# TARGET T0293 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 417 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.695 0.216 0.064 0.020 0.004 0.001 0.001 2 I 0.375 0.230 0.175 0.151 0.062 0.006 0.001 3 P 0.745 0.195 0.046 0.012 0.002 0.001 0.001 4 L 0.720 0.204 0.052 0.019 0.005 0.001 0.001 5 E 0.438 0.320 0.156 0.066 0.016 0.003 0.001 6 R 0.107 0.195 0.220 0.255 0.156 0.058 0.008 7 L 0.025 0.018 0.046 0.133 0.264 0.393 0.121 8 I 0.030 0.046 0.065 0.123 0.257 0.378 0.100 9 P 0.039 0.064 0.144 0.239 0.238 0.196 0.080 10 T 0.064 0.144 0.182 0.224 0.210 0.137 0.039 11 V 0.141 0.205 0.186 0.223 0.151 0.075 0.020 12 P 0.191 0.218 0.193 0.172 0.123 0.075 0.027 13 L 0.166 0.131 0.142 0.198 0.200 0.135 0.027 14 R 0.221 0.273 0.225 0.162 0.083 0.032 0.005 15 L 0.144 0.233 0.215 0.200 0.127 0.065 0.015 16 N 0.029 0.053 0.090 0.170 0.282 0.296 0.080 17 Y 0.010 0.019 0.029 0.083 0.203 0.461 0.196 18 I 0.018 0.085 0.202 0.307 0.238 0.128 0.023 19 H 0.037 0.119 0.217 0.278 0.220 0.116 0.013 20 W 0.011 0.018 0.027 0.083 0.233 0.473 0.155 21 V 0.006 0.008 0.017 0.075 0.241 0.508 0.146 22 E 0.021 0.153 0.290 0.303 0.165 0.063 0.006 23 D 0.026 0.114 0.203 0.301 0.247 0.100 0.010 24 L 0.007 0.017 0.038 0.121 0.303 0.444 0.070 25 I 0.025 0.066 0.125 0.270 0.314 0.185 0.015 26 G 0.186 0.391 0.216 0.124 0.058 0.022 0.004 27 H 0.239 0.270 0.215 0.165 0.079 0.027 0.004 28 Q 0.163 0.171 0.210 0.230 0.156 0.063 0.006 29 D 0.279 0.240 0.179 0.152 0.103 0.041 0.006 30 S 0.301 0.273 0.185 0.144 0.070 0.024 0.004 31 D 0.277 0.281 0.198 0.153 0.066 0.021 0.003 32 K 0.283 0.222 0.174 0.170 0.113 0.034 0.003 33 S 0.326 0.261 0.176 0.145 0.074 0.016 0.001 34 T 0.301 0.339 0.208 0.115 0.032 0.005 0.001 35 L 0.123 0.363 0.276 0.174 0.057 0.007 0.001 36 R 0.003 0.038 0.129 0.327 0.371 0.129 0.004 37 R 0.001 0.004 0.025 0.147 0.397 0.394 0.033 38 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.067 0.498 0.428 39 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.178 0.811 40 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.079 0.918 41 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.061 0.935 42 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.124 0.863 43 T 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.175 0.793 44 G 0.001 0.001 0.002 0.009 0.035 0.196 0.758 45 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.037 0.220 0.737 46 S 0.001 0.001 0.001 0.005 0.038 0.239 0.717 47 C 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.156 0.814 48 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.113 0.867 49 Y 0.001 0.001 0.002 0.008 0.024 0.169 0.796 50 P 0.001 0.003 0.007 0.025 0.068 0.311 0.584 51 L 0.001 0.003 0.008 0.033 0.111 0.427 0.417 52 L 0.001 0.005 0.012 0.044 0.175 0.485 0.279 53 G 0.002 0.014 0.053 0.174 0.370 0.324 0.064 54 A 0.008 0.081 0.167 0.269 0.298 0.159 0.018 55 T 0.023 0.123 0.242 0.346 0.202 0.061 0.004 56 L 0.046 0.165 0.221 0.292 0.216 0.057 0.002 57 N 0.213 0.423 0.237 0.101 0.023 0.004 0.001 58 G 0.240 0.441 0.226 0.075 0.016 0.002 0.001 59 W 0.007 0.038 0.123 0.316 0.385 0.126 0.005 60 Y 0.007 0.079 0.219 0.350 0.257 0.084 0.005 61 F 0.001 0.001 0.004 0.025 0.147 0.553 0.270 62 L 0.002 0.013 0.042 0.126 0.265 0.401 0.152 63 A 0.001 0.004 0.012 0.041 0.109 0.443 0.389 64 T 0.002 0.008 0.019 0.061 0.168 0.481 0.262 65 E 0.007 0.037 0.078 0.157 0.265 0.353 0.103 66 V 0.005 0.032 0.070 0.197 0.350 0.281 0.066 67 D 0.013 0.111 0.239 0.286 0.228 0.108 0.015 68 D 0.095 0.327 0.277 0.191 0.082 0.025 0.003 69 M 0.021 0.177 0.334 0.285 0.135 0.039 0.008 70 C 0.001 0.003 0.012 0.064 0.325 0.527 0.068 71 F 0.001 0.013 0.064 0.214 0.409 0.272 0.027 72 N 0.013 0.206 0.362 0.287 0.098 0.032 0.002 73 Y 0.001 0.009 0.044 0.188 0.405 0.322 0.032 74 A 0.001 0.001 0.001 0.010 0.095 0.636 0.257 75 K 0.003 0.034 0.159 0.406 0.289 0.103 0.007 76 K 0.016 0.161 0.334 0.318 0.142 0.028 0.001 77 N 0.002 0.011 0.031 0.131 0.366 0.418 0.041 78 V 0.004 0.017 0.069 0.244 0.414 0.237 0.015 79 E 0.154 0.451 0.251 0.111 0.027 0.006 0.001 80 Q 0.141 0.380 0.261 0.161 0.048 0.008 0.001 81 N 0.055 0.158 0.269 0.297 0.174 0.044 0.003 82 N 0.258 0.406 0.213 0.088 0.029 0.005 0.001 83 L 0.086 0.123 0.181 0.323 0.231 0.053 0.004 84 S 0.295 0.352 0.207 0.105 0.033 0.007 0.001 85 D 0.274 0.327 0.202 0.119 0.059 0.018 0.002 86 L 0.069 0.162 0.220 0.267 0.187 0.085 0.011 87 I 0.027 0.052 0.111 0.251 0.339 0.200 0.020 88 K 0.086 0.223 0.258 0.224 0.135 0.063 0.010 89 V 0.029 0.060 0.104 0.199 0.279 0.280 0.050 90 V 0.026 0.051 0.103 0.224 0.313 0.244 0.039 91 K 0.086 0.171 0.217 0.228 0.181 0.102 0.016 92 V 0.150 0.190 0.192 0.212 0.156 0.085 0.015 93 P 0.188 0.230 0.211 0.176 0.113 0.069 0.012 94 Q 0.079 0.111 0.149 0.218 0.246 0.171 0.024 95 A 0.160 0.203 0.199 0.204 0.149 0.076 0.010 96 T 0.295 0.246 0.167 0.135 0.092 0.057 0.008 97 L 0.257 0.197 0.162 0.166 0.130 0.077 0.010 98 L 0.303 0.206 0.154 0.154 0.115 0.060 0.008 99 M 0.321 0.188 0.157 0.156 0.113 0.058 0.008 100 D 0.401 0.234 0.147 0.113 0.069 0.032 0.004 101 A 0.483 0.241 0.124 0.085 0.044 0.019 0.002 102 L 0.444 0.224 0.142 0.109 0.055 0.022 0.004 103 K 0.396 0.237 0.155 0.120 0.063 0.026 0.004 104 E 0.400 0.264 0.158 0.110 0.050 0.016 0.002 105 E 0.421 0.267 0.153 0.104 0.045 0.010 0.001 106 S 0.410 0.269 0.163 0.115 0.037 0.006 0.001 107 E 0.399 0.319 0.155 0.088 0.034 0.005 0.001 108 I 0.143 0.351 0.258 0.183 0.058 0.007 0.001 109 I 0.013 0.180 0.368 0.328 0.099 0.012 0.001 110 Y 0.001 0.002 0.009 0.064 0.346 0.539 0.040 111 D 0.001 0.004 0.027 0.144 0.387 0.391 0.046 112 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.036 0.409 0.550 113 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.161 0.831 114 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.133 0.857 115 C 0.001 0.001 0.001 0.006 0.037 0.298 0.657 116 N 0.001 0.003 0.014 0.051 0.181 0.455 0.296 117 P 0.002 0.012 0.046 0.133 0.275 0.376 0.157 118 P 0.024 0.079 0.151 0.230 0.283 0.194 0.039 119 F 0.043 0.119 0.219 0.292 0.225 0.092 0.010 120 F 0.065 0.146 0.222 0.281 0.209 0.072 0.005 121 A 0.293 0.266 0.209 0.141 0.067 0.022 0.001 122 N 0.503 0.241 0.129 0.079 0.034 0.012 0.001 123 Q 0.555 0.222 0.120 0.064 0.027 0.010 0.001 124 L 0.571 0.220 0.110 0.060 0.027 0.010 0.001 125 E 0.564 0.230 0.111 0.058 0.026 0.009 0.001 126 A 0.494 0.238 0.143 0.085 0.031 0.008 0.001 127 K 0.557 0.247 0.111 0.060 0.020 0.004 0.001 128 G 0.406 0.288 0.169 0.097 0.034 0.007 0.001 129 V 0.487 0.271 0.140 0.074 0.024 0.004 0.001 130 N 0.519 0.243 0.126 0.075 0.029 0.007 0.001 131 S 0.458 0.237 0.142 0.101 0.046 0.014 0.001 132 R 0.379 0.227 0.153 0.133 0.078 0.028 0.002 133 N 0.374 0.240 0.167 0.128 0.066 0.023 0.002 134 P 0.333 0.224 0.165 0.151 0.090 0.034 0.003 135 R 0.422 0.249 0.149 0.106 0.053 0.019 0.002 136 R 0.432 0.241 0.148 0.108 0.052 0.017 0.002 137 P 0.441 0.228 0.148 0.106 0.056 0.018 0.002 138 P 0.392 0.227 0.150 0.127 0.073 0.027 0.003 139 P 0.436 0.264 0.155 0.092 0.039 0.013 0.001 140 S 0.309 0.268 0.188 0.141 0.070 0.023 0.002 141 S 0.126 0.135 0.152 0.224 0.229 0.118 0.016 142 V 0.118 0.158 0.213 0.255 0.180 0.067 0.008 143 N 0.257 0.296 0.203 0.150 0.069 0.022 0.003 144 T 0.228 0.229 0.190 0.188 0.117 0.041 0.007 145 G 0.234 0.240 0.203 0.166 0.106 0.043 0.008 146 G 0.116 0.238 0.244 0.219 0.126 0.050 0.007 147 I 0.025 0.079 0.152 0.262 0.288 0.169 0.025 148 T 0.014 0.039 0.066 0.150 0.270 0.362 0.098 149 E 0.009 0.020 0.049 0.127 0.237 0.399 0.159 150 I 0.004 0.005 0.011 0.040 0.127 0.493 0.321 151 M 0.009 0.020 0.042 0.102 0.238 0.430 0.159 152 A 0.019 0.050 0.103 0.211 0.304 0.254 0.059 153 E 0.067 0.215 0.271 0.264 0.129 0.047 0.008 154 G 0.230 0.319 0.214 0.141 0.071 0.022 0.004 155 G 0.266 0.360 0.208 0.104 0.042 0.016 0.004 156 E 0.062 0.145 0.214 0.272 0.201 0.095 0.011 157 L 0.011 0.047 0.125 0.244 0.361 0.197 0.015 158 E 0.056 0.228 0.285 0.244 0.133 0.051 0.004 159 F 0.012 0.061 0.157 0.309 0.295 0.151 0.015 160 V 0.003 0.005 0.009 0.039 0.208 0.595 0.142 161 K 0.007 0.053 0.171 0.341 0.294 0.124 0.010 162 R 0.025 0.196 0.329 0.268 0.128 0.049 0.005 163 I 0.004 0.012 0.032 0.129 0.343 0.425 0.055 164 I 0.002 0.008 0.030 0.132 0.354 0.429 0.045 165 H 0.072 0.346 0.309 0.185 0.065 0.020 0.003 166 D 0.101 0.247 0.257 0.232 0.125 0.034 0.003 167 S 0.019 0.049 0.096 0.223 0.344 0.245 0.025 168 L 0.132 0.261 0.255 0.220 0.105 0.026 0.002 169 Q 0.319 0.372 0.174 0.096 0.031 0.007 0.001 170 L 0.155 0.241 0.232 0.218 0.116 0.036 0.003 171 G 0.163 0.165 0.188 0.245 0.183 0.052 0.003 172 K 0.387 0.308 0.170 0.091 0.034 0.009 0.001 173 R 0.439 0.317 0.148 0.072 0.019 0.004 0.001 174 L 0.087 0.194 0.242 0.263 0.158 0.052 0.004 175 R 0.036 0.113 0.181 0.271 0.269 0.119 0.011 176 W 0.017 0.070 0.152 0.256 0.295 0.185 0.026 177 Y 0.003 0.005 0.013 0.054 0.184 0.550 0.191 178 S 0.009 0.037 0.104 0.236 0.315 0.257 0.042 179 C 0.010 0.022 0.047 0.107 0.260 0.454 0.101 180 M 0.020 0.074 0.160 0.278 0.283 0.161 0.025 181 L 0.065 0.125 0.172 0.257 0.250 0.120 0.011 182 G 0.187 0.281 0.221 0.176 0.096 0.036 0.003 183 K 0.289 0.276 0.199 0.155 0.061 0.019 0.002 184 A 0.521 0.266 0.119 0.057 0.026 0.010 0.001 185 C 0.366 0.288 0.173 0.112 0.046 0.014 0.002 186 S 0.474 0.278 0.128 0.070 0.035 0.013 0.002 187 L 0.191 0.264 0.263 0.182 0.077 0.021 0.002 188 A 0.326 0.353 0.188 0.091 0.031 0.010 0.001 189 P 0.074 0.149 0.182 0.248 0.240 0.099 0.008 190 L 0.055 0.088 0.161 0.295 0.283 0.112 0.006 191 K 0.208 0.378 0.232 0.125 0.044 0.012 0.001 192 E 0.151 0.293 0.270 0.189 0.077 0.018 0.001 193 E 0.071 0.109 0.161 0.277 0.271 0.106 0.005 194 L 0.215 0.235 0.228 0.205 0.091 0.024 0.001 195 R 0.546 0.306 0.098 0.036 0.010 0.003 0.001 196 I 0.470 0.292 0.140 0.070 0.023 0.005 0.001 197 Q 0.365 0.238 0.182 0.137 0.061 0.017 0.001 198 G 0.435 0.246 0.144 0.104 0.054 0.016 0.001 199 V 0.309 0.237 0.186 0.160 0.083 0.023 0.002 200 P 0.322 0.244 0.181 0.150 0.078 0.023 0.002 201 K 0.332 0.297 0.189 0.117 0.050 0.014 0.001 202 V 0.130 0.120 0.161 0.258 0.232 0.092 0.007 203 T 0.186 0.240 0.234 0.199 0.106 0.032 0.002 204 Y 0.140 0.135 0.157 0.224 0.218 0.113 0.014 205 T 0.184 0.197 0.175 0.204 0.159 0.072 0.009 206 E 0.205 0.255 0.206 0.173 0.103 0.050 0.007 207 F 0.136 0.139 0.154 0.210 0.206 0.133 0.022 208 C 0.234 0.216 0.177 0.176 0.122 0.065 0.011 209 Q 0.286 0.207 0.168 0.165 0.113 0.051 0.008 210 G 0.400 0.260 0.144 0.109 0.060 0.023 0.004 211 R 0.351 0.294 0.170 0.111 0.054 0.018 0.003 212 T 0.250 0.302 0.217 0.142 0.063 0.024 0.003 213 M 0.056 0.100 0.148 0.246 0.272 0.157 0.021 214 R 0.063 0.115 0.152 0.227 0.260 0.161 0.022 215 W 0.025 0.037 0.061 0.150 0.263 0.360 0.105 216 A 0.027 0.023 0.035 0.080 0.167 0.411 0.257 217 L 0.048 0.040 0.059 0.103 0.172 0.310 0.269 218 A 0.092 0.073 0.094 0.138 0.178 0.254 0.172 219 W 0.103 0.058 0.067 0.121 0.205 0.315 0.132 220 S 0.126 0.148 0.147 0.181 0.180 0.175 0.042 221 F 0.164 0.179 0.172 0.206 0.164 0.098 0.017 222 Y 0.269 0.237 0.183 0.166 0.103 0.037 0.005 223 D 0.543 0.244 0.112 0.064 0.028 0.008 0.001