# TARGET T0290 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 90.6897 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.401 0.175 0.053 0.120 0.072 0.052 0.047 0.028 0.026 0.016 0.010 2 P 0.444 0.163 0.041 0.104 0.074 0.057 0.050 0.026 0.020 0.013 0.008 3 R 0.209 0.225 0.072 0.166 0.119 0.084 0.063 0.029 0.019 0.009 0.005 4 C 0.064 0.090 0.034 0.115 0.120 0.128 0.156 0.111 0.097 0.056 0.029 5 F 0.056 0.075 0.077 0.180 0.142 0.118 0.124 0.081 0.071 0.046 0.030 6 F 0.042 0.036 0.043 0.092 0.089 0.097 0.151 0.128 0.152 0.108 0.062 7 D 0.068 0.100 0.123 0.251 0.154 0.103 0.091 0.050 0.036 0.018 0.007 8 I 0.030 0.043 0.042 0.089 0.090 0.123 0.212 0.142 0.125 0.074 0.031 9 A 0.028 0.031 0.038 0.057 0.046 0.056 0.121 0.129 0.182 0.168 0.144 10 I 0.020 0.051 0.062 0.121 0.121 0.128 0.185 0.112 0.100 0.064 0.035 11 N 0.075 0.100 0.118 0.150 0.110 0.101 0.126 0.079 0.072 0.043 0.026 12 N 0.286 0.162 0.082 0.164 0.106 0.075 0.061 0.026 0.019 0.012 0.008 13 Q 0.061 0.081 0.038 0.127 0.126 0.131 0.165 0.104 0.083 0.053 0.031 14 P 0.286 0.235 0.085 0.168 0.090 0.055 0.041 0.016 0.012 0.007 0.005 15 A 0.105 0.079 0.053 0.172 0.162 0.135 0.134 0.066 0.047 0.028 0.018 16 G 0.077 0.055 0.030 0.107 0.116 0.121 0.182 0.115 0.102 0.061 0.035 17 R 0.005 0.049 0.059 0.388 0.293 0.131 0.052 0.013 0.006 0.002 0.001 18 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.043 0.112 0.246 0.293 0.290 19 V 0.005 0.032 0.031 0.242 0.273 0.198 0.144 0.046 0.021 0.007 0.003 20 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.010 0.055 0.115 0.268 0.321 0.221 21 E 0.022 0.053 0.060 0.268 0.241 0.145 0.115 0.048 0.029 0.012 0.007 22 L 0.003 0.005 0.003 0.007 0.009 0.020 0.079 0.140 0.257 0.264 0.213 23 F 0.009 0.048 0.033 0.175 0.165 0.145 0.177 0.104 0.081 0.043 0.020 24 S 0.110 0.110 0.054 0.154 0.146 0.135 0.137 0.071 0.048 0.024 0.012 25 D 0.321 0.180 0.103 0.181 0.097 0.051 0.036 0.014 0.009 0.004 0.003 26 V 0.094 0.107 0.052 0.153 0.133 0.125 0.143 0.073 0.063 0.037 0.020 27 C 0.032 0.039 0.014 0.046 0.059 0.087 0.155 0.147 0.178 0.146 0.097 28 P 0.125 0.106 0.065 0.143 0.136 0.132 0.134 0.067 0.049 0.028 0.016 29 K 0.117 0.106 0.088 0.163 0.142 0.119 0.121 0.062 0.043 0.025 0.014 30 T 0.010 0.031 0.019 0.068 0.071 0.090 0.162 0.146 0.176 0.133 0.094 31 C 0.007 0.010 0.013 0.031 0.040 0.064 0.148 0.151 0.206 0.182 0.147 32 E 0.108 0.092 0.199 0.224 0.150 0.093 0.071 0.028 0.020 0.010 0.005 33 N 0.006 0.023 0.038 0.131 0.151 0.171 0.226 0.114 0.079 0.042 0.020 34 F 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.007 0.033 0.079 0.203 0.300 0.368 35 R 0.002 0.006 0.020 0.084 0.142 0.218 0.264 0.120 0.080 0.045 0.019 36 C 0.003 0.025 0.198 0.170 0.162 0.147 0.134 0.068 0.049 0.030 0.015 37 L 0.001 0.002 0.007 0.024 0.043 0.080 0.219 0.188 0.185 0.147 0.103 38 C 0.001 0.001 0.002 0.006 0.010 0.020 0.072 0.129 0.218 0.280 0.263 39 T 0.011 0.067 0.098 0.260 0.226 0.148 0.111 0.041 0.024 0.011 0.004 40 G 0.081 0.102 0.106 0.196 0.147 0.141 0.122 0.050 0.030 0.017 0.008 41 E 0.296 0.203 0.113 0.186 0.084 0.043 0.033 0.014 0.011 0.009 0.008 42 K 0.135 0.135 0.054 0.172 0.142 0.109 0.109 0.053 0.040 0.030 0.021 43 G 0.161 0.101 0.041 0.102 0.078 0.073 0.095 0.079 0.093 0.092 0.086 44 T 0.127 0.164 0.068 0.172 0.125 0.097 0.103 0.053 0.042 0.028 0.021 45 G 0.263 0.170 0.081 0.158 0.103 0.070 0.057 0.031 0.029 0.022 0.016 46 K 0.215 0.150 0.069 0.199 0.132 0.084 0.068 0.031 0.025 0.016 0.011 47 S 0.322 0.148 0.081 0.146 0.097 0.064 0.054 0.031 0.027 0.018 0.012 48 T 0.238 0.160 0.070 0.160 0.107 0.079 0.075 0.042 0.034 0.021 0.013 49 Q 0.391 0.197 0.079 0.130 0.078 0.051 0.036 0.016 0.012 0.007 0.004 50 K 0.171 0.139 0.073 0.150 0.125 0.101 0.097 0.054 0.045 0.028 0.016 51 P 0.081 0.098 0.055 0.167 0.153 0.126 0.129 0.072 0.063 0.037 0.020 52 L 0.036 0.039 0.027 0.092 0.120 0.128 0.171 0.130 0.124 0.085 0.047 53 H 0.022 0.047 0.031 0.144 0.178 0.168 0.190 0.099 0.068 0.035 0.019 54 Y 0.007 0.006 0.005 0.020 0.030 0.043 0.109 0.157 0.224 0.216 0.183 55 K 0.124 0.125 0.074 0.222 0.167 0.111 0.096 0.040 0.025 0.011 0.005 56 S 0.088 0.084 0.057 0.163 0.161 0.138 0.137 0.075 0.054 0.029 0.014 57 C 0.005 0.006 0.003 0.015 0.020 0.033 0.107 0.165 0.247 0.227 0.171 58 L 0.012 0.036 0.027 0.124 0.155 0.178 0.221 0.113 0.077 0.038 0.019 59 F 0.002 0.003 0.003 0.010 0.014 0.022 0.073 0.121 0.225 0.254 0.272 60 H 0.009 0.017 0.015 0.077 0.092 0.123 0.205 0.147 0.142 0.102 0.072 61 R 0.011 0.019 0.020 0.060 0.071 0.088 0.165 0.165 0.179 0.138 0.085 62 V 0.004 0.009 0.008 0.033 0.043 0.062 0.140 0.147 0.200 0.185 0.168 63 V 0.005 0.014 0.016 0.048 0.060 0.074 0.151 0.163 0.204 0.156 0.107 64 K 0.062 0.076 0.063 0.223 0.205 0.150 0.117 0.050 0.032 0.014 0.007 65 D 0.135 0.144 0.085 0.215 0.153 0.109 0.087 0.036 0.020 0.011 0.005 66 F 0.004 0.005 0.005 0.022 0.035 0.064 0.175 0.197 0.226 0.168 0.098 67 M 0.004 0.006 0.005 0.017 0.023 0.042 0.117 0.145 0.196 0.205 0.241 68 V 0.001 0.002 0.002 0.005 0.008 0.016 0.064 0.118 0.213 0.279 0.293 69 Q 0.002 0.005 0.006 0.022 0.030 0.051 0.132 0.155 0.208 0.191 0.198 70 G 0.003 0.005 0.003 0.015 0.019 0.030 0.085 0.120 0.178 0.233 0.309 71 G 0.008 0.012 0.010 0.043 0.060 0.083 0.150 0.139 0.168 0.167 0.161 72 D 0.015 0.054 0.040 0.169 0.159 0.133 0.155 0.094 0.079 0.056 0.044 73 F 0.005 0.009 0.006 0.034 0.050 0.069 0.129 0.127 0.169 0.191 0.211 74 S 0.048 0.098 0.057 0.228 0.187 0.125 0.108 0.051 0.042 0.029 0.028 75 E 0.084 0.109 0.058 0.206 0.167 0.129 0.117 0.052 0.037 0.024 0.017 76 G 0.271 0.168 0.097 0.178 0.106 0.064 0.046 0.020 0.018 0.016 0.016 77 N 0.173 0.239 0.081 0.220 0.122 0.066 0.048 0.019 0.014 0.009 0.008 78 G 0.158 0.080 0.041 0.110 0.092 0.086 0.103 0.075 0.084 0.084 0.087 79 R 0.143 0.173 0.060 0.181 0.132 0.097 0.090 0.044 0.036 0.024 0.020 80 G 0.165 0.137 0.072 0.161 0.124 0.092 0.086 0.050 0.048 0.035 0.029 81 G 0.161 0.096 0.049 0.129 0.110 0.096 0.104 0.069 0.072 0.061 0.054 82 E 0.188 0.171 0.098 0.203 0.145 0.083 0.055 0.023 0.017 0.010 0.006 83 S 0.055 0.071 0.039 0.119 0.114 0.111 0.143 0.109 0.107 0.076 0.056 84 I 0.026 0.021 0.015 0.056 0.073 0.095 0.167 0.139 0.159 0.136 0.113 85 Y 0.046 0.072 0.049 0.119 0.121 0.117 0.160 0.107 0.098 0.066 0.045 86 G 0.142 0.076 0.048 0.110 0.095 0.090 0.118 0.088 0.097 0.075 0.060 87 G 0.232 0.146 0.072 0.144 0.112 0.087 0.087 0.045 0.035 0.023 0.017 88 F 0.050 0.095 0.045 0.151 0.148 0.146 0.169 0.084 0.063 0.033 0.016 89 F 0.013 0.011 0.006 0.016 0.023 0.035 0.088 0.127 0.218 0.224 0.240 90 E 0.282 0.226 0.103 0.184 0.097 0.048 0.033 0.012 0.008 0.004 0.003 91 D 0.129 0.123 0.070 0.152 0.136 0.117 0.116 0.066 0.049 0.028 0.014 92 E 0.060 0.029 0.015 0.045 0.056 0.084 0.149 0.135 0.160 0.143 0.124 93 S 0.126 0.094 0.043 0.100 0.093 0.106 0.143 0.101 0.093 0.061 0.040 94 F 0.086 0.056 0.051 0.075 0.071 0.081 0.137 0.116 0.135 0.114 0.079 95 A 0.179 0.118 0.068 0.143 0.105 0.093 0.101 0.062 0.059 0.041 0.031 96 V 0.054 0.037 0.025 0.070 0.068 0.084 0.135 0.127 0.156 0.138 0.107 97 K 0.106 0.128 0.078 0.178 0.131 0.113 0.108 0.058 0.049 0.030 0.019 98 H 0.078 0.071 0.068 0.101 0.097 0.103 0.138 0.099 0.107 0.081 0.058 99 N 0.094 0.112 0.061 0.142 0.121 0.114 0.139 0.078 0.069 0.043 0.025 100 A 0.099 0.087 0.058 0.145 0.141 0.122 0.133 0.081 0.068 0.042 0.023 101 A 0.059 0.076 0.056 0.163 0.163 0.139 0.144 0.075 0.061 0.039 0.025 102 F 0.004 0.007 0.007 0.025 0.041 0.070 0.172 0.192 0.219 0.164 0.098 103 L 0.003 0.005 0.007 0.024 0.034 0.055 0.153 0.180 0.224 0.175 0.140 104 L 0.002 0.002 0.003 0.005 0.006 0.012 0.053 0.098 0.197 0.284 0.338 105 S 0.002 0.005 0.011 0.027 0.038 0.055 0.144 0.166 0.211 0.189 0.153 106 M 0.001 0.003 0.005 0.010 0.012 0.023 0.079 0.123 0.210 0.244 0.289 107 A 0.002 0.005 0.006 0.019 0.027 0.039 0.103 0.135 0.207 0.231 0.227 108 N 0.023 0.053 0.046 0.140 0.151 0.169 0.186 0.094 0.075 0.041 0.023 109 R 0.085 0.089 0.065 0.163 0.145 0.137 0.141 0.073 0.052 0.032 0.019 110 G 0.448 0.177 0.056 0.120 0.073 0.046 0.035 0.016 0.013 0.009 0.008 111 K 0.205 0.175 0.061 0.171 0.120 0.088 0.074 0.037 0.031 0.022 0.016 112 D 0.212 0.159 0.047 0.127 0.101 0.087 0.087 0.054 0.053 0.040 0.033 113 T 0.120 0.085 0.031 0.092 0.088 0.098 0.126 0.094 0.106 0.084 0.076 114 N 0.109 0.102 0.037 0.123 0.116 0.107 0.135 0.086 0.083 0.059 0.042 115 G 0.126 0.081 0.044 0.136 0.132 0.114 0.114 0.071 0.075 0.059 0.049 116 S 0.018 0.018 0.012 0.041 0.053 0.066 0.141 0.157 0.201 0.168 0.126 117 Q 0.005 0.015 0.015 0.095 0.130 0.157 0.205 0.146 0.119 0.072 0.040 118 F 0.002 0.003 0.003 0.010 0.015 0.027 0.088 0.149 0.242 0.256 0.206 119 F 0.002 0.004 0.005 0.030 0.047 0.078 0.181 0.187 0.204 0.161 0.101 120 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.014 0.060 0.132 0.254 0.298 0.226 121 T 0.003 0.010 0.009 0.048 0.068 0.086 0.167 0.179 0.201 0.142 0.087 122 T 0.006 0.014 0.009 0.047 0.068 0.094 0.171 0.180 0.201 0.136 0.073 123 K 0.066 0.076 0.036 0.206 0.194 0.171 0.142 0.060 0.032 0.012 0.003 124 P 0.306 0.192 0.073 0.160 0.105 0.066 0.049 0.022 0.015 0.008 0.004 125 T 0.056 0.063 0.022 0.072 0.068 0.075 0.138 0.136 0.156 0.125 0.088 126 P 0.301 0.229 0.053 0.148 0.095 0.066 0.052 0.022 0.017 0.010 0.007 127 H 0.137 0.146 0.042 0.178 0.134 0.111 0.114 0.058 0.043 0.023 0.013 128 L 0.028 0.013 0.008 0.023 0.032 0.049 0.105 0.118 0.193 0.192 0.238 129 D 0.109 0.211 0.092 0.249 0.143 0.083 0.062 0.023 0.015 0.007 0.006 130 G 0.349 0.166 0.065 0.169 0.104 0.063 0.044 0.017 0.012 0.007 0.004 131 H 0.060 0.111 0.068 0.224 0.201 0.145 0.103 0.042 0.026 0.014 0.007 132 H 0.001 0.005 0.006 0.043 0.080 0.126 0.238 0.173 0.158 0.108 0.061 133 V 0.001 0.003 0.003 0.022 0.041 0.072 0.174 0.183 0.194 0.173 0.134 134 V 0.002 0.004 0.005 0.025 0.044 0.065 0.181 0.201 0.213 0.159 0.101 135 F 0.005 0.009 0.008 0.038 0.054 0.064 0.139 0.153 0.189 0.172 0.171 136 G 0.012 0.016 0.010 0.053 0.067 0.086 0.164 0.146 0.183 0.149 0.112 137 Q 0.044 0.122 0.060 0.341 0.231 0.106 0.061 0.020 0.010 0.004 0.002 138 V 0.001 0.002 0.001 0.007 0.012 0.021 0.073 0.133 0.230 0.251 0.268 139 I 0.009 0.031 0.027 0.127 0.188 0.201 0.232 0.093 0.057 0.023 0.012 140 S 0.137 0.359 0.096 0.234 0.093 0.041 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 141 G 0.100 0.115 0.042 0.140 0.158 0.133 0.129 0.071 0.054 0.036 0.021 142 Q 0.058 0.104 0.046 0.168 0.197 0.191 0.150 0.042 0.027 0.011 0.006 143 E 0.202 0.215 0.139 0.294 0.094 0.034 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 144 V 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 0.045 0.179 0.217 0.243 0.171 0.118 145 V 0.001 0.001 0.004 0.007 0.016 0.042 0.126 0.154 0.233 0.221 0.198 146 R 0.018 0.037 0.389 0.321 0.141 0.058 0.026 0.005 0.003 0.001 0.001 147 E 0.001 0.015 0.069 0.158 0.226 0.245 0.199 0.054 0.021 0.008 0.003 148 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.021 0.057 0.187 0.325 0.402 149 E 0.006 0.010 0.028 0.096 0.167 0.231 0.286 0.098 0.048 0.021 0.009 150 N 0.025 0.086 0.588 0.184 0.071 0.029 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 151 Q 0.006 0.017 0.015 0.042 0.074 0.162 0.341 0.157 0.095 0.060 0.032 152 K 0.467 0.245 0.062 0.105 0.046 0.028 0.024 0.009 0.007 0.004 0.003 153 T 0.023 0.018 0.009 0.026 0.031 0.047 0.115 0.124 0.193 0.194 0.220 154 D 0.174 0.255 0.115 0.215 0.107 0.060 0.038 0.015 0.011 0.006 0.004 155 A 0.360 0.174 0.055 0.123 0.085 0.070 0.061 0.029 0.022 0.013 0.008 156 A 0.393 0.139 0.052 0.105 0.082 0.073 0.067 0.035 0.026 0.016 0.011 157 S 0.290 0.155 0.066 0.145 0.101 0.080 0.073 0.033 0.028 0.018 0.011 158 K 0.102 0.163 0.059 0.189 0.142 0.111 0.101 0.052 0.043 0.025 0.013 159 P 0.077 0.064 0.034 0.081 0.087 0.096 0.137 0.108 0.122 0.098 0.096 160 F 0.049 0.054 0.035 0.132 0.159 0.151 0.168 0.099 0.076 0.047 0.030 161 A 0.166 0.154 0.084 0.259 0.163 0.084 0.055 0.019 0.010 0.004 0.002 162 E 0.142 0.188 0.125 0.319 0.156 0.048 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 163 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.030 0.119 0.183 0.267 0.232 0.150 164 R 0.021 0.140 0.096 0.319 0.230 0.113 0.060 0.014 0.005 0.002 0.001 165 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.034 0.074 0.198 0.275 0.402 166 L 0.028 0.069 0.057 0.234 0.253 0.171 0.123 0.037 0.017 0.007 0.004 167 S 0.195 0.284 0.096 0.227 0.097 0.048 0.032 0.011 0.007 0.003 0.001 168 C 0.020 0.018 0.011 0.042 0.053 0.074 0.139 0.143 0.181 0.171 0.149 169 G 0.264 0.255 0.090 0.155 0.092 0.060 0.046 0.017 0.012 0.006 0.004 170 E 0.166 0.172 0.077 0.189 0.139 0.097 0.084 0.038 0.023 0.012 0.005 171 L 0.130 0.074 0.045 0.100 0.095 0.102 0.131 0.096 0.097 0.076 0.054 172 I 0.180 0.213 0.065 0.171 0.124 0.094 0.070 0.033 0.026 0.015 0.009 173 P 0.373 0.130 0.052 0.093 0.072 0.066 0.069 0.047 0.046 0.032 0.020