# TARGET T0293 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2149 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.049 0.019 0.065 0.047 0.099 0.100 0.005 0.616 2 S 0.036 0.042 0.063 0.058 0.117 0.137 0.007 0.540 3 L 0.082 0.063 0.051 0.044 0.077 0.122 0.012 0.549 4 N 0.141 0.114 0.036 0.036 0.049 0.151 0.017 0.455 5 F 0.273 0.082 0.057 0.029 0.062 0.074 0.018 0.405 6 K 0.166 0.097 0.058 0.040 0.078 0.237 0.040 0.286 7 D 0.158 0.069 0.030 0.043 0.061 0.091 0.014 0.534 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 9 E 0.008 0.004 0.003 0.007 0.023 0.650 0.003 0.301 10 A 0.573 0.014 0.004 0.003 0.004 0.239 0.018 0.144 11 V 0.418 0.190 0.012 0.010 0.013 0.039 0.008 0.310 12 R 0.117 0.216 0.129 0.062 0.059 0.084 0.009 0.325 13 A 0.007 0.029 0.012 0.009 0.014 0.031 0.003 0.897 14 L 0.069 0.147 0.067 0.070 0.232 0.084 0.013 0.317 15 T 0.063 0.208 0.067 0.089 0.116 0.116 0.015 0.327 16 C 0.097 0.172 0.073 0.057 0.105 0.108 0.023 0.365 17 T 0.104 0.384 0.095 0.093 0.085 0.063 0.014 0.163 18 L 0.077 0.302 0.117 0.113 0.136 0.048 0.020 0.187 19 L 0.123 0.167 0.083 0.109 0.185 0.054 0.029 0.251 20 R 0.110 0.124 0.111 0.086 0.175 0.064 0.024 0.306 21 E 0.034 0.075 0.038 0.037 0.070 0.070 0.020 0.656 22 D 0.102 0.079 0.031 0.033 0.056 0.104 0.032 0.562 23 F 0.303 0.063 0.066 0.057 0.066 0.103 0.049 0.293 24 G 0.180 0.043 0.072 0.058 0.062 0.091 0.038 0.456 25 L 0.184 0.023 0.219 0.083 0.141 0.096 0.018 0.234 26 S 0.040 0.018 0.041 0.083 0.105 0.087 0.006 0.620 27 I 0.036 0.010 0.115 0.086 0.154 0.056 0.007 0.536 28 D 0.043 0.014 0.065 0.106 0.139 0.187 0.010 0.435 29 I 0.090 0.014 0.106 0.103 0.158 0.079 0.010 0.441 30 P 0.002 0.002 0.005 0.008 0.016 0.030 0.001 0.937 31 L 0.011 0.006 0.015 0.016 0.048 0.082 0.004 0.819 32 E 0.096 0.035 0.022 0.032 0.030 0.185 0.016 0.584 33 R 0.392 0.034 0.029 0.028 0.045 0.114 0.027 0.331 34 L 0.215 0.119 0.118 0.084 0.134 0.070 0.020 0.241 35 I 0.070 0.067 0.091 0.190 0.229 0.052 0.009 0.292 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 37 T 0.024 0.016 0.031 0.060 0.185 0.112 0.014 0.559 38 V 0.317 0.017 0.033 0.047 0.040 0.044 0.015 0.486 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 40 L 0.026 0.015 0.030 0.042 0.086 0.119 0.004 0.678 41 R 0.209 0.039 0.037 0.019 0.030 0.110 0.011 0.545 42 L 0.082 0.052 0.022 0.015 0.022 0.081 0.008 0.719 43 N 0.118 0.082 0.030 0.018 0.021 0.118 0.011 0.602 44 Y 0.187 0.104 0.037 0.017 0.027 0.113 0.016 0.499 45 I 0.078 0.176 0.034 0.025 0.051 0.104 0.010 0.522 46 H 0.031 0.232 0.022 0.022 0.034 0.101 0.006 0.551 47 W 0.056 0.461 0.011 0.013 0.029 0.133 0.008 0.289 48 V 0.052 0.708 0.012 0.007 0.024 0.021 0.006 0.170 49 E 0.018 0.758 0.006 0.004 0.012 0.024 0.005 0.174 50 D 0.045 0.796 0.004 0.003 0.004 0.012 0.013 0.124 51 L 0.090 0.802 0.006 0.003 0.005 0.006 0.018 0.070 52 I 0.046 0.810 0.014 0.007 0.012 0.011 0.014 0.086 53 G 0.102 0.595 0.021 0.009 0.016 0.021 0.030 0.207 54 H 0.212 0.425 0.045 0.010 0.014 0.022 0.035 0.236 55 Q 0.135 0.289 0.046 0.012 0.015 0.067 0.042 0.395 56 D 0.133 0.165 0.064 0.015 0.017 0.066 0.033 0.507 57 S 0.171 0.092 0.067 0.017 0.022 0.092 0.020 0.519 58 D 0.055 0.043 0.030 0.010 0.016 0.173 0.011 0.661 59 K 0.097 0.047 0.031 0.009 0.020 0.127 0.010 0.658 60 S 0.059 0.059 0.022 0.010 0.017 0.458 0.009 0.366 61 T 0.102 0.067 0.015 0.010 0.015 0.215 0.016 0.561 62 L 0.154 0.131 0.044 0.016 0.025 0.168 0.022 0.441 63 R 0.174 0.117 0.107 0.053 0.048 0.205 0.025 0.270 64 R 0.117 0.070 0.190 0.061 0.094 0.130 0.021 0.318 65 G 0.092 0.040 0.301 0.077 0.172 0.067 0.013 0.237 66 I 0.010 0.024 0.648 0.122 0.096 0.020 0.004 0.075 67 D 0.009 0.027 0.357 0.094 0.158 0.081 0.009 0.265 68 I 0.011 0.020 0.669 0.051 0.093 0.026 0.005 0.124 69 G 0.014 0.021 0.226 0.047 0.071 0.384 0.010 0.226 70 T 0.039 0.019 0.198 0.024 0.037 0.140 0.014 0.530 71 G 0.024 0.095 0.232 0.034 0.041 0.136 0.013 0.426 72 A 0.090 0.024 0.063 0.011 0.023 0.208 0.016 0.566 73 S 0.064 0.081 0.082 0.033 0.033 0.140 0.018 0.549 74 C 0.138 0.086 0.056 0.021 0.042 0.137 0.013 0.507 75 I 0.045 0.282 0.127 0.046 0.051 0.112 0.013 0.323 76 Y 0.064 0.229 0.041 0.025 0.075 0.085 0.010 0.471 77 P 0.007 0.096 0.010 0.006 0.015 0.022 0.002 0.842 78 L 0.025 0.576 0.009 0.012 0.034 0.092 0.005 0.246 79 L 0.028 0.880 0.003 0.003 0.008 0.012 0.005 0.062 80 G 0.034 0.908 0.001 0.002 0.005 0.004 0.005 0.039 81 A 0.150 0.752 0.004 0.004 0.003 0.004 0.027 0.056 82 T 0.558 0.279 0.005 0.003 0.002 0.004 0.092 0.055 83 L 0.145 0.526 0.122 0.017 0.021 0.010 0.057 0.102 84 N 0.027 0.142 0.044 0.026 0.033 0.040 0.035 0.653 85 G 0.106 0.044 0.095 0.025 0.022 0.077 0.084 0.545 86 W 0.377 0.016 0.237 0.035 0.023 0.094 0.029 0.188 87 Y 0.021 0.003 0.665 0.098 0.061 0.046 0.005 0.100 88 F 0.004 0.001 0.354 0.080 0.106 0.026 0.001 0.428 89 L 0.001 0.001 0.845 0.085 0.054 0.003 0.001 0.013 90 A 0.002 0.001 0.452 0.133 0.168 0.015 0.001 0.230 91 T 0.001 0.001 0.762 0.038 0.132 0.011 0.001 0.056 92 E 0.003 0.003 0.367 0.110 0.107 0.132 0.002 0.276 93 V 0.025 0.006 0.184 0.025 0.069 0.251 0.004 0.436 94 D 0.026 0.007 0.036 0.008 0.035 0.402 0.004 0.482 95 D 0.014 0.016 0.007 0.001 0.006 0.041 0.002 0.912 96 M 0.012 0.025 0.001 0.001 0.001 0.350 0.002 0.609 97 C 0.045 0.245 0.001 0.001 0.001 0.440 0.005 0.261 98 F 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 99 N 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 100 Y 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 101 A 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 102 K 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 103 K 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 104 N 0.013 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 105 V 0.014 0.958 0.006 0.001 0.002 0.001 0.004 0.015 106 E 0.012 0.922 0.007 0.002 0.005 0.016 0.006 0.030 107 Q 0.059 0.883 0.003 0.002 0.002 0.011 0.016 0.025 108 N 0.116 0.830 0.005 0.002 0.001 0.002 0.027 0.018 109 N 0.551 0.138 0.019 0.006 0.003 0.013 0.156 0.115 110 L 0.202 0.101 0.367 0.026 0.037 0.068 0.041 0.157 111 S 0.036 0.053 0.031 0.024 0.059 0.225 0.026 0.548 112 D 0.100 0.063 0.064 0.054 0.040 0.097 0.049 0.533 113 L 0.422 0.011 0.103 0.028 0.046 0.228 0.033 0.129 114 I 0.102 0.009 0.247 0.193 0.144 0.108 0.011 0.185 115 K 0.004 0.001 0.255 0.408 0.303 0.009 0.001 0.018 116 V 0.002 0.001 0.043 0.140 0.249 0.012 0.001 0.554 117 V 0.001 0.001 0.341 0.275 0.367 0.003 0.001 0.013 118 K 0.003 0.001 0.133 0.212 0.287 0.026 0.001 0.336 119 V 0.004 0.001 0.351 0.159 0.344 0.017 0.001 0.123 120 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 121 Q 0.005 0.001 0.016 0.011 0.056 0.093 0.002 0.816 122 A 0.097 0.003 0.010 0.003 0.008 0.143 0.006 0.730 123 T 0.186 0.026 0.010 0.006 0.006 0.163 0.012 0.592 124 L 0.253 0.147 0.023 0.007 0.010 0.170 0.008 0.382 125 L 0.097 0.536 0.029 0.009 0.021 0.103 0.008 0.199 126 M 0.064 0.631 0.021 0.009 0.031 0.073 0.010 0.160 127 D 0.070 0.661 0.008 0.005 0.010 0.052 0.012 0.182 128 A 0.121 0.668 0.008 0.003 0.005 0.037 0.019 0.138 129 L 0.105 0.743 0.009 0.005 0.008 0.018 0.017 0.095 130 K 0.096 0.579 0.020 0.010 0.017 0.045 0.026 0.207 131 E 0.109 0.416 0.019 0.009 0.016 0.031 0.023 0.378 132 E 0.162 0.418 0.026 0.009 0.020 0.044 0.028 0.292 133 S 0.054 0.179 0.014 0.007 0.009 0.073 0.029 0.635 134 E 0.170 0.161 0.040 0.020 0.015 0.072 0.086 0.436 135 I 0.605 0.033 0.046 0.021 0.015 0.103 0.048 0.128 136 I 0.083 0.011 0.144 0.037 0.038 0.088 0.016 0.583 137 Y 0.018 0.006 0.368 0.129 0.141 0.080 0.006 0.253 138 D 0.007 0.001 0.600 0.164 0.132 0.029 0.002 0.064 139 F 0.002 0.001 0.635 0.096 0.164 0.014 0.001 0.088 140 C 0.001 0.001 0.853 0.061 0.072 0.003 0.001 0.009 141 M 0.001 0.001 0.835 0.061 0.057 0.012 0.001 0.032 142 C 0.002 0.001 0.754 0.050 0.085 0.017 0.001 0.090 143 N 0.003 0.001 0.489 0.042 0.119 0.075 0.002 0.269 144 P 0.001 0.001 0.013 0.001 0.004 0.016 0.001 0.965 145 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.036 0.001 0.954 146 F 0.095 0.011 0.030 0.015 0.033 0.273 0.009 0.535 147 F 0.131 0.196 0.068 0.033 0.045 0.078 0.010 0.438 148 A 0.065 0.242 0.044 0.021 0.041 0.083 0.009 0.495 149 N 0.200 0.176 0.016 0.010 0.015 0.132 0.019 0.433 150 Q 0.200 0.351 0.026 0.008 0.020 0.052 0.015 0.329 151 L 0.042 0.311 0.014 0.006 0.014 0.127 0.012 0.473 152 E 0.068 0.332 0.008 0.004 0.009 0.264 0.018 0.296 153 A 0.078 0.744 0.006 0.003 0.005 0.016 0.007 0.141 154 K 0.053 0.630 0.012 0.005 0.008 0.040 0.018 0.234 155 G 0.188 0.410 0.019 0.009 0.009 0.060 0.036 0.269 156 V 0.278 0.501 0.026 0.008 0.015 0.034 0.018 0.120 157 N 0.164 0.429 0.030 0.019 0.038 0.046 0.026 0.248 158 S 0.154 0.234 0.051 0.018 0.031 0.050 0.030 0.433 159 R 0.148 0.136 0.044 0.014 0.021 0.100 0.049 0.489 160 N 0.239 0.087 0.032 0.023 0.027 0.084 0.030 0.477 161 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 162 R 0.033 0.018 0.033 0.036 0.061 0.281 0.016 0.522 163 R 0.174 0.012 0.032 0.016 0.021 0.042 0.015 0.687 164 P 0.004 0.001 0.003 0.003 0.004 0.005 0.001 0.979 165 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.007 0.001 0.984 166 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 167 S 0.040 0.004 0.024 0.034 0.067 0.123 0.006 0.703 168 S 0.756 0.002 0.010 0.004 0.005 0.017 0.007 0.199 169 V 0.200 0.015 0.193 0.030 0.033 0.068 0.005 0.458 170 N 0.064 0.023 0.101 0.051 0.085 0.190 0.006 0.481 171 T 0.052 0.032 0.090 0.031 0.074 0.065 0.006 0.651 172 G 0.029 0.026 0.037 0.021 0.048 0.155 0.006 0.678 173 G 0.078 0.034 0.018 0.015 0.023 0.246 0.012 0.574 174 I 0.177 0.148 0.029 0.024 0.067 0.160 0.013 0.382 175 T 0.041 0.265 0.015 0.037 0.079 0.136 0.009 0.418 176 E 0.055 0.341 0.013 0.036 0.055 0.124 0.013 0.364 177 I 0.080 0.609 0.018 0.042 0.042 0.037 0.014 0.157 178 M 0.088 0.655 0.018 0.052 0.061 0.015 0.016 0.094 179 A 0.062 0.450 0.058 0.081 0.125 0.032 0.027 0.166 180 E 0.051 0.198 0.026 0.021 0.037 0.058 0.031 0.577 181 G 0.148 0.136 0.014 0.012 0.008 0.040 0.108 0.535 182 G 0.604 0.033 0.023 0.011 0.003 0.023 0.122 0.181 183 E 0.091 0.009 0.140 0.011 0.022 0.180 0.008 0.539 184 L 0.015 0.011 0.024 0.043 0.111 0.089 0.001 0.706 185 E 0.033 0.045 0.032 0.069 0.133 0.228 0.003 0.457 186 F 0.067 0.128 0.020 0.035 0.070 0.178 0.004 0.498 187 V 0.039 0.609 0.024 0.031 0.072 0.042 0.003 0.179 188 K 0.014 0.787 0.007 0.016 0.033 0.024 0.004 0.115 189 R 0.027 0.837 0.005 0.007 0.009 0.015 0.008 0.093 190 I 0.077 0.815 0.005 0.003 0.005 0.013 0.014 0.068 191 I 0.054 0.838 0.012 0.003 0.007 0.011 0.011 0.063 192 H 0.020 0.817 0.011 0.002 0.005 0.018 0.007 0.120 193 D 0.039 0.745 0.005 0.001 0.002 0.024 0.010 0.174 194 S 0.041 0.860 0.004 0.001 0.002 0.008 0.007 0.077 195 L 0.014 0.906 0.005 0.001 0.002 0.006 0.005 0.060 196 Q 0.037 0.846 0.004 0.002 0.002 0.019 0.012 0.077 197 L 0.085 0.845 0.007 0.002 0.002 0.007 0.014 0.038 198 G 0.162 0.739 0.006 0.003 0.003 0.006 0.026 0.054 199 K 0.166 0.495 0.082 0.013 0.012 0.036 0.056 0.139 200 R 0.103 0.392 0.050 0.013 0.014 0.049 0.039 0.340 201 L 0.152 0.266 0.107 0.026 0.030 0.051 0.050 0.318 202 R 0.134 0.138 0.153 0.056 0.038 0.077 0.050 0.354 203 W 0.044 0.045 0.297 0.042 0.048 0.067 0.013 0.445 204 Y 0.045 0.036 0.279 0.188 0.204 0.076 0.008 0.164 205 S 0.021 0.033 0.152 0.142 0.204 0.045 0.004 0.399 206 C 0.012 0.032 0.228 0.219 0.312 0.040 0.005 0.152 207 M 0.033 0.049 0.137 0.200 0.251 0.096 0.008 0.227 208 L 0.048 0.054 0.110 0.139 0.250 0.051 0.012 0.335 209 G 0.064 0.056 0.083 0.134 0.195 0.068 0.017 0.383 210 K 0.101 0.035 0.059 0.043 0.073 0.114 0.023 0.551 211 A 0.107 0.052 0.033 0.029 0.061 0.086 0.013 0.618 212 C 0.095 0.047 0.019 0.022 0.034 0.106 0.015 0.661 213 S 0.102 0.033 0.017 0.009 0.011 0.145 0.019 0.664 214 L 0.197 0.058 0.037 0.008 0.018 0.087 0.015 0.581 215 A 0.016 0.037 0.007 0.004 0.006 0.101 0.002 0.826 216 P 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.969 217 L 0.019 0.562 0.007 0.006 0.014 0.082 0.002 0.308 218 K 0.010 0.846 0.004 0.002 0.005 0.012 0.002 0.119 219 E 0.008 0.877 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.100 220 E 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 221 L 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 222 R 0.008 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 223 I 0.012 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 224 Q 0.063 0.860 0.004 0.002 0.001 0.001 0.052 0.017 225 G 0.500 0.075 0.012 0.004 0.002 0.003 0.320 0.085 226 V 0.132 0.025 0.616 0.021 0.014 0.029 0.019 0.143 227 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 228 K 0.004 0.002 0.041 0.018 0.044 0.049 0.002 0.840 229 V 0.187 0.006 0.224 0.050 0.062 0.073 0.007 0.392 230 T 0.037 0.007 0.429 0.186 0.092 0.035 0.003 0.210 231 Y 0.008 0.004 0.065 0.053 0.087 0.020 0.001 0.762 232 T 0.012 0.008 0.257 0.139 0.351 0.043 0.002 0.188 233 E 0.008 0.018 0.042 0.080 0.137 0.085 0.003 0.627 234 F 0.043 0.057 0.055 0.052 0.181 0.134 0.013 0.465 235 C 0.212 0.130 0.032 0.048 0.065 0.152 0.025 0.337 236 Q 0.224 0.145 0.034 0.051 0.050 0.103 0.053 0.339 237 G 0.274 0.063 0.025 0.033 0.037 0.058 0.065 0.445 238 R 0.224 0.053 0.073 0.046 0.060 0.129 0.033 0.383 239 T 0.028 0.039 0.037 0.057 0.064 0.110 0.014 0.651 240 M 0.044 0.035 0.063 0.073 0.131 0.147 0.011 0.497 241 R 0.053 0.056 0.146 0.219 0.208 0.123 0.008 0.186 242 W 0.023 0.061 0.186 0.257 0.263 0.042 0.005 0.162 243 A 0.012 0.040 0.150 0.245 0.393 0.029 0.003 0.127 244 L 0.010 0.071 0.103 0.307 0.411 0.025 0.003 0.070 245 A 0.021 0.103 0.081 0.205 0.476 0.030 0.007 0.078 246 W 0.059 0.102 0.079 0.155 0.323 0.048 0.018 0.216 247 S 0.131 0.109 0.047 0.109 0.131 0.080 0.041 0.351 248 F 0.268 0.050 0.047 0.038 0.071 0.061 0.043 0.422 249 Y 0.194 0.063 0.050 0.046 0.077 0.167 0.031 0.372 250 D 0.057 0.048 0.030 0.029 0.048 0.117 0.019 0.653