# TARGET T0290 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95.3807 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.218 0.145 0.051 0.132 0.122 0.104 0.092 0.056 0.041 0.024 0.015 2 P 0.287 0.147 0.066 0.120 0.104 0.086 0.073 0.044 0.040 0.021 0.011 3 R 0.124 0.102 0.083 0.196 0.147 0.116 0.102 0.053 0.040 0.024 0.013 4 C 0.019 0.025 0.033 0.056 0.066 0.096 0.177 0.153 0.147 0.130 0.100 5 F 0.017 0.038 0.043 0.100 0.091 0.103 0.161 0.143 0.122 0.101 0.081 6 F 0.017 0.024 0.038 0.066 0.074 0.101 0.163 0.138 0.147 0.132 0.100 7 D 0.087 0.083 0.084 0.175 0.149 0.119 0.113 0.068 0.059 0.039 0.023 8 I 0.041 0.037 0.028 0.090 0.096 0.111 0.183 0.124 0.129 0.098 0.063 9 A 0.044 0.039 0.030 0.067 0.066 0.072 0.138 0.131 0.158 0.143 0.113 10 I 0.047 0.059 0.040 0.107 0.112 0.118 0.174 0.124 0.098 0.071 0.049 11 N 0.112 0.104 0.101 0.136 0.113 0.096 0.108 0.073 0.068 0.051 0.037 12 N 0.197 0.143 0.061 0.166 0.129 0.098 0.095 0.048 0.033 0.019 0.011 13 Q 0.221 0.140 0.056 0.127 0.105 0.083 0.092 0.061 0.054 0.037 0.024 14 P 0.155 0.151 0.036 0.136 0.114 0.102 0.120 0.078 0.053 0.033 0.021 15 A 0.178 0.163 0.064 0.167 0.140 0.101 0.071 0.048 0.035 0.020 0.012 16 G 0.076 0.065 0.037 0.085 0.102 0.121 0.150 0.116 0.115 0.082 0.050 17 R 0.083 0.107 0.046 0.234 0.196 0.132 0.088 0.057 0.031 0.016 0.009 18 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.017 0.061 0.138 0.234 0.286 0.251 19 V 0.018 0.058 0.034 0.182 0.188 0.144 0.124 0.110 0.071 0.040 0.031 20 F 0.002 0.001 0.006 0.007 0.010 0.017 0.055 0.079 0.226 0.303 0.294 21 E 0.034 0.049 0.057 0.215 0.231 0.156 0.140 0.060 0.031 0.017 0.009 22 L 0.002 0.005 0.008 0.017 0.016 0.028 0.107 0.131 0.224 0.246 0.215 23 F 0.019 0.036 0.030 0.068 0.085 0.105 0.192 0.166 0.123 0.101 0.075 24 S 0.142 0.136 0.120 0.174 0.129 0.096 0.083 0.048 0.038 0.022 0.011 25 D 0.351 0.131 0.120 0.145 0.104 0.072 0.042 0.016 0.011 0.005 0.002 26 V 0.143 0.126 0.049 0.127 0.117 0.113 0.139 0.077 0.058 0.033 0.018 27 C 0.018 0.026 0.014 0.044 0.055 0.091 0.203 0.170 0.161 0.121 0.096 28 P 0.095 0.079 0.135 0.161 0.118 0.108 0.110 0.072 0.055 0.038 0.028 29 K 0.055 0.079 0.109 0.207 0.166 0.144 0.125 0.057 0.030 0.017 0.009 30 T 0.012 0.030 0.027 0.046 0.053 0.063 0.116 0.147 0.205 0.178 0.123 31 C 0.004 0.005 0.004 0.018 0.033 0.073 0.175 0.170 0.201 0.167 0.150 32 E 0.089 0.104 0.194 0.248 0.155 0.090 0.058 0.030 0.020 0.009 0.004 33 N 0.002 0.009 0.017 0.073 0.103 0.135 0.262 0.167 0.102 0.080 0.049 34 F 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.029 0.064 0.219 0.322 0.353 35 R 0.005 0.009 0.036 0.092 0.151 0.180 0.246 0.115 0.084 0.056 0.026 36 C 0.005 0.015 0.137 0.127 0.119 0.133 0.190 0.104 0.076 0.062 0.034 37 L 0.002 0.003 0.010 0.015 0.020 0.036 0.135 0.159 0.217 0.221 0.183 38 C 0.005 0.004 0.006 0.009 0.015 0.032 0.111 0.194 0.219 0.228 0.177 39 T 0.060 0.110 0.118 0.179 0.146 0.111 0.100 0.069 0.050 0.032 0.026 40 G 0.113 0.107 0.050 0.108 0.126 0.131 0.143 0.082 0.069 0.041 0.028 41 E 0.345 0.151 0.031 0.120 0.087 0.060 0.066 0.042 0.044 0.031 0.022 42 K 0.286 0.148 0.033 0.139 0.106 0.086 0.091 0.041 0.035 0.021 0.013 43 G 0.184 0.128 0.055 0.137 0.108 0.087 0.099 0.069 0.058 0.045 0.030 44 T 0.088 0.076 0.033 0.095 0.102 0.114 0.154 0.121 0.096 0.069 0.053 45 G 0.226 0.151 0.090 0.132 0.098 0.079 0.071 0.051 0.048 0.032 0.023 46 K 0.157 0.127 0.052 0.161 0.128 0.104 0.111 0.058 0.046 0.032 0.024 47 S 0.256 0.155 0.050 0.110 0.093 0.076 0.084 0.058 0.054 0.037 0.025 48 T 0.205 0.166 0.034 0.150 0.109 0.089 0.096 0.060 0.044 0.027 0.019 49 Q 0.318 0.205 0.067 0.121 0.097 0.067 0.046 0.030 0.025 0.014 0.008 50 K 0.177 0.113 0.046 0.144 0.123 0.106 0.111 0.063 0.056 0.036 0.024 51 P 0.247 0.131 0.073 0.158 0.132 0.094 0.073 0.039 0.030 0.015 0.008 52 L 0.035 0.031 0.032 0.067 0.068 0.088 0.162 0.136 0.146 0.130 0.105 53 H 0.047 0.097 0.067 0.144 0.130 0.121 0.140 0.104 0.071 0.047 0.032 54 Y 0.016 0.019 0.025 0.045 0.052 0.075 0.142 0.141 0.167 0.170 0.147 55 K 0.144 0.150 0.100 0.193 0.159 0.108 0.070 0.035 0.023 0.012 0.006 56 S 0.080 0.073 0.048 0.137 0.130 0.124 0.133 0.097 0.093 0.057 0.028 57 C 0.021 0.015 0.011 0.029 0.038 0.062 0.136 0.148 0.190 0.183 0.168 58 L 0.025 0.064 0.044 0.143 0.141 0.134 0.162 0.111 0.085 0.055 0.036 59 F 0.006 0.011 0.027 0.042 0.047 0.070 0.140 0.127 0.178 0.188 0.165 60 H 0.031 0.025 0.045 0.097 0.115 0.132 0.197 0.116 0.108 0.080 0.053 61 R 0.038 0.040 0.056 0.139 0.114 0.117 0.181 0.114 0.095 0.067 0.039 62 V 0.006 0.014 0.015 0.031 0.034 0.046 0.127 0.149 0.190 0.198 0.189 63 V 0.013 0.023 0.018 0.038 0.056 0.080 0.170 0.171 0.163 0.147 0.121 64 K 0.130 0.149 0.127 0.232 0.161 0.092 0.053 0.024 0.018 0.009 0.005 65 D 0.181 0.108 0.083 0.167 0.168 0.137 0.083 0.036 0.024 0.009 0.003 66 F 0.010 0.008 0.007 0.025 0.032 0.051 0.152 0.148 0.200 0.194 0.171 67 M 0.008 0.013 0.018 0.044 0.053 0.072 0.163 0.169 0.175 0.155 0.129 68 V 0.002 0.006 0.034 0.032 0.042 0.058 0.119 0.139 0.171 0.199 0.198 69 Q 0.009 0.022 0.052 0.087 0.105 0.128 0.192 0.136 0.110 0.089 0.070 70 G 0.013 0.015 0.016 0.051 0.062 0.079 0.141 0.145 0.186 0.170 0.122 71 G 0.026 0.019 0.013 0.038 0.052 0.074 0.145 0.139 0.192 0.167 0.136 72 D 0.061 0.078 0.035 0.143 0.121 0.106 0.138 0.106 0.092 0.069 0.052 73 F 0.011 0.013 0.007 0.021 0.033 0.050 0.120 0.139 0.187 0.206 0.213 74 S 0.185 0.155 0.059 0.146 0.110 0.081 0.082 0.058 0.054 0.037 0.032 75 E 0.138 0.110 0.037 0.151 0.130 0.108 0.124 0.067 0.060 0.044 0.032 76 G 0.293 0.135 0.042 0.100 0.090 0.073 0.080 0.055 0.058 0.043 0.030 77 N 0.201 0.148 0.031 0.146 0.111 0.092 0.103 0.061 0.051 0.032 0.023 78 G 0.211 0.150 0.054 0.105 0.098 0.088 0.089 0.069 0.063 0.044 0.029 79 R 0.141 0.121 0.042 0.135 0.114 0.103 0.115 0.079 0.063 0.047 0.041 80 G 0.231 0.181 0.063 0.139 0.115 0.087 0.069 0.044 0.037 0.022 0.013 81 G 0.102 0.071 0.034 0.110 0.107 0.107 0.135 0.094 0.101 0.080 0.060 82 E 0.141 0.093 0.053 0.138 0.123 0.112 0.122 0.070 0.067 0.047 0.034 83 S 0.052 0.057 0.040 0.121 0.102 0.103 0.157 0.110 0.108 0.088 0.062 84 I 0.030 0.042 0.033 0.069 0.073 0.085 0.150 0.138 0.131 0.130 0.119 85 Y 0.054 0.069 0.034 0.104 0.100 0.105 0.153 0.125 0.112 0.084 0.061 86 G 0.273 0.139 0.089 0.153 0.124 0.081 0.055 0.032 0.029 0.016 0.009 87 G 0.195 0.102 0.051 0.129 0.108 0.099 0.118 0.064 0.063 0.043 0.029 88 F 0.126 0.144 0.041 0.152 0.130 0.104 0.120 0.077 0.055 0.032 0.017 89 F 0.019 0.019 0.013 0.027 0.036 0.060 0.136 0.159 0.182 0.180 0.168 90 E 0.205 0.204 0.120 0.209 0.134 0.071 0.032 0.014 0.007 0.003 0.001 91 D 0.114 0.072 0.094 0.137 0.111 0.102 0.123 0.074 0.077 0.059 0.035 92 E 0.065 0.060 0.032 0.100 0.105 0.114 0.192 0.116 0.097 0.069 0.048 93 S 0.070 0.080 0.071 0.133 0.110 0.108 0.141 0.102 0.094 0.059 0.032 94 F 0.044 0.053 0.086 0.112 0.115 0.128 0.160 0.109 0.083 0.067 0.043 95 A 0.139 0.136 0.130 0.194 0.147 0.102 0.073 0.038 0.024 0.011 0.005 96 V 0.057 0.029 0.040 0.057 0.060 0.086 0.165 0.129 0.155 0.131 0.091 97 K 0.163 0.158 0.112 0.189 0.129 0.092 0.079 0.036 0.023 0.012 0.007 98 H 0.053 0.072 0.064 0.101 0.088 0.107 0.170 0.122 0.100 0.077 0.047 99 N 0.102 0.135 0.074 0.149 0.134 0.123 0.117 0.072 0.044 0.029 0.020 100 A 0.206 0.160 0.089 0.164 0.120 0.098 0.071 0.038 0.032 0.016 0.007 101 A 0.101 0.079 0.056 0.160 0.155 0.145 0.127 0.068 0.056 0.034 0.019 102 F 0.009 0.014 0.013 0.045 0.064 0.100 0.205 0.156 0.169 0.128 0.097 103 L 0.002 0.006 0.013 0.038 0.045 0.061 0.149 0.161 0.182 0.180 0.162 104 L 0.001 0.002 0.011 0.013 0.021 0.034 0.097 0.141 0.208 0.242 0.230 105 S 0.003 0.005 0.028 0.039 0.057 0.069 0.150 0.166 0.191 0.163 0.129 106 M 0.002 0.003 0.014 0.022 0.031 0.044 0.126 0.139 0.216 0.213 0.188 107 A 0.009 0.011 0.025 0.036 0.049 0.066 0.154 0.142 0.194 0.174 0.141 108 N 0.034 0.062 0.058 0.135 0.124 0.126 0.188 0.108 0.078 0.053 0.034 109 R 0.084 0.088 0.051 0.113 0.112 0.119 0.160 0.109 0.078 0.053 0.033 110 G 0.337 0.138 0.051 0.110 0.095 0.081 0.075 0.045 0.036 0.020 0.012 111 K 0.384 0.165 0.066 0.128 0.091 0.061 0.046 0.022 0.019 0.010 0.006 112 D 0.122 0.090 0.038 0.101 0.107 0.112 0.155 0.095 0.079 0.058 0.042 113 T 0.089 0.102 0.043 0.113 0.102 0.105 0.138 0.111 0.084 0.061 0.051 114 N 0.103 0.130 0.065 0.132 0.119 0.115 0.109 0.089 0.067 0.042 0.028 115 G 0.105 0.109 0.058 0.157 0.139 0.116 0.102 0.073 0.063 0.045 0.033 116 S 0.055 0.050 0.023 0.094 0.106 0.114 0.155 0.111 0.128 0.096 0.067 117 Q 0.022 0.037 0.024 0.119 0.131 0.127 0.164 0.115 0.117 0.086 0.058 118 F 0.002 0.004 0.008 0.023 0.031 0.051 0.135 0.137 0.200 0.219 0.189 119 F 0.004 0.008 0.020 0.057 0.077 0.090 0.173 0.170 0.158 0.142 0.101 120 I 0.001 0.002 0.008 0.011 0.017 0.027 0.085 0.137 0.213 0.257 0.241 121 T 0.004 0.010 0.015 0.034 0.047 0.059 0.132 0.178 0.193 0.173 0.156 122 T 0.011 0.013 0.015 0.029 0.045 0.064 0.129 0.156 0.200 0.181 0.155 123 K 0.100 0.116 0.059 0.176 0.156 0.116 0.112 0.061 0.050 0.032 0.023 124 P 0.173 0.146 0.035 0.154 0.129 0.101 0.106 0.067 0.049 0.028 0.013 125 T 0.058 0.029 0.009 0.038 0.053 0.075 0.139 0.136 0.168 0.152 0.143 126 P 0.278 0.173 0.075 0.176 0.109 0.071 0.058 0.024 0.020 0.010 0.006 127 H 0.089 0.096 0.070 0.165 0.128 0.098 0.117 0.083 0.062 0.056 0.036 128 L 0.024 0.029 0.008 0.023 0.041 0.073 0.153 0.205 0.170 0.141 0.133 129 D 0.232 0.290 0.053 0.183 0.100 0.056 0.032 0.025 0.016 0.008 0.005 130 G 0.202 0.111 0.044 0.115 0.129 0.111 0.088 0.058 0.064 0.047 0.031 131 H 0.264 0.153 0.042 0.164 0.142 0.090 0.062 0.031 0.030 0.014 0.008 132 H 0.012 0.014 0.007 0.053 0.062 0.093 0.211 0.156 0.160 0.134 0.098 133 V 0.005 0.009 0.016 0.032 0.038 0.051 0.112 0.154 0.178 0.204 0.200 134 V 0.003 0.010 0.021 0.037 0.047 0.064 0.134 0.178 0.182 0.174 0.151 135 F 0.006 0.012 0.021 0.044 0.065 0.084 0.137 0.157 0.173 0.162 0.139 136 G 0.037 0.024 0.027 0.067 0.084 0.098 0.155 0.122 0.167 0.127 0.093 137 Q 0.074 0.082 0.047 0.189 0.160 0.123 0.135 0.073 0.061 0.036 0.020 138 V 0.006 0.007 0.006 0.018 0.022 0.035 0.123 0.133 0.205 0.229 0.216 139 I 0.112 0.081 0.060 0.126 0.098 0.095 0.143 0.101 0.075 0.060 0.050 140 S 0.083 0.215 0.106 0.199 0.144 0.098 0.075 0.038 0.023 0.012 0.007 141 G 0.126 0.160 0.055 0.112 0.115 0.123 0.119 0.082 0.060 0.031 0.017 142 Q 0.264 0.083 0.022 0.123 0.130 0.119 0.117 0.064 0.046 0.022 0.011 143 E 0.362 0.147 0.105 0.174 0.105 0.055 0.029 0.014 0.007 0.002 0.001 144 V 0.002 0.010 0.015 0.030 0.033 0.044 0.122 0.161 0.214 0.199 0.171 145 V 0.001 0.001 0.006 0.007 0.018 0.050 0.155 0.191 0.228 0.194 0.150 146 R 0.015 0.034 0.381 0.269 0.146 0.074 0.048 0.017 0.009 0.006 0.002 147 E 0.009 0.028 0.105 0.190 0.181 0.208 0.183 0.071 0.018 0.006 0.001 148 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.026 0.058 0.209 0.331 0.369 149 E 0.022 0.044 0.078 0.158 0.190 0.187 0.216 0.059 0.025 0.015 0.005 150 N 0.027 0.066 0.485 0.209 0.103 0.051 0.029 0.014 0.008 0.005 0.001 151 Q 0.030 0.020 0.041 0.039 0.058 0.130 0.299 0.169 0.107 0.065 0.042 152 K 0.372 0.223 0.080 0.145 0.075 0.043 0.030 0.018 0.009 0.004 0.001 153 T 0.086 0.048 0.043 0.048 0.064 0.088 0.145 0.148 0.138 0.110 0.082 154 D 0.341 0.289 0.073 0.140 0.080 0.039 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 155 A 0.301 0.189 0.056 0.128 0.090 0.068 0.062 0.040 0.035 0.020 0.011 156 A 0.401 0.185 0.052 0.117 0.095 0.059 0.039 0.022 0.016 0.008 0.005 157 S 0.365 0.152 0.050 0.146 0.097 0.071 0.058 0.028 0.020 0.008 0.004 158 K 0.166 0.108 0.084 0.147 0.119 0.096 0.100 0.068 0.053 0.037 0.023 159 P 0.081 0.128 0.065 0.131 0.102 0.102 0.137 0.107 0.074 0.044 0.029 160 F 0.058 0.089 0.066 0.139 0.130 0.125 0.145 0.096 0.066 0.050 0.037 161 A 0.167 0.180 0.116 0.190 0.127 0.083 0.062 0.032 0.022 0.014 0.007 162 E 0.275 0.161 0.067 0.198 0.154 0.082 0.034 0.017 0.009 0.003 0.001 163 V 0.018 0.007 0.006 0.011 0.021 0.049 0.120 0.171 0.230 0.206 0.159 164 R 0.037 0.116 0.045 0.256 0.199 0.131 0.106 0.062 0.028 0.012 0.007 165 I 0.001 0.002 0.008 0.005 0.007 0.013 0.047 0.083 0.193 0.309 0.332 166 L 0.044 0.062 0.082 0.176 0.180 0.146 0.144 0.072 0.042 0.029 0.023 167 S 0.069 0.124 0.094 0.202 0.141 0.111 0.104 0.067 0.051 0.026 0.010 168 C 0.015 0.010 0.007 0.021 0.033 0.056 0.137 0.159 0.191 0.193 0.178 169 G 0.387 0.172 0.072 0.132 0.087 0.057 0.041 0.021 0.018 0.007 0.004 170 E 0.112 0.103 0.105 0.200 0.135 0.099 0.105 0.051 0.042 0.030 0.017 171 L 0.067 0.065 0.038 0.066 0.083 0.107 0.188 0.139 0.105 0.078 0.064 172 I 0.144 0.139 0.055 0.154 0.108 0.097 0.116 0.077 0.056 0.032 0.021 173 P 0.327 0.190 0.138 0.141 0.090 0.051 0.030 0.016 0.010 0.005 0.003