# TARGET T0290 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 90.6897 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.124 0.293 0.150 0.017 0.315 0.006 0.020 0.025 0.010 0.010 0.030 2 P 0.099 0.204 0.048 0.009 0.206 0.010 0.020 0.117 0.155 0.091 0.041 3 R 0.144 0.158 0.033 0.008 0.283 0.019 0.053 0.109 0.084 0.072 0.038 4 C 0.308 0.101 0.015 0.004 0.438 0.006 0.015 0.032 0.014 0.022 0.045 5 F 0.299 0.101 0.024 0.013 0.385 0.017 0.021 0.031 0.015 0.036 0.058 6 F 0.204 0.188 0.032 0.012 0.464 0.012 0.009 0.025 0.009 0.014 0.032 7 D 0.390 0.054 0.014 0.005 0.338 0.008 0.016 0.039 0.013 0.033 0.091 8 I 0.325 0.128 0.013 0.009 0.383 0.014 0.010 0.017 0.012 0.023 0.067 9 A 0.248 0.142 0.023 0.004 0.523 0.003 0.006 0.017 0.006 0.009 0.020 10 I 0.195 0.061 0.014 0.078 0.168 0.168 0.071 0.083 0.045 0.052 0.065 11 N 0.069 0.223 0.090 0.110 0.297 0.039 0.043 0.052 0.027 0.029 0.021 12 N 0.185 0.032 0.017 0.010 0.096 0.008 0.013 0.034 0.058 0.360 0.186 13 Q 0.018 0.499 0.282 0.013 0.151 0.003 0.008 0.018 0.005 0.002 0.001 14 P 0.114 0.191 0.177 0.043 0.112 0.071 0.095 0.119 0.030 0.021 0.027 15 A 0.025 0.071 0.062 0.143 0.028 0.085 0.229 0.109 0.093 0.121 0.035 16 G 0.020 0.111 0.204 0.358 0.051 0.092 0.006 0.012 0.014 0.100 0.032 17 R 0.124 0.219 0.019 0.001 0.605 0.001 0.004 0.011 0.004 0.005 0.006 18 V 0.333 0.070 0.005 0.001 0.569 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 19 V 0.242 0.050 0.005 0.003 0.677 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.015 20 F 0.281 0.062 0.005 0.001 0.623 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 21 E 0.288 0.096 0.009 0.001 0.527 0.001 0.002 0.005 0.001 0.010 0.061 22 L 0.181 0.166 0.062 0.037 0.248 0.037 0.048 0.042 0.017 0.066 0.098 23 F 0.153 0.207 0.118 0.035 0.250 0.007 0.008 0.025 0.026 0.066 0.106 24 S 0.018 0.097 0.048 0.029 0.043 0.066 0.059 0.221 0.348 0.060 0.011 25 D 0.009 0.015 0.011 0.014 0.014 0.035 0.229 0.335 0.219 0.102 0.017 26 V 0.033 0.037 0.019 0.010 0.037 0.008 0.036 0.106 0.149 0.520 0.045 27 C 0.032 0.193 0.096 0.015 0.080 0.008 0.013 0.396 0.120 0.030 0.016 28 P 0.005 0.033 0.017 0.006 0.021 0.011 0.022 0.753 0.122 0.007 0.004 29 K 0.007 0.009 0.005 0.002 0.011 0.002 0.016 0.876 0.060 0.009 0.004 30 T 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.916 0.052 0.016 0.002 31 C 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.901 0.084 0.007 0.001 32 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.959 0.024 0.002 0.001 33 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.964 0.022 0.008 0.001 34 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.058 0.003 0.001 35 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.933 0.059 0.002 0.001 36 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.937 0.045 0.003 0.001 37 L 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.040 0.876 0.063 0.008 0.001 38 C 0.012 0.009 0.004 0.003 0.012 0.007 0.047 0.740 0.091 0.066 0.010 39 T 0.009 0.440 0.080 0.040 0.076 0.034 0.061 0.152 0.042 0.059 0.005 40 G 0.039 0.080 0.129 0.107 0.035 0.037 0.032 0.086 0.063 0.260 0.132 41 E 0.074 0.088 0.066 0.049 0.108 0.052 0.128 0.178 0.101 0.102 0.055 42 K 0.039 0.233 0.140 0.091 0.105 0.052 0.095 0.082 0.062 0.073 0.028 43 G 0.059 0.060 0.095 0.207 0.047 0.112 0.055 0.055 0.043 0.174 0.091 44 T 0.048 0.144 0.097 0.081 0.088 0.083 0.119 0.098 0.079 0.122 0.043 45 G 0.043 0.090 0.148 0.184 0.064 0.054 0.018 0.051 0.060 0.213 0.076 46 K 0.090 0.157 0.075 0.026 0.162 0.022 0.045 0.154 0.128 0.099 0.043 47 S 0.128 0.094 0.047 0.024 0.151 0.030 0.060 0.148 0.112 0.129 0.078 48 T 0.062 0.188 0.082 0.055 0.172 0.035 0.063 0.096 0.087 0.123 0.038 49 Q 0.125 0.069 0.076 0.048 0.093 0.026 0.037 0.055 0.068 0.277 0.126 50 K 0.057 0.357 0.265 0.030 0.174 0.012 0.023 0.034 0.017 0.015 0.016 51 P 0.114 0.286 0.109 0.020 0.231 0.019 0.029 0.069 0.052 0.035 0.037 52 L 0.154 0.167 0.041 0.014 0.230 0.027 0.034 0.079 0.110 0.083 0.061 53 H 0.191 0.144 0.072 0.021 0.245 0.016 0.031 0.082 0.052 0.078 0.068 54 Y 0.208 0.088 0.046 0.065 0.174 0.041 0.022 0.062 0.060 0.116 0.116 55 K 0.013 0.049 0.034 0.141 0.033 0.172 0.219 0.229 0.078 0.023 0.007 56 S 0.074 0.028 0.016 0.017 0.051 0.009 0.014 0.044 0.072 0.529 0.147 57 C 0.086 0.375 0.096 0.012 0.331 0.005 0.006 0.022 0.018 0.028 0.021 58 L 0.254 0.153 0.035 0.004 0.357 0.006 0.016 0.048 0.030 0.033 0.064 59 F 0.280 0.099 0.030 0.013 0.309 0.015 0.024 0.048 0.044 0.050 0.086 60 H 0.176 0.163 0.046 0.019 0.330 0.022 0.022 0.052 0.053 0.059 0.058 61 R 0.180 0.234 0.059 0.003 0.433 0.002 0.007 0.028 0.016 0.013 0.025 62 V 0.371 0.115 0.023 0.008 0.265 0.010 0.022 0.041 0.028 0.032 0.084 63 V 0.202 0.144 0.086 0.082 0.317 0.042 0.015 0.023 0.019 0.020 0.048 64 K 0.004 0.009 0.006 0.116 0.009 0.285 0.296 0.223 0.043 0.007 0.002 65 D 0.078 0.045 0.032 0.055 0.079 0.020 0.053 0.108 0.119 0.315 0.096 66 F 0.175 0.153 0.022 0.022 0.475 0.012 0.009 0.020 0.022 0.041 0.049 67 M 0.223 0.117 0.013 0.002 0.556 0.002 0.004 0.014 0.011 0.011 0.047 68 V 0.322 0.097 0.027 0.006 0.385 0.006 0.019 0.016 0.009 0.024 0.091 69 Q 0.161 0.087 0.059 0.063 0.168 0.058 0.108 0.069 0.046 0.098 0.083 70 G 0.079 0.120 0.106 0.084 0.103 0.043 0.056 0.061 0.078 0.200 0.069 71 G 0.032 0.095 0.130 0.154 0.059 0.065 0.028 0.043 0.085 0.256 0.054 72 D 0.162 0.139 0.073 0.016 0.391 0.011 0.021 0.036 0.036 0.056 0.059 73 F 0.068 0.097 0.047 0.014 0.094 0.015 0.038 0.175 0.247 0.144 0.063 74 S 0.068 0.082 0.057 0.029 0.124 0.043 0.135 0.172 0.112 0.137 0.042 75 E 0.037 0.230 0.201 0.102 0.096 0.047 0.057 0.069 0.052 0.079 0.031 76 G 0.045 0.062 0.097 0.131 0.054 0.064 0.047 0.072 0.082 0.239 0.106 77 N 0.037 0.206 0.165 0.103 0.090 0.079 0.132 0.062 0.046 0.055 0.027 78 G 0.053 0.050 0.075 0.115 0.043 0.050 0.042 0.083 0.086 0.270 0.133 79 R 0.051 0.127 0.066 0.060 0.098 0.117 0.226 0.095 0.060 0.067 0.030 80 G 0.030 0.073 0.135 0.191 0.037 0.047 0.026 0.033 0.048 0.295 0.085 81 G 0.054 0.145 0.206 0.152 0.096 0.039 0.019 0.039 0.040 0.144 0.065 82 E 0.067 0.334 0.116 0.015 0.272 0.010 0.014 0.063 0.054 0.033 0.023 83 S 0.186 0.185 0.092 0.008 0.277 0.008 0.027 0.094 0.039 0.026 0.059 84 I 0.123 0.071 0.058 0.042 0.105 0.060 0.104 0.205 0.084 0.088 0.060 85 Y 0.042 0.200 0.111 0.174 0.103 0.096 0.106 0.082 0.024 0.038 0.024 86 G 0.021 0.038 0.069 0.205 0.018 0.047 0.019 0.035 0.053 0.413 0.081 87 G 0.016 0.211 0.235 0.178 0.070 0.047 0.029 0.091 0.049 0.063 0.012 88 F 0.164 0.202 0.065 0.009 0.247 0.011 0.035 0.133 0.054 0.034 0.046 89 F 0.099 0.190 0.098 0.030 0.170 0.017 0.029 0.149 0.077 0.078 0.063 90 E 0.055 0.142 0.069 0.036 0.103 0.054 0.085 0.239 0.125 0.064 0.027 91 D 0.141 0.081 0.049 0.012 0.134 0.009 0.025 0.179 0.116 0.159 0.096 92 E 0.062 0.092 0.045 0.017 0.085 0.025 0.062 0.249 0.192 0.139 0.032 93 S 0.089 0.163 0.065 0.029 0.154 0.019 0.032 0.175 0.091 0.129 0.055 94 F 0.142 0.099 0.024 0.008 0.188 0.012 0.023 0.184 0.126 0.123 0.071 95 A 0.127 0.099 0.037 0.011 0.184 0.017 0.036 0.212 0.105 0.117 0.055 96 V 0.173 0.195 0.051 0.010 0.301 0.008 0.016 0.126 0.044 0.037 0.040 97 K 0.138 0.158 0.089 0.024 0.186 0.031 0.059 0.145 0.059 0.059 0.053 98 H 0.090 0.119 0.044 0.047 0.139 0.050 0.100 0.214 0.080 0.069 0.048 99 N 0.071 0.104 0.080 0.054 0.092 0.028 0.027 0.099 0.099 0.274 0.071 100 A 0.022 0.251 0.146 0.036 0.094 0.015 0.024 0.280 0.081 0.043 0.008 101 A 0.129 0.093 0.020 0.009 0.192 0.017 0.067 0.311 0.074 0.046 0.041 102 F 0.101 0.147 0.050 0.047 0.225 0.032 0.033 0.234 0.043 0.055 0.033 103 L 0.326 0.050 0.005 0.003 0.357 0.005 0.014 0.176 0.014 0.011 0.040 104 L 0.216 0.059 0.010 0.014 0.301 0.020 0.026 0.249 0.030 0.032 0.042 105 S 0.186 0.133 0.018 0.006 0.368 0.008 0.021 0.180 0.023 0.023 0.033 106 M 0.166 0.073 0.029 0.013 0.213 0.015 0.030 0.280 0.060 0.069 0.052 107 A 0.060 0.144 0.062 0.022 0.088 0.038 0.086 0.313 0.110 0.046 0.031 108 N 0.155 0.100 0.059 0.016 0.141 0.020 0.055 0.150 0.068 0.148 0.088 109 R 0.041 0.307 0.146 0.114 0.115 0.062 0.057 0.044 0.035 0.054 0.025 110 G 0.038 0.086 0.178 0.278 0.049 0.062 0.024 0.031 0.037 0.142 0.074 111 K 0.068 0.136 0.080 0.059 0.119 0.065 0.120 0.110 0.098 0.098 0.047 112 D 0.124 0.115 0.062 0.028 0.162 0.019 0.039 0.075 0.087 0.177 0.111 113 T 0.102 0.115 0.071 0.046 0.124 0.054 0.082 0.105 0.117 0.126 0.058 114 N 0.061 0.125 0.143 0.092 0.093 0.070 0.099 0.084 0.075 0.111 0.048 115 G 0.089 0.090 0.050 0.041 0.099 0.030 0.036 0.054 0.096 0.316 0.098 116 S 0.191 0.155 0.032 0.014 0.322 0.010 0.014 0.035 0.045 0.118 0.065 117 Q 0.291 0.084 0.012 0.009 0.444 0.014 0.027 0.031 0.022 0.026 0.041 118 F 0.203 0.119 0.012 0.005 0.626 0.004 0.005 0.006 0.002 0.004 0.014 119 F 0.325 0.045 0.004 0.002 0.581 0.002 0.002 0.005 0.001 0.005 0.029 120 I 0.233 0.154 0.019 0.003 0.529 0.003 0.003 0.007 0.002 0.007 0.041 121 T 0.319 0.105 0.020 0.002 0.410 0.001 0.004 0.008 0.004 0.031 0.096 122 T 0.121 0.164 0.115 0.078 0.166 0.038 0.031 0.041 0.064 0.121 0.061 123 K 0.010 0.306 0.400 0.096 0.059 0.024 0.028 0.046 0.023 0.006 0.002 124 P 0.138 0.136 0.081 0.023 0.172 0.029 0.076 0.057 0.056 0.132 0.099 125 T 0.092 0.292 0.180 0.014 0.326 0.005 0.009 0.017 0.022 0.015 0.028 126 P 0.038 0.095 0.040 0.019 0.086 0.061 0.102 0.220 0.255 0.063 0.022 127 H 0.145 0.059 0.039 0.014 0.108 0.017 0.060 0.104 0.092 0.261 0.101 128 L 0.127 0.077 0.046 0.075 0.101 0.090 0.047 0.051 0.075 0.181 0.131 129 D 0.024 0.083 0.104 0.296 0.057 0.161 0.115 0.053 0.043 0.042 0.023 130 G 0.014 0.018 0.025 0.067 0.012 0.019 0.015 0.079 0.196 0.508 0.048 131 H 0.046 0.128 0.042 0.034 0.109 0.028 0.106 0.130 0.168 0.172 0.037 132 H 0.192 0.226 0.047 0.008 0.345 0.007 0.007 0.020 0.026 0.047 0.075 133 V 0.205 0.152 0.033 0.004 0.534 0.005 0.010 0.013 0.009 0.012 0.024 134 V 0.466 0.045 0.025 0.011 0.217 0.014 0.019 0.017 0.008 0.035 0.141 135 F 0.107 0.156 0.118 0.104 0.133 0.021 0.024 0.025 0.032 0.189 0.091 136 G 0.026 0.121 0.269 0.369 0.069 0.076 0.008 0.012 0.014 0.023 0.012 137 Q 0.067 0.466 0.088 0.002 0.328 0.002 0.004 0.024 0.009 0.003 0.007 138 V 0.376 0.100 0.025 0.005 0.299 0.007 0.020 0.062 0.011 0.012 0.083 139 I 0.022 0.018 0.013 0.162 0.029 0.344 0.175 0.150 0.045 0.027 0.015 140 S 0.017 0.118 0.186 0.177 0.046 0.050 0.064 0.215 0.064 0.050 0.014 141 G 0.028 0.053 0.068 0.055 0.028 0.011 0.007 0.207 0.116 0.365 0.061 142 Q 0.011 0.051 0.018 0.010 0.049 0.008 0.011 0.566 0.234 0.035 0.008 143 E 0.022 0.034 0.011 0.001 0.041 0.002 0.017 0.800 0.063 0.005 0.006 144 V 0.005 0.007 0.003 0.002 0.006 0.002 0.008 0.834 0.087 0.042 0.003 145 V 0.006 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.816 0.149 0.012 0.004 146 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.022 0.848 0.113 0.004 0.001 147 E 0.003 0.004 0.003 0.001 0.005 0.001 0.018 0.805 0.115 0.042 0.002 148 I 0.021 0.010 0.004 0.003 0.015 0.005 0.016 0.556 0.278 0.080 0.011 149 E 0.002 0.018 0.008 0.010 0.006 0.024 0.118 0.609 0.191 0.011 0.001 150 N 0.043 0.016 0.008 0.002 0.033 0.005 0.041 0.172 0.155 0.463 0.061 151 Q 0.060 0.397 0.110 0.006 0.328 0.004 0.012 0.028 0.017 0.023 0.016 152 K 0.275 0.103 0.036 0.008 0.245 0.011 0.023 0.052 0.030 0.077 0.140 153 T 0.065 0.284 0.111 0.027 0.225 0.015 0.031 0.071 0.054 0.082 0.035 154 D 0.043 0.207 0.266 0.048 0.117 0.017 0.021 0.102 0.074 0.069 0.035 155 A 0.016 0.032 0.021 0.011 0.026 0.020 0.069 0.462 0.273 0.057 0.012 156 A 0.018 0.251 0.119 0.064 0.095 0.045 0.106 0.104 0.068 0.110 0.019 157 S 0.091 0.039 0.038 0.027 0.053 0.011 0.022 0.030 0.049 0.439 0.200 158 K 0.024 0.442 0.359 0.013 0.118 0.005 0.007 0.013 0.008 0.006 0.005 159 P 0.166 0.327 0.046 0.004 0.362 0.005 0.015 0.021 0.015 0.015 0.025 160 F 0.281 0.076 0.054 0.025 0.189 0.024 0.027 0.037 0.059 0.113 0.115 161 A 0.014 0.421 0.255 0.050 0.139 0.036 0.024 0.039 0.012 0.006 0.004 162 E 0.465 0.044 0.004 0.001 0.323 0.001 0.004 0.006 0.005 0.025 0.122 163 V 0.179 0.221 0.020 0.001 0.560 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 164 R 0.063 0.405 0.024 0.001 0.500 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 165 I 0.710 0.014 0.003 0.002 0.154 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.107 166 L 0.006 0.038 0.015 0.126 0.028 0.444 0.263 0.049 0.023 0.005 0.003 167 S 0.359 0.103 0.051 0.003 0.337 0.001 0.004 0.007 0.006 0.045 0.083 168 C 0.214 0.111 0.021 0.050 0.188 0.018 0.011 0.043 0.082 0.142 0.120 169 G 0.028 0.133 0.160 0.210 0.114 0.080 0.025 0.054 0.112 0.064 0.018 170 E 0.186 0.204 0.042 0.005 0.359 0.006 0.033 0.067 0.038 0.027 0.034 171 L 0.110 0.235 0.117 0.032 0.242 0.016 0.041 0.051 0.041 0.074 0.040 172 I 0.096 0.263 0.213 0.046 0.189 0.019 0.053 0.060 0.020 0.012 0.028 173 P 0.039 0.342 0.189 0.034 0.116 0.022 0.034 0.111 0.067 0.029 0.017