# TARGET T0291 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0291.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4685 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.276 0.025 0.029 0.007 0.227 0.053 0.384 2 Y 0.362 0.077 0.014 0.006 0.098 0.049 0.393 3 V 0.311 0.165 0.006 0.006 0.084 0.025 0.404 4 D 0.082 0.020 0.007 0.003 0.128 0.030 0.729 5 P 0.014 0.009 0.055 0.023 0.232 0.536 0.131 6 H 0.017 0.016 0.067 0.026 0.154 0.530 0.190 7 T 0.051 0.044 0.090 0.036 0.193 0.218 0.369 8 Y 0.070 0.054 0.052 0.030 0.186 0.131 0.477 9 E 0.057 0.058 0.059 0.037 0.270 0.114 0.405 10 D 0.041 0.026 0.040 0.023 0.186 0.066 0.618 11 P 0.029 0.011 0.131 0.051 0.126 0.326 0.325 12 T 0.030 0.011 0.155 0.048 0.181 0.318 0.258 13 Q 0.055 0.013 0.113 0.069 0.288 0.117 0.345 14 A 0.112 0.027 0.052 0.090 0.122 0.104 0.493 15 V 0.112 0.036 0.026 0.071 0.124 0.038 0.592 16 H 0.134 0.037 0.015 0.060 0.067 0.023 0.663 17 E 0.033 0.006 0.140 0.524 0.061 0.101 0.134 18 F 0.037 0.004 0.188 0.534 0.053 0.100 0.084 19 A 0.048 0.006 0.244 0.508 0.033 0.075 0.086 20 K 0.121 0.008 0.124 0.489 0.055 0.070 0.132 21 E 0.225 0.015 0.092 0.357 0.064 0.085 0.163 22 L 0.209 0.017 0.047 0.323 0.120 0.071 0.214 23 D 0.170 0.011 0.043 0.209 0.082 0.097 0.389 24 A 0.055 0.008 0.205 0.313 0.086 0.211 0.122 25 T 0.044 0.004 0.184 0.219 0.100 0.373 0.076 26 N 0.079 0.006 0.169 0.153 0.131 0.275 0.188 27 I 0.344 0.035 0.040 0.118 0.093 0.060 0.310 28 S 0.483 0.020 0.022 0.072 0.048 0.044 0.311 29 I 0.477 0.017 0.068 0.117 0.059 0.082 0.180 30 D 0.467 0.011 0.092 0.090 0.077 0.099 0.163 31 K 0.505 0.007 0.083 0.067 0.114 0.067 0.157 32 V 0.668 0.024 0.035 0.048 0.056 0.037 0.133 33 V 0.719 0.016 0.014 0.024 0.049 0.049 0.129 34 G 0.673 0.014 0.010 0.011 0.080 0.070 0.142 35 A 0.489 0.039 0.011 0.007 0.147 0.093 0.214 36 G 0.195 0.010 0.018 0.005 0.261 0.217 0.294 37 E 0.153 0.014 0.023 0.006 0.291 0.299 0.214 38 F 0.343 0.018 0.014 0.005 0.217 0.179 0.223 39 G 0.616 0.010 0.005 0.003 0.148 0.026 0.192 40 E 0.843 0.030 0.003 0.001 0.016 0.004 0.103 41 V 0.932 0.007 0.002 0.001 0.007 0.003 0.048 42 C 0.945 0.002 0.004 0.001 0.012 0.004 0.032 43 S 0.927 0.004 0.004 0.001 0.009 0.003 0.052 44 G 0.927 0.002 0.002 0.001 0.010 0.003 0.054 45 R 0.959 0.008 0.001 0.001 0.006 0.002 0.024 46 L 0.859 0.011 0.002 0.002 0.012 0.007 0.108 47 K 0.393 0.006 0.006 0.005 0.112 0.287 0.191 48 L 0.128 0.008 0.011 0.004 0.263 0.440 0.145 49 P 0.038 0.003 0.009 0.005 0.438 0.387 0.119 50 S 0.084 0.003 0.007 0.009 0.339 0.351 0.206 51 K 0.553 0.016 0.004 0.029 0.090 0.024 0.284 52 K 0.791 0.016 0.002 0.029 0.017 0.004 0.141 53 E 0.887 0.007 0.003 0.037 0.007 0.002 0.056 54 I 0.887 0.003 0.005 0.058 0.007 0.003 0.037 55 S 0.897 0.001 0.005 0.064 0.007 0.002 0.023 56 V 0.931 0.001 0.003 0.049 0.004 0.001 0.012 57 A 0.925 0.001 0.003 0.054 0.003 0.002 0.012 58 I 0.872 0.002 0.005 0.092 0.007 0.004 0.017 59 K 0.756 0.003 0.010 0.168 0.014 0.012 0.037 60 T 0.461 0.011 0.022 0.334 0.041 0.049 0.082 61 L 0.250 0.011 0.029 0.359 0.100 0.109 0.142 62 K 0.102 0.012 0.041 0.300 0.153 0.145 0.246 63 V 0.033 0.009 0.050 0.267 0.185 0.198 0.258 64 G 0.016 0.007 0.051 0.194 0.188 0.298 0.245 65 Y 0.006 0.006 0.044 0.173 0.233 0.188 0.349 66 T 0.005 0.005 0.023 0.242 0.191 0.089 0.445 67 E 0.001 0.002 0.032 0.727 0.061 0.100 0.078 68 K 0.001 0.002 0.030 0.812 0.028 0.083 0.045 69 Q 0.001 0.002 0.017 0.881 0.018 0.041 0.040 70 R 0.001 0.001 0.004 0.949 0.014 0.013 0.019 71 R 0.001 0.001 0.002 0.977 0.004 0.009 0.007 72 D 0.001 0.001 0.002 0.982 0.002 0.009 0.004 73 F 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 74 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 75 G 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 77 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 78 S 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.007 0.001 79 I 0.001 0.001 0.003 0.980 0.003 0.012 0.002 80 M 0.001 0.001 0.021 0.951 0.002 0.019 0.005 81 G 0.002 0.001 0.041 0.830 0.009 0.113 0.004 82 Q 0.002 0.001 0.061 0.654 0.014 0.255 0.013 83 F 0.003 0.009 0.024 0.275 0.298 0.215 0.175 84 D 0.003 0.016 0.008 0.060 0.208 0.429 0.276 85 H 0.004 0.010 0.004 0.013 0.480 0.048 0.441 86 P 0.003 0.002 0.027 0.014 0.138 0.680 0.137 87 N 0.027 0.007 0.044 0.006 0.139 0.671 0.106 88 I 0.615 0.098 0.034 0.020 0.041 0.024 0.168 89 I 0.892 0.022 0.003 0.006 0.003 0.004 0.069 90 R 0.925 0.003 0.004 0.009 0.012 0.005 0.041 91 L 0.937 0.005 0.005 0.007 0.009 0.008 0.030 92 E 0.863 0.003 0.011 0.014 0.018 0.019 0.071 93 G 0.798 0.004 0.019 0.018 0.040 0.024 0.098 94 V 0.735 0.010 0.022 0.035 0.041 0.031 0.127 95 V 0.735 0.031 0.016 0.035 0.033 0.032 0.118 96 T 0.467 0.028 0.021 0.047 0.088 0.083 0.265 97 K 0.146 0.010 0.019 0.029 0.277 0.260 0.259 98 S 0.058 0.006 0.019 0.008 0.359 0.412 0.137 99 K 0.080 0.004 0.013 0.002 0.410 0.243 0.247 100 P 0.273 0.007 0.004 0.001 0.266 0.043 0.405 101 V 0.774 0.006 0.001 0.001 0.059 0.005 0.154 102 M 0.977 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 103 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 104 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 105 T 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 106 E 0.898 0.006 0.002 0.001 0.009 0.002 0.081 107 Y 0.675 0.014 0.006 0.003 0.045 0.012 0.246 108 M 0.327 0.018 0.024 0.002 0.129 0.041 0.461 109 E 0.031 0.003 0.045 0.001 0.177 0.665 0.077 110 N 0.009 0.002 0.027 0.001 0.166 0.747 0.049 111 G 0.033 0.023 0.008 0.002 0.509 0.043 0.383 112 S 0.072 0.106 0.002 0.009 0.095 0.008 0.707 113 L 0.004 0.001 0.086 0.860 0.014 0.020 0.015 114 D 0.002 0.001 0.091 0.869 0.004 0.020 0.013 115 S 0.002 0.001 0.088 0.878 0.003 0.016 0.012 116 F 0.003 0.002 0.038 0.914 0.003 0.032 0.008 117 L 0.006 0.008 0.033 0.807 0.013 0.114 0.020 118 R 0.006 0.004 0.044 0.608 0.026 0.281 0.032 119 K 0.005 0.003 0.034 0.431 0.159 0.239 0.128 120 H 0.005 0.008 0.069 0.197 0.168 0.361 0.193 121 D 0.005 0.007 0.052 0.026 0.252 0.410 0.249 122 A 0.016 0.006 0.041 0.024 0.306 0.185 0.421 123 Q 0.056 0.027 0.022 0.025 0.210 0.109 0.551 124 F 0.029 0.027 0.004 0.013 0.187 0.015 0.726 125 T 0.016 0.011 0.001 0.017 0.075 0.004 0.876 126 V 0.001 0.001 0.008 0.975 0.006 0.006 0.004 127 I 0.001 0.001 0.004 0.988 0.003 0.003 0.002 128 Q 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 0.001 129 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 130 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 131 G 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 132 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 133 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 134 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 135 G 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 136 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 137 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 138 S 0.001 0.001 0.001 0.967 0.001 0.029 0.001 139 G 0.001 0.001 0.001 0.972 0.001 0.025 0.001 140 M 0.001 0.001 0.003 0.984 0.002 0.006 0.005 141 K 0.001 0.001 0.013 0.963 0.002 0.020 0.002 142 Y 0.001 0.001 0.034 0.871 0.003 0.088 0.003 143 L 0.001 0.002 0.032 0.864 0.012 0.080 0.008 144 S 0.004 0.002 0.036 0.826 0.012 0.102 0.017 145 D 0.011 0.003 0.071 0.579 0.068 0.187 0.082 146 M 0.004 0.001 0.072 0.134 0.071 0.691 0.026 147 G 0.017 0.008 0.038 0.044 0.071 0.762 0.060 148 Y 0.271 0.023 0.013 0.036 0.075 0.067 0.515 149 V 0.521 0.055 0.015 0.028 0.036 0.038 0.307 150 H 0.401 0.019 0.052 0.032 0.108 0.069 0.320 151 R 0.252 0.010 0.056 0.026 0.275 0.095 0.286 152 D 0.269 0.007 0.023 0.011 0.309 0.062 0.318 153 L 0.308 0.023 0.004 0.006 0.227 0.015 0.417 154 A 0.165 0.026 0.007 0.009 0.080 0.016 0.697 155 A 0.157 0.022 0.421 0.084 0.074 0.101 0.142 156 R 0.089 0.007 0.529 0.056 0.125 0.114 0.080 157 N 0.193 0.006 0.462 0.045 0.067 0.068 0.159 158 I 0.642 0.022 0.045 0.030 0.026 0.039 0.195 159 L 0.753 0.036 0.016 0.015 0.032 0.054 0.094 160 I 0.696 0.046 0.006 0.009 0.048 0.020 0.175 161 N 0.180 0.018 0.012 0.005 0.073 0.054 0.658 162 S 0.031 0.006 0.027 0.004 0.169 0.702 0.061 163 N 0.025 0.003 0.019 0.002 0.114 0.794 0.044 164 L 0.220 0.008 0.011 0.002 0.322 0.091 0.346 165 V 0.555 0.021 0.002 0.001 0.120 0.010 0.291 166 C 0.831 0.023 0.001 0.001 0.013 0.003 0.129 167 K 0.886 0.012 0.001 0.001 0.012 0.003 0.085 168 V 0.742 0.012 0.002 0.001 0.024 0.007 0.212 169 S 0.434 0.022 0.006 0.003 0.129 0.034 0.371 170 D 0.220 0.021 0.014 0.012 0.289 0.064 0.381 171 F 0.134 0.015 0.035 0.026 0.181 0.262 0.347 172 G 0.158 0.025 0.078 0.063 0.175 0.270 0.231 173 L 0.223 0.023 0.154 0.123 0.144 0.124 0.209 174 G 0.285 0.023 0.148 0.166 0.069 0.066 0.243 175 R 0.407 0.026 0.136 0.157 0.063 0.071 0.141 176 V 0.471 0.025 0.064 0.135 0.076 0.078 0.151 177 L 0.349 0.044 0.036 0.100 0.159 0.075 0.237 178 E 0.209 0.024 0.029 0.071 0.183 0.131 0.353 179 D 0.106 0.015 0.040 0.070 0.200 0.247 0.322 180 D 0.080 0.014 0.048 0.060 0.216 0.232 0.351 181 P 0.075 0.011 0.098 0.105 0.254 0.205 0.252 182 E 0.074 0.013 0.129 0.146 0.217 0.201 0.220 183 A 0.084 0.017 0.151 0.165 0.165 0.234 0.185 184 A 0.148 0.022 0.102 0.123 0.137 0.223 0.246 185 Y 0.216 0.027 0.066 0.109 0.128 0.194 0.260 186 T 0.286 0.031 0.062 0.107 0.107 0.174 0.232 187 T 0.283 0.022 0.060 0.072 0.132 0.176 0.255 188 R 0.346 0.025 0.034 0.032 0.183 0.126 0.254 189 G 0.392 0.019 0.025 0.022 0.148 0.085 0.310 190 G 0.425 0.043 0.019 0.015 0.116 0.062 0.320 191 K 0.405 0.032 0.013 0.014 0.137 0.044 0.356 192 I 0.350 0.036 0.011 0.017 0.188 0.036 0.362 193 P 0.131 0.020 0.021 0.053 0.112 0.030 0.633 194 I 0.066 0.013 0.136 0.188 0.113 0.154 0.331 195 R 0.067 0.005 0.204 0.165 0.116 0.338 0.105 196 W 0.109 0.026 0.220 0.154 0.123 0.202 0.165 197 T 0.103 0.083 0.051 0.182 0.205 0.056 0.320 198 S 0.090 0.023 0.014 0.123 0.153 0.031 0.566 199 P 0.012 0.003 0.114 0.659 0.047 0.098 0.066 200 E 0.012 0.005 0.154 0.703 0.029 0.069 0.028 201 A 0.015 0.004 0.172 0.676 0.021 0.082 0.030 202 I 0.018 0.007 0.093 0.735 0.019 0.089 0.039 203 A 0.031 0.006 0.048 0.466 0.044 0.355 0.050 204 Y 0.037 0.007 0.034 0.146 0.108 0.559 0.109 205 R 0.042 0.015 0.019 0.038 0.334 0.126 0.427 206 K 0.095 0.034 0.036 0.029 0.244 0.093 0.469 207 F 0.116 0.060 0.048 0.042 0.157 0.109 0.468 208 T 0.042 0.015 0.043 0.031 0.141 0.085 0.643 209 S 0.025 0.007 0.130 0.164 0.193 0.334 0.147 210 A 0.022 0.007 0.100 0.306 0.148 0.320 0.097 211 S 0.060 0.017 0.047 0.289 0.201 0.067 0.319 212 D 0.073 0.011 0.029 0.353 0.134 0.077 0.323 213 V 0.110 0.015 0.020 0.690 0.026 0.047 0.092 214 W 0.092 0.005 0.019 0.778 0.019 0.032 0.055 215 S 0.066 0.003 0.015 0.820 0.013 0.052 0.030 216 Y 0.066 0.003 0.009 0.824 0.010 0.052 0.036 217 G 0.042 0.002 0.011 0.846 0.035 0.028 0.036 218 I 0.051 0.001 0.005 0.897 0.014 0.008 0.024 219 V 0.047 0.001 0.005 0.933 0.003 0.005 0.007 220 L 0.044 0.001 0.003 0.943 0.002 0.004 0.003 221 W 0.046 0.001 0.006 0.934 0.002 0.007 0.005 222 E 0.050 0.001 0.016 0.898 0.006 0.018 0.012 223 V 0.072 0.003 0.032 0.812 0.018 0.041 0.022 224 M 0.066 0.004 0.023 0.764 0.027 0.072 0.044 225 S 0.067 0.009 0.023 0.390 0.088 0.300 0.123 226 Y 0.038 0.006 0.013 0.054 0.254 0.269 0.367 227 G 0.043 0.024 0.016 0.022 0.298 0.101 0.496 228 E 0.064 0.084 0.013 0.024 0.206 0.032 0.577 229 R 0.030 0.026 0.023 0.028 0.117 0.059 0.718 230 P 0.014 0.015 0.046 0.038 0.160 0.152 0.575 231 Y 0.008 0.012 0.086 0.055 0.218 0.235 0.386 232 W 0.006 0.005 0.102 0.074 0.193 0.360 0.260 233 E 0.005 0.009 0.090 0.093 0.267 0.240 0.297 234 M 0.006 0.018 0.047 0.121 0.267 0.086 0.454 235 S 0.009 0.012 0.034 0.310 0.089 0.105 0.440 236 N 0.012 0.005 0.040 0.615 0.051 0.098 0.179 237 Q 0.029 0.006 0.050 0.716 0.039 0.061 0.099 238 D 0.044 0.007 0.039 0.769 0.033 0.034 0.074 239 V 0.066 0.008 0.035 0.788 0.017 0.035 0.050 240 I 0.095 0.005 0.039 0.732 0.017 0.061 0.052 241 K 0.118 0.006 0.042 0.656 0.026 0.098 0.055 242 A 0.108 0.010 0.039 0.584 0.063 0.087 0.110 243 V 0.077 0.010 0.039 0.487 0.096 0.067 0.224 244 D 0.046 0.008 0.055 0.302 0.104 0.120 0.365 245 E 0.018 0.005 0.096 0.177 0.131 0.431 0.142 246 G 0.021 0.004 0.098 0.069 0.148 0.470 0.190 247 Y 0.039 0.026 0.090 0.064 0.196 0.121 0.464 248 R 0.047 0.058 0.053 0.047 0.130 0.083 0.582 249 L 0.033 0.013 0.043 0.032 0.171 0.114 0.594 250 P 0.026 0.019 0.037 0.026 0.220 0.140 0.532 251 P 0.013 0.048 0.027 0.034 0.234 0.034 0.610 252 P 0.006 0.014 0.035 0.026 0.067 0.042 0.811 253 M 0.003 0.003 0.165 0.101 0.121 0.408 0.199 254 D 0.003 0.012 0.221 0.101 0.107 0.399 0.157 255 C 0.003 0.014 0.056 0.139 0.262 0.048 0.479 256 P 0.003 0.005 0.013 0.218 0.065 0.027 0.668 257 A 0.001 0.001 0.022 0.910 0.012 0.040 0.014 258 A 0.001 0.001 0.013 0.948 0.004 0.026 0.008 259 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.004 0.001 260 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 261 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 262 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 263 M 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.001 264 L 0.001 0.001 0.003 0.964 0.002 0.029 0.001 265 D 0.001 0.001 0.005 0.933 0.002 0.057 0.002 266 C 0.001 0.001 0.011 0.904 0.015 0.051 0.017 267 W 0.003 0.005 0.031 0.829 0.023 0.089 0.020 268 Q 0.007 0.004 0.035 0.632 0.071 0.169 0.081 269 K 0.006 0.009 0.024 0.279 0.278 0.198 0.206 270 D 0.005 0.011 0.006 0.013 0.146 0.030 0.788 271 R 0.001 0.002 0.405 0.066 0.028 0.469 0.030 272 N 0.001 0.001 0.477 0.025 0.031 0.426 0.040 273 N 0.001 0.008 0.520 0.046 0.094 0.208 0.123 274 R 0.005 0.021 0.020 0.041 0.492 0.075 0.346 275 P 0.008 0.023 0.006 0.016 0.225 0.064 0.658 276 K 0.022 0.133 0.002 0.031 0.099 0.016 0.697 277 F 0.001 0.001 0.011 0.970 0.008 0.006 0.005 278 E 0.001 0.001 0.009 0.981 0.003 0.004 0.002 279 Q 0.001 0.001 0.010 0.983 0.001 0.004 0.002 280 I 0.001 0.001 0.005 0.986 0.001 0.006 0.001 281 V 0.001 0.001 0.003 0.966 0.003 0.025 0.003 282 S 0.001 0.001 0.005 0.878 0.006 0.103 0.006 283 I 0.001 0.001 0.006 0.823 0.023 0.100 0.047 284 L 0.003 0.006 0.026 0.813 0.023 0.059 0.070 285 D 0.004 0.002 0.079 0.783 0.026 0.069 0.037 286 K 0.003 0.002 0.078 0.787 0.027 0.075 0.028 287 L 0.003 0.003 0.061 0.801 0.023 0.078 0.030 288 I 0.008 0.007 0.040 0.668 0.045 0.178 0.054 289 R 0.011 0.006 0.036 0.395 0.119 0.248 0.185 290 N 0.010 0.007 0.021 0.118 0.282 0.109 0.453 291 P 0.012 0.009 0.032 0.067 0.204 0.155 0.520 292 G 0.011 0.011 0.056 0.063 0.168 0.184 0.506 293 S 0.016 0.012 0.075 0.060 0.147 0.125 0.565 294 L 0.027 0.011 0.066 0.066 0.127 0.134 0.570 295 K 0.028 0.025 0.048 0.068 0.156 0.065 0.610 296 I 0.030 0.038 0.031 0.067 0.123 0.038 0.674 297 I 0.025 0.020 0.038 0.082 0.094 0.064 0.678 298 T 0.018 0.013 0.065 0.116 0.122 0.117 0.549 299 S 0.011 0.011 0.153 0.211 0.136 0.158 0.320 300 A 0.010 0.008 0.221 0.246 0.101 0.176 0.239 301 A 0.009 0.008 0.197 0.251 0.091 0.218 0.226 302 A 0.006 0.014 0.105 0.235 0.109 0.163 0.367 303 R 0.006 0.016 0.045 0.195 0.196 0.078 0.464 304 P 0.006 0.007 0.058 0.187 0.130 0.093 0.519 305 S 0.004 0.010 0.098 0.257 0.089 0.141 0.401 306 N 0.003 0.003 0.145 0.242 0.066 0.173 0.368 307 L 0.004 0.003 0.173 0.274 0.130 0.240 0.176 308 L 0.004 0.006 0.120 0.302 0.100 0.213 0.254 309 L 0.002 0.006 0.034 0.182 0.009 0.085 0.683 310 D 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.994