# TARGET T0292 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0292.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4523 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.017 0.017 0.013 0.038 0.227 0.041 0.647 2 R 0.013 0.008 0.082 0.192 0.072 0.134 0.499 3 A 0.006 0.005 0.294 0.318 0.041 0.264 0.072 4 E 0.014 0.005 0.323 0.336 0.057 0.194 0.071 5 D 0.030 0.009 0.204 0.451 0.060 0.103 0.143 6 Y 0.167 0.035 0.044 0.451 0.041 0.066 0.196 7 E 0.287 0.014 0.037 0.429 0.040 0.053 0.140 8 V 0.352 0.009 0.037 0.474 0.035 0.036 0.057 9 L 0.290 0.008 0.061 0.521 0.020 0.045 0.056 10 Y 0.269 0.007 0.073 0.469 0.051 0.071 0.060 11 T 0.320 0.008 0.055 0.406 0.054 0.077 0.080 12 I 0.450 0.008 0.034 0.187 0.070 0.121 0.130 13 G 0.503 0.016 0.019 0.050 0.128 0.136 0.148 14 T 0.301 0.027 0.018 0.027 0.222 0.135 0.270 15 G 0.143 0.009 0.022 0.015 0.297 0.197 0.317 16 S 0.174 0.010 0.027 0.020 0.253 0.261 0.255 17 Y 0.426 0.013 0.014 0.014 0.176 0.147 0.211 18 G 0.721 0.008 0.005 0.009 0.077 0.016 0.166 19 R 0.888 0.017 0.003 0.004 0.012 0.003 0.073 20 C 0.946 0.005 0.002 0.001 0.006 0.002 0.039 21 Q 0.958 0.001 0.003 0.001 0.009 0.002 0.026 22 K 0.960 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.029 23 I 0.960 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.029 24 R 0.964 0.003 0.001 0.002 0.007 0.003 0.019 25 R 0.830 0.008 0.003 0.004 0.011 0.007 0.138 26 K 0.160 0.002 0.014 0.009 0.072 0.669 0.073 27 S 0.084 0.004 0.021 0.004 0.112 0.719 0.055 28 D 0.045 0.003 0.019 0.005 0.258 0.602 0.069 29 G 0.085 0.002 0.005 0.002 0.192 0.570 0.145 30 K 0.742 0.008 0.001 0.002 0.046 0.008 0.193 31 I 0.926 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.059 32 L 0.967 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 33 V 0.961 0.001 0.003 0.003 0.005 0.002 0.025 34 W 0.953 0.001 0.005 0.005 0.006 0.002 0.028 35 K 0.955 0.001 0.003 0.005 0.005 0.001 0.029 36 E 0.929 0.005 0.004 0.007 0.008 0.002 0.045 37 L 0.846 0.009 0.007 0.011 0.032 0.007 0.088 38 D 0.513 0.009 0.023 0.025 0.074 0.029 0.327 39 Y 0.094 0.018 0.207 0.121 0.129 0.163 0.267 40 G 0.037 0.006 0.197 0.106 0.180 0.279 0.195 41 S 0.019 0.010 0.167 0.107 0.148 0.291 0.257 42 M 0.005 0.010 0.031 0.058 0.234 0.055 0.607 43 T 0.004 0.005 0.014 0.102 0.100 0.040 0.734 44 E 0.001 0.001 0.042 0.771 0.042 0.096 0.047 45 A 0.001 0.001 0.035 0.850 0.019 0.071 0.024 46 E 0.001 0.001 0.017 0.927 0.011 0.025 0.020 47 K 0.001 0.001 0.003 0.972 0.006 0.009 0.009 48 Q 0.001 0.001 0.002 0.979 0.003 0.010 0.005 49 M 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.010 0.003 50 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 51 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 52 S 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 53 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 54 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 55 N 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.001 56 L 0.001 0.001 0.002 0.984 0.002 0.009 0.002 57 L 0.001 0.001 0.014 0.962 0.002 0.016 0.004 58 R 0.001 0.001 0.027 0.872 0.007 0.088 0.004 59 E 0.001 0.001 0.037 0.688 0.010 0.254 0.008 60 L 0.001 0.007 0.021 0.312 0.234 0.287 0.139 61 K 0.001 0.012 0.009 0.073 0.202 0.503 0.201 62 H 0.002 0.007 0.004 0.015 0.494 0.043 0.435 63 P 0.002 0.003 0.031 0.020 0.132 0.650 0.162 64 N 0.022 0.006 0.047 0.009 0.141 0.649 0.126 65 I 0.516 0.125 0.043 0.033 0.060 0.028 0.194 66 V 0.860 0.031 0.003 0.012 0.005 0.004 0.084 67 R 0.886 0.008 0.003 0.013 0.010 0.005 0.074 68 Y 0.843 0.007 0.016 0.040 0.020 0.017 0.056 69 Y 0.721 0.006 0.045 0.064 0.045 0.048 0.072 70 D 0.716 0.004 0.063 0.052 0.040 0.032 0.093 71 R 0.717 0.007 0.053 0.058 0.033 0.042 0.091 72 I 0.848 0.018 0.015 0.024 0.020 0.021 0.055 73 I 0.784 0.016 0.010 0.026 0.037 0.022 0.106 74 D 0.495 0.015 0.012 0.034 0.104 0.052 0.288 75 R 0.113 0.005 0.044 0.038 0.162 0.451 0.187 76 T 0.036 0.004 0.049 0.011 0.171 0.636 0.092 77 N 0.053 0.006 0.073 0.009 0.187 0.557 0.116 78 T 0.093 0.004 0.029 0.005 0.261 0.418 0.190 79 T 0.568 0.010 0.005 0.002 0.120 0.025 0.269 80 L 0.852 0.010 0.001 0.001 0.012 0.002 0.122 81 Y 0.971 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 82 I 0.978 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 83 V 0.973 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.018 84 M 0.966 0.001 0.003 0.001 0.005 0.001 0.022 85 E 0.949 0.005 0.003 0.002 0.006 0.001 0.035 86 Y 0.861 0.011 0.005 0.003 0.019 0.006 0.096 87 C 0.636 0.020 0.008 0.003 0.080 0.021 0.232 88 E 0.157 0.009 0.023 0.006 0.248 0.289 0.268 89 G 0.030 0.004 0.025 0.008 0.330 0.452 0.152 90 G 0.037 0.018 0.026 0.040 0.416 0.122 0.341 91 D 0.068 0.059 0.017 0.198 0.169 0.040 0.448 92 L 0.008 0.002 0.023 0.912 0.016 0.015 0.023 93 A 0.010 0.001 0.017 0.930 0.008 0.016 0.018 94 S 0.010 0.001 0.016 0.941 0.007 0.013 0.012 95 V 0.015 0.001 0.012 0.934 0.010 0.016 0.013 96 I 0.017 0.004 0.013 0.891 0.010 0.045 0.020 97 T 0.015 0.005 0.013 0.760 0.020 0.158 0.030 98 K 0.011 0.003 0.016 0.594 0.051 0.224 0.100 99 G 0.017 0.013 0.041 0.366 0.122 0.158 0.284 100 T 0.017 0.014 0.095 0.273 0.181 0.162 0.258 101 K 0.010 0.005 0.107 0.247 0.183 0.244 0.204 102 E 0.007 0.003 0.084 0.196 0.127 0.391 0.191 103 R 0.014 0.005 0.068 0.084 0.196 0.358 0.275 104 Q 0.026 0.006 0.050 0.052 0.239 0.206 0.420 105 Y 0.062 0.039 0.030 0.042 0.233 0.108 0.486 106 L 0.045 0.055 0.007 0.029 0.179 0.022 0.662 107 D 0.015 0.007 0.001 0.028 0.064 0.007 0.877 108 E 0.001 0.001 0.008 0.973 0.006 0.008 0.005 109 E 0.001 0.001 0.004 0.987 0.003 0.004 0.002 110 F 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 111 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 112 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 113 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 114 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 115 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 116 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 117 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 118 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 119 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 120 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 122 L 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.006 0.003 123 K 0.001 0.001 0.007 0.966 0.003 0.021 0.002 124 E 0.001 0.001 0.023 0.893 0.004 0.076 0.003 125 C 0.002 0.003 0.034 0.839 0.016 0.088 0.018 126 H 0.005 0.006 0.047 0.657 0.027 0.226 0.033 127 R 0.016 0.011 0.048 0.337 0.105 0.360 0.123 128 R 0.014 0.017 0.050 0.103 0.201 0.212 0.402 129 S 0.027 0.025 0.058 0.042 0.152 0.169 0.527 130 D 0.017 0.008 0.068 0.040 0.170 0.520 0.178 131 G 0.024 0.012 0.077 0.042 0.255 0.442 0.149 132 G 0.072 0.010 0.034 0.053 0.285 0.179 0.368 133 H 0.180 0.026 0.031 0.033 0.165 0.212 0.352 134 T 0.451 0.055 0.021 0.024 0.064 0.051 0.334 135 V 0.630 0.034 0.016 0.015 0.055 0.035 0.215 136 L 0.706 0.057 0.010 0.016 0.031 0.023 0.157 137 H 0.498 0.019 0.029 0.026 0.073 0.056 0.300 138 R 0.291 0.010 0.039 0.031 0.275 0.121 0.233 139 D 0.352 0.010 0.019 0.011 0.245 0.069 0.294 140 L 0.259 0.028 0.003 0.004 0.282 0.016 0.408 141 K 0.181 0.035 0.002 0.003 0.094 0.007 0.679 142 P 0.096 0.015 0.402 0.102 0.101 0.105 0.179 143 A 0.070 0.007 0.520 0.045 0.162 0.125 0.071 144 N 0.144 0.005 0.552 0.037 0.047 0.062 0.152 145 V 0.564 0.021 0.084 0.036 0.033 0.067 0.194 146 F 0.736 0.032 0.020 0.014 0.040 0.069 0.090 147 L 0.714 0.069 0.005 0.004 0.045 0.016 0.146 148 D 0.143 0.015 0.007 0.002 0.042 0.035 0.755 149 G 0.025 0.006 0.013 0.001 0.113 0.805 0.037 150 K 0.015 0.002 0.010 0.001 0.087 0.864 0.021 151 Q 0.140 0.004 0.006 0.001 0.546 0.101 0.202 152 N 0.549 0.023 0.001 0.001 0.089 0.011 0.327 153 V 0.894 0.029 0.001 0.001 0.007 0.002 0.068 154 K 0.923 0.012 0.001 0.001 0.009 0.002 0.054 155 L 0.767 0.010 0.001 0.001 0.021 0.005 0.196 156 G 0.394 0.022 0.005 0.002 0.161 0.033 0.382 157 D 0.232 0.025 0.010 0.007 0.272 0.049 0.405 158 F 0.151 0.015 0.029 0.022 0.157 0.291 0.335 159 G 0.195 0.024 0.069 0.061 0.164 0.270 0.217 160 L 0.284 0.031 0.129 0.108 0.140 0.108 0.199 161 A 0.325 0.028 0.115 0.152 0.067 0.063 0.249 162 R 0.456 0.031 0.106 0.143 0.065 0.066 0.133 163 I 0.566 0.022 0.043 0.109 0.069 0.068 0.123 164 L 0.418 0.034 0.023 0.072 0.145 0.073 0.234 165 N 0.172 0.017 0.024 0.045 0.168 0.114 0.461 166 H 0.057 0.011 0.060 0.055 0.190 0.395 0.232 167 D 0.042 0.008 0.084 0.039 0.189 0.485 0.154 168 T 0.087 0.012 0.094 0.035 0.276 0.246 0.250 169 S 0.156 0.021 0.057 0.045 0.238 0.149 0.334 170 F 0.266 0.048 0.056 0.065 0.141 0.141 0.284 171 A 0.339 0.031 0.041 0.040 0.115 0.131 0.302 172 K 0.387 0.039 0.024 0.020 0.158 0.071 0.300 173 A 0.459 0.028 0.020 0.017 0.132 0.043 0.301 174 F 0.395 0.058 0.029 0.018 0.101 0.110 0.288 175 V 0.304 0.038 0.015 0.015 0.164 0.090 0.373 176 G 0.175 0.041 0.010 0.014 0.317 0.069 0.373 177 T 0.069 0.025 0.019 0.080 0.236 0.038 0.533 178 P 0.019 0.009 0.192 0.370 0.080 0.163 0.168 179 Y 0.018 0.004 0.266 0.306 0.059 0.289 0.057 180 Y 0.026 0.017 0.298 0.307 0.069 0.207 0.076 181 M 0.033 0.039 0.076 0.431 0.144 0.095 0.181 182 S 0.043 0.017 0.025 0.272 0.147 0.057 0.439 183 P 0.007 0.002 0.092 0.722 0.043 0.079 0.055 184 E 0.011 0.004 0.154 0.733 0.020 0.053 0.025 185 Q 0.012 0.005 0.149 0.732 0.017 0.061 0.023 186 M 0.011 0.004 0.061 0.814 0.013 0.068 0.028 187 N 0.018 0.004 0.037 0.477 0.044 0.375 0.045 188 R 0.020 0.007 0.028 0.105 0.124 0.554 0.162 189 M 0.029 0.026 0.017 0.032 0.300 0.060 0.537 190 S 0.047 0.033 0.034 0.022 0.208 0.099 0.556 191 Y 0.029 0.024 0.069 0.034 0.162 0.237 0.445 192 N 0.010 0.009 0.065 0.022 0.195 0.165 0.534 193 E 0.012 0.007 0.106 0.100 0.333 0.290 0.153 194 K 0.016 0.010 0.072 0.292 0.179 0.276 0.155 195 S 0.032 0.029 0.024 0.274 0.217 0.036 0.388 196 D 0.032 0.015 0.018 0.474 0.079 0.044 0.338 197 I 0.009 0.004 0.009 0.925 0.007 0.015 0.030 198 W 0.004 0.001 0.007 0.958 0.006 0.012 0.013 199 S 0.002 0.001 0.004 0.971 0.003 0.016 0.005 200 L 0.001 0.001 0.002 0.976 0.001 0.015 0.004 201 G 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.005 0.002 202 C 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 203 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 204 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 205 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 206 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.005 0.001 207 L 0.001 0.001 0.003 0.980 0.001 0.014 0.001 208 C 0.001 0.001 0.003 0.952 0.003 0.039 0.002 209 A 0.004 0.002 0.009 0.525 0.031 0.404 0.026 210 L 0.008 0.003 0.008 0.059 0.224 0.357 0.340 211 M 0.030 0.045 0.015 0.025 0.274 0.058 0.553 212 P 0.045 0.074 0.017 0.015 0.150 0.034 0.665 213 P 0.017 0.018 0.047 0.015 0.112 0.110 0.681 214 F 0.011 0.019 0.062 0.012 0.238 0.200 0.458 215 T 0.007 0.010 0.067 0.015 0.333 0.275 0.292 216 A 0.006 0.008 0.048 0.016 0.224 0.317 0.381 217 F 0.004 0.019 0.024 0.016 0.439 0.098 0.400 218 S 0.007 0.032 0.005 0.030 0.247 0.023 0.656 219 Q 0.001 0.001 0.023 0.914 0.014 0.020 0.027 220 K 0.001 0.001 0.011 0.968 0.004 0.011 0.006 221 E 0.001 0.001 0.007 0.979 0.002 0.007 0.004 222 L 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.004 0.003 223 A 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.007 0.003 224 G 0.003 0.001 0.002 0.975 0.003 0.014 0.004 225 K 0.003 0.001 0.004 0.964 0.007 0.014 0.008 226 I 0.004 0.002 0.009 0.949 0.007 0.019 0.010 227 R 0.005 0.002 0.011 0.893 0.009 0.069 0.011 228 E 0.004 0.002 0.010 0.568 0.028 0.362 0.026 229 G 0.009 0.004 0.009 0.187 0.215 0.303 0.274 230 K 0.016 0.017 0.010 0.039 0.237 0.077 0.604 231 F 0.023 0.034 0.014 0.026 0.167 0.034 0.701 232 R 0.023 0.017 0.027 0.020 0.126 0.068 0.718 233 R 0.029 0.015 0.040 0.027 0.198 0.140 0.551 234 I 0.024 0.024 0.066 0.041 0.174 0.078 0.594 235 P 0.013 0.018 0.095 0.026 0.118 0.075 0.653 236 Y 0.011 0.004 0.203 0.034 0.155 0.282 0.311 237 R 0.013 0.025 0.253 0.019 0.146 0.257 0.286 238 Y 0.008 0.035 0.037 0.019 0.307 0.025 0.569 239 S 0.004 0.004 0.003 0.014 0.046 0.006 0.924 240 D 0.001 0.001 0.067 0.839 0.016 0.063 0.014 241 E 0.001 0.001 0.034 0.909 0.007 0.041 0.008 242 L 0.001 0.001 0.010 0.980 0.002 0.006 0.003 243 N 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 244 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 245 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 246 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 247 T 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.015 0.001 248 R 0.001 0.001 0.003 0.963 0.001 0.032 0.001 249 M 0.001 0.001 0.007 0.938 0.005 0.044 0.006 250 L 0.001 0.001 0.018 0.848 0.014 0.109 0.008 251 N 0.003 0.003 0.028 0.628 0.047 0.226 0.065 252 L 0.004 0.013 0.016 0.251 0.333 0.119 0.265 253 K 0.003 0.005 0.006 0.012 0.124 0.022 0.827 254 D 0.001 0.001 0.394 0.093 0.031 0.460 0.021 255 Y 0.001 0.001 0.518 0.034 0.026 0.395 0.026 256 H 0.002 0.004 0.564 0.046 0.056 0.167 0.162 257 R 0.013 0.049 0.055 0.058 0.231 0.161 0.434 258 P 0.017 0.030 0.014 0.019 0.239 0.090 0.592 259 S 0.039 0.088 0.003 0.036 0.123 0.021 0.689 260 V 0.002 0.001 0.022 0.942 0.012 0.010 0.012 261 E 0.001 0.001 0.036 0.945 0.005 0.007 0.005 262 E 0.001 0.001 0.036 0.949 0.002 0.009 0.003 263 I 0.001 0.001 0.018 0.964 0.003 0.009 0.003 264 L 0.002 0.001 0.017 0.881 0.005 0.087 0.007 265 E 0.001 0.001 0.016 0.631 0.016 0.322 0.012 266 N 0.003 0.003 0.010 0.186 0.298 0.071 0.430 267 P 0.005 0.004 0.148 0.226 0.104 0.317 0.195 268 L 0.011 0.014 0.319 0.215 0.077 0.249 0.115 269 I 0.012 0.026 0.446 0.169 0.066 0.107 0.174 270 L 0.029 0.014 0.287 0.217 0.070 0.221 0.162 271 E 0.044 0.020 0.140 0.172 0.160 0.214 0.251 272 H 0.021 0.030 0.042 0.050 0.214 0.082 0.562 273 H 0.012 0.029 0.021 0.035 0.233 0.083 0.588 274 H 0.011 0.024 0.020 0.032 0.258 0.075 0.580 275 H 0.009 0.011 0.055 0.076 0.168 0.294 0.385 276 H 0.008 0.009 0.043 0.070 0.039 0.262 0.569 277 H 0.001 0.001 0.005 0.010 0.010 0.004 0.969