 R 0.010 0.001 0.018 0.017 0.023 0.125 0.026 0.780 164 P 0.028 0.003 0.041 0.021 0.021 0.166 0.034 0.686 165 P 0.154 0.013 0.026 0.014 0.017 0.129 0.055 0.591 166 P 0.073 0.015 0.020 0.008 0.012 0.103 0.067 0.702 167 S 0.040 0.024 0.106 0.024 0.052 0.116 0.209 0.430 168 S 0.037 0.039 0.077 0.030 0.056 0.132 0.133 0.496 169 V 0.018 0.033 0.154 0.063 0.066 0.140 0.055 0.471 170 N 0.115 0.134 0.058 0.013 0.027 0.103 0.073 0.477 171 T 0.078 0.069 0.017 0.006 0.008 0.049 0.644 0.129 172 G 0.023 0.271 0.033 0.011 0.017 0.112 0.153 0.380 173 G 0.044 0.687 0.014 0.005 0.016 0.041 0.034 0.158 174 I 0.024 0.878 0.007 0.010 0.009 0.011 0.013 0.049 175 T 0.020 0.872 0.016 0.006 0.017 0.009 0.011 0.048 176 E 0.065 0.688 0.026 0.021 0.016 0.024 0.042 0.117 177 I 0.047 0.057 0.386 0.053 0.031 0.041 0.290 0.095 178 M 0.379 0.033 0.078 0.013 0.016 0.066 0.095 0.320 179 A 0.820 0.004 0.009 0.001 0.001 0.014 0.018 0.132 180 E 0.014 0.006 0.004 0.001 0.002 0.046 0.005 0.922 181 G 0.002 0.005 0.003 0.001 0.005 0.050 0.002 0.931 182 G 0.018 0.074 0.022 0.058 0.041 0.135 0.043 0.609 183 E 0.051 0.581 0.019 0.039 0.023 0.044 0.041 0.203 184 L 0.064 0.680 0.025 0.015 0.014 0.016 0.047 0.139 185 E 0.016 0.657 0.046 0.044 0.034 0.020 0.080 0.102 186 F 0.025 0.810 0.027 0.009 0.012 0.010 0.053 0.054 187 V 0.026 0.871 0.012 0.006 0.007 0.006 0.048 0.024 188 K 0.034 0.780 0.018 0.009 0.009 0.009 0.080 0.061 189 R 0.044 0.614 0.017 0.009 0.009 0.028 0.110 0.170 190 I 0.062 0.508 0.030 0.008 0.007 0.035 0.205 0.144 191 I 0.120 0.593 0.010 0.003 0.003 0.028 0.105 0.138 192 H 0.062 0.509 0.012 0.003 0.003 0.034 0.063 0.315 193 D 0.032 0.708 0.004 0.001 0.002 0.021 0.031 0.202 194 S 0.080 0.693 0.011 0.001 0.002 0.022 0.096 0.096 195 L 0.076 0.705 0.010 0.003 0.002 0.027 0.058 0.119 196 Q 0.102 0.477 0.022 0.004 0.004 0.034 0.088 0.269 197 L 0.093 0.349 0.037 0.006 0.007 0.063 0.130 0.314 198 G 0.179 0.171 0.052 0.006 0.009 0.074 0.160 0.348 199 K 0.241 0.104 0.016 0.006 0.006 0.058 0.054 0.515 200 R 0.038 0.071 0.015 0.004 0.009 0.082 0.034 0.748 201 L 0.013 0.060 0.056 0.015 0.050 0.167 0.080 0.559 202 R 0.014 0.099 0.108 0.077 0.154 0.104 0.160 0.284 203 W 0.020 0.127 0.131 0.129 0.132 0.063 0.081 0.318 204 Y 0.027 0.135 0.150 0.187 0.219 0.042 0.070 0.171 205 S 0.021 0.078 0.162 0.141 0.222 0.045 0.120 0.210 206 C 0.049 0.086 0.121 0.186 0.193 0.063 0.059 0.244 207 M 0.072 0.084 0.079 0.142 0.175 0.067 0.063 0.318 208 L 0.046 0.067 0.035 0.052 0.094 0.096 0.063 0.547 209 G 0.076 0.045 0.049 0.074 0.086 0.080 0.144 0.446 210 K 0.118 0.059 0.015 0.051 0.050 0.077 0.119 0.510 211 A 0.194 0.048 0.013 0.015 0.024 0.073 0.045 0.588 212 C 0.038 0.026 0.011 0.026 0.027 0.118 0.051 0.703 213 S 0.017 0.210 0.005 0.006 0.011 0.063 0.025 0.664 214 L 0.030 0.760 0.002 0.002 0.003 0.025 0.014 0.165 215 A 0.013 0.874 0.006 0.007 0.003 0.012 0.034 0.050 216 P 0.009 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.010 217 L 0.013 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 218 K 0.006 0.967 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 219 E 0.005 0.968 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 220 E 0.082 0.756 0.035 0.005 0.004 0.011 0.061 0.047 221 L 0.232 0.043 0.236 0.017 0.006 0.023 0.354 0.089 222 R 0.731 0.008 0.005 0.001 0.001 0.012 0.016 0.225 223 I 0.124 0.001 0.003 0.001 0.001 0.025 0.005 0.842 224 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.102 0.003 0.884 225 G 0.012 0.001 0.003 0.001 0.003 0.044 0.007 0.929 226 V 0.136 0.006 0.013 0.014 0.006 0.098 0.075 0.651 227 P 0.050 0.012 0.077 0.023 0.031 0.119 0.053 0.634 228 K 0.027 0.005 0.063 0.022 0.080 0.066 0.080 0.657 229 V 0.008 0.005 0.140 0.073 0.083 0.091 0.046 0.554 230 T 0.008 0.015 0.215 0.139 0.176 0.075 0.033 0.339 231 Y 0.012 0.019 0.069 0.066 0.079 0.071 0.024 0.660 232 T 0.124 0.093 0.120 0.128 0.093 0.061 0.126 0.256 233 E 0.096 0.055 0.086 0.083 0.086 0.081 0.103 0.411 234 F 0.290 0.037 0.031 0.029 0.046 0.083 0.059 0.426 235 C 0.166 0.019 0.019 0.036 0.035 0.081 0.102 0.542 236 Q 0.018 0.021 0.009 0.012 0.047 0.118 0.032 0.742 237 G 0.040 0.056 0.013 0.021 0.068 0.089 0.048 0.665 238 R 0.060 0.138 0.019 0.132 0.137 0.102 0.050 0.362 239 T 0.019 0.199 0.034 0.077 0.235 0.060 0.046 0.329 240 M 0.006 0.109 0.042 0.173 0.432 0.041 0.055 0.142 241 R 0.004 0.079 0.065 0.282 0.430 0.016 0.074 0.050 242 W 0.010 0.116 0.049 0.340 0.354 0.015 0.058 0.058 243 A 0.008 0.043 0.084 0.295 0.416 0.016 0.079 0.059 244 L 0.009 0.038 0.075 0.305 0.366 0.025 0.105 0.078 245 A 0.055 0.070 0.060 0.185 0.302 0.046 0.091 0.191 246 W 0.095 0.029 0.030 0.161 0.205 0.060 0.070 0.350 247 S 0.060 0.016 0.014 0.063 0.098 0.094 0.063 0.592 248 F 0.055 0.010 0.011 0.026 0.045 0.111 0.058 0.683 249 Y 0.047 0.008 0.011 0.029 0.037 0.131 0.047 0.692 250 D 0.059 0.010 0.008 0.016 0.026 0.087 0.039 0.755