# TARGET T0292 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0292.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4523 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.003 0.002 0.001 0.033 0.076 0.885 2 R 0.010 0.013 0.031 0.214 0.172 0.560 3 A 0.014 0.011 0.076 0.269 0.288 0.342 4 E 0.017 0.006 0.110 0.280 0.230 0.357 5 D 0.026 0.010 0.092 0.378 0.206 0.287 6 Y 0.047 0.010 0.094 0.495 0.195 0.159 7 E 0.140 0.016 0.081 0.480 0.166 0.117 8 V 0.237 0.005 0.060 0.441 0.160 0.098 9 L 0.311 0.006 0.063 0.335 0.179 0.106 10 Y 0.375 0.004 0.038 0.250 0.198 0.134 11 T 0.364 0.007 0.032 0.205 0.226 0.166 12 I 0.335 0.023 0.023 0.120 0.239 0.259 13 G 0.201 0.015 0.019 0.041 0.336 0.389 14 T 0.286 0.035 0.017 0.038 0.290 0.334 15 G 0.227 0.024 0.009 0.021 0.361 0.358 16 S 0.205 0.013 0.012 0.059 0.462 0.251 17 Y 0.352 0.010 0.013 0.044 0.427 0.154 18 G 0.425 0.007 0.015 0.056 0.346 0.152 19 R 0.799 0.012 0.009 0.039 0.090 0.051 20 C 0.921 0.004 0.004 0.011 0.033 0.027 21 Q 0.947 0.001 0.003 0.009 0.022 0.019 22 K 0.966 0.002 0.002 0.005 0.013 0.013 23 I 0.960 0.002 0.001 0.004 0.017 0.016 24 R 0.954 0.003 0.002 0.004 0.021 0.016 25 R 0.909 0.014 0.002 0.004 0.045 0.027 26 K 0.396 0.022 0.008 0.016 0.536 0.023 27 S 0.042 0.002 0.022 0.036 0.878 0.021 28 D 0.024 0.004 0.022 0.019 0.918 0.012 29 G 0.094 0.004 0.009 0.009 0.817 0.068 30 K 0.735 0.007 0.001 0.003 0.067 0.187 31 I 0.973 0.005 0.001 0.001 0.005 0.017 32 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 33 V 0.983 0.002 0.001 0.001 0.003 0.011 34 W 0.968 0.001 0.002 0.003 0.007 0.020 35 K 0.944 0.001 0.003 0.004 0.014 0.034 36 E 0.876 0.004 0.005 0.006 0.042 0.067 37 L 0.776 0.018 0.007 0.009 0.076 0.113 38 D 0.532 0.017 0.019 0.014 0.227 0.190 39 Y 0.122 0.008 0.252 0.041 0.463 0.114 40 G 0.041 0.006 0.262 0.049 0.526 0.115 41 S 0.027 0.008 0.210 0.062 0.521 0.172 42 M 0.015 0.013 0.028 0.052 0.436 0.456 43 T 0.005 0.004 0.010 0.074 0.275 0.631 44 E 0.002 0.001 0.041 0.718 0.158 0.080 45 A 0.003 0.002 0.036 0.772 0.137 0.051 46 E 0.003 0.001 0.043 0.842 0.079 0.032 47 K 0.004 0.001 0.019 0.899 0.034 0.043 48 Q 0.004 0.001 0.016 0.920 0.031 0.027 49 M 0.001 0.001 0.015 0.949 0.015 0.019 50 L 0.001 0.001 0.006 0.966 0.008 0.018 51 V 0.001 0.001 0.003 0.984 0.005 0.007 52 S 0.001 0.001 0.002 0.980 0.005 0.011 53 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.006 54 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 55 N 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.003 56 L 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.006 0.991 0.002 0.001 58 R 0.001 0.001 0.013 0.978 0.006 0.003 59 E 0.001 0.001 0.016 0.907 0.042 0.034 60 L 0.002 0.002 0.022 0.599 0.128 0.247 61 K 0.006 0.018 0.006 0.118 0.163 0.689 62 H 0.008 0.038 0.008 0.053 0.374 0.519 63 P 0.009 0.001 0.029 0.057 0.424 0.480 64 N 0.085 0.005 0.106 0.156 0.474 0.173 65 I 0.570 0.020 0.039 0.102 0.180 0.089 66 V 0.818 0.008 0.007 0.064 0.040 0.062 67 R 0.858 0.005 0.010 0.052 0.024 0.051 68 Y 0.867 0.014 0.019 0.048 0.020 0.032 69 Y 0.800 0.002 0.041 0.061 0.050 0.047 70 D 0.777 0.002 0.040 0.045 0.073 0.063 71 R 0.809 0.011 0.018 0.044 0.058 0.059 72 I 0.862 0.010 0.007 0.023 0.050 0.048 73 I 0.855 0.013 0.007 0.016 0.059 0.050 74 D 0.545 0.011 0.021 0.021 0.301 0.101 75 R 0.114 0.006 0.076 0.031 0.685 0.088 76 T 0.041 0.006 0.079 0.022 0.790 0.062 77 N 0.044 0.006 0.067 0.021 0.815 0.047 78 T 0.072 0.011 0.052 0.019 0.607 0.239 79 T 0.342 0.042 0.005 0.004 0.245 0.362 80 L 0.577 0.003 0.001 0.001 0.083 0.335 81 Y 0.914 0.002 0.001 0.001 0.010 0.074 82 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 83 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 84 M 0.977 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 85 E 0.926 0.002 0.001 0.001 0.020 0.050 86 Y 0.698 0.019 0.003 0.002 0.110 0.168 87 C 0.186 0.049 0.007 0.004 0.669 0.085 88 E 0.018 0.002 0.010 0.006 0.841 0.123 89 G 0.012 0.005 0.011 0.013 0.847 0.113 90 G 0.048 0.032 0.012 0.041 0.618 0.249 91 D 0.111 0.052 0.008 0.171 0.121 0.537 92 L 0.011 0.002 0.019 0.932 0.020 0.016 93 A 0.004 0.001 0.020 0.957 0.013 0.005 94 S 0.006 0.001 0.019 0.953 0.017 0.004 95 V 0.006 0.001 0.019 0.943 0.023 0.008 96 I 0.010 0.003 0.011 0.933 0.027 0.016 97 T 0.010 0.002 0.012 0.927 0.029 0.020 98 K 0.007 0.001 0.008 0.901 0.037 0.048 99 G 0.005 0.003 0.025 0.817 0.070 0.079 100 T 0.006 0.005 0.079 0.528 0.256 0.126 101 K 0.006 0.003 0.131 0.379 0.357 0.125 102 E 0.010 0.005 0.148 0.248 0.444 0.145 103 R 0.009 0.003 0.111 0.100 0.532 0.245 104 Q 0.020 0.005 0.042 0.034 0.460 0.439 105 Y 0.024 0.011 0.023 0.010 0.236 0.696 106 L 0.018 0.027 0.002 0.004 0.147 0.803 107 D 0.002 0.002 0.001 0.005 0.051 0.939 108 E 0.001 0.001 0.013 0.959 0.016 0.012 109 E 0.001 0.001 0.008 0.978 0.011 0.003 110 F 0.001 0.001 0.009 0.985 0.004 0.001 111 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 112 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 113 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 114 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 115 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 116 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 117 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 118 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.003 119 T 0.001 0.001 0.001 0.989 0.004 0.006 120 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.004 121 A 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 122 L 0.001 0.001 0.002 0.989 0.005 0.004 123 K 0.001 0.001 0.002 0.981 0.009 0.007 124 E 0.001 0.001 0.003 0.971 0.014 0.010 125 C 0.001 0.001 0.004 0.972 0.013 0.010 126 H 0.001 0.002 0.017 0.945 0.022 0.014 127 R 0.002 0.001 0.021 0.859 0.065 0.052 128 R 0.002 0.002 0.026 0.729 0.081 0.160 129 S 0.004 0.010 0.020 0.228 0.202 0.537 130 D 0.004 0.013 0.024 0.091 0.455 0.412 131 G 0.006 0.005 0.036 0.068 0.556 0.328 132 G 0.009 0.009 0.052 0.059 0.567 0.303 133 H 0.026 0.037 0.042 0.049 0.420 0.426 134 T 0.045 0.012 0.028 0.038 0.196 0.681 135 V 0.192 0.080 0.047 0.067 0.132 0.482 136 L 0.245 0.147 0.042 0.085 0.115 0.367 137 H 0.250 0.086 0.050 0.130 0.394 0.089 138 R 0.096 0.010 0.046 0.134 0.638 0.077 139 D 0.067 0.015 0.033 0.179 0.635 0.072 140 L 0.092 0.080 0.024 0.092 0.611 0.100 141 K 0.096 0.035 0.011 0.030 0.402 0.425 142 P 0.051 0.012 0.364 0.021 0.388 0.163 143 A 0.119 0.007 0.503 0.012 0.259 0.102 144 N 0.237 0.024 0.542 0.012 0.127 0.058 145 V 0.565 0.034 0.125 0.012 0.130 0.133 146 F 0.778 0.016 0.029 0.010 0.077 0.090 147 L 0.783 0.050 0.006 0.006 0.057 0.097 148 D 0.174 0.021 0.006 0.008 0.765 0.028 149 G 0.012 0.001 0.008 0.008 0.956 0.014 150 K 0.014 0.001 0.003 0.001 0.967 0.013 151 Q 0.097 0.016 0.002 0.002 0.845 0.038 152 N 0.390 0.014 0.001 0.002 0.070 0.524 153 V 0.887 0.041 0.001 0.001 0.012 0.059 154 K 0.923 0.006 0.001 0.002 0.014 0.054 155 L 0.880 0.013 0.005 0.005 0.026 0.071 156 G 0.593 0.012 0.029 0.021 0.148 0.197 157 D 0.434 0.009 0.042 0.033 0.175 0.307 158 F 0.205 0.007 0.028 0.042 0.281 0.438 159 G 0.174 0.022 0.025 0.025 0.348 0.407 160 L 0.235 0.021 0.112 0.092 0.319 0.221 161 A 0.240 0.018 0.233 0.132 0.255 0.122 162 R 0.395 0.020 0.220 0.133 0.159 0.073 163 I 0.407 0.015 0.158 0.119 0.179 0.123 164 L 0.476 0.036 0.046 0.063 0.181 0.199 165 N 0.250 0.023 0.025 0.035 0.488 0.180 166 H 0.061 0.006 0.048 0.035 0.715 0.135 167 D 0.043 0.008 0.048 0.023 0.769 0.109 168 T 0.068 0.009 0.069 0.029 0.706 0.120 169 S 0.204 0.014 0.044 0.034 0.380 0.325 170 F 0.414 0.041 0.059 0.035 0.245 0.206 171 A 0.454 0.020 0.045 0.026 0.228 0.228 172 K 0.535 0.015 0.025 0.016 0.181 0.228 173 A 0.625 0.021 0.015 0.020 0.133 0.187 174 F 0.649 0.031 0.010 0.029 0.115 0.167 175 V 0.522 0.017 0.005 0.053 0.149 0.255 176 G 0.288 0.022 0.006 0.064 0.207 0.413 177 T 0.158 0.036 0.013 0.085 0.235 0.473 178 P 0.052 0.007 0.307 0.217 0.238 0.178 179 Y 0.052 0.006 0.484 0.184 0.171 0.103 180 Y 0.051 0.010 0.472 0.204 0.165 0.098 181 M 0.053 0.042 0.097 0.248 0.248 0.311 182 S 0.026 0.004 0.051 0.253 0.200 0.466 183 P 0.031 0.004 0.159 0.569 0.134 0.102 184 E 0.041 0.008 0.174 0.633 0.106 0.038 185 Q 0.052 0.005 0.181 0.600 0.122 0.040 186 M 0.067 0.006 0.102 0.603 0.156 0.066 187 N 0.057 0.014 0.087 0.480 0.229 0.132 188 R 0.028 0.008 0.026 0.091 0.413 0.433 189 M 0.030 0.011 0.013 0.013 0.399 0.533 190 S 0.019 0.013 0.007 0.006 0.289 0.666 191 Y 0.022 0.060 0.011 0.023 0.352 0.532 192 N 0.012 0.004 0.005 0.022 0.197 0.760 193 E 0.051 0.012 0.020 0.557 0.127 0.233 194 K 0.047 0.006 0.017 0.790 0.073 0.067 195 S 0.070 0.006 0.018 0.756 0.081 0.069 196 D 0.062 0.009 0.021 0.776 0.066 0.067 197 I 0.020 0.002 0.021 0.907 0.023 0.027 198 W 0.039 0.003 0.017 0.897 0.023 0.021 199 S 0.038 0.003 0.012 0.863 0.024 0.061 200 L 0.012 0.002 0.003 0.953 0.009 0.021 201 G 0.003 0.001 0.003 0.980 0.003 0.011 202 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 203 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 204 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 205 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 206 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 207 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 208 C 0.001 0.001 0.001 0.989 0.006 0.004 209 A 0.001 0.001 0.003 0.952 0.017 0.027 210 L 0.002 0.002 0.003 0.116 0.123 0.755 211 M 0.003 0.004 0.004 0.012 0.128 0.850 212 P 0.013 0.026 0.007 0.009 0.231 0.714 213 P 0.012 0.025 0.014 0.014 0.297 0.637 214 F 0.017 0.031 0.037 0.016 0.597 0.302 215 T 0.022 0.010 0.042 0.017 0.692 0.218 216 A 0.010 0.007 0.032 0.021 0.686 0.244 217 F 0.012 0.017 0.022 0.041 0.597 0.309 218 S 0.014 0.034 0.007 0.052 0.212 0.682 219 Q 0.001 0.001 0.011 0.914 0.041 0.032 220 K 0.001 0.001 0.004 0.973 0.016 0.007 221 E 0.001 0.001 0.005 0.981 0.011 0.004 222 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.001 223 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.003 224 G 0.001 0.001 0.002 0.989 0.006 0.002 225 K 0.001 0.001 0.002 0.983 0.008 0.005 226 I 0.001 0.001 0.004 0.973 0.012 0.009 227 R 0.002 0.001 0.013 0.926 0.029 0.029 228 E 0.005 0.002 0.020 0.790 0.083 0.101 229 G 0.016 0.004 0.021 0.340 0.210 0.410 230 K 0.018 0.008 0.010 0.058 0.211 0.695 231 F 0.030 0.019 0.012 0.033 0.226 0.679 232 R 0.028 0.009 0.012 0.022 0.195 0.733 233 R 0.036 0.019 0.015 0.027 0.193 0.710 234 I 0.020 0.014 0.014 0.020 0.189 0.743 235 P 0.019 0.011 0.055 0.042 0.320 0.553 236 Y 0.020 0.014 0.119 0.061 0.437 0.350 237 R 0.010 0.016 0.067 0.041 0.370 0.496 238 Y 0.004 0.018 0.014 0.039 0.264 0.661 239 S 0.001 0.002 0.002 0.020 0.059 0.918 240 D 0.001 0.001 0.007 0.966 0.011 0.015 241 E 0.001 0.001 0.007 0.977 0.012 0.004 242 L 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.002 243 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 244 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 245 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 246 I 0.001 0.001 0.003 0.992 0.004 0.001 247 T 0.001 0.001 0.007 0.988 0.005 0.001 248 R 0.001 0.001 0.009 0.978 0.010 0.003 249 M 0.001 0.001 0.008 0.951 0.025 0.016 250 L 0.004 0.007 0.032 0.708 0.123 0.126 251 N 0.020 0.022 0.044 0.203 0.432 0.279 252 L 0.053 0.026 0.029 0.043 0.361 0.488 253 K 0.012 0.005 0.016 0.009 0.522 0.435 254 D 0.001 0.001 0.766 0.018 0.206 0.009 255 Y 0.001 0.001 0.706 0.013 0.274 0.006 256 H 0.001 0.001 0.755 0.024 0.214 0.006 257 R 0.016 0.005 0.072 0.055 0.450 0.403 258 P 0.014 0.046 0.016 0.036 0.258 0.630 259 S 0.008 0.011 0.002 0.013 0.054 0.912 260 V 0.003 0.001 0.042 0.883 0.033 0.039 261 E 0.001 0.001 0.070 0.908 0.017 0.003 262 E 0.001 0.001 0.109 0.882 0.008 0.001 263 I 0.001 0.001 0.066 0.925 0.008 0.001 264 L 0.001 0.001 0.019 0.972 0.007 0.001 265 E 0.001 0.001 0.009 0.901 0.037 0.052 266 N 0.001 0.001 0.016 0.224 0.193 0.566 267 P 0.001 0.004 0.352 0.304 0.202 0.138 268 L 0.002 0.003 0.652 0.183 0.141 0.019 269 I 0.004 0.008 0.686 0.173 0.116 0.012 270 L 0.016 0.009 0.410 0.236 0.277 0.053 271 E 0.023 0.005 0.166 0.160 0.379 0.269 272 H 0.016 0.033 0.101 0.065 0.498 0.287 273 H 0.018 0.015 0.056 0.042 0.472 0.397 274 H 0.020 0.017 0.069 0.024 0.516 0.354 275 H 0.011 0.015 0.100 0.037 0.417 0.420 276 H 0.006 0.006 0.032 0.031 0.261 0.664 277 H 0.001 0.001 0.002 0.003 0.039 0.955