# TARGET T0290 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 100.106 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.001 0.002 0.782 0.012 0.006 0.007 0.001 0.001 0.007 0.147 0.016 0.014 0.007 2 P 0.001 0.005 0.799 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.015 0.073 0.029 0.002 0.056 3 R 0.025 0.026 0.288 0.019 0.002 0.002 0.039 0.030 0.166 0.073 0.009 0.295 0.024 4 C 0.059 0.013 0.093 0.008 0.003 0.002 0.064 0.095 0.296 0.019 0.005 0.041 0.302 5 F 0.100 0.010 0.092 0.149 0.006 0.006 0.057 0.092 0.152 0.021 0.007 0.215 0.091 6 F 0.119 0.003 0.131 0.032 0.007 0.008 0.063 0.081 0.252 0.018 0.014 0.124 0.147 7 D 0.086 0.003 0.105 0.018 0.007 0.005 0.082 0.108 0.322 0.028 0.011 0.087 0.138 8 I 0.115 0.008 0.112 0.063 0.012 0.011 0.098 0.150 0.188 0.025 0.018 0.072 0.129 9 A 0.191 0.017 0.115 0.055 0.025 0.017 0.067 0.075 0.143 0.048 0.044 0.094 0.110 10 I 0.201 0.013 0.113 0.028 0.020 0.009 0.027 0.036 0.075 0.054 0.026 0.170 0.228 11 N 0.064 0.010 0.206 0.035 0.015 0.005 0.008 0.011 0.029 0.137 0.081 0.225 0.175 12 N 0.035 0.011 0.218 0.030 0.016 0.003 0.003 0.001 0.009 0.275 0.175 0.030 0.194 13 Q 0.013 0.012 0.364 0.025 0.020 0.002 0.001 0.001 0.003 0.252 0.094 0.107 0.105 14 P 0.011 0.011 0.293 0.020 0.029 0.003 0.001 0.001 0.002 0.226 0.192 0.105 0.108 15 A 0.011 0.007 0.112 0.024 0.045 0.005 0.002 0.001 0.004 0.150 0.455 0.037 0.148 16 G 0.096 0.006 0.191 0.032 0.010 0.002 0.010 0.001 0.012 0.190 0.181 0.224 0.045 17 R 0.342 0.005 0.109 0.014 0.001 0.001 0.035 0.001 0.010 0.032 0.002 0.136 0.311 18 V 0.512 0.002 0.025 0.005 0.001 0.001 0.076 0.003 0.017 0.001 0.001 0.112 0.247 19 V 0.681 0.001 0.005 0.032 0.001 0.001 0.110 0.003 0.009 0.001 0.001 0.078 0.080 20 F 0.673 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.129 0.005 0.006 0.001 0.001 0.057 0.123 21 E 0.665 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.084 0.007 0.022 0.004 0.001 0.146 0.054 22 L 0.284 0.004 0.039 0.012 0.003 0.002 0.067 0.012 0.052 0.015 0.004 0.049 0.458 23 F 0.088 0.005 0.215 0.085 0.012 0.005 0.013 0.005 0.044 0.070 0.026 0.314 0.116 24 S 0.030 0.006 0.244 0.063 0.111 0.023 0.004 0.002 0.009 0.101 0.096 0.016 0.295 25 D 0.007 0.017 0.190 0.010 0.122 0.064 0.003 0.002 0.007 0.252 0.201 0.103 0.022 26 V 0.004 0.020 0.246 0.003 0.109 0.180 0.003 0.002 0.016 0.162 0.137 0.006 0.113 27 C 0.001 0.004 0.503 0.006 0.009 0.094 0.001 0.001 0.011 0.293 0.015 0.061 0.003 28 P 0.001 0.003 0.339 0.010 0.048 0.320 0.001 0.001 0.006 0.152 0.082 0.001 0.037 29 K 0.005 0.020 0.096 0.001 0.036 0.586 0.005 0.001 0.006 0.094 0.089 0.055 0.007 30 T 0.002 0.015 0.088 0.001 0.014 0.754 0.002 0.001 0.009 0.017 0.022 0.005 0.070 31 C 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 32 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 33 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 34 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 35 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 36 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 37 L 0.004 0.001 0.003 0.001 0.033 0.861 0.001 0.001 0.001 0.004 0.090 0.001 0.001 38 C 0.006 0.010 0.022 0.003 0.038 0.566 0.001 0.001 0.001 0.051 0.299 0.003 0.001 39 T 0.002 0.003 0.038 0.001 0.030 0.141 0.001 0.001 0.001 0.032 0.744 0.005 0.004 40 G 0.008 0.014 0.264 0.001 0.024 0.058 0.001 0.001 0.002 0.163 0.448 0.004 0.014 41 E 0.001 0.020 0.486 0.001 0.025 0.017 0.001 0.001 0.002 0.200 0.235 0.009 0.005 42 K 0.001 0.006 0.174 0.007 0.058 0.011 0.001 0.001 0.001 0.227 0.508 0.002 0.007 43 G 0.001 0.005 0.146 0.007 0.082 0.014 0.001 0.001 0.001 0.293 0.415 0.026 0.010 44 T 0.015 0.015 0.236 0.003 0.075 0.020 0.003 0.001 0.004 0.244 0.267 0.025 0.093 45 G 0.016 0.054 0.327 0.005 0.054 0.023 0.004 0.001 0.007 0.240 0.159 0.053 0.057 46 K 0.008 0.050 0.399 0.010 0.077 0.034 0.002 0.002 0.008 0.192 0.123 0.041 0.055 47 S 0.007 0.036 0.364 0.022 0.081 0.036 0.001 0.001 0.006 0.147 0.184 0.034 0.083 48 T 0.005 0.025 0.240 0.023 0.053 0.036 0.002 0.001 0.004 0.246 0.294 0.040 0.032 49 Q 0.006 0.015 0.291 0.015 0.021 0.015 0.002 0.001 0.007 0.348 0.202 0.018 0.059 50 K 0.005 0.011 0.471 0.020 0.007 0.006 0.001 0.001 0.008 0.332 0.027 0.096 0.015 51 P 0.012 0.019 0.478 0.016 0.020 0.012 0.003 0.002 0.032 0.122 0.047 0.012 0.224 52 L 0.075 0.029 0.266 0.050 0.040 0.023 0.036 0.033 0.055 0.084 0.081 0.143 0.085 53 H 0.126 0.030 0.177 0.021 0.027 0.017 0.048 0.027 0.061 0.078 0.042 0.178 0.167 54 Y 0.078 0.020 0.262 0.010 0.022 0.011 0.024 0.016 0.053 0.036 0.028 0.124 0.316 55 K 0.032 0.012 0.237 0.097 0.023 0.011 0.007 0.005 0.028 0.102 0.190 0.191 0.063 56 S 0.051 0.005 0.177 0.040 0.028 0.008 0.007 0.002 0.015 0.202 0.249 0.048 0.167 57 C 0.124 0.012 0.285 0.057 0.016 0.009 0.013 0.008 0.032 0.082 0.057 0.167 0.137 58 L 0.232 0.021 0.136 0.020 0.010 0.010 0.025 0.012 0.029 0.032 0.016 0.195 0.262 59 F 0.274 0.007 0.077 0.039 0.009 0.005 0.028 0.017 0.025 0.021 0.008 0.176 0.313 60 H 0.309 0.005 0.057 0.099 0.004 0.003 0.030 0.004 0.018 0.018 0.004 0.250 0.198 61 R 0.181 0.006 0.057 0.007 0.003 0.002 0.031 0.003 0.025 0.011 0.004 0.233 0.438 62 V 0.184 0.020 0.086 0.013 0.002 0.002 0.041 0.006 0.034 0.013 0.007 0.075 0.516 63 V 0.033 0.013 0.299 0.023 0.005 0.002 0.008 0.002 0.045 0.030 0.009 0.430 0.100 64 K 0.003 0.004 0.164 0.031 0.024 0.003 0.002 0.001 0.017 0.082 0.600 0.010 0.060 65 D 0.002 0.001 0.067 0.024 0.018 0.001 0.001 0.001 0.009 0.171 0.695 0.007 0.002 66 F 0.031 0.006 0.248 0.013 0.023 0.003 0.027 0.022 0.121 0.370 0.041 0.058 0.038 67 M 0.117 0.016 0.131 0.011 0.008 0.002 0.095 0.124 0.202 0.029 0.009 0.027 0.230 68 V 0.160 0.018 0.039 0.025 0.005 0.001 0.160 0.175 0.193 0.012 0.008 0.151 0.052 69 Q 0.125 0.012 0.085 0.024 0.005 0.001 0.172 0.164 0.190 0.028 0.026 0.094 0.073 70 G 0.048 0.011 0.322 0.023 0.008 0.002 0.048 0.070 0.191 0.099 0.068 0.041 0.070 71 G 0.020 0.056 0.470 0.007 0.005 0.002 0.012 0.009 0.063 0.213 0.053 0.045 0.045 72 D 0.002 0.030 0.726 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.020 0.138 0.036 0.011 0.024 73 F 0.001 0.022 0.399 0.002 0.028 0.020 0.001 0.002 0.013 0.265 0.233 0.004 0.010 74 S 0.001 0.042 0.301 0.007 0.038 0.024 0.001 0.002 0.004 0.238 0.334 0.003 0.006 75 E 0.001 0.014 0.438 0.001 0.030 0.020 0.001 0.001 0.006 0.319 0.150 0.008 0.013 76 G 0.001 0.030 0.343 0.004 0.022 0.030 0.001 0.001 0.001 0.280 0.274 0.005 0.009 77 N 0.001 0.048 0.296 0.003 0.021 0.020 0.001 0.001 0.001 0.217 0.369 0.006 0.015 78 G 0.001 0.017 0.314 0.001 0.013 0.017 0.001 0.001 0.001 0.310 0.309 0.009 0.007 79 R 0.001 0.019 0.389 0.003 0.014 0.024 0.001 0.001 0.001 0.221 0.310 0.008 0.009 80 G 0.003 0.054 0.320 0.003 0.021 0.033 0.002 0.001 0.002 0.268 0.258 0.012 0.024 81 G 0.004 0.041 0.398 0.006 0.029 0.062 0.001 0.001 0.004 0.266 0.145 0.025 0.017 82 E 0.010 0.065 0.440 0.010 0.037 0.078 0.004 0.003 0.008 0.143 0.088 0.035 0.080 83 S 0.014 0.067 0.393 0.011 0.044 0.084 0.003 0.004 0.013 0.075 0.090 0.098 0.106 84 I 0.018 0.049 0.286 0.019 0.062 0.122 0.004 0.005 0.010 0.087 0.184 0.051 0.102 85 Y 0.013 0.027 0.248 0.022 0.049 0.102 0.004 0.005 0.010 0.134 0.306 0.030 0.050 86 G 0.003 0.011 0.388 0.007 0.026 0.038 0.001 0.001 0.005 0.288 0.196 0.024 0.013 87 G 0.001 0.011 0.577 0.002 0.018 0.019 0.001 0.001 0.002 0.233 0.122 0.005 0.010 88 F 0.001 0.046 0.608 0.001 0.022 0.022 0.001 0.001 0.002 0.159 0.111 0.010 0.016 89 F 0.001 0.040 0.667 0.001 0.027 0.025 0.001 0.001 0.003 0.128 0.072 0.014 0.021 90 E 0.001 0.023 0.561 0.006 0.084 0.062 0.001 0.001 0.002 0.138 0.098 0.007 0.017 91 D 0.001 0.012 0.349 0.007 0.199 0.099 0.001 0.001 0.002 0.140 0.169 0.009 0.011 92 E 0.003 0.015 0.226 0.006 0.187 0.125 0.001 0.001 0.004 0.144 0.249 0.018 0.021 93 S 0.006 0.021 0.298 0.011 0.103 0.103 0.002 0.002 0.012 0.156 0.212 0.023 0.052 94 F 0.006 0.022 0.396 0.012 0.055 0.082 0.003 0.004 0.026 0.170 0.150 0.040 0.035 95 A 0.011 0.036 0.441 0.013 0.041 0.055 0.005 0.009 0.040 0.107 0.082 0.065 0.095 96 V 0.011 0.036 0.461 0.012 0.028 0.049 0.007 0.009 0.048 0.072 0.040 0.071 0.155 97 K 0.009 0.023 0.437 0.036 0.030 0.060 0.005 0.005 0.041 0.081 0.052 0.107 0.114 98 H 0.010 0.025 0.377 0.013 0.030 0.070 0.005 0.004 0.018 0.162 0.123 0.069 0.096 99 N 0.004 0.011 0.546 0.019 0.015 0.022 0.001 0.001 0.006 0.132 0.148 0.033 0.062 100 A 0.005 0.011 0.260 0.020 0.028 0.051 0.001 0.001 0.008 0.293 0.237 0.040 0.043 101 A 0.018 0.011 0.289 0.036 0.026 0.079 0.004 0.006 0.021 0.167 0.182 0.043 0.117 102 F 0.094 0.012 0.186 0.017 0.016 0.095 0.043 0.036 0.076 0.075 0.044 0.178 0.130 103 L 0.282 0.008 0.080 0.012 0.007 0.093 0.109 0.069 0.068 0.020 0.014 0.039 0.199 104 L 0.367 0.004 0.040 0.036 0.004 0.067 0.122 0.116 0.038 0.011 0.008 0.126 0.062 105 S 0.430 0.004 0.029 0.009 0.005 0.070 0.112 0.074 0.047 0.008 0.009 0.085 0.118 106 M 0.322 0.007 0.094 0.011 0.024 0.142 0.076 0.040 0.045 0.012 0.023 0.059 0.147 107 A 0.169 0.012 0.145 0.113 0.038 0.140 0.039 0.030 0.026 0.048 0.058 0.080 0.102 108 N 0.032 0.010 0.175 0.023 0.046 0.138 0.007 0.011 0.041 0.172 0.122 0.133 0.092 109 R 0.033 0.018 0.276 0.057 0.029 0.075 0.006 0.006 0.020 0.183 0.114 0.013 0.169 110 G 0.007 0.017 0.575 0.002 0.008 0.013 0.001 0.001 0.014 0.160 0.014 0.168 0.020 111 K 0.006 0.030 0.266 0.008 0.035 0.030 0.001 0.001 0.006 0.184 0.171 0.010 0.252 112 D 0.004 0.024 0.318 0.039 0.047 0.015 0.001 0.001 0.003 0.194 0.283 0.046 0.026 113 T 0.004 0.007 0.366 0.003 0.025 0.006 0.001 0.001 0.002 0.220 0.290 0.022 0.054 114 N 0.002 0.004 0.104 0.010 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.251 0.587 0.010 0.013 115 G 0.012 0.009 0.216 0.009 0.010 0.003 0.001 0.001 0.002 0.280 0.419 0.020 0.019 116 S 0.073 0.010 0.533 0.012 0.006 0.002 0.008 0.001 0.008 0.090 0.021 0.145 0.092 117 Q 0.302 0.010 0.066 0.008 0.002 0.001 0.045 0.003 0.010 0.010 0.003 0.053 0.488 118 F 0.479 0.002 0.015 0.016 0.001 0.001 0.056 0.003 0.009 0.003 0.001 0.360 0.054 119 F 0.552 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 0.114 0.006 0.010 0.002 0.001 0.065 0.230 120 I 0.607 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.132 0.015 0.013 0.001 0.001 0.119 0.096 121 T 0.517 0.002 0.018 0.011 0.001 0.001 0.094 0.024 0.039 0.004 0.004 0.128 0.156 122 T 0.262 0.008 0.070 0.037 0.002 0.001 0.043 0.012 0.060 0.033 0.007 0.067 0.397 123 K 0.015 0.009 0.312 0.018 0.004 0.002 0.002 0.001 0.037 0.282 0.014 0.276 0.029 124 P 0.003 0.009 0.432 0.024 0.017 0.005 0.001 0.001 0.006 0.273 0.059 0.002 0.169 125 T 0.001 0.014 0.396 0.004 0.027 0.003 0.001 0.001 0.003 0.401 0.021 0.123 0.006 126 P 0.002 0.008 0.346 0.009 0.198 0.014 0.001 0.001 0.003 0.162 0.165 0.002 0.091 127 H 0.004 0.025 0.221 0.015 0.251 0.012 0.001 0.001 0.004 0.133 0.273 0.046 0.012 128 L 0.021 0.031 0.393 0.003 0.117 0.013 0.004 0.001 0.018 0.176 0.092 0.020 0.111 129 D 0.005 0.011 0.433 0.011 0.044 0.008 0.001 0.001 0.008 0.175 0.153 0.110 0.041 130 G 0.004 0.006 0.085 0.011 0.017 0.004 0.001 0.001 0.004 0.229 0.597 0.017 0.027 131 H 0.020 0.009 0.431 0.027 0.011 0.004 0.005 0.001 0.013 0.196 0.145 0.074 0.064 132 H 0.100 0.015 0.176 0.013 0.003 0.002 0.043 0.012 0.052 0.035 0.008 0.287 0.253 133 V 0.305 0.007 0.044 0.028 0.002 0.002 0.107 0.029 0.055 0.011 0.004 0.067 0.339 134 V 0.368 0.004 0.025 0.063 0.002 0.002 0.090 0.015 0.031 0.006 0.003 0.312 0.081 135 F 0.387 0.002 0.037 0.047 0.003 0.003 0.065 0.007 0.022 0.011 0.006 0.131 0.278 136 G 0.214 0.003 0.125 0.041 0.003 0.003 0.054 0.009 0.055 0.024 0.011 0.213 0.245 137 Q 0.104 0.010 0.139 0.018 0.004 0.005 0.049 0.007 0.059 0.053 0.007 0.284 0.263 138 V 0.049 0.035 0.224 0.004 0.011 0.028 0.052 0.012 0.111 0.026 0.024 0.034 0.390 139 I 0.012 0.015 0.503 0.010 0.023 0.095 0.015 0.006 0.077 0.092 0.056 0.071 0.026 140 S 0.001 0.007 0.199 0.002 0.023 0.136 0.001 0.001 0.006 0.201 0.412 0.005 0.007 141 G 0.001 0.003 0.137 0.002 0.019 0.321 0.001 0.001 0.002 0.109 0.400 0.001 0.004 142 Q 0.001 0.001 0.042 0.001 0.012 0.902 0.001 0.001 0.001 0.012 0.027 0.002 0.001 143 E 0.001 0.003 0.033 0.001 0.007 0.923 0.001 0.001 0.001 0.008 0.018 0.002 0.005 144 V 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.002 145 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 149 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 150 N 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 0.798 0.001 0.001 0.001 0.006 0.182 0.001 0.001 151 Q 0.001 0.005 0.181 0.001 0.014 0.481 0.001 0.001 0.003 0.091 0.218 0.002 0.003 152 K 0.001 0.036 0.479 0.001 0.018 0.129 0.001 0.001 0.009 0.155 0.143 0.014 0.014 153 T 0.001 0.098 0.361 0.003 0.029 0.065 0.001 0.001 0.007 0.263 0.124 0.013 0.036 154 D 0.001 0.009 0.548 0.001 0.049 0.036 0.001 0.001 0.007 0.134 0.194 0.008 0.013 155 A 0.001 0.006 0.185 0.002 0.108 0.038 0.001 0.001 0.002 0.128 0.518 0.002 0.009 156 A 0.001 0.006 0.099 0.003 0.066 0.020 0.001 0.001 0.001 0.137 0.661 0.005 0.002 157 S 0.001 0.009 0.385 0.001 0.027 0.005 0.001 0.001 0.004 0.323 0.238 0.001 0.007 158 K 0.001 0.014 0.775 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.157 0.018 0.021 0.005 159 P 0.001 0.089 0.611 0.002 0.015 0.005 0.001 0.001 0.005 0.098 0.092 0.006 0.076 160 F 0.002 0.029 0.447 0.026 0.057 0.008 0.001 0.001 0.014 0.193 0.161 0.037 0.023 161 A 0.005 0.008 0.535 0.074 0.026 0.004 0.001 0.001 0.013 0.203 0.058 0.046 0.027 162 E 0.019 0.011 0.358 0.023 0.016 0.004 0.013 0.004 0.116 0.073 0.030 0.082 0.250 163 V 0.065 0.009 0.186 0.020 0.002 0.001 0.070 0.042 0.208 0.015 0.005 0.149 0.228 164 R 0.109 0.014 0.061 0.015 0.002 0.002 0.123 0.056 0.276 0.016 0.002 0.211 0.113 165 I 0.113 0.006 0.035 0.009 0.002 0.001 0.114 0.063 0.258 0.003 0.003 0.059 0.333 166 L 0.057 0.002 0.089 0.309 0.005 0.001 0.038 0.033 0.247 0.010 0.009 0.163 0.037 167 S 0.068 0.004 0.140 0.060 0.009 0.002 0.019 0.009 0.293 0.085 0.025 0.076 0.212 168 C 0.093 0.007 0.206 0.069 0.014 0.002 0.040 0.019 0.172 0.057 0.052 0.073 0.195 169 G 0.120 0.025 0.134 0.040 0.009 0.003 0.071 0.028 0.133 0.057 0.026 0.270 0.084 170 E 0.056 0.036 0.160 0.007 0.008 0.002 0.038 0.016 0.147 0.033 0.015 0.101 0.379 171 L 0.047 0.042 0.309 0.006 0.007 0.005 0.026 0.008 0.109 0.059 0.023 0.175 0.185 172 I 0.003 0.035 0.521 0.001 0.004 0.005 0.003 0.001 0.023 0.275 0.021 0.060 0.050 173 P 0.001 0.003 0.819 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.002 0.131 0.012 0.001 0.019