# TARGET T0290 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 90.6897 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.003 0.001 0.001 0.002 0.083 0.910 2 P 0.028 0.003 0.008 0.009 0.183 0.769 3 R 0.128 0.016 0.020 0.012 0.205 0.618 4 C 0.441 0.030 0.032 0.015 0.152 0.329 5 F 0.610 0.012 0.020 0.013 0.099 0.246 6 F 0.665 0.006 0.013 0.017 0.105 0.194 7 D 0.677 0.004 0.008 0.016 0.097 0.199 8 I 0.851 0.003 0.007 0.015 0.051 0.072 9 A 0.899 0.006 0.005 0.019 0.031 0.039 10 I 0.882 0.010 0.007 0.026 0.053 0.023 11 N 0.732 0.007 0.007 0.026 0.147 0.081 12 N 0.410 0.009 0.011 0.010 0.307 0.253 13 Q 0.382 0.022 0.012 0.003 0.451 0.131 14 P 0.318 0.029 0.016 0.002 0.443 0.193 15 A 0.215 0.007 0.022 0.002 0.586 0.168 16 G 0.368 0.005 0.007 0.001 0.457 0.162 17 R 0.874 0.003 0.001 0.001 0.039 0.083 18 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 19 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 20 F 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 21 E 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 22 L 0.826 0.006 0.001 0.005 0.033 0.128 23 F 0.274 0.008 0.011 0.008 0.299 0.399 24 S 0.033 0.004 0.264 0.040 0.508 0.151 25 D 0.010 0.003 0.407 0.095 0.393 0.091 26 V 0.013 0.007 0.333 0.206 0.350 0.091 27 C 0.014 0.010 0.043 0.234 0.354 0.344 28 P 0.006 0.005 0.033 0.664 0.131 0.161 29 K 0.009 0.006 0.030 0.863 0.051 0.042 30 T 0.006 0.002 0.015 0.940 0.021 0.015 31 C 0.003 0.001 0.008 0.968 0.013 0.008 32 E 0.002 0.001 0.004 0.986 0.005 0.003 33 N 0.002 0.001 0.005 0.984 0.007 0.002 34 F 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.001 35 R 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.001 36 C 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.002 37 L 0.001 0.001 0.005 0.977 0.010 0.006 38 C 0.001 0.002 0.006 0.944 0.030 0.017 39 T 0.002 0.003 0.011 0.807 0.105 0.073 40 G 0.005 0.002 0.031 0.153 0.487 0.322 41 E 0.009 0.006 0.061 0.053 0.569 0.301 42 K 0.048 0.028 0.061 0.022 0.571 0.270 43 G 0.068 0.023 0.048 0.024 0.563 0.274 44 T 0.110 0.034 0.034 0.033 0.438 0.351 45 G 0.127 0.038 0.030 0.021 0.482 0.301 46 K 0.121 0.038 0.061 0.028 0.489 0.264 47 S 0.123 0.029 0.066 0.015 0.502 0.264 48 T 0.125 0.024 0.051 0.015 0.503 0.282 49 Q 0.113 0.018 0.021 0.007 0.428 0.413 50 K 0.246 0.027 0.013 0.004 0.252 0.457 51 P 0.322 0.036 0.014 0.005 0.221 0.402 52 L 0.498 0.040 0.018 0.004 0.117 0.323 53 H 0.506 0.047 0.012 0.005 0.221 0.208 54 Y 0.220 0.030 0.063 0.017 0.638 0.034 55 K 0.062 0.002 0.018 0.009 0.874 0.034 56 S 0.039 0.002 0.018 0.012 0.889 0.041 57 C 0.530 0.035 0.006 0.013 0.343 0.072 58 L 0.779 0.024 0.004 0.021 0.038 0.134 59 F 0.891 0.008 0.012 0.026 0.027 0.037 60 H 0.887 0.002 0.017 0.026 0.028 0.040 61 R 0.889 0.003 0.021 0.024 0.027 0.036 62 V 0.854 0.011 0.011 0.025 0.038 0.061 63 V 0.673 0.016 0.015 0.031 0.216 0.050 64 K 0.268 0.008 0.032 0.033 0.602 0.057 65 D 0.105 0.002 0.029 0.029 0.759 0.075 66 F 0.500 0.014 0.023 0.017 0.397 0.048 67 M 0.817 0.025 0.006 0.009 0.066 0.077 68 V 0.876 0.022 0.005 0.005 0.027 0.066 69 Q 0.719 0.010 0.007 0.005 0.112 0.146 70 G 0.383 0.018 0.007 0.007 0.204 0.381 71 G 0.172 0.024 0.014 0.007 0.315 0.468 72 D 0.170 0.045 0.023 0.009 0.411 0.341 73 F 0.138 0.035 0.087 0.030 0.483 0.227 74 S 0.112 0.040 0.070 0.028 0.578 0.172 75 E 0.098 0.020 0.067 0.021 0.611 0.181 76 G 0.064 0.020 0.028 0.010 0.618 0.260 77 N 0.056 0.032 0.024 0.007 0.589 0.292 78 G 0.088 0.022 0.022 0.003 0.678 0.187 79 R 0.125 0.036 0.022 0.007 0.580 0.229 80 G 0.103 0.042 0.018 0.009 0.551 0.277 81 G 0.189 0.036 0.013 0.008 0.405 0.349 82 E 0.272 0.067 0.023 0.016 0.233 0.389 83 S 0.296 0.072 0.029 0.018 0.274 0.311 84 I 0.250 0.039 0.046 0.020 0.469 0.177 85 Y 0.173 0.030 0.035 0.023 0.543 0.195 86 G 0.075 0.010 0.026 0.021 0.621 0.247 87 G 0.187 0.021 0.024 0.023 0.424 0.322 88 F 0.267 0.090 0.019 0.021 0.160 0.444 89 F 0.245 0.078 0.043 0.037 0.280 0.317 90 E 0.113 0.015 0.094 0.089 0.376 0.314 91 D 0.102 0.009 0.128 0.088 0.437 0.236 92 E 0.099 0.011 0.174 0.147 0.403 0.166 93 S 0.095 0.014 0.141 0.145 0.387 0.217 94 F 0.094 0.011 0.117 0.142 0.379 0.258 95 A 0.130 0.011 0.069 0.107 0.309 0.373 96 V 0.295 0.051 0.045 0.130 0.214 0.266 97 K 0.335 0.025 0.034 0.114 0.292 0.200 98 H 0.298 0.026 0.029 0.079 0.285 0.284 99 N 0.157 0.010 0.017 0.037 0.347 0.431 100 A 0.218 0.012 0.019 0.053 0.414 0.284 101 A 0.363 0.007 0.008 0.039 0.295 0.287 102 F 0.674 0.008 0.005 0.022 0.126 0.165 103 L 0.927 0.004 0.002 0.011 0.016 0.040 104 L 0.935 0.004 0.003 0.021 0.011 0.026 105 S 0.929 0.002 0.005 0.024 0.011 0.029 106 M 0.852 0.004 0.015 0.044 0.029 0.055 107 A 0.733 0.007 0.025 0.038 0.080 0.116 108 N 0.511 0.012 0.023 0.033 0.229 0.191 109 R 0.254 0.034 0.017 0.036 0.292 0.367 110 G 0.074 0.032 0.006 0.011 0.580 0.297 111 K 0.026 0.012 0.018 0.020 0.662 0.262 112 D 0.027 0.018 0.019 0.013 0.696 0.227 113 T 0.037 0.032 0.026 0.022 0.741 0.142 114 N 0.057 0.022 0.025 0.027 0.611 0.258 115 G 0.120 0.037 0.026 0.024 0.533 0.260 116 S 0.208 0.027 0.029 0.016 0.431 0.289 117 Q 0.383 0.017 0.026 0.022 0.247 0.305 118 F 0.715 0.012 0.020 0.030 0.109 0.114 119 F 0.873 0.006 0.012 0.029 0.037 0.043 120 I 0.923 0.006 0.008 0.026 0.013 0.024 121 T 0.878 0.010 0.008 0.018 0.032 0.055 122 T 0.609 0.012 0.010 0.008 0.113 0.248 123 K 0.251 0.014 0.008 0.004 0.235 0.488 124 P 0.088 0.044 0.016 0.004 0.323 0.525 125 T 0.030 0.018 0.030 0.003 0.612 0.308 126 P 0.013 0.006 0.205 0.009 0.602 0.165 127 H 0.014 0.011 0.303 0.012 0.552 0.108 128 L 0.028 0.030 0.180 0.015 0.620 0.127 129 D 0.033 0.012 0.079 0.011 0.660 0.205 130 G 0.034 0.011 0.065 0.010 0.687 0.194 131 H 0.089 0.007 0.038 0.007 0.597 0.263 132 H 0.487 0.025 0.014 0.003 0.260 0.211 133 V 0.854 0.027 0.002 0.001 0.040 0.075 134 V 0.892 0.013 0.001 0.001 0.030 0.062 135 F 0.852 0.004 0.003 0.004 0.052 0.085 136 G 0.752 0.004 0.007 0.009 0.100 0.129 137 Q 0.788 0.009 0.011 0.012 0.083 0.097 138 V 0.732 0.014 0.015 0.027 0.098 0.114 139 I 0.429 0.027 0.048 0.090 0.239 0.167 140 S 0.176 0.016 0.026 0.180 0.249 0.352 141 G 0.013 0.002 0.021 0.758 0.091 0.115 142 Q 0.005 0.001 0.010 0.926 0.035 0.024 143 E 0.008 0.002 0.010 0.938 0.026 0.016 144 V 0.007 0.001 0.013 0.959 0.015 0.006 145 V 0.007 0.001 0.011 0.958 0.017 0.006 146 R 0.007 0.001 0.012 0.962 0.015 0.004 147 E 0.006 0.001 0.009 0.962 0.017 0.006 148 I 0.002 0.001 0.011 0.957 0.020 0.009 149 E 0.003 0.001 0.016 0.942 0.028 0.011 150 N 0.004 0.001 0.023 0.803 0.092 0.076 151 Q 0.020 0.007 0.021 0.352 0.160 0.440 152 K 0.047 0.013 0.018 0.071 0.185 0.666 153 T 0.082 0.043 0.023 0.033 0.217 0.603 154 D 0.079 0.025 0.031 0.015 0.637 0.214 155 A 0.019 0.005 0.170 0.021 0.706 0.078 156 A 0.012 0.002 0.121 0.022 0.758 0.085 157 S 0.034 0.011 0.052 0.006 0.741 0.155 158 K 0.139 0.026 0.006 0.002 0.231 0.595 159 P 0.289 0.046 0.005 0.001 0.104 0.555 160 F 0.407 0.024 0.022 0.001 0.148 0.398 161 A 0.631 0.005 0.011 0.001 0.109 0.242 162 E 0.790 0.004 0.005 0.001 0.057 0.142 163 V 0.902 0.003 0.001 0.001 0.024 0.069 164 R 0.953 0.001 0.001 0.001 0.012 0.033 165 I 0.970 0.002 0.001 0.002 0.010 0.016 166 L 0.928 0.002 0.001 0.003 0.024 0.042 167 S 0.821 0.003 0.003 0.007 0.067 0.100 168 C 0.658 0.005 0.009 0.019 0.129 0.181 169 G 0.589 0.004 0.016 0.016 0.108 0.266 170 E 0.589 0.015 0.018 0.014 0.074 0.290 171 L 0.274 0.019 0.015 0.014 0.085 0.594 172 I 0.045 0.009 0.002 0.004 0.039 0.902 173 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.994