# TARGET T0290 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 90.6897 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.096 0.012 0.007 0.023 0.032 0.051 0.065 0.003 0.001 0.004 0.708 2 P 0.006 0.001 0.002 0.004 0.003 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.973 3 R 0.037 0.002 0.002 0.053 0.045 0.070 0.115 0.001 0.001 0.003 0.672 4 C 0.167 0.006 0.003 0.066 0.045 0.066 0.076 0.001 0.001 0.007 0.562 5 F 0.037 0.022 0.002 0.147 0.112 0.214 0.088 0.001 0.001 0.003 0.373 6 F 0.016 0.013 0.001 0.184 0.127 0.288 0.065 0.001 0.001 0.003 0.303 7 D 0.032 0.020 0.001 0.155 0.100 0.202 0.058 0.001 0.001 0.004 0.426 8 I 0.046 0.022 0.003 0.143 0.227 0.261 0.047 0.002 0.001 0.006 0.242 9 A 0.026 0.023 0.004 0.156 0.246 0.296 0.056 0.002 0.001 0.004 0.188 10 I 0.016 0.013 0.003 0.108 0.226 0.342 0.045 0.002 0.001 0.003 0.242 11 N 0.017 0.009 0.002 0.084 0.211 0.365 0.059 0.003 0.001 0.003 0.247 12 N 0.042 0.006 0.005 0.045 0.101 0.162 0.065 0.003 0.001 0.006 0.565 13 Q 0.037 0.004 0.006 0.053 0.138 0.158 0.194 0.002 0.001 0.009 0.400 14 P 0.005 0.001 0.001 0.007 0.010 0.013 0.038 0.001 0.001 0.002 0.924 15 A 0.025 0.001 0.001 0.019 0.030 0.051 0.235 0.001 0.001 0.015 0.622 16 G 0.430 0.002 0.002 0.027 0.040 0.038 0.145 0.001 0.001 0.049 0.265 17 R 0.150 0.004 0.014 0.056 0.049 0.067 0.110 0.001 0.001 0.014 0.535 18 V 0.006 0.001 0.005 0.176 0.345 0.293 0.044 0.001 0.001 0.002 0.128 19 V 0.002 0.001 0.001 0.232 0.209 0.369 0.036 0.001 0.001 0.001 0.150 20 F 0.001 0.001 0.001 0.202 0.285 0.415 0.014 0.001 0.001 0.001 0.081 21 E 0.001 0.001 0.001 0.204 0.251 0.407 0.023 0.001 0.001 0.001 0.113 22 L 0.002 0.001 0.001 0.159 0.180 0.382 0.043 0.001 0.001 0.002 0.230 23 F 0.005 0.001 0.001 0.222 0.174 0.280 0.072 0.001 0.001 0.004 0.241 24 S 0.005 0.002 0.001 0.051 0.040 0.078 0.113 0.001 0.001 0.004 0.706 25 D 0.028 0.004 0.001 0.019 0.011 0.023 0.226 0.001 0.001 0.011 0.676 26 V 0.427 0.018 0.004 0.016 0.013 0.017 0.156 0.003 0.001 0.030 0.315 27 C 0.328 0.074 0.014 0.014 0.015 0.023 0.198 0.002 0.001 0.009 0.323 28 P 0.006 0.012 0.004 0.003 0.002 0.006 0.018 0.001 0.001 0.001 0.950 29 K 0.023 0.031 0.001 0.009 0.013 0.026 0.086 0.001 0.001 0.001 0.811 30 T 0.152 0.117 0.001 0.004 0.008 0.011 0.109 0.001 0.001 0.003 0.592 31 C 0.054 0.631 0.001 0.011 0.017 0.031 0.041 0.002 0.001 0.002 0.210 32 E 0.024 0.709 0.001 0.008 0.008 0.028 0.053 0.002 0.001 0.002 0.165 33 N 0.065 0.717 0.001 0.002 0.002 0.005 0.034 0.007 0.001 0.001 0.166 34 F 0.062 0.882 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.037 35 R 0.030 0.908 0.006 0.002 0.003 0.005 0.005 0.007 0.001 0.001 0.034 36 C 0.032 0.805 0.006 0.003 0.009 0.014 0.008 0.023 0.001 0.001 0.100 37 L 0.096 0.784 0.003 0.005 0.007 0.008 0.001 0.022 0.001 0.001 0.073 38 C 0.115 0.717 0.013 0.006 0.012 0.016 0.008 0.018 0.001 0.001 0.094 39 T 0.048 0.316 0.030 0.021 0.040 0.069 0.027 0.024 0.001 0.001 0.424 40 G 0.090 0.106 0.010 0.031 0.026 0.047 0.064 0.027 0.001 0.003 0.596 41 E 0.307 0.066 0.036 0.018 0.013 0.020 0.104 0.008 0.001 0.011 0.417 42 K 0.058 0.045 0.017 0.021 0.015 0.020 0.125 0.004 0.001 0.005 0.691 43 G 0.076 0.035 0.011 0.031 0.033 0.041 0.149 0.003 0.001 0.010 0.611 44 T 0.143 0.044 0.007 0.019 0.029 0.047 0.124 0.001 0.001 0.008 0.578 45 G 0.041 0.026 0.003 0.017 0.049 0.053 0.085 0.002 0.001 0.004 0.719 46 K 0.115 0.041 0.008 0.026 0.047 0.078 0.127 0.001 0.001 0.011 0.545 47 S 0.057 0.045 0.003 0.027 0.057 0.078 0.170 0.004 0.001 0.007 0.552 48 T 0.115 0.052 0.004 0.033 0.038 0.061 0.116 0.006 0.001 0.012 0.562 49 Q 0.183 0.035 0.012 0.029 0.031 0.049 0.154 0.008 0.001 0.022 0.477 50 K 0.204 0.027 0.029 0.032 0.038 0.056 0.164 0.004 0.001 0.014 0.432 51 P 0.008 0.003 0.005 0.009 0.009 0.011 0.016 0.001 0.001 0.001 0.939 52 L 0.022 0.005 0.002 0.040 0.065 0.108 0.102 0.001 0.001 0.004 0.651 53 H 0.135 0.016 0.001 0.049 0.069 0.105 0.121 0.003 0.001 0.010 0.492 54 Y 0.117 0.049 0.003 0.066 0.068 0.105 0.080 0.003 0.001 0.007 0.501 55 K 0.069 0.025 0.003 0.054 0.075 0.100 0.154 0.003 0.001 0.010 0.508 56 S 0.164 0.013 0.006 0.053 0.031 0.051 0.127 0.003 0.001 0.021 0.531 57 C 0.126 0.012 0.025 0.112 0.093 0.109 0.155 0.003 0.001 0.017 0.349 58 L 0.023 0.007 0.012 0.136 0.148 0.159 0.158 0.001 0.001 0.007 0.349 59 F 0.010 0.006 0.003 0.186 0.184 0.300 0.068 0.001 0.001 0.003 0.240 60 H 0.011 0.007 0.001 0.208 0.245 0.366 0.041 0.001 0.001 0.002 0.118 61 R 0.017 0.008 0.001 0.108 0.197 0.252 0.064 0.001 0.001 0.004 0.348 62 V 0.024 0.008 0.003 0.156 0.171 0.342 0.064 0.002 0.001 0.007 0.223 63 V 0.015 0.005 0.002 0.122 0.193 0.307 0.119 0.002 0.001 0.006 0.229 64 K 0.004 0.001 0.001 0.021 0.020 0.034 0.022 0.001 0.001 0.002 0.894 65 D 0.022 0.001 0.001 0.057 0.066 0.127 0.132 0.001 0.001 0.010 0.583 66 F 0.350 0.003 0.005 0.070 0.089 0.082 0.085 0.001 0.001 0.023 0.292 67 M 0.042 0.010 0.005 0.151 0.147 0.186 0.119 0.001 0.001 0.005 0.335 68 V 0.006 0.004 0.001 0.202 0.231 0.382 0.052 0.001 0.001 0.002 0.119 69 Q 0.012 0.006 0.001 0.195 0.156 0.317 0.060 0.001 0.001 0.003 0.251 70 G 0.012 0.004 0.002 0.063 0.109 0.193 0.055 0.001 0.001 0.004 0.558 71 G 0.021 0.002 0.004 0.067 0.117 0.222 0.115 0.001 0.001 0.011 0.439 72 D 0.026 0.001 0.003 0.035 0.081 0.096 0.150 0.001 0.001 0.008 0.599 73 F 0.009 0.001 0.001 0.026 0.050 0.059 0.051 0.001 0.001 0.003 0.799 74 S 0.018 0.003 0.001 0.039 0.104 0.185 0.257 0.001 0.001 0.009 0.383 75 E 0.132 0.012 0.001 0.026 0.058 0.070 0.174 0.001 0.001 0.020 0.505 76 G 0.194 0.039 0.003 0.028 0.059 0.072 0.221 0.002 0.001 0.022 0.359 77 N 0.106 0.023 0.005 0.019 0.032 0.043 0.268 0.002 0.001 0.019 0.483 78 G 0.107 0.025 0.006 0.023 0.035 0.045 0.207 0.003 0.001 0.024 0.524 79 R 0.141 0.027 0.018 0.019 0.044 0.071 0.242 0.002 0.001 0.026 0.410 80 G 0.039 0.017 0.009 0.017 0.056 0.083 0.129 0.002 0.001 0.008 0.643 81 G 0.057 0.012 0.005 0.025 0.107 0.161 0.097 0.001 0.001 0.009 0.526 82 E 0.037 0.011 0.005 0.020 0.085 0.154 0.077 0.001 0.001 0.006 0.605 83 S 0.018 0.014 0.001 0.049 0.176 0.248 0.089 0.001 0.001 0.003 0.400 84 I 0.044 0.029 0.002 0.070 0.134 0.229 0.100 0.002 0.001 0.008 0.384 85 Y 0.064 0.055 0.003 0.078 0.133 0.216 0.127 0.003 0.001 0.012 0.310 86 G 0.099 0.048 0.006 0.042 0.061 0.120 0.155 0.006 0.001 0.020 0.442 87 G 0.169 0.043 0.014 0.040 0.069 0.094 0.123 0.006 0.001 0.017 0.424 88 F 0.083 0.024 0.017 0.023 0.056 0.070 0.085 0.004 0.001 0.008 0.631 89 F 0.039 0.015 0.009 0.033 0.152 0.213 0.087 0.002 0.001 0.005 0.445 90 E 0.026 0.010 0.002 0.029 0.076 0.136 0.058 0.001 0.001 0.003 0.658 91 D 0.047 0.019 0.001 0.022 0.078 0.118 0.159 0.002 0.001 0.006 0.549 92 E 0.104 0.022 0.002 0.013 0.023 0.036 0.169 0.002 0.001 0.015 0.614 93 S 0.192 0.029 0.004 0.018 0.020 0.029 0.373 0.004 0.001 0.035 0.298 94 F 0.262 0.036 0.017 0.020 0.018 0.021 0.229 0.003 0.001 0.027 0.367 95 A 0.079 0.042 0.012 0.022 0.042 0.049 0.217 0.002 0.001 0.009 0.526 96 V 0.064 0.029 0.009 0.029 0.077 0.137 0.124 0.001 0.001 0.007 0.522 97 K 0.035 0.025 0.002 0.022 0.079 0.122 0.079 0.002 0.001 0.003 0.632 98 H 0.049 0.024 0.002 0.018 0.065 0.113 0.090 0.002 0.001 0.006 0.631 99 N 0.112 0.025 0.003 0.022 0.070 0.121 0.161 0.005 0.001 0.015 0.466 100 A 0.140 0.023 0.010 0.030 0.033 0.044 0.122 0.004 0.001 0.017 0.576 101 A 0.049 0.013 0.013 0.044 0.023 0.039 0.113 0.002 0.001 0.012 0.693 102 F 0.062 0.016 0.010 0.105 0.095 0.135 0.226 0.002 0.001 0.020 0.330 103 L 0.060 0.054 0.010 0.177 0.116 0.197 0.136 0.001 0.001 0.008 0.241 104 L 0.008 0.061 0.002 0.208 0.192 0.324 0.040 0.001 0.001 0.002 0.162 105 S 0.011 0.072 0.001 0.211 0.193 0.324 0.059 0.001 0.001 0.003 0.126 106 M 0.040 0.137 0.002 0.100 0.095 0.160 0.064 0.004 0.001 0.003 0.395 107 A 0.041 0.228 0.003 0.194 0.149 0.222 0.062 0.013 0.001 0.007 0.082 108 N 0.157 0.125 0.012 0.032 0.044 0.096 0.224 0.026 0.001 0.033 0.253 109 R 0.097 0.057 0.087 0.037 0.029 0.045 0.089 0.020 0.001 0.010 0.529 110 G 0.132 0.009 0.012 0.019 0.034 0.029 0.224 0.023 0.001 0.018 0.500 111 K 0.092 0.002 0.155 0.005 0.009 0.009 0.039 0.001 0.001 0.009 0.679 112 D 0.008 0.003 0.002 0.025 0.045 0.042 0.206 0.001 0.001 0.003 0.666 113 T 0.160 0.007 0.001 0.029 0.033 0.031 0.218 0.001 0.001 0.032 0.487 114 N 0.089 0.022 0.001 0.014 0.016 0.023 0.435 0.002 0.001 0.031 0.368 115 G 0.248 0.016 0.003 0.019 0.015 0.019 0.317 0.004 0.001 0.096 0.261 116 S 0.621 0.014 0.012 0.035 0.012 0.010 0.132 0.003 0.001 0.061 0.100 117 Q 0.084 0.010 0.059 0.099 0.103 0.084 0.203 0.002 0.001 0.021 0.336 118 F 0.004 0.001 0.005 0.155 0.298 0.428 0.064 0.001 0.001 0.002 0.043 119 F 0.001 0.001 0.001 0.228 0.275 0.457 0.013 0.001 0.001 0.001 0.025 120 I 0.001 0.001 0.001 0.174 0.321 0.434 0.009 0.001 0.001 0.001 0.060 121 T 0.001 0.001 0.001 0.187 0.305 0.414 0.015 0.001 0.001 0.001 0.076 122 T 0.004 0.001 0.001 0.258 0.117 0.253 0.041 0.001 0.001 0.003 0.324 123 K 0.003 0.001 0.001 0.217 0.117 0.260 0.073 0.001 0.001 0.003 0.324 124 P 0.002 0.001 0.001 0.027 0.011 0.030 0.018 0.001 0.001 0.002 0.909 125 T 0.024 0.001 0.001 0.056 0.089 0.214 0.133 0.001 0.001 0.007 0.476 126 P 0.010 0.001 0.001 0.005 0.007 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.965 127 H 0.053 0.003 0.001 0.041 0.086 0.093 0.133 0.001 0.001 0.005 0.586 128 L 0.185 0.007 0.001 0.018 0.041 0.060 0.199 0.001 0.001 0.018 0.470 129 D 0.071 0.020 0.001 0.017 0.030 0.036 0.272 0.001 0.001 0.010 0.542 130 G 0.205 0.007 0.003 0.014 0.016 0.022 0.154 0.001 0.001 0.037 0.539 131 H 0.327 0.003 0.019 0.035 0.041 0.030 0.227 0.001 0.001 0.041 0.277 132 H 0.041 0.001 0.037 0.091 0.123 0.119 0.219 0.001 0.001 0.013 0.356 133 V 0.002 0.001 0.003 0.231 0.278 0.413 0.035 0.001 0.001 0.001 0.037 134 V 0.001 0.001 0.001 0.296 0.248 0.409 0.013 0.001 0.001 0.001 0.033 135 F 0.001 0.001 0.001 0.228 0.259 0.471 0.007 0.001 0.001 0.001 0.033 136 G 0.001 0.001 0.001 0.292 0.214 0.386 0.015 0.001 0.001 0.001 0.091 137 Q 0.002 0.001 0.001 0.308 0.219 0.319 0.026 0.001 0.001 0.002 0.123 138 V 0.003 0.002 0.001 0.216 0.143 0.250 0.058 0.001 0.001 0.004 0.322 139 I 0.008 0.004 0.001 0.176 0.168 0.369 0.070 0.001 0.001 0.006 0.198 140 S 0.021 0.014 0.002 0.073 0.087 0.193 0.125 0.002 0.001 0.005 0.477 141 G 0.060 0.017 0.003 0.019 0.019 0.037 0.080 0.002 0.001 0.007 0.756 142 Q 0.085 0.035 0.010 0.019 0.011 0.031 0.133 0.001 0.001 0.010 0.666 143 E 0.017 0.034 0.001 0.008 0.011 0.012 0.194 0.001 0.001 0.002 0.720 144 V 0.050 0.271 0.003 0.009 0.011 0.023 0.092 0.001 0.001 0.003 0.538 145 V 0.024 0.766 0.001 0.008 0.016 0.042 0.027 0.001 0.001 0.001 0.114 146 R 0.021 0.765 0.001 0.002 0.007 0.019 0.021 0.002 0.001 0.001 0.162 147 E 0.049 0.862 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.076 148 I 0.032 0.930 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.021 149 E 0.032 0.886 0.004 0.002 0.005 0.013 0.003 0.014 0.001 0.001 0.042 150 N 0.098 0.586 0.010 0.005 0.010 0.018 0.007 0.114 0.001 0.001 0.151 151 Q 0.436 0.340 0.030 0.007 0.006 0.007 0.007 0.053 0.001 0.001 0.114 152 K 0.138 0.091 0.092 0.018 0.036 0.028 0.051 0.031 0.001 0.003 0.512 153 T 0.019 0.015 0.068 0.025 0.033 0.044 0.070 0.003 0.001 0.002 0.722 154 D 0.039 0.016 0.002 0.070 0.061 0.069 0.218 0.003 0.001 0.003 0.517 155 A 0.083 0.013 0.002 0.018 0.009 0.011 0.130 0.001 0.001 0.012 0.720 156 A 0.085 0.015 0.002 0.015 0.009 0.015 0.453 0.002 0.001 0.024 0.381 157 S 0.537 0.013 0.005 0.022 0.007 0.009 0.171 0.004 0.001 0.053 0.179 158 K 0.402 0.023 0.017 0.030 0.019 0.017 0.188 0.002 0.001 0.018 0.282 159 P 0.003 0.001 0.004 0.006 0.007 0.008 0.020 0.001 0.001 0.001 0.949 160 F 0.015 0.002 0.002 0.045 0.088 0.288 0.144 0.001 0.001 0.005 0.410 161 A 0.075 0.005 0.001 0.051 0.135 0.213 0.077 0.001 0.001 0.008 0.435 162 E 0.026 0.007 0.001 0.053 0.109 0.204 0.046 0.001 0.001 0.004 0.550 163 V 0.021 0.003 0.003 0.172 0.237 0.355 0.046 0.001 0.001 0.004 0.159 164 R 0.013 0.003 0.001 0.403 0.216 0.227 0.037 0.001 0.001 0.002 0.097 165 I 0.004 0.004 0.001 0.285 0.195 0.299 0.034 0.001 0.001 0.001 0.177 166 L 0.002 0.003 0.001 0.280 0.235 0.391 0.028 0.001 0.001 0.001 0.060 167 S 0.008 0.007 0.001 0.151 0.139 0.240 0.092 0.001 0.001 0.004 0.358 168 C 0.022 0.010 0.002 0.136 0.111 0.177 0.100 0.001 0.001 0.009 0.432 169 G 0.042 0.007 0.002 0.074 0.094 0.139 0.202 0.002 0.001 0.017 0.421 170 E 0.075 0.009 0.006 0.046 0.061 0.088 0.138 0.001 0.001 0.014 0.562 171 L 0.062 0.020 0.010 0.054 0.095 0.180 0.096 0.002 0.001 0.009 0.473 172 I 0.043 0.016 0.005 0.059 0.140 0.257 0.089 0.001 0.001 0.004 0.385 173 P 0.002 0.001 0.001 0.005 0.008 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.966