# TARGET T0293 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6521 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.030 0.011 0.068 0.121 0.128 0.186 0.455 2 I 0.034 0.036 0.032 0.098 0.178 0.044 0.580 3 P 0.027 0.014 0.068 0.110 0.067 0.064 0.650 4 L 0.014 0.005 0.274 0.275 0.050 0.277 0.105 5 E 0.018 0.007 0.297 0.212 0.056 0.290 0.120 6 R 0.042 0.021 0.216 0.187 0.118 0.198 0.217 7 L 0.070 0.043 0.059 0.118 0.148 0.227 0.335 8 I 0.046 0.029 0.026 0.025 0.164 0.039 0.671 9 P 0.044 0.016 0.058 0.029 0.122 0.221 0.510 10 T 0.056 0.037 0.073 0.043 0.184 0.238 0.369 11 V 0.066 0.024 0.026 0.026 0.335 0.033 0.491 12 P 0.050 0.022 0.055 0.043 0.085 0.096 0.649 13 L 0.054 0.039 0.075 0.060 0.170 0.146 0.456 14 R 0.060 0.024 0.076 0.062 0.122 0.115 0.541 15 L 0.043 0.018 0.121 0.202 0.155 0.155 0.307 16 N 0.047 0.018 0.098 0.197 0.118 0.202 0.320 17 Y 0.039 0.013 0.063 0.361 0.110 0.079 0.335 18 I 0.031 0.010 0.029 0.637 0.044 0.035 0.215 19 H 0.015 0.004 0.022 0.839 0.038 0.030 0.053 20 W 0.011 0.005 0.015 0.885 0.019 0.021 0.043 21 V 0.002 0.001 0.006 0.975 0.002 0.006 0.008 22 E 0.001 0.001 0.006 0.987 0.001 0.003 0.002 23 D 0.001 0.001 0.010 0.979 0.001 0.007 0.003 24 L 0.001 0.001 0.013 0.965 0.001 0.016 0.003 25 I 0.002 0.001 0.020 0.919 0.005 0.047 0.006 26 G 0.003 0.002 0.032 0.806 0.008 0.129 0.019 27 H 0.004 0.001 0.049 0.663 0.024 0.182 0.077 28 Q 0.006 0.006 0.059 0.588 0.054 0.142 0.146 29 D 0.005 0.008 0.109 0.316 0.106 0.157 0.298 30 S 0.004 0.005 0.096 0.234 0.087 0.379 0.195 31 D 0.004 0.003 0.059 0.102 0.088 0.343 0.401 32 K 0.009 0.009 0.108 0.096 0.110 0.180 0.487 33 S 0.017 0.007 0.137 0.085 0.149 0.199 0.405 34 T 0.027 0.008 0.111 0.057 0.201 0.254 0.342 35 L 0.074 0.013 0.038 0.012 0.244 0.125 0.494 36 R 0.195 0.009 0.014 0.004 0.206 0.048 0.524 37 R 0.802 0.004 0.005 0.003 0.053 0.010 0.124 38 G 0.971 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 39 I 0.982 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.011 40 D 0.933 0.004 0.003 0.004 0.006 0.002 0.049 41 I 0.660 0.006 0.020 0.011 0.033 0.051 0.218 42 G 0.152 0.011 0.029 0.008 0.223 0.165 0.410 43 T 0.053 0.035 0.028 0.013 0.408 0.127 0.337 44 G 0.036 0.021 0.032 0.033 0.473 0.173 0.233 45 A 0.027 0.011 0.105 0.133 0.249 0.229 0.246 46 S 0.016 0.015 0.140 0.413 0.165 0.174 0.076 47 C 0.011 0.019 0.115 0.599 0.083 0.125 0.048 48 I 0.003 0.004 0.062 0.830 0.011 0.062 0.028 49 Y 0.001 0.001 0.023 0.953 0.003 0.007 0.014 50 P 0.001 0.001 0.017 0.979 0.001 0.003 0.001 51 L 0.001 0.001 0.021 0.973 0.001 0.006 0.001 52 L 0.001 0.001 0.042 0.943 0.001 0.013 0.001 53 G 0.001 0.001 0.057 0.913 0.002 0.026 0.001 54 A 0.001 0.001 0.054 0.821 0.002 0.120 0.003 55 T 0.001 0.001 0.041 0.782 0.015 0.137 0.023 56 L 0.013 0.006 0.024 0.140 0.359 0.066 0.391 57 N 0.005 0.002 0.041 0.031 0.142 0.712 0.067 58 G 0.028 0.001 0.028 0.004 0.119 0.739 0.082 59 W 0.225 0.005 0.008 0.002 0.163 0.030 0.567 60 Y 0.915 0.002 0.001 0.001 0.015 0.004 0.063 61 F 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 62 L 0.990 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 63 A 0.962 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.031 64 T 0.817 0.002 0.003 0.001 0.038 0.004 0.135 65 E 0.503 0.011 0.005 0.001 0.073 0.012 0.395 66 V 0.057 0.023 0.007 0.004 0.259 0.026 0.624 67 D 0.011 0.007 0.002 0.010 0.179 0.007 0.783 68 D 0.001 0.001 0.039 0.900 0.008 0.047 0.006 69 M 0.001 0.001 0.016 0.960 0.001 0.020 0.002 70 C 0.001 0.001 0.005 0.988 0.001 0.005 0.001 71 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 72 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 73 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 75 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 76 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.008 0.001 77 N 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.002 78 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.002 79 E 0.001 0.001 0.006 0.978 0.001 0.014 0.001 80 Q 0.001 0.001 0.008 0.911 0.003 0.076 0.001 81 N 0.001 0.001 0.009 0.309 0.007 0.667 0.006 82 N 0.001 0.001 0.007 0.032 0.021 0.850 0.089 83 L 0.009 0.008 0.029 0.011 0.128 0.041 0.773 84 S 0.039 0.013 0.310 0.015 0.126 0.165 0.333 85 D 0.070 0.006 0.318 0.012 0.196 0.273 0.126 86 L 0.346 0.021 0.169 0.008 0.083 0.064 0.310 87 I 0.715 0.010 0.017 0.007 0.034 0.018 0.199 88 K 0.939 0.004 0.003 0.005 0.006 0.005 0.039 89 V 0.976 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 90 V 0.936 0.004 0.001 0.003 0.009 0.003 0.044 91 K 0.788 0.006 0.002 0.004 0.042 0.007 0.151 92 V 0.161 0.009 0.007 0.016 0.444 0.024 0.339 93 P 0.063 0.014 0.030 0.060 0.140 0.067 0.626 94 Q 0.004 0.002 0.177 0.621 0.012 0.081 0.103 95 A 0.002 0.001 0.097 0.854 0.006 0.021 0.019 96 T 0.001 0.001 0.046 0.933 0.003 0.012 0.005 97 L 0.002 0.001 0.022 0.957 0.002 0.010 0.006 98 L 0.002 0.001 0.008 0.970 0.002 0.014 0.003 99 M 0.001 0.001 0.008 0.975 0.001 0.013 0.002 100 D 0.001 0.001 0.012 0.945 0.003 0.031 0.007 101 A 0.001 0.001 0.018 0.881 0.006 0.072 0.022 102 L 0.002 0.003 0.032 0.654 0.026 0.184 0.100 103 K 0.009 0.006 0.051 0.352 0.048 0.239 0.294 104 E 0.010 0.003 0.063 0.165 0.112 0.213 0.435 105 E 0.011 0.005 0.082 0.097 0.139 0.333 0.333 106 S 0.023 0.011 0.086 0.060 0.181 0.354 0.284 107 E 0.035 0.006 0.022 0.013 0.130 0.124 0.671 108 I 0.140 0.006 0.013 0.006 0.143 0.048 0.644 109 I 0.448 0.043 0.009 0.002 0.058 0.029 0.410 110 Y 0.756 0.006 0.002 0.001 0.007 0.002 0.227 111 D 0.750 0.001 0.002 0.001 0.144 0.002 0.101 112 F 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 113 C 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 114 M 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 115 C 0.884 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.108 116 N 0.258 0.003 0.002 0.001 0.098 0.008 0.631 117 P 0.066 0.006 0.020 0.004 0.243 0.037 0.623 118 P 0.022 0.010 0.099 0.015 0.188 0.170 0.496 119 F 0.029 0.030 0.111 0.047 0.139 0.236 0.409 120 F 0.026 0.014 0.059 0.084 0.165 0.135 0.517 121 A 0.021 0.005 0.079 0.194 0.122 0.296 0.283 122 N 0.029 0.010 0.071 0.249 0.139 0.284 0.219 123 Q 0.037 0.016 0.066 0.390 0.124 0.156 0.212 124 L 0.043 0.010 0.089 0.481 0.063 0.128 0.186 125 E 0.065 0.012 0.113 0.479 0.039 0.118 0.174 126 A 0.053 0.013 0.128 0.524 0.048 0.100 0.134 127 K 0.043 0.011 0.104 0.321 0.059 0.337 0.124 128 G 0.039 0.006 0.081 0.120 0.078 0.467 0.208 129 V 0.099 0.023 0.062 0.117 0.089 0.145 0.465 130 N 0.129 0.035 0.078 0.096 0.096 0.145 0.420 131 S 0.084 0.022 0.080 0.060 0.186 0.209 0.358 132 R 0.059 0.026 0.078 0.040 0.210 0.231 0.357 133 N 0.038 0.028 0.044 0.011 0.201 0.044 0.635 134 P 0.027 0.017 0.083 0.016 0.117 0.303 0.439 135 R 0.021 0.036 0.075 0.012 0.220 0.342 0.294 136 R 0.016 0.014 0.016 0.003 0.440 0.042 0.470 137 P 0.011 0.013 0.008 0.004 0.129 0.035 0.800 138 P 0.008 0.019 0.007 0.004 0.130 0.030 0.801 139 P 0.009 0.017 0.047 0.031 0.106 0.078 0.712 140 S 0.010 0.011 0.162 0.191 0.092 0.113 0.421 141 S 0.009 0.007 0.217 0.309 0.098 0.130 0.231 142 V 0.012 0.014 0.193 0.401 0.074 0.134 0.172 143 N 0.011 0.011 0.110 0.547 0.061 0.124 0.137 144 T 0.009 0.007 0.080 0.689 0.053 0.065 0.096 145 G 0.006 0.003 0.081 0.754 0.025 0.104 0.028 146 G 0.009 0.008 0.091 0.744 0.017 0.096 0.035 147 I 0.003 0.002 0.085 0.871 0.003 0.026 0.010 148 T 0.003 0.001 0.155 0.816 0.004 0.015 0.006 149 E 0.002 0.001 0.105 0.852 0.003 0.033 0.005 150 I 0.016 0.005 0.099 0.801 0.013 0.044 0.022 151 M 0.064 0.034 0.021 0.466 0.249 0.046 0.121 152 A 0.081 0.004 0.031 0.213 0.154 0.111 0.405 153 E 0.003 0.001 0.019 0.059 0.050 0.863 0.005 154 G 0.010 0.001 0.011 0.005 0.028 0.925 0.020 155 G 0.305 0.014 0.005 0.002 0.082 0.029 0.564 156 E 0.862 0.008 0.001 0.001 0.006 0.005 0.119 157 L 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 158 E 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 159 F 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 160 V 0.945 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.044 161 K 0.737 0.002 0.005 0.008 0.038 0.006 0.204 162 R 0.304 0.008 0.023 0.021 0.167 0.042 0.436 163 I 0.239 0.017 0.040 0.068 0.150 0.091 0.396 164 I 0.176 0.017 0.052 0.137 0.178 0.128 0.311 165 H 0.076 0.012 0.090 0.202 0.108 0.208 0.303 166 D 0.040 0.005 0.078 0.222 0.166 0.250 0.239 167 S 0.039 0.011 0.088 0.338 0.077 0.204 0.243 168 L 0.019 0.006 0.081 0.517 0.092 0.119 0.167 169 Q 0.022 0.007 0.079 0.592 0.035 0.103 0.163 170 L 0.018 0.006 0.051 0.751 0.022 0.074 0.079 171 G 0.028 0.004 0.065 0.659 0.034 0.084 0.125 172 K 0.039 0.003 0.080 0.646 0.050 0.083 0.098 173 R 0.067 0.006 0.049 0.711 0.028 0.071 0.068 174 L 0.133 0.017 0.027 0.646 0.037 0.051 0.090 175 R 0.126 0.006 0.025 0.616 0.034 0.076 0.119 176 W 0.120 0.005 0.030 0.615 0.044 0.106 0.081 177 Y 0.128 0.011 0.026 0.548 0.042 0.136 0.109 178 S 0.189 0.017 0.038 0.335 0.089 0.123 0.209 179 C 0.196 0.010 0.051 0.279 0.090 0.115 0.260 180 M 0.226 0.021 0.054 0.301 0.078 0.136 0.184 181 L 0.152 0.019 0.055 0.232 0.088 0.300 0.154 182 G 0.086 0.008 0.061 0.072 0.188 0.327 0.259 183 K 0.132 0.019 0.068 0.093 0.189 0.132 0.366 184 A 0.187 0.041 0.077 0.073 0.109 0.124 0.390 185 C 0.127 0.039 0.050 0.056 0.151 0.107 0.470 186 S 0.089 0.028 0.037 0.047 0.095 0.098 0.605 187 L 0.046 0.008 0.039 0.342 0.092 0.034 0.439 188 A 0.017 0.004 0.031 0.746 0.045 0.018 0.139 189 P 0.008 0.004 0.041 0.880 0.007 0.019 0.041 190 L 0.006 0.001 0.023 0.930 0.003 0.012 0.024 191 K 0.004 0.001 0.011 0.971 0.002 0.005 0.006 192 E 0.001 0.001 0.004 0.986 0.001 0.005 0.003 193 E 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.006 0.003 194 L 0.002 0.001 0.003 0.982 0.002 0.008 0.002 195 R 0.004 0.001 0.007 0.956 0.002 0.028 0.003 196 I 0.006 0.001 0.015 0.865 0.011 0.096 0.006 197 Q 0.004 0.002 0.018 0.192 0.024 0.747 0.014 198 G 0.003 0.001 0.006 0.010 0.046 0.879 0.056 199 V 0.022 0.005 0.003 0.001 0.073 0.006 0.890 200 P 0.144 0.010 0.012 0.004 0.111 0.020 0.699 201 K 0.732 0.011 0.012 0.004 0.048 0.028 0.165 202 V 0.875 0.005 0.002 0.003 0.008 0.002 0.106 203 T 0.963 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.027 204 Y 0.954 0.001 0.001 0.007 0.003 0.002 0.033 205 T 0.930 0.002 0.001 0.007 0.011 0.002 0.047 206 E 0.884 0.004 0.003 0.008 0.025 0.005 0.071 207 F 0.605 0.008 0.018 0.033 0.045 0.042 0.250 208 C 0.487 0.010 0.035 0.077 0.073 0.127 0.193 209 Q 0.121 0.008 0.031 0.046 0.119 0.602 0.072 210 G 0.039 0.001 0.014 0.011 0.121 0.705 0.109 211 R 0.162 0.010 0.004 0.020 0.182 0.032 0.590 212 T 0.435 0.051 0.006 0.035 0.045 0.025 0.403 213 M 0.687 0.016 0.006 0.045 0.052 0.017 0.178 214 R 0.740 0.005 0.006 0.041 0.042 0.015 0.150 215 W 0.919 0.005 0.004 0.022 0.013 0.005 0.032 216 A 0.929 0.003 0.003 0.018 0.007 0.004 0.036 217 L 0.944 0.002 0.003 0.012 0.009 0.004 0.026 218 A 0.901 0.003 0.004 0.025 0.009 0.006 0.051 219 W 0.869 0.004 0.006 0.029 0.014 0.011 0.067 220 S 0.783 0.012 0.010 0.048 0.033 0.021 0.093 221 F 0.558 0.024 0.018 0.051 0.055 0.058 0.237 222 Y 0.225 0.032 0.011 0.038 0.188 0.061 0.445 223 D 0.054 0.011 0.009 0.015 0.102 0.027 0.782