# TARGET T0291 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0291.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4685 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.470 0.033 0.005 0.007 0.206 0.279 2 Y 0.680 0.041 0.003 0.007 0.062 0.206 3 V 0.591 0.061 0.003 0.010 0.070 0.265 4 D 0.303 0.037 0.009 0.017 0.360 0.274 5 P 0.118 0.009 0.046 0.046 0.571 0.209 6 H 0.070 0.014 0.060 0.031 0.641 0.184 7 T 0.135 0.062 0.061 0.032 0.533 0.176 8 Y 0.118 0.051 0.063 0.054 0.356 0.357 9 E 0.056 0.067 0.071 0.069 0.367 0.369 10 D 0.024 0.012 0.058 0.037 0.584 0.285 11 P 0.017 0.008 0.090 0.062 0.589 0.235 12 T 0.021 0.011 0.092 0.057 0.539 0.280 13 Q 0.055 0.024 0.084 0.070 0.502 0.265 14 A 0.072 0.037 0.042 0.066 0.301 0.482 15 V 0.072 0.049 0.023 0.079 0.210 0.567 16 H 0.080 0.014 0.014 0.079 0.211 0.602 17 E 0.045 0.005 0.101 0.443 0.226 0.180 18 F 0.046 0.005 0.123 0.501 0.208 0.116 19 A 0.053 0.003 0.134 0.610 0.141 0.059 20 K 0.085 0.008 0.066 0.621 0.120 0.100 21 E 0.072 0.009 0.038 0.683 0.098 0.099 22 L 0.058 0.007 0.035 0.650 0.122 0.127 23 D 0.042 0.006 0.029 0.520 0.176 0.227 24 A 0.034 0.008 0.090 0.415 0.315 0.139 25 T 0.033 0.003 0.085 0.292 0.398 0.188 26 N 0.102 0.009 0.065 0.128 0.418 0.277 27 I 0.335 0.022 0.031 0.097 0.257 0.258 28 S 0.486 0.022 0.025 0.080 0.189 0.199 29 I 0.469 0.011 0.045 0.136 0.179 0.160 30 D 0.463 0.008 0.055 0.107 0.208 0.159 31 K 0.533 0.007 0.043 0.082 0.194 0.142 32 V 0.589 0.009 0.028 0.056 0.176 0.143 33 V 0.561 0.025 0.018 0.039 0.173 0.183 34 G 0.341 0.021 0.017 0.028 0.279 0.315 35 A 0.334 0.035 0.013 0.056 0.236 0.325 36 G 0.204 0.025 0.007 0.040 0.337 0.387 37 E 0.182 0.012 0.010 0.101 0.503 0.192 38 F 0.266 0.016 0.016 0.049 0.550 0.102 39 G 0.298 0.008 0.022 0.033 0.525 0.115 40 E 0.733 0.009 0.014 0.014 0.158 0.072 41 V 0.886 0.008 0.006 0.005 0.050 0.046 42 C 0.946 0.002 0.002 0.003 0.023 0.024 43 S 0.971 0.001 0.001 0.002 0.010 0.015 44 G 0.967 0.002 0.001 0.001 0.010 0.020 45 R 0.968 0.003 0.001 0.001 0.012 0.015 46 L 0.926 0.006 0.001 0.002 0.037 0.028 47 K 0.570 0.014 0.006 0.008 0.334 0.068 48 L 0.077 0.003 0.019 0.021 0.801 0.080 49 P 0.027 0.004 0.023 0.059 0.825 0.062 50 S 0.100 0.009 0.010 0.074 0.591 0.215 51 K 0.410 0.015 0.007 0.163 0.168 0.237 52 K 0.734 0.013 0.003 0.098 0.037 0.115 53 E 0.849 0.005 0.002 0.093 0.014 0.037 54 I 0.844 0.002 0.004 0.124 0.008 0.017 55 S 0.882 0.001 0.004 0.100 0.004 0.009 56 V 0.870 0.001 0.003 0.116 0.004 0.006 57 A 0.836 0.001 0.004 0.144 0.006 0.010 58 I 0.825 0.002 0.003 0.150 0.008 0.011 59 K 0.756 0.002 0.006 0.200 0.018 0.018 60 T 0.629 0.004 0.011 0.250 0.052 0.054 61 L 0.375 0.017 0.015 0.257 0.163 0.173 62 K 0.183 0.011 0.016 0.122 0.368 0.299 63 V 0.047 0.007 0.018 0.106 0.532 0.290 64 G 0.020 0.011 0.022 0.073 0.526 0.348 65 Y 0.013 0.012 0.023 0.099 0.497 0.356 66 T 0.010 0.006 0.013 0.157 0.287 0.527 67 E 0.003 0.001 0.025 0.793 0.113 0.065 68 K 0.003 0.002 0.022 0.850 0.083 0.040 69 Q 0.003 0.002 0.023 0.885 0.050 0.036 70 R 0.003 0.001 0.012 0.940 0.021 0.023 71 R 0.001 0.001 0.008 0.958 0.016 0.016 72 D 0.001 0.001 0.009 0.972 0.008 0.010 73 F 0.001 0.001 0.004 0.978 0.005 0.011 74 L 0.001 0.001 0.002 0.989 0.003 0.005 75 G 0.001 0.001 0.002 0.986 0.004 0.007 76 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.005 77 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.006 78 S 0.001 0.001 0.002 0.985 0.004 0.007 79 I 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 80 M 0.001 0.001 0.006 0.989 0.003 0.001 81 G 0.001 0.001 0.014 0.974 0.008 0.004 82 Q 0.001 0.001 0.022 0.911 0.038 0.029 83 F 0.003 0.003 0.033 0.733 0.094 0.134 84 D 0.017 0.031 0.011 0.238 0.177 0.525 85 H 0.010 0.027 0.014 0.050 0.395 0.504 86 P 0.008 0.001 0.121 0.066 0.520 0.284 87 N 0.056 0.002 0.174 0.091 0.546 0.132 88 I 0.422 0.029 0.084 0.091 0.282 0.092 89 I 0.775 0.012 0.010 0.042 0.068 0.093 90 R 0.871 0.008 0.012 0.022 0.034 0.053 91 L 0.896 0.009 0.014 0.014 0.030 0.036 92 E 0.849 0.002 0.014 0.017 0.067 0.051 93 G 0.840 0.002 0.013 0.014 0.077 0.055 94 V 0.867 0.010 0.009 0.013 0.062 0.039 95 V 0.880 0.013 0.007 0.011 0.055 0.035 96 T 0.802 0.008 0.009 0.012 0.111 0.058 97 K 0.306 0.011 0.019 0.025 0.541 0.098 98 S 0.056 0.005 0.024 0.018 0.796 0.101 99 K 0.060 0.006 0.017 0.006 0.790 0.120 100 P 0.344 0.008 0.007 0.003 0.395 0.242 101 V 0.895 0.005 0.001 0.001 0.025 0.075 102 M 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 103 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 104 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 105 T 0.970 0.001 0.001 0.001 0.006 0.023 106 E 0.854 0.002 0.001 0.001 0.035 0.107 107 Y 0.558 0.024 0.003 0.002 0.162 0.251 108 M 0.107 0.067 0.007 0.002 0.751 0.066 109 E 0.010 0.001 0.011 0.003 0.894 0.081 110 N 0.020 0.004 0.011 0.004 0.874 0.088 111 G 0.184 0.078 0.005 0.006 0.536 0.191 112 S 0.262 0.104 0.001 0.016 0.069 0.548 113 L 0.045 0.004 0.037 0.817 0.059 0.037 114 D 0.006 0.001 0.072 0.881 0.035 0.006 115 S 0.005 0.001 0.056 0.890 0.042 0.005 116 F 0.003 0.001 0.045 0.904 0.040 0.007 117 L 0.006 0.005 0.015 0.922 0.038 0.014 118 R 0.005 0.003 0.023 0.861 0.083 0.025 119 K 0.007 0.001 0.017 0.620 0.222 0.133 120 H 0.007 0.004 0.034 0.153 0.455 0.347 121 D 0.008 0.005 0.023 0.015 0.516 0.434 122 A 0.050 0.016 0.030 0.011 0.482 0.411 123 Q 0.097 0.022 0.019 0.003 0.269 0.589 124 F 0.057 0.048 0.004 0.003 0.176 0.712 125 T 0.010 0.004 0.001 0.006 0.067 0.911 126 V 0.001 0.001 0.013 0.968 0.013 0.006 127 I 0.001 0.001 0.007 0.984 0.007 0.001 128 Q 0.001 0.001 0.008 0.985 0.006 0.001 129 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 130 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 131 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 132 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 133 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 134 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 135 G 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.004 136 I 0.001 0.001 0.001 0.990 0.004 0.005 137 A 0.001 0.001 0.002 0.983 0.007 0.008 138 S 0.001 0.001 0.002 0.978 0.007 0.013 139 G 0.001 0.001 0.005 0.970 0.007 0.017 140 M 0.001 0.001 0.007 0.979 0.007 0.006 141 K 0.001 0.001 0.012 0.971 0.009 0.006 142 Y 0.001 0.001 0.019 0.965 0.010 0.005 143 L 0.002 0.001 0.019 0.962 0.011 0.005 144 S 0.002 0.001 0.028 0.932 0.025 0.012 145 D 0.004 0.001 0.023 0.770 0.109 0.093 146 M 0.008 0.001 0.024 0.202 0.287 0.477 147 G 0.018 0.005 0.012 0.028 0.268 0.669 148 Y 0.203 0.083 0.014 0.020 0.224 0.456 149 V 0.315 0.085 0.013 0.021 0.174 0.393 150 H 0.241 0.057 0.024 0.022 0.560 0.096 151 R 0.123 0.008 0.025 0.020 0.727 0.097 152 D 0.094 0.014 0.021 0.024 0.753 0.093 153 L 0.142 0.073 0.016 0.023 0.627 0.119 154 A 0.199 0.042 0.010 0.011 0.284 0.453 155 A 0.162 0.016 0.158 0.018 0.385 0.262 156 R 0.251 0.006 0.234 0.014 0.291 0.204 157 N 0.498 0.031 0.225 0.016 0.124 0.106 158 I 0.744 0.021 0.052 0.010 0.081 0.092 159 L 0.821 0.011 0.015 0.007 0.055 0.091 160 I 0.709 0.046 0.006 0.005 0.073 0.162 161 N 0.136 0.018 0.004 0.004 0.804 0.034 162 S 0.011 0.001 0.008 0.004 0.956 0.020 163 N 0.017 0.002 0.003 0.001 0.951 0.027 164 L 0.155 0.034 0.002 0.001 0.737 0.071 165 V 0.328 0.010 0.001 0.001 0.050 0.610 166 C 0.855 0.040 0.001 0.001 0.016 0.088 167 K 0.892 0.008 0.001 0.003 0.023 0.072 168 V 0.852 0.010 0.008 0.006 0.036 0.088 169 S 0.592 0.011 0.030 0.021 0.147 0.199 170 D 0.483 0.010 0.045 0.035 0.155 0.273 171 F 0.239 0.008 0.027 0.040 0.241 0.444 172 G 0.180 0.026 0.027 0.027 0.305 0.434 173 L 0.164 0.023 0.128 0.099 0.318 0.269 174 G 0.144 0.017 0.240 0.157 0.277 0.166 175 R 0.212 0.021 0.264 0.199 0.200 0.105 176 V 0.191 0.017 0.160 0.192 0.240 0.200 177 L 0.199 0.026 0.061 0.131 0.278 0.305 178 E 0.132 0.023 0.032 0.090 0.440 0.283 179 D 0.055 0.012 0.037 0.091 0.531 0.274 180 D 0.041 0.014 0.043 0.093 0.502 0.307 181 P 0.033 0.008 0.064 0.139 0.494 0.262 182 E 0.044 0.014 0.078 0.185 0.425 0.253 183 A 0.072 0.013 0.107 0.226 0.398 0.184 184 A 0.109 0.011 0.118 0.225 0.354 0.183 185 Y 0.164 0.009 0.124 0.213 0.314 0.176 186 T 0.190 0.014 0.096 0.158 0.335 0.208 187 T 0.222 0.014 0.059 0.109 0.321 0.274 188 R 0.279 0.016 0.037 0.057 0.290 0.320 189 G 0.354 0.020 0.024 0.045 0.209 0.348 190 G 0.400 0.030 0.011 0.048 0.163 0.348 191 K 0.338 0.017 0.005 0.064 0.147 0.430 192 I 0.281 0.025 0.004 0.061 0.145 0.483 193 P 0.201 0.037 0.013 0.110 0.195 0.444 194 I 0.060 0.007 0.324 0.186 0.237 0.186 195 R 0.054 0.006 0.500 0.201 0.145 0.094 196 W 0.054 0.008 0.436 0.232 0.141 0.129 197 T 0.055 0.040 0.062 0.275 0.183 0.386 198 S 0.025 0.003 0.034 0.333 0.136 0.470 199 P 0.021 0.002 0.085 0.753 0.074 0.065 200 E 0.026 0.006 0.090 0.789 0.066 0.023 201 A 0.026 0.002 0.094 0.763 0.085 0.030 202 I 0.035 0.003 0.061 0.765 0.094 0.042 203 A 0.030 0.008 0.055 0.747 0.101 0.059 204 Y 0.029 0.005 0.030 0.323 0.266 0.347 205 R 0.032 0.006 0.006 0.011 0.235 0.711 206 K 0.030 0.011 0.003 0.005 0.164 0.787 207 F 0.059 0.046 0.005 0.012 0.211 0.667 208 T 0.030 0.006 0.004 0.016 0.137 0.806 209 S 0.087 0.011 0.024 0.462 0.127 0.289 210 A 0.067 0.003 0.026 0.714 0.109 0.082 211 S 0.124 0.006 0.026 0.622 0.127 0.096 212 D 0.116 0.010 0.022 0.735 0.070 0.048 213 V 0.045 0.003 0.015 0.874 0.029 0.034 214 W 0.124 0.006 0.014 0.793 0.034 0.030 215 S 0.186 0.007 0.012 0.625 0.047 0.123 216 Y 0.071 0.004 0.005 0.862 0.024 0.034 217 G 0.037 0.001 0.007 0.907 0.021 0.028 218 I 0.032 0.001 0.002 0.956 0.005 0.005 219 V 0.035 0.001 0.002 0.957 0.004 0.002 220 L 0.024 0.001 0.001 0.970 0.002 0.003 221 W 0.020 0.001 0.001 0.972 0.004 0.002 222 E 0.010 0.001 0.003 0.971 0.010 0.005 223 V 0.010 0.001 0.004 0.966 0.013 0.007 224 M 0.011 0.001 0.007 0.950 0.018 0.013 225 S 0.009 0.003 0.013 0.867 0.045 0.062 226 Y 0.013 0.003 0.008 0.130 0.163 0.684 227 G 0.011 0.004 0.006 0.014 0.136 0.828 228 E 0.027 0.030 0.010 0.015 0.222 0.696 229 R 0.022 0.019 0.015 0.018 0.237 0.688 230 P 0.021 0.021 0.038 0.035 0.320 0.565 231 Y 0.026 0.019 0.059 0.045 0.502 0.349 232 W 0.019 0.008 0.072 0.070 0.547 0.283 233 E 0.016 0.009 0.057 0.103 0.515 0.300 234 M 0.025 0.017 0.040 0.140 0.452 0.325 235 S 0.029 0.018 0.033 0.327 0.298 0.295 236 N 0.025 0.006 0.040 0.588 0.195 0.147 237 Q 0.044 0.005 0.044 0.669 0.143 0.094 238 D 0.063 0.006 0.053 0.733 0.088 0.057 239 V 0.094 0.006 0.054 0.739 0.057 0.049 240 I 0.104 0.004 0.056 0.755 0.043 0.038 241 K 0.118 0.003 0.041 0.749 0.044 0.044 242 A 0.123 0.006 0.024 0.715 0.058 0.073 243 V 0.110 0.012 0.027 0.539 0.127 0.184 244 D 0.069 0.007 0.039 0.299 0.293 0.294 245 E 0.041 0.006 0.059 0.152 0.416 0.325 246 G 0.051 0.012 0.044 0.056 0.450 0.388 247 Y 0.115 0.028 0.043 0.042 0.379 0.393 248 R 0.085 0.027 0.045 0.030 0.270 0.544 249 L 0.056 0.018 0.029 0.028 0.221 0.648 250 P 0.037 0.024 0.019 0.021 0.200 0.699 251 P 0.014 0.021 0.010 0.018 0.180 0.757 252 P 0.012 0.018 0.045 0.042 0.478 0.406 253 M 0.007 0.006 0.122 0.104 0.583 0.179 254 D 0.004 0.006 0.107 0.127 0.551 0.205 255 C 0.004 0.016 0.042 0.162 0.434 0.342 256 P 0.002 0.004 0.011 0.306 0.124 0.552 257 A 0.001 0.001 0.007 0.952 0.017 0.023 258 A 0.001 0.001 0.006 0.973 0.013 0.007 259 L 0.001 0.001 0.003 0.985 0.006 0.004 260 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 261 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 262 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 263 M 0.001 0.001 0.003 0.992 0.004 0.001 264 L 0.001 0.001 0.006 0.988 0.005 0.001 265 D 0.001 0.001 0.008 0.972 0.014 0.006 266 C 0.001 0.001 0.008 0.932 0.034 0.025 267 W 0.005 0.008 0.030 0.697 0.126 0.134 268 Q 0.020 0.025 0.045 0.228 0.422 0.259 269 K 0.034 0.032 0.031 0.066 0.369 0.468 270 D 0.007 0.007 0.015 0.012 0.595 0.365 271 R 0.001 0.001 0.604 0.023 0.359 0.012 272 N 0.001 0.001 0.516 0.013 0.459 0.010 273 N 0.001 0.001 0.589 0.024 0.371 0.013 274 R 0.013 0.006 0.042 0.036 0.461 0.442 275 P 0.018 0.037 0.020 0.037 0.270 0.619 276 K 0.038 0.036 0.008 0.035 0.093 0.789 277 F 0.009 0.001 0.028 0.884 0.036 0.042 278 E 0.002 0.001 0.031 0.926 0.027 0.014 279 Q 0.001 0.001 0.038 0.948 0.011 0.002 280 I 0.001 0.001 0.019 0.961 0.015 0.002 281 V 0.001 0.001 0.007 0.975 0.013 0.004 282 S 0.001 0.001 0.005 0.965 0.019 0.011 283 I 0.001 0.001 0.004 0.948 0.023 0.025 284 L 0.001 0.003 0.008 0.927 0.037 0.024 285 D 0.002 0.002 0.021 0.850 0.078 0.047 286 K 0.003 0.001 0.028 0.777 0.112 0.079 287 L 0.005 0.002 0.025 0.733 0.121 0.114 288 I 0.008 0.006 0.018 0.639 0.135 0.193 289 R 0.008 0.008 0.022 0.319 0.222 0.422 290 N 0.008 0.006 0.024 0.143 0.268 0.551 291 P 0.008 0.007 0.039 0.079 0.340 0.527 292 G 0.010 0.011 0.050 0.091 0.360 0.478 293 S 0.015 0.010 0.058 0.111 0.328 0.477 294 L 0.017 0.012 0.044 0.143 0.253 0.530 295 K 0.019 0.017 0.034 0.133 0.206 0.591 296 I 0.018 0.011 0.023 0.165 0.182 0.601 297 I 0.025 0.013 0.035 0.240 0.212 0.475 298 T 0.029 0.010 0.038 0.258 0.225 0.440 299 S 0.030 0.008 0.071 0.384 0.216 0.291 300 A 0.034 0.011 0.102 0.381 0.241 0.231 301 A 0.037 0.010 0.086 0.357 0.243 0.266 302 A 0.027 0.014 0.072 0.278 0.248 0.361 303 R 0.020 0.019 0.029 0.135 0.254 0.543 304 P 0.011 0.013 0.024 0.064 0.270 0.618 305 S 0.004 0.007 0.024 0.066 0.394 0.504 306 N 0.005 0.006 0.066 0.081 0.468 0.374 307 L 0.007 0.010 0.125 0.118 0.495 0.244 308 L 0.008 0.014 0.095 0.095 0.384 0.405 309 L 0.007 0.016 0.049 0.088 0.227 0.614 310 D 0.001 0.002 0.002 0.007 0.051 0.938