# TARGET T0291 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0291.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 79.048 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.044 0.013 0.012 0.008 0.261 0.662 2 Y 0.062 0.035 0.016 0.010 0.260 0.617 3 V 0.062 0.081 0.011 0.009 0.243 0.595 4 D 0.032 0.043 0.011 0.006 0.431 0.477 5 P 0.011 0.008 0.119 0.028 0.520 0.312 6 H 0.018 0.009 0.179 0.035 0.519 0.241 7 T 0.025 0.028 0.156 0.040 0.589 0.162 8 Y 0.024 0.029 0.050 0.038 0.428 0.431 9 E 0.030 0.047 0.022 0.035 0.377 0.488 10 D 0.014 0.013 0.010 0.016 0.501 0.446 11 P 0.005 0.004 0.185 0.173 0.419 0.213 12 T 0.013 0.010 0.172 0.205 0.350 0.250 13 Q 0.012 0.008 0.152 0.370 0.313 0.146 14 A 0.012 0.007 0.050 0.685 0.103 0.143 15 V 0.029 0.008 0.043 0.762 0.080 0.079 16 H 0.052 0.006 0.048 0.701 0.106 0.087 17 E 0.066 0.005 0.063 0.645 0.108 0.113 18 F 0.079 0.010 0.074 0.616 0.102 0.118 19 A 0.080 0.004 0.093 0.485 0.183 0.157 20 K 0.202 0.004 0.077 0.360 0.147 0.209 21 E 0.344 0.020 0.029 0.403 0.066 0.139 22 L 0.325 0.040 0.019 0.186 0.112 0.318 23 D 0.129 0.010 0.030 0.048 0.214 0.570 24 A 0.024 0.002 0.593 0.063 0.259 0.058 25 T 0.035 0.001 0.420 0.030 0.430 0.083 26 N 0.094 0.003 0.265 0.014 0.447 0.178 27 I 0.514 0.036 0.006 0.006 0.105 0.333 28 S 0.762 0.020 0.002 0.008 0.035 0.175 29 I 0.824 0.012 0.008 0.037 0.046 0.073 30 D 0.756 0.004 0.014 0.053 0.082 0.090 31 K 0.770 0.005 0.021 0.052 0.090 0.063 32 V 0.716 0.008 0.010 0.045 0.103 0.117 33 V 0.592 0.016 0.017 0.040 0.176 0.159 34 G 0.503 0.015 0.015 0.028 0.227 0.211 35 A 0.340 0.017 0.034 0.039 0.302 0.268 36 G 0.267 0.015 0.064 0.022 0.403 0.229 37 E 0.301 0.014 0.072 0.019 0.410 0.185 38 F 0.407 0.017 0.045 0.021 0.335 0.176 39 G 0.620 0.007 0.026 0.007 0.175 0.165 40 E 0.884 0.005 0.012 0.005 0.045 0.049 41 V 0.923 0.005 0.006 0.003 0.025 0.038 42 C 0.923 0.003 0.003 0.002 0.026 0.043 43 S 0.925 0.001 0.001 0.002 0.025 0.047 44 G 0.924 0.002 0.002 0.002 0.023 0.047 45 R 0.945 0.003 0.001 0.002 0.017 0.031 46 L 0.935 0.004 0.002 0.001 0.018 0.040 47 K 0.795 0.015 0.002 0.001 0.056 0.130 48 L 0.401 0.024 0.005 0.002 0.513 0.055 49 P 0.039 0.005 0.020 0.002 0.913 0.020 50 S 0.009 0.002 0.031 0.004 0.935 0.019 51 K 0.025 0.010 0.024 0.004 0.903 0.034 52 K 0.127 0.016 0.008 0.005 0.309 0.535 53 E 0.528 0.020 0.005 0.003 0.095 0.349 54 I 0.895 0.006 0.002 0.003 0.024 0.070 55 S 0.967 0.001 0.001 0.001 0.007 0.023 56 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 57 A 0.988 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 58 I 0.980 0.001 0.001 0.006 0.003 0.009 59 K 0.955 0.001 0.001 0.007 0.010 0.027 60 T 0.832 0.002 0.002 0.007 0.036 0.121 61 L 0.379 0.014 0.008 0.015 0.124 0.460 62 K 0.158 0.020 0.019 0.014 0.554 0.236 63 V 0.040 0.006 0.036 0.037 0.727 0.154 64 G 0.015 0.005 0.038 0.032 0.738 0.173 65 Y 0.028 0.040 0.012 0.034 0.590 0.298 66 T 0.010 0.011 0.002 0.050 0.093 0.834 67 E 0.001 0.001 0.012 0.962 0.013 0.012 68 K 0.001 0.001 0.010 0.978 0.009 0.003 69 Q 0.001 0.001 0.010 0.979 0.007 0.003 70 R 0.001 0.001 0.005 0.986 0.004 0.003 71 R 0.001 0.001 0.005 0.988 0.003 0.003 72 D 0.001 0.001 0.005 0.987 0.003 0.005 73 F 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 74 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.002 75 G 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 77 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 78 S 0.001 0.001 0.006 0.978 0.011 0.004 79 I 0.002 0.001 0.024 0.939 0.024 0.010 80 M 0.005 0.002 0.072 0.833 0.068 0.020 81 G 0.009 0.004 0.105 0.702 0.102 0.079 82 Q 0.010 0.008 0.051 0.498 0.176 0.257 83 F 0.021 0.029 0.048 0.199 0.271 0.432 84 D 0.017 0.014 0.018 0.063 0.228 0.659 85 H 0.008 0.009 0.080 0.105 0.649 0.149 86 P 0.005 0.002 0.113 0.084 0.735 0.062 87 N 0.008 0.002 0.114 0.029 0.788 0.059 88 I 0.357 0.038 0.052 0.019 0.446 0.089 89 I 0.861 0.012 0.008 0.009 0.034 0.077 90 R 0.947 0.007 0.004 0.004 0.011 0.027 91 L 0.890 0.002 0.003 0.007 0.019 0.078 92 E 0.817 0.002 0.003 0.015 0.043 0.120 93 G 0.864 0.002 0.002 0.009 0.042 0.080 94 V 0.924 0.004 0.003 0.011 0.020 0.038 95 V 0.872 0.011 0.004 0.015 0.028 0.069 96 T 0.553 0.015 0.007 0.014 0.230 0.181 97 K 0.142 0.006 0.012 0.013 0.611 0.216 98 S 0.054 0.011 0.012 0.010 0.668 0.245 99 K 0.070 0.019 0.005 0.004 0.685 0.218 100 P 0.180 0.006 0.003 0.002 0.345 0.464 101 V 0.822 0.012 0.001 0.001 0.039 0.125 102 M 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 103 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 105 T 0.960 0.001 0.001 0.004 0.005 0.031 106 E 0.784 0.001 0.003 0.010 0.035 0.168 107 Y 0.269 0.015 0.016 0.019 0.130 0.551 108 M 0.093 0.028 0.047 0.016 0.566 0.249 109 E 0.053 0.016 0.039 0.019 0.705 0.169 110 N 0.010 0.005 0.040 0.018 0.737 0.191 111 G 0.015 0.017 0.007 0.007 0.593 0.361 112 S 0.010 0.016 0.003 0.018 0.129 0.825 113 L 0.001 0.001 0.044 0.921 0.022 0.012 114 D 0.001 0.001 0.036 0.947 0.013 0.003 115 S 0.001 0.001 0.038 0.947 0.012 0.002 116 F 0.002 0.001 0.026 0.952 0.013 0.006 117 L 0.002 0.001 0.017 0.959 0.014 0.007 118 R 0.004 0.002 0.015 0.927 0.033 0.020 119 K 0.003 0.002 0.012 0.843 0.075 0.065 120 H 0.004 0.005 0.026 0.466 0.338 0.162 121 D 0.002 0.002 0.027 0.034 0.655 0.279 122 A 0.009 0.002 0.028 0.018 0.618 0.325 123 Q 0.085 0.023 0.023 0.020 0.370 0.479 124 F 0.147 0.064 0.004 0.018 0.112 0.655 125 T 0.102 0.021 0.001 0.029 0.034 0.812 126 V 0.003 0.001 0.010 0.979 0.002 0.006 127 I 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 128 Q 0.001 0.001 0.007 0.992 0.001 0.001 129 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 130 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 131 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 132 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 133 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 134 R 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 135 G 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 136 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 137 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.002 138 S 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 139 G 0.001 0.001 0.005 0.980 0.005 0.010 140 M 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 141 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 142 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 143 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.004 0.001 144 S 0.001 0.001 0.009 0.981 0.007 0.002 145 D 0.001 0.001 0.012 0.962 0.018 0.008 146 M 0.001 0.001 0.011 0.862 0.042 0.083 147 G 0.001 0.001 0.001 0.013 0.028 0.957 148 Y 0.006 0.028 0.011 0.117 0.096 0.742 149 V 0.032 0.025 0.031 0.308 0.182 0.423 150 H 0.031 0.012 0.031 0.568 0.118 0.240 151 R 0.016 0.002 0.028 0.818 0.071 0.065 152 D 0.026 0.006 0.043 0.823 0.060 0.042 153 L 0.013 0.002 0.039 0.878 0.050 0.018 154 A 0.037 0.004 0.071 0.787 0.069 0.033 155 A 0.029 0.002 0.075 0.810 0.057 0.026 156 R 0.040 0.002 0.065 0.792 0.047 0.054 157 N 0.057 0.002 0.019 0.197 0.103 0.622 158 I 0.251 0.012 0.008 0.064 0.070 0.596 159 L 0.467 0.024 0.004 0.031 0.100 0.374 160 I 0.343 0.098 0.004 0.006 0.136 0.412 161 N 0.090 0.013 0.010 0.003 0.835 0.051 162 S 0.029 0.004 0.022 0.002 0.918 0.025 163 N 0.010 0.001 0.009 0.001 0.947 0.032 164 L 0.318 0.009 0.004 0.001 0.587 0.081 165 V 0.916 0.008 0.001 0.001 0.018 0.057 166 C 0.985 0.005 0.001 0.001 0.003 0.007 167 K 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 168 V 0.930 0.003 0.001 0.003 0.017 0.046 169 S 0.549 0.004 0.009 0.007 0.158 0.274 170 D 0.180 0.014 0.054 0.017 0.441 0.294 171 F 0.062 0.019 0.082 0.026 0.580 0.231 172 G 0.071 0.021 0.104 0.048 0.481 0.275 173 L 0.105 0.018 0.119 0.057 0.361 0.340 174 G 0.146 0.029 0.125 0.079 0.231 0.389 175 R 0.198 0.035 0.155 0.099 0.226 0.286 176 V 0.251 0.061 0.086 0.096 0.246 0.260 177 L 0.269 0.037 0.057 0.087 0.376 0.173 178 E 0.238 0.033 0.032 0.072 0.407 0.219 179 D 0.077 0.018 0.012 0.044 0.495 0.354 180 D 0.026 0.008 0.005 0.014 0.472 0.475 181 P 0.024 0.003 0.190 0.313 0.374 0.096 182 E 0.083 0.005 0.184 0.309 0.359 0.061 183 A 0.151 0.007 0.128 0.335 0.317 0.062 184 A 0.424 0.012 0.025 0.254 0.151 0.133 185 Y 0.538 0.024 0.016 0.242 0.076 0.103 186 T 0.474 0.027 0.013 0.275 0.105 0.106 187 T 0.305 0.020 0.023 0.219 0.265 0.169 188 R 0.147 0.016 0.033 0.139 0.428 0.237 189 G 0.094 0.008 0.015 0.013 0.574 0.296 190 G 0.250 0.008 0.006 0.005 0.332 0.399 191 K 0.536 0.038 0.004 0.004 0.098 0.320 192 I 0.602 0.036 0.004 0.003 0.095 0.260 193 P 0.497 0.011 0.007 0.006 0.101 0.376 194 I 0.646 0.017 0.023 0.016 0.074 0.224 195 R 0.563 0.019 0.047 0.042 0.104 0.225 196 W 0.520 0.017 0.065 0.062 0.114 0.221 197 T 0.263 0.035 0.024 0.083 0.155 0.440 198 S 0.133 0.009 0.014 0.184 0.148 0.512 199 P 0.014 0.001 0.037 0.844 0.065 0.039 200 E 0.018 0.004 0.057 0.849 0.057 0.016 201 A 0.020 0.004 0.060 0.856 0.049 0.010 202 I 0.034 0.003 0.091 0.760 0.089 0.023 203 A 0.026 0.004 0.064 0.729 0.108 0.069 204 Y 0.029 0.007 0.048 0.402 0.178 0.336 205 R 0.027 0.005 0.008 0.044 0.260 0.656 206 K 0.066 0.012 0.008 0.050 0.185 0.679 207 F 0.107 0.054 0.005 0.046 0.156 0.631 208 T 0.068 0.037 0.002 0.041 0.112 0.739 209 S 0.033 0.007 0.005 0.172 0.092 0.690 210 A 0.005 0.001 0.012 0.937 0.024 0.021 211 S 0.010 0.003 0.016 0.918 0.034 0.019 212 D 0.005 0.002 0.030 0.924 0.027 0.011 213 V 0.004 0.001 0.027 0.938 0.018 0.011 214 W 0.002 0.001 0.017 0.963 0.010 0.006 215 S 0.001 0.001 0.009 0.983 0.005 0.002 216 Y 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 217 G 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 218 I 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 219 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 220 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 221 W 0.001 0.001 0.006 0.989 0.004 0.001 222 E 0.001 0.001 0.011 0.982 0.006 0.001 223 V 0.002 0.001 0.012 0.977 0.007 0.002 224 M 0.004 0.002 0.010 0.948 0.012 0.024 225 S 0.009 0.012 0.016 0.744 0.142 0.077 226 Y 0.006 0.004 0.021 0.230 0.532 0.208 227 G 0.006 0.003 0.011 0.012 0.695 0.275 228 E 0.109 0.080 0.010 0.008 0.558 0.235 229 R 0.142 0.035 0.007 0.005 0.177 0.634 230 P 0.110 0.042 0.017 0.008 0.248 0.575 231 Y 0.066 0.019 0.130 0.013 0.539 0.233 232 W 0.070 0.009 0.123 0.014 0.582 0.202 233 E 0.034 0.008 0.140 0.016 0.624 0.179 234 M 0.058 0.071 0.017 0.011 0.413 0.430 235 S 0.026 0.017 0.001 0.013 0.083 0.861 236 N 0.001 0.001 0.007 0.952 0.013 0.027 237 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 238 D 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 239 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 240 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 241 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 242 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.002 243 V 0.001 0.001 0.002 0.988 0.007 0.001 244 D 0.001 0.001 0.005 0.962 0.028 0.003 245 E 0.001 0.001 0.009 0.883 0.084 0.022 246 G 0.006 0.005 0.013 0.166 0.331 0.480 247 Y 0.022 0.012 0.003 0.006 0.111 0.846 248 R 0.135 0.041 0.006 0.005 0.123 0.691 249 L 0.098 0.024 0.004 0.002 0.120 0.753 250 P 0.087 0.022 0.009 0.002 0.097 0.784 251 P 0.040 0.021 0.004 0.001 0.101 0.832 252 P 0.016 0.024 0.018 0.002 0.823 0.117 253 M 0.002 0.006 0.040 0.004 0.893 0.055 254 D 0.001 0.003 0.032 0.005 0.914 0.045 255 C 0.003 0.019 0.006 0.006 0.842 0.124 256 P 0.002 0.009 0.004 0.127 0.115 0.743 257 A 0.001 0.001 0.005 0.986 0.005 0.003 258 A 0.001 0.001 0.007 0.985 0.005 0.002 259 L 0.001 0.001 0.003 0.995 0.002 0.001 260 Y 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 261 Q 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 262 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 263 M 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 264 L 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.002 265 D 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.003 266 C 0.001 0.001 0.013 0.960 0.009 0.017 267 W 0.002 0.001 0.051 0.861 0.047 0.038 268 Q 0.006 0.004 0.050 0.693 0.143 0.104 269 K 0.007 0.009 0.038 0.569 0.169 0.209 270 D 0.004 0.008 0.025 0.033 0.674 0.256 271 R 0.001 0.001 0.531 0.046 0.408 0.015 272 N 0.001 0.001 0.465 0.027 0.491 0.015 273 N 0.003 0.005 0.332 0.039 0.587 0.034 274 R 0.010 0.024 0.029 0.041 0.348 0.547 275 P 0.016 0.049 0.006 0.046 0.144 0.738 276 K 0.015 0.020 0.004 0.081 0.089 0.791 277 F 0.001 0.001 0.007 0.990 0.002 0.002 278 E 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 279 Q 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 280 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 281 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 282 S 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 283 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 284 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 285 D 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 286 K 0.001 0.001 0.005 0.989 0.003 0.003 287 L 0.001 0.001 0.009 0.964 0.013 0.013 288 I 0.001 0.002 0.010 0.902 0.047 0.038 289 R 0.002 0.004 0.009 0.693 0.121 0.171 290 N 0.002 0.003 0.005 0.052 0.446 0.492 291 P 0.001 0.001 0.139 0.085 0.636 0.138 292 G 0.007 0.002 0.177 0.038 0.681 0.095 293 S 0.047 0.009 0.256 0.095 0.501 0.091 294 L 0.200 0.019 0.068 0.212 0.216 0.286 295 K 0.434 0.019 0.033 0.153 0.115 0.245 296 I 0.519 0.019 0.029 0.143 0.102 0.189 297 I 0.447 0.024 0.019 0.103 0.121 0.285 298 T 0.278 0.025 0.035 0.104 0.168 0.390 299 S 0.156 0.015 0.069 0.086 0.268 0.406 300 A 0.072 0.010 0.228 0.125 0.337 0.228 301 A 0.070 0.012 0.200 0.134 0.341 0.243 302 A 0.052 0.021 0.098 0.139 0.332 0.358 303 R 0.038 0.016 0.026 0.050 0.297 0.574 304 P 0.040 0.016 0.061 0.074 0.277 0.532 305 S 0.046 0.022 0.201 0.161 0.263 0.307 306 N 0.052 0.011 0.315 0.157 0.273 0.191 307 L 0.080 0.015 0.209 0.145 0.269 0.281 308 L 0.066 0.032 0.055 0.148 0.227 0.472 309 L 0.062 0.041 0.009 0.084 0.149 0.655 310 D 0.016 0.003 0.001 0.007 0.049 0.924