# TARGET T0290 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 100.106 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.109 0.119 0.057 0.155 0.147 0.131 0.117 0.074 0.049 0.028 0.015 2 P 0.036 0.029 0.025 0.047 0.059 0.090 0.149 0.141 0.177 0.140 0.108 3 R 0.053 0.081 0.080 0.224 0.189 0.144 0.109 0.056 0.035 0.019 0.010 4 C 0.003 0.006 0.014 0.024 0.032 0.052 0.129 0.146 0.191 0.219 0.183 5 F 0.005 0.011 0.016 0.040 0.049 0.066 0.137 0.161 0.182 0.172 0.162 6 F 0.005 0.008 0.017 0.034 0.043 0.065 0.142 0.149 0.200 0.188 0.150 7 D 0.020 0.030 0.051 0.109 0.119 0.120 0.164 0.117 0.112 0.091 0.066 8 I 0.017 0.020 0.021 0.062 0.072 0.092 0.185 0.141 0.164 0.132 0.093 9 A 0.033 0.032 0.029 0.066 0.063 0.071 0.143 0.132 0.162 0.151 0.118 10 I 0.044 0.054 0.035 0.098 0.108 0.119 0.186 0.127 0.102 0.074 0.052 11 N 0.116 0.105 0.082 0.134 0.113 0.097 0.116 0.076 0.071 0.052 0.038 12 N 0.213 0.148 0.062 0.162 0.125 0.093 0.091 0.045 0.032 0.019 0.010 13 Q 0.226 0.144 0.061 0.134 0.108 0.083 0.089 0.056 0.047 0.032 0.021 14 P 0.146 0.142 0.037 0.130 0.113 0.105 0.129 0.084 0.057 0.036 0.022 15 A 0.169 0.159 0.066 0.168 0.141 0.103 0.075 0.050 0.036 0.021 0.013 16 G 0.072 0.065 0.039 0.086 0.102 0.122 0.152 0.117 0.115 0.082 0.050 17 R 0.078 0.102 0.046 0.232 0.195 0.134 0.092 0.060 0.033 0.017 0.009 18 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.018 0.063 0.140 0.235 0.283 0.247 19 V 0.018 0.057 0.034 0.182 0.188 0.145 0.124 0.110 0.071 0.040 0.031 20 F 0.002 0.001 0.006 0.007 0.010 0.017 0.055 0.079 0.226 0.303 0.294 21 E 0.033 0.047 0.057 0.214 0.231 0.157 0.142 0.060 0.031 0.017 0.009 22 L 0.002 0.005 0.009 0.017 0.016 0.029 0.110 0.132 0.223 0.244 0.212 23 F 0.018 0.034 0.029 0.064 0.081 0.102 0.193 0.170 0.127 0.105 0.078 24 S 0.142 0.137 0.123 0.175 0.130 0.096 0.082 0.047 0.036 0.021 0.010 25 D 0.360 0.133 0.124 0.143 0.101 0.069 0.038 0.015 0.010 0.005 0.002 26 V 0.144 0.127 0.048 0.125 0.116 0.113 0.140 0.077 0.058 0.033 0.018 27 C 0.019 0.026 0.014 0.044 0.055 0.093 0.205 0.170 0.160 0.119 0.094 28 P 0.096 0.079 0.141 0.163 0.117 0.106 0.109 0.070 0.054 0.038 0.028 29 K 0.052 0.078 0.110 0.209 0.167 0.145 0.127 0.057 0.030 0.017 0.009 30 T 0.010 0.027 0.025 0.041 0.048 0.059 0.112 0.146 0.213 0.187 0.132 31 C 0.004 0.005 0.004 0.021 0.037 0.081 0.187 0.172 0.193 0.157 0.137 32 E 0.093 0.104 0.199 0.253 0.151 0.086 0.055 0.029 0.018 0.009 0.003 33 N 0.002 0.008 0.016 0.069 0.101 0.136 0.265 0.170 0.104 0.081 0.048 34 F 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.028 0.062 0.223 0.323 0.350 35 R 0.004 0.007 0.035 0.090 0.162 0.193 0.255 0.108 0.076 0.049 0.021 36 C 0.004 0.013 0.148 0.129 0.116 0.130 0.194 0.106 0.071 0.057 0.031 37 L 0.001 0.002 0.010 0.013 0.016 0.028 0.119 0.149 0.220 0.232 0.210 38 C 0.003 0.003 0.005 0.006 0.011 0.025 0.101 0.191 0.223 0.244 0.190 39 T 0.066 0.112 0.154 0.198 0.159 0.109 0.081 0.049 0.035 0.021 0.016 40 G 0.170 0.133 0.079 0.128 0.137 0.131 0.107 0.050 0.038 0.019 0.010 41 E 0.319 0.138 0.031 0.111 0.080 0.062 0.078 0.055 0.057 0.041 0.028 42 K 0.162 0.093 0.020 0.091 0.093 0.110 0.161 0.092 0.081 0.053 0.042 43 G 0.190 0.155 0.085 0.160 0.106 0.078 0.077 0.050 0.044 0.032 0.024 44 T 0.093 0.091 0.049 0.140 0.125 0.118 0.146 0.087 0.064 0.049 0.039 45 G 0.204 0.117 0.064 0.105 0.088 0.080 0.093 0.070 0.078 0.058 0.043 46 K 0.182 0.143 0.047 0.184 0.131 0.097 0.097 0.047 0.036 0.022 0.015 47 S 0.230 0.136 0.057 0.106 0.094 0.081 0.091 0.065 0.063 0.046 0.030 48 T 0.190 0.159 0.038 0.155 0.115 0.092 0.100 0.062 0.043 0.027 0.019 49 Q 0.286 0.189 0.071 0.120 0.100 0.074 0.058 0.039 0.033 0.019 0.011 50 K 0.168 0.112 0.048 0.145 0.126 0.107 0.113 0.065 0.055 0.037 0.024 51 P 0.288 0.146 0.078 0.153 0.123 0.083 0.059 0.031 0.023 0.011 0.005 52 L 0.042 0.036 0.031 0.070 0.072 0.092 0.163 0.135 0.141 0.122 0.096 53 H 0.066 0.120 0.069 0.150 0.132 0.118 0.126 0.092 0.062 0.038 0.025 54 Y 0.019 0.022 0.026 0.050 0.056 0.080 0.146 0.140 0.162 0.161 0.138 55 K 0.154 0.160 0.103 0.191 0.155 0.103 0.065 0.032 0.021 0.011 0.005 56 S 0.072 0.068 0.046 0.135 0.126 0.124 0.138 0.101 0.098 0.062 0.032 57 C 0.022 0.016 0.013 0.031 0.041 0.065 0.138 0.148 0.186 0.178 0.162 58 L 0.024 0.061 0.044 0.141 0.139 0.133 0.162 0.113 0.088 0.057 0.038 59 F 0.005 0.011 0.027 0.042 0.048 0.071 0.140 0.127 0.178 0.187 0.164 60 H 0.029 0.023 0.042 0.092 0.111 0.129 0.198 0.119 0.115 0.086 0.057 61 R 0.034 0.037 0.052 0.134 0.113 0.118 0.185 0.119 0.097 0.070 0.041 62 V 0.005 0.012 0.014 0.028 0.031 0.042 0.119 0.145 0.195 0.207 0.201 63 V 0.012 0.020 0.017 0.035 0.053 0.076 0.165 0.172 0.168 0.154 0.128 64 K 0.120 0.142 0.125 0.231 0.164 0.097 0.058 0.027 0.020 0.011 0.005 65 D 0.170 0.106 0.083 0.167 0.167 0.138 0.088 0.039 0.026 0.011 0.004 66 F 0.013 0.011 0.009 0.031 0.038 0.057 0.161 0.149 0.196 0.183 0.154 67 M 0.010 0.015 0.020 0.047 0.055 0.074 0.163 0.163 0.172 0.154 0.127 68 V 0.003 0.008 0.036 0.037 0.048 0.066 0.132 0.147 0.166 0.183 0.174 69 Q 0.011 0.027 0.055 0.093 0.107 0.125 0.182 0.135 0.108 0.088 0.070 70 G 0.016 0.016 0.016 0.047 0.058 0.075 0.136 0.140 0.187 0.176 0.132 71 G 0.052 0.037 0.022 0.067 0.081 0.097 0.154 0.127 0.154 0.121 0.089 72 D 0.056 0.068 0.030 0.125 0.109 0.102 0.146 0.112 0.104 0.083 0.064 73 F 0.018 0.019 0.009 0.029 0.041 0.059 0.131 0.143 0.179 0.187 0.185 74 S 0.182 0.155 0.061 0.151 0.109 0.079 0.081 0.058 0.054 0.038 0.032 75 E 0.147 0.117 0.039 0.144 0.128 0.108 0.120 0.067 0.058 0.042 0.030 76 G 0.293 0.138 0.038 0.101 0.090 0.073 0.079 0.056 0.058 0.042 0.030 77 N 0.236 0.153 0.032 0.139 0.107 0.088 0.092 0.055 0.048 0.029 0.021 78 G 0.235 0.157 0.055 0.110 0.098 0.083 0.081 0.061 0.056 0.039 0.026 79 R 0.129 0.114 0.037 0.126 0.111 0.105 0.126 0.086 0.069 0.052 0.045 80 G 0.210 0.175 0.064 0.140 0.114 0.088 0.075 0.049 0.042 0.026 0.017 81 G 0.114 0.083 0.041 0.127 0.114 0.109 0.129 0.085 0.085 0.066 0.047 82 E 0.147 0.094 0.053 0.142 0.127 0.113 0.120 0.068 0.063 0.043 0.029 83 S 0.062 0.059 0.044 0.120 0.100 0.100 0.153 0.104 0.107 0.088 0.062 84 I 0.036 0.053 0.039 0.089 0.089 0.097 0.160 0.132 0.116 0.104 0.085 85 Y 0.051 0.057 0.035 0.088 0.089 0.099 0.153 0.133 0.123 0.098 0.073 86 G 0.268 0.144 0.089 0.162 0.125 0.080 0.056 0.030 0.024 0.013 0.007 87 G 0.280 0.125 0.070 0.136 0.103 0.081 0.081 0.042 0.041 0.026 0.015 88 F 0.154 0.128 0.038 0.125 0.111 0.101 0.135 0.083 0.063 0.038 0.024 89 F 0.086 0.084 0.042 0.088 0.086 0.096 0.154 0.122 0.102 0.078 0.062 90 E 0.248 0.207 0.112 0.186 0.111 0.063 0.039 0.018 0.010 0.005 0.002 91 D 0.308 0.143 0.118 0.146 0.104 0.068 0.050 0.025 0.020 0.011 0.005 92 E 0.159 0.104 0.046 0.121 0.113 0.112 0.147 0.079 0.062 0.037 0.021 93 S 0.143 0.141 0.088 0.174 0.136 0.101 0.092 0.056 0.039 0.021 0.010 94 F 0.046 0.044 0.062 0.078 0.087 0.116 0.170 0.139 0.114 0.089 0.056 95 A 0.151 0.156 0.157 0.211 0.146 0.087 0.048 0.024 0.013 0.005 0.002 96 V 0.037 0.021 0.037 0.046 0.053 0.084 0.169 0.136 0.166 0.147 0.103 97 K 0.143 0.162 0.111 0.203 0.137 0.093 0.076 0.036 0.022 0.012 0.007 98 H 0.042 0.060 0.050 0.086 0.077 0.104 0.178 0.137 0.118 0.092 0.057 99 N 0.112 0.149 0.079 0.167 0.139 0.117 0.100 0.060 0.037 0.024 0.016 100 A 0.196 0.151 0.082 0.165 0.125 0.105 0.077 0.041 0.034 0.017 0.008 101 A 0.082 0.069 0.049 0.148 0.152 0.148 0.140 0.078 0.067 0.042 0.024 102 F 0.007 0.011 0.011 0.040 0.059 0.095 0.205 0.161 0.173 0.133 0.104 103 L 0.002 0.004 0.011 0.029 0.037 0.051 0.134 0.158 0.191 0.197 0.185 104 L 0.001 0.002 0.012 0.014 0.021 0.033 0.095 0.145 0.209 0.240 0.229 105 S 0.002 0.003 0.020 0.028 0.044 0.057 0.135 0.164 0.206 0.185 0.156 106 M 0.002 0.003 0.015 0.021 0.029 0.042 0.119 0.135 0.223 0.218 0.192 107 A 0.012 0.016 0.032 0.056 0.072 0.092 0.185 0.143 0.163 0.131 0.098 108 N 0.033 0.056 0.052 0.114 0.106 0.119 0.195 0.120 0.094 0.068 0.045 109 R 0.086 0.089 0.044 0.117 0.113 0.120 0.164 0.108 0.075 0.052 0.033 110 G 0.325 0.141 0.054 0.110 0.095 0.080 0.074 0.047 0.039 0.022 0.013 111 K 0.341 0.160 0.067 0.139 0.102 0.070 0.053 0.025 0.022 0.012 0.008 112 D 0.117 0.088 0.037 0.101 0.108 0.113 0.156 0.096 0.082 0.060 0.042 113 T 0.075 0.087 0.038 0.106 0.099 0.104 0.142 0.120 0.096 0.073 0.060 114 N 0.083 0.111 0.057 0.121 0.115 0.118 0.121 0.104 0.081 0.053 0.037 115 G 0.084 0.097 0.054 0.152 0.138 0.117 0.109 0.082 0.073 0.054 0.041 116 S 0.045 0.043 0.022 0.086 0.098 0.108 0.155 0.115 0.138 0.110 0.080 117 Q 0.021 0.035 0.022 0.115 0.129 0.126 0.165 0.117 0.120 0.089 0.060 118 F 0.002 0.004 0.008 0.023 0.031 0.051 0.134 0.136 0.201 0.220 0.189 119 F 0.005 0.008 0.019 0.056 0.076 0.088 0.172 0.169 0.160 0.144 0.104 120 I 0.001 0.002 0.008 0.011 0.017 0.027 0.084 0.136 0.213 0.257 0.243 121 T 0.004 0.010 0.016 0.036 0.049 0.061 0.135 0.178 0.189 0.169 0.153 122 T 0.012 0.014 0.015 0.029 0.046 0.064 0.130 0.157 0.199 0.180 0.155 123 K 0.106 0.123 0.059 0.179 0.157 0.114 0.108 0.058 0.047 0.029 0.021 124 P 0.192 0.153 0.035 0.154 0.127 0.097 0.099 0.062 0.045 0.025 0.012 125 T 0.065 0.031 0.010 0.041 0.057 0.078 0.140 0.133 0.163 0.146 0.137 126 P 0.276 0.175 0.075 0.176 0.109 0.072 0.058 0.024 0.020 0.010 0.006 127 H 0.086 0.094 0.070 0.164 0.129 0.098 0.118 0.085 0.062 0.057 0.036 128 L 0.023 0.028 0.008 0.022 0.040 0.072 0.151 0.209 0.172 0.143 0.133 129 D 0.221 0.295 0.053 0.187 0.102 0.056 0.032 0.024 0.016 0.008 0.005 130 G 0.172 0.098 0.039 0.107 0.126 0.115 0.099 0.067 0.077 0.060 0.041 131 H 0.259 0.152 0.042 0.170 0.145 0.090 0.061 0.030 0.029 0.014 0.008 132 H 0.011 0.013 0.007 0.054 0.064 0.094 0.215 0.157 0.158 0.133 0.095 133 V 0.004 0.008 0.014 0.027 0.033 0.044 0.102 0.150 0.182 0.218 0.218 134 V 0.003 0.009 0.019 0.034 0.044 0.061 0.129 0.180 0.188 0.178 0.156 135 F 0.006 0.013 0.023 0.048 0.070 0.089 0.140 0.156 0.169 0.155 0.132 136 G 0.037 0.024 0.027 0.068 0.085 0.100 0.157 0.121 0.165 0.125 0.092 137 Q 0.076 0.080 0.046 0.190 0.158 0.122 0.137 0.073 0.062 0.036 0.020 138 V 0.006 0.007 0.006 0.018 0.022 0.035 0.123 0.134 0.204 0.229 0.217 139 I 0.105 0.079 0.058 0.121 0.096 0.096 0.146 0.106 0.078 0.062 0.053 140 S 0.088 0.221 0.108 0.198 0.141 0.095 0.071 0.037 0.022 0.012 0.007 141 G 0.144 0.172 0.056 0.114 0.116 0.119 0.110 0.074 0.054 0.027 0.014 142 Q 0.288 0.086 0.021 0.121 0.126 0.114 0.110 0.060 0.043 0.020 0.010 143 E 0.378 0.146 0.100 0.169 0.101 0.053 0.029 0.014 0.007 0.002 0.001 144 V 0.002 0.011 0.016 0.032 0.035 0.047 0.126 0.161 0.212 0.194 0.165 145 V 0.001 0.002 0.007 0.007 0.019 0.053 0.160 0.193 0.225 0.189 0.144 146 R 0.015 0.034 0.376 0.267 0.148 0.076 0.049 0.018 0.009 0.006 0.002 147 E 0.010 0.029 0.110 0.193 0.181 0.207 0.177 0.069 0.018 0.006 0.001 148 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.027 0.059 0.209 0.331 0.366 149 E 0.019 0.041 0.076 0.149 0.186 0.190 0.228 0.063 0.027 0.016 0.005 150 N 0.023 0.060 0.483 0.218 0.108 0.053 0.029 0.013 0.007 0.004 0.001 151 Q 0.032 0.018 0.052 0.042 0.060 0.133 0.306 0.157 0.100 0.062 0.037 152 K 0.344 0.222 0.091 0.163 0.079 0.043 0.030 0.017 0.008 0.003 0.001 153 T 0.049 0.031 0.028 0.029 0.046 0.075 0.151 0.184 0.167 0.138 0.103 154 D 0.331 0.311 0.071 0.138 0.077 0.036 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 155 A 0.415 0.214 0.060 0.117 0.074 0.045 0.031 0.018 0.015 0.007 0.004 156 A 0.509 0.177 0.043 0.094 0.075 0.042 0.026 0.014 0.010 0.005 0.003 157 S 0.413 0.165 0.037 0.128 0.087 0.065 0.053 0.025 0.017 0.007 0.003 158 K 0.177 0.120 0.085 0.145 0.114 0.092 0.092 0.067 0.052 0.035 0.022 159 P 0.098 0.149 0.084 0.147 0.109 0.102 0.118 0.087 0.054 0.031 0.021 160 F 0.070 0.099 0.073 0.146 0.131 0.125 0.134 0.088 0.060 0.043 0.031 161 A 0.159 0.166 0.099 0.176 0.130 0.095 0.076 0.041 0.030 0.019 0.010 162 E 0.247 0.162 0.065 0.203 0.157 0.090 0.040 0.021 0.011 0.004 0.001 163 V 0.017 0.008 0.007 0.013 0.023 0.052 0.121 0.167 0.226 0.206 0.162 164 R 0.033 0.102 0.045 0.233 0.192 0.136 0.119 0.074 0.037 0.018 0.012 165 I 0.001 0.002 0.008 0.007 0.009 0.015 0.052 0.087 0.198 0.303 0.319 166 L 0.033 0.046 0.071 0.149 0.164 0.147 0.160 0.089 0.060 0.045 0.036 167 S 0.044 0.091 0.076 0.185 0.142 0.124 0.131 0.086 0.068 0.037 0.015 168 C 0.009 0.008 0.006 0.019 0.029 0.050 0.124 0.149 0.197 0.209 0.197 169 G 0.237 0.121 0.069 0.132 0.106 0.091 0.093 0.056 0.052 0.027 0.016 170 E 0.082 0.097 0.101 0.221 0.148 0.104 0.108 0.053 0.042 0.029 0.016 171 L 0.030 0.028 0.022 0.035 0.050 0.079 0.177 0.158 0.156 0.139 0.127 172 I 0.138 0.148 0.057 0.176 0.121 0.098 0.108 0.065 0.046 0.025 0.017 173 P 0.273 0.173 0.134 0.149 0.099 0.064 0.047 0.025 0.019 0.011 0.006