# TARGET T0290 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 90.6897 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.001 0.003 0.948 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.026 0.003 0.002 0.009 2 P 0.001 0.009 0.881 0.006 0.012 0.016 0.001 0.001 0.005 0.029 0.016 0.004 0.021 3 R 0.005 0.020 0.489 0.021 0.022 0.046 0.004 0.003 0.041 0.124 0.044 0.125 0.057 4 C 0.025 0.038 0.241 0.007 0.023 0.035 0.020 0.008 0.110 0.070 0.025 0.056 0.342 5 F 0.044 0.013 0.238 0.031 0.023 0.056 0.026 0.018 0.134 0.047 0.029 0.201 0.140 6 F 0.068 0.009 0.234 0.064 0.022 0.046 0.014 0.010 0.094 0.065 0.036 0.134 0.203 7 D 0.140 0.005 0.130 0.112 0.022 0.044 0.017 0.015 0.053 0.120 0.022 0.171 0.151 8 I 0.247 0.012 0.061 0.035 0.017 0.047 0.047 0.016 0.051 0.020 0.013 0.131 0.303 9 A 0.458 0.010 0.034 0.007 0.017 0.060 0.052 0.046 0.030 0.006 0.017 0.111 0.153 10 I 0.477 0.012 0.037 0.008 0.010 0.059 0.057 0.021 0.019 0.012 0.027 0.112 0.149 11 N 0.060 0.007 0.101 0.030 0.017 0.058 0.010 0.004 0.006 0.091 0.426 0.115 0.077 12 N 0.014 0.003 0.111 0.024 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.218 0.564 0.007 0.049 13 Q 0.003 0.021 0.411 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.322 0.020 0.177 0.036 14 P 0.003 0.022 0.440 0.037 0.011 0.001 0.001 0.001 0.003 0.169 0.133 0.015 0.166 15 A 0.031 0.010 0.390 0.076 0.013 0.001 0.009 0.001 0.006 0.138 0.177 0.067 0.082 16 G 0.111 0.006 0.200 0.004 0.004 0.001 0.030 0.001 0.017 0.121 0.018 0.301 0.186 17 R 0.287 0.001 0.144 0.018 0.001 0.001 0.078 0.002 0.015 0.027 0.002 0.052 0.372 18 V 0.483 0.001 0.025 0.005 0.001 0.001 0.112 0.004 0.012 0.002 0.001 0.244 0.113 19 V 0.669 0.001 0.007 0.011 0.001 0.001 0.133 0.008 0.007 0.001 0.001 0.059 0.104 20 F 0.641 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.211 0.009 0.010 0.001 0.001 0.046 0.069 21 E 0.588 0.001 0.013 0.009 0.001 0.001 0.187 0.013 0.029 0.002 0.001 0.093 0.063 22 L 0.253 0.008 0.120 0.008 0.001 0.001 0.089 0.014 0.093 0.015 0.002 0.080 0.315 23 F 0.024 0.010 0.547 0.030 0.007 0.003 0.006 0.003 0.060 0.066 0.015 0.102 0.128 24 S 0.003 0.006 0.186 0.018 0.164 0.019 0.001 0.001 0.010 0.209 0.335 0.008 0.039 25 D 0.001 0.007 0.108 0.002 0.166 0.028 0.001 0.001 0.004 0.273 0.386 0.014 0.010 26 V 0.001 0.026 0.222 0.001 0.160 0.066 0.001 0.001 0.006 0.237 0.258 0.003 0.019 27 C 0.001 0.013 0.397 0.001 0.035 0.118 0.001 0.001 0.004 0.350 0.062 0.007 0.012 28 P 0.001 0.004 0.190 0.001 0.035 0.613 0.001 0.001 0.001 0.058 0.087 0.002 0.008 29 K 0.002 0.012 0.075 0.001 0.028 0.805 0.001 0.001 0.002 0.027 0.037 0.006 0.004 30 T 0.003 0.006 0.073 0.001 0.012 0.842 0.001 0.001 0.002 0.020 0.014 0.002 0.024 31 C 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 32 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.962 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.001 0.001 33 N 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.962 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.001 0.001 34 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 35 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 36 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 37 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 38 C 0.001 0.003 0.014 0.001 0.011 0.904 0.001 0.002 0.002 0.015 0.046 0.001 0.003 39 T 0.001 0.008 0.060 0.004 0.016 0.616 0.001 0.002 0.003 0.035 0.245 0.005 0.004 40 G 0.001 0.003 0.141 0.004 0.013 0.112 0.001 0.001 0.002 0.263 0.453 0.003 0.005 41 E 0.001 0.014 0.423 0.003 0.020 0.032 0.001 0.001 0.003 0.287 0.200 0.005 0.012 42 K 0.002 0.039 0.422 0.005 0.045 0.039 0.001 0.001 0.011 0.229 0.159 0.022 0.026 43 G 0.005 0.037 0.339 0.008 0.058 0.046 0.002 0.002 0.020 0.187 0.197 0.037 0.061 44 T 0.014 0.041 0.283 0.020 0.044 0.051 0.004 0.002 0.014 0.210 0.218 0.039 0.058 45 G 0.015 0.043 0.317 0.004 0.038 0.062 0.002 0.001 0.009 0.251 0.139 0.047 0.073 46 K 0.013 0.020 0.195 0.003 0.085 0.134 0.002 0.001 0.006 0.188 0.277 0.030 0.044 47 S 0.025 0.028 0.204 0.004 0.089 0.083 0.004 0.001 0.005 0.142 0.302 0.028 0.085 48 T 0.014 0.018 0.228 0.013 0.071 0.063 0.002 0.001 0.003 0.147 0.363 0.044 0.033 49 Q 0.009 0.018 0.314 0.006 0.040 0.030 0.001 0.001 0.002 0.248 0.271 0.018 0.043 50 K 0.004 0.029 0.485 0.005 0.014 0.018 0.001 0.001 0.004 0.309 0.031 0.064 0.036 51 P 0.002 0.033 0.611 0.013 0.040 0.025 0.001 0.001 0.006 0.102 0.057 0.010 0.099 52 L 0.010 0.053 0.331 0.025 0.126 0.054 0.003 0.004 0.017 0.109 0.164 0.050 0.055 53 H 0.022 0.049 0.262 0.042 0.122 0.052 0.006 0.011 0.022 0.124 0.173 0.026 0.087 54 Y 0.026 0.035 0.311 0.012 0.101 0.070 0.005 0.007 0.023 0.129 0.106 0.103 0.071 55 K 0.009 0.015 0.104 0.024 0.048 0.079 0.002 0.004 0.005 0.152 0.503 0.017 0.038 56 S 0.010 0.005 0.118 0.043 0.018 0.015 0.002 0.001 0.004 0.188 0.560 0.021 0.017 57 C 0.060 0.026 0.441 0.012 0.014 0.023 0.015 0.007 0.028 0.113 0.048 0.059 0.153 58 L 0.155 0.058 0.182 0.020 0.021 0.040 0.053 0.019 0.072 0.049 0.037 0.156 0.139 59 F 0.199 0.014 0.122 0.036 0.036 0.059 0.064 0.029 0.077 0.036 0.037 0.100 0.190 60 H 0.183 0.006 0.098 0.132 0.039 0.047 0.064 0.035 0.084 0.060 0.053 0.087 0.112 61 R 0.136 0.010 0.108 0.014 0.016 0.025 0.050 0.060 0.144 0.047 0.031 0.221 0.139 62 V 0.108 0.033 0.142 0.026 0.009 0.021 0.040 0.046 0.130 0.044 0.016 0.060 0.324 63 V 0.039 0.029 0.316 0.106 0.015 0.033 0.013 0.012 0.081 0.061 0.024 0.164 0.108 64 K 0.010 0.007 0.137 0.155 0.079 0.080 0.003 0.003 0.017 0.136 0.303 0.014 0.057 65 D 0.005 0.002 0.080 0.149 0.080 0.030 0.002 0.002 0.010 0.124 0.482 0.020 0.013 66 F 0.048 0.014 0.234 0.036 0.069 0.034 0.025 0.036 0.085 0.103 0.105 0.044 0.167 67 M 0.144 0.024 0.076 0.009 0.008 0.011 0.085 0.223 0.174 0.018 0.013 0.121 0.095 68 V 0.248 0.013 0.045 0.011 0.003 0.005 0.102 0.217 0.102 0.011 0.007 0.122 0.115 69 Q 0.164 0.013 0.151 0.025 0.004 0.010 0.070 0.087 0.129 0.040 0.017 0.125 0.166 70 G 0.049 0.012 0.296 0.038 0.013 0.019 0.018 0.017 0.074 0.153 0.102 0.097 0.112 71 G 0.021 0.016 0.282 0.034 0.013 0.015 0.004 0.003 0.016 0.330 0.179 0.030 0.057 72 D 0.013 0.059 0.454 0.018 0.020 0.015 0.002 0.002 0.012 0.177 0.094 0.075 0.059 73 F 0.012 0.024 0.341 0.006 0.088 0.029 0.002 0.001 0.007 0.116 0.275 0.018 0.081 74 S 0.020 0.029 0.166 0.004 0.110 0.032 0.002 0.002 0.004 0.184 0.387 0.027 0.033 75 E 0.014 0.030 0.135 0.003 0.091 0.027 0.002 0.002 0.004 0.174 0.464 0.020 0.034 76 G 0.005 0.018 0.208 0.003 0.021 0.012 0.001 0.001 0.001 0.281 0.409 0.020 0.021 77 N 0.003 0.026 0.496 0.006 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.218 0.190 0.014 0.030 78 G 0.006 0.021 0.274 0.004 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.349 0.273 0.021 0.028 79 R 0.012 0.034 0.261 0.002 0.024 0.018 0.002 0.001 0.005 0.290 0.211 0.076 0.065 80 G 0.019 0.041 0.243 0.008 0.034 0.023 0.003 0.001 0.005 0.272 0.215 0.033 0.103 81 G 0.027 0.024 0.396 0.013 0.019 0.025 0.003 0.001 0.005 0.266 0.080 0.088 0.055 82 E 0.032 0.072 0.425 0.012 0.016 0.030 0.006 0.001 0.007 0.108 0.035 0.049 0.209 83 S 0.028 0.046 0.502 0.018 0.028 0.033 0.006 0.001 0.010 0.061 0.066 0.060 0.142 84 I 0.043 0.043 0.272 0.018 0.054 0.053 0.009 0.002 0.008 0.144 0.167 0.091 0.096 85 Y 0.012 0.024 0.163 0.008 0.050 0.060 0.003 0.002 0.005 0.129 0.477 0.029 0.038 86 G 0.003 0.005 0.253 0.014 0.015 0.014 0.001 0.001 0.001 0.292 0.377 0.010 0.016 87 G 0.008 0.018 0.590 0.002 0.005 0.010 0.002 0.001 0.005 0.203 0.054 0.063 0.037 88 F 0.015 0.130 0.506 0.002 0.005 0.017 0.005 0.001 0.009 0.065 0.018 0.017 0.211 89 F 0.004 0.026 0.728 0.008 0.011 0.027 0.001 0.001 0.004 0.056 0.016 0.096 0.022 90 E 0.005 0.019 0.342 0.014 0.077 0.088 0.002 0.001 0.005 0.131 0.232 0.012 0.075 91 D 0.006 0.011 0.251 0.011 0.110 0.075 0.002 0.001 0.003 0.150 0.329 0.027 0.027 92 E 0.009 0.018 0.243 0.008 0.110 0.106 0.002 0.001 0.005 0.218 0.202 0.035 0.042 93 S 0.010 0.021 0.340 0.013 0.077 0.095 0.003 0.001 0.008 0.151 0.180 0.029 0.072 94 F 0.018 0.020 0.321 0.020 0.052 0.090 0.003 0.001 0.009 0.195 0.146 0.061 0.064 95 A 0.024 0.033 0.387 0.008 0.038 0.074 0.006 0.001 0.015 0.133 0.094 0.040 0.148 96 V 0.022 0.023 0.422 0.005 0.030 0.071 0.005 0.001 0.025 0.117 0.042 0.142 0.095 97 K 0.016 0.029 0.542 0.008 0.023 0.052 0.004 0.001 0.020 0.049 0.051 0.040 0.163 98 H 0.021 0.037 0.392 0.013 0.034 0.064 0.006 0.002 0.015 0.103 0.116 0.087 0.110 99 N 0.010 0.016 0.464 0.019 0.019 0.035 0.002 0.001 0.011 0.225 0.069 0.027 0.104 100 A 0.007 0.005 0.200 0.009 0.045 0.140 0.002 0.001 0.010 0.330 0.153 0.072 0.028 101 A 0.017 0.013 0.254 0.017 0.030 0.144 0.006 0.004 0.023 0.158 0.170 0.010 0.154 102 F 0.063 0.015 0.204 0.011 0.016 0.215 0.018 0.013 0.068 0.080 0.030 0.227 0.041 103 L 0.128 0.025 0.084 0.006 0.010 0.278 0.043 0.037 0.121 0.013 0.011 0.026 0.215 104 L 0.225 0.011 0.048 0.069 0.014 0.271 0.067 0.054 0.074 0.010 0.014 0.075 0.068 105 S 0.255 0.010 0.037 0.030 0.034 0.256 0.057 0.043 0.044 0.016 0.037 0.069 0.112 106 M 0.236 0.006 0.079 0.016 0.050 0.160 0.042 0.032 0.040 0.041 0.043 0.147 0.108 107 A 0.105 0.028 0.151 0.013 0.093 0.187 0.016 0.015 0.034 0.067 0.082 0.053 0.156 108 N 0.051 0.024 0.144 0.019 0.120 0.184 0.005 0.005 0.011 0.097 0.216 0.065 0.058 109 R 0.021 0.039 0.198 0.016 0.074 0.120 0.003 0.002 0.006 0.146 0.309 0.010 0.056 110 G 0.001 0.013 0.681 0.006 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.230 0.023 0.019 0.007 111 K 0.001 0.009 0.088 0.003 0.039 0.006 0.001 0.001 0.001 0.153 0.696 0.001 0.004 112 D 0.001 0.006 0.092 0.001 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.105 0.759 0.003 0.003 113 T 0.001 0.034 0.382 0.002 0.039 0.005 0.001 0.001 0.001 0.366 0.143 0.014 0.014 114 N 0.001 0.017 0.212 0.003 0.023 0.007 0.001 0.001 0.001 0.201 0.511 0.006 0.016 115 G 0.008 0.010 0.184 0.013 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.359 0.369 0.013 0.019 116 S 0.062 0.016 0.476 0.005 0.012 0.002 0.009 0.001 0.008 0.169 0.060 0.068 0.111 117 Q 0.314 0.012 0.133 0.014 0.008 0.003 0.048 0.005 0.020 0.066 0.008 0.100 0.269 118 F 0.661 0.001 0.026 0.012 0.002 0.002 0.065 0.008 0.014 0.009 0.001 0.122 0.076 119 F 0.744 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.122 0.008 0.011 0.001 0.001 0.038 0.064 120 I 0.668 0.001 0.012 0.005 0.001 0.002 0.137 0.009 0.015 0.001 0.001 0.068 0.080 121 T 0.464 0.003 0.065 0.009 0.001 0.001 0.069 0.007 0.027 0.006 0.003 0.177 0.170 122 T 0.111 0.012 0.219 0.029 0.002 0.001 0.022 0.002 0.039 0.063 0.009 0.028 0.463 123 K 0.008 0.005 0.312 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.015 0.213 0.021 0.382 0.027 124 P 0.001 0.035 0.666 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.006 0.105 0.027 0.002 0.141 125 T 0.001 0.036 0.771 0.007 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.089 0.026 0.029 0.011 126 P 0.001 0.021 0.232 0.006 0.087 0.016 0.001 0.001 0.001 0.152 0.461 0.003 0.021 127 H 0.002 0.014 0.179 0.001 0.095 0.012 0.001 0.001 0.001 0.132 0.551 0.002 0.009 128 L 0.007 0.056 0.258 0.002 0.072 0.027 0.001 0.002 0.002 0.241 0.267 0.048 0.019 129 D 0.001 0.006 0.275 0.004 0.029 0.012 0.001 0.001 0.001 0.111 0.548 0.004 0.009 130 G 0.001 0.003 0.130 0.005 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.339 0.503 0.005 0.005 131 H 0.019 0.028 0.435 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.245 0.140 0.060 0.057 132 H 0.077 0.107 0.272 0.003 0.002 0.002 0.019 0.002 0.028 0.076 0.013 0.082 0.319 133 V 0.219 0.027 0.208 0.044 0.006 0.003 0.080 0.015 0.039 0.032 0.015 0.151 0.160 134 V 0.326 0.016 0.063 0.016 0.008 0.005 0.119 0.027 0.046 0.018 0.008 0.152 0.195 135 F 0.168 0.007 0.143 0.167 0.025 0.023 0.046 0.012 0.041 0.042 0.049 0.104 0.173 136 G 0.196 0.003 0.147 0.133 0.018 0.026 0.042 0.020 0.051 0.088 0.066 0.079 0.132 137 Q 0.312 0.013 0.129 0.007 0.009 0.024 0.053 0.021 0.048 0.016 0.012 0.207 0.149 138 V 0.157 0.013 0.071 0.004 0.010 0.024 0.038 0.011 0.037 0.007 0.005 0.024 0.598 139 I 0.131 0.009 0.123 0.290 0.021 0.059 0.029 0.009 0.026 0.032 0.021 0.176 0.074 140 S 0.031 0.019 0.137 0.011 0.029 0.132 0.007 0.003 0.017 0.188 0.195 0.103 0.129 141 G 0.003 0.002 0.248 0.003 0.025 0.222 0.001 0.001 0.004 0.143 0.301 0.007 0.041 142 Q 0.002 0.001 0.046 0.001 0.010 0.868 0.001 0.001 0.001 0.025 0.040 0.004 0.002 143 E 0.003 0.002 0.010 0.001 0.008 0.940 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 0.004 0.005 144 V 0.005 0.001 0.006 0.001 0.008 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.005 145 V 0.004 0.001 0.007 0.004 0.015 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.004 146 R 0.003 0.001 0.006 0.002 0.025 0.940 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.003 0.005 147 E 0.004 0.001 0.009 0.001 0.027 0.911 0.001 0.001 0.002 0.005 0.027 0.005 0.007 148 I 0.005 0.003 0.028 0.001 0.057 0.792 0.001 0.001 0.001 0.016 0.079 0.003 0.013 149 E 0.004 0.010 0.051 0.004 0.051 0.554 0.001 0.001 0.003 0.041 0.264 0.006 0.009 150 N 0.005 0.004 0.093 0.004 0.059 0.354 0.001 0.001 0.002 0.091 0.362 0.009 0.015 151 Q 0.001 0.005 0.353 0.002 0.022 0.129 0.001 0.001 0.006 0.335 0.122 0.010 0.015 152 K 0.002 0.032 0.605 0.004 0.016 0.057 0.001 0.001 0.005 0.134 0.105 0.011 0.029 153 T 0.004 0.223 0.467 0.003 0.013 0.041 0.002 0.001 0.013 0.100 0.055 0.019 0.060 154 D 0.001 0.024 0.777 0.001 0.017 0.021 0.001 0.001 0.009 0.063 0.058 0.006 0.024 155 A 0.001 0.003 0.059 0.001 0.168 0.085 0.001 0.001 0.001 0.062 0.610 0.004 0.006 156 A 0.001 0.002 0.064 0.001 0.092 0.042 0.001 0.001 0.001 0.076 0.717 0.004 0.002 157 S 0.001 0.003 0.295 0.003 0.027 0.008 0.001 0.001 0.001 0.456 0.196 0.005 0.007 158 K 0.001 0.030 0.687 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.207 0.008 0.030 0.030 159 P 0.002 0.133 0.612 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.052 0.016 0.011 0.155 160 F 0.011 0.027 0.527 0.107 0.043 0.006 0.004 0.001 0.010 0.088 0.036 0.039 0.103 161 A 0.012 0.008 0.265 0.058 0.065 0.006 0.005 0.001 0.035 0.166 0.017 0.268 0.094 162 E 0.008 0.005 0.402 0.047 0.023 0.005 0.005 0.001 0.050 0.050 0.011 0.026 0.367 163 V 0.023 0.008 0.340 0.065 0.004 0.004 0.018 0.005 0.143 0.020 0.003 0.155 0.212 164 R 0.076 0.019 0.120 0.006 0.001 0.003 0.048 0.016 0.235 0.007 0.001 0.322 0.145 165 I 0.050 0.013 0.102 0.006 0.002 0.005 0.035 0.021 0.156 0.003 0.001 0.024 0.581 166 L 0.020 0.002 0.061 0.736 0.004 0.003 0.010 0.005 0.035 0.010 0.009 0.081 0.025 167 S 0.050 0.006 0.158 0.041 0.011 0.003 0.016 0.002 0.082 0.084 0.050 0.235 0.262 168 C 0.037 0.008 0.194 0.045 0.013 0.004 0.021 0.001 0.067 0.071 0.049 0.052 0.438 169 G 0.051 0.006 0.096 0.017 0.010 0.004 0.021 0.002 0.064 0.073 0.085 0.529 0.042 170 E 0.048 0.020 0.142 0.003 0.005 0.004 0.036 0.003 0.097 0.085 0.011 0.023 0.521 171 L 0.020 0.042 0.426 0.006 0.003 0.004 0.015 0.001 0.078 0.121 0.006 0.191 0.087 172 I 0.001 0.017 0.854 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.034 0.001 0.011 0.059 173 P 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004