# TARGET T0290 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95.3807 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.097 0.013 0.007 0.023 0.033 0.053 0.059 0.003 0.001 0.003 0.709 2 P 0.005 0.001 0.002 0.004 0.003 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.974 3 R 0.037 0.002 0.002 0.047 0.044 0.070 0.105 0.001 0.001 0.003 0.691 4 C 0.162 0.005 0.003 0.054 0.039 0.059 0.071 0.001 0.001 0.007 0.599 5 F 0.042 0.018 0.002 0.115 0.095 0.177 0.089 0.001 0.001 0.003 0.458 6 F 0.020 0.010 0.001 0.153 0.109 0.240 0.073 0.001 0.001 0.003 0.391 7 D 0.038 0.013 0.001 0.122 0.082 0.163 0.066 0.001 0.001 0.005 0.509 8 I 0.058 0.017 0.004 0.129 0.201 0.229 0.053 0.002 0.001 0.007 0.301 9 A 0.029 0.017 0.003 0.147 0.228 0.270 0.069 0.001 0.001 0.004 0.231 10 I 0.018 0.011 0.003 0.104 0.211 0.317 0.050 0.002 0.001 0.004 0.281 11 N 0.016 0.007 0.002 0.084 0.210 0.364 0.060 0.002 0.001 0.003 0.250 12 N 0.036 0.004 0.004 0.043 0.104 0.166 0.063 0.002 0.001 0.006 0.571 13 Q 0.033 0.004 0.004 0.052 0.148 0.171 0.182 0.001 0.001 0.008 0.396 14 P 0.005 0.001 0.001 0.007 0.011 0.014 0.038 0.001 0.001 0.002 0.922 15 A 0.025 0.001 0.001 0.018 0.030 0.052 0.237 0.001 0.001 0.016 0.621 16 G 0.440 0.002 0.002 0.025 0.038 0.037 0.144 0.001 0.001 0.051 0.259 17 R 0.158 0.004 0.015 0.054 0.049 0.067 0.113 0.001 0.001 0.015 0.524 18 V 0.006 0.001 0.005 0.172 0.347 0.292 0.045 0.001 0.001 0.002 0.130 19 V 0.002 0.001 0.001 0.230 0.211 0.373 0.036 0.001 0.001 0.001 0.147 20 F 0.001 0.001 0.001 0.199 0.288 0.416 0.014 0.001 0.001 0.001 0.080 21 E 0.001 0.001 0.001 0.198 0.255 0.411 0.022 0.001 0.001 0.001 0.111 22 L 0.002 0.001 0.001 0.159 0.183 0.388 0.041 0.001 0.001 0.002 0.224 23 F 0.005 0.001 0.001 0.224 0.174 0.279 0.072 0.001 0.001 0.004 0.241 24 S 0.005 0.001 0.001 0.050 0.039 0.076 0.114 0.001 0.001 0.004 0.709 25 D 0.027 0.003 0.001 0.019 0.011 0.023 0.229 0.001 0.001 0.011 0.675 26 V 0.425 0.017 0.004 0.016 0.013 0.017 0.158 0.003 0.001 0.031 0.316 27 C 0.323 0.071 0.014 0.014 0.016 0.024 0.202 0.002 0.001 0.009 0.325 28 P 0.006 0.012 0.004 0.003 0.002 0.006 0.018 0.001 0.001 0.001 0.948 29 K 0.023 0.030 0.001 0.009 0.014 0.030 0.081 0.001 0.001 0.001 0.810 30 T 0.144 0.113 0.001 0.004 0.009 0.012 0.108 0.001 0.001 0.003 0.605 31 C 0.052 0.606 0.001 0.012 0.022 0.041 0.043 0.002 0.001 0.002 0.220 32 E 0.024 0.689 0.001 0.009 0.011 0.041 0.056 0.002 0.001 0.003 0.165 33 N 0.083 0.686 0.001 0.002 0.003 0.007 0.036 0.008 0.001 0.001 0.172 34 F 0.093 0.836 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.011 0.001 0.001 0.046 35 R 0.047 0.854 0.013 0.002 0.005 0.007 0.008 0.010 0.001 0.001 0.053 36 C 0.041 0.703 0.014 0.006 0.016 0.028 0.013 0.025 0.001 0.001 0.153 37 L 0.125 0.635 0.007 0.013 0.017 0.025 0.004 0.033 0.001 0.001 0.140 38 C 0.181 0.469 0.024 0.012 0.027 0.026 0.015 0.021 0.001 0.001 0.223 39 T 0.043 0.168 0.029 0.032 0.062 0.101 0.033 0.016 0.001 0.002 0.515 40 G 0.053 0.068 0.010 0.061 0.062 0.111 0.083 0.014 0.001 0.004 0.532 41 E 0.109 0.052 0.015 0.027 0.021 0.037 0.126 0.004 0.001 0.008 0.600 42 K 0.056 0.042 0.005 0.024 0.019 0.030 0.153 0.004 0.001 0.007 0.661 43 G 0.212 0.034 0.008 0.021 0.022 0.021 0.146 0.005 0.001 0.020 0.510 44 T 0.229 0.048 0.018 0.012 0.019 0.025 0.155 0.002 0.001 0.014 0.478 45 G 0.031 0.020 0.005 0.015 0.049 0.050 0.108 0.002 0.001 0.004 0.716 46 K 0.092 0.029 0.006 0.028 0.050 0.082 0.139 0.001 0.001 0.010 0.562 47 S 0.051 0.038 0.003 0.023 0.056 0.079 0.164 0.003 0.001 0.007 0.576 48 T 0.099 0.044 0.003 0.029 0.042 0.068 0.151 0.005 0.001 0.014 0.543 49 Q 0.194 0.031 0.010 0.028 0.028 0.049 0.166 0.008 0.001 0.026 0.460 50 K 0.231 0.029 0.027 0.042 0.045 0.060 0.165 0.004 0.001 0.017 0.380 51 P 0.009 0.003 0.005 0.010 0.008 0.011 0.018 0.001 0.001 0.001 0.934 52 L 0.028 0.006 0.002 0.053 0.089 0.137 0.101 0.001 0.001 0.004 0.579 53 H 0.123 0.017 0.001 0.057 0.072 0.102 0.102 0.002 0.001 0.008 0.516 54 Y 0.081 0.052 0.003 0.084 0.109 0.170 0.084 0.003 0.001 0.007 0.408 55 K 0.057 0.027 0.002 0.062 0.094 0.137 0.163 0.002 0.001 0.010 0.447 56 S 0.147 0.017 0.005 0.058 0.037 0.061 0.135 0.003 0.001 0.021 0.516 57 C 0.139 0.016 0.025 0.108 0.093 0.115 0.157 0.003 0.001 0.021 0.323 58 L 0.026 0.009 0.014 0.122 0.159 0.158 0.166 0.001 0.001 0.008 0.337 59 F 0.011 0.008 0.003 0.163 0.186 0.302 0.070 0.001 0.001 0.003 0.254 60 H 0.012 0.008 0.001 0.180 0.255 0.382 0.040 0.001 0.001 0.002 0.120 61 R 0.019 0.010 0.001 0.093 0.195 0.246 0.067 0.001 0.001 0.004 0.364 62 V 0.025 0.009 0.004 0.131 0.174 0.355 0.065 0.002 0.001 0.007 0.229 63 V 0.016 0.006 0.003 0.117 0.191 0.307 0.119 0.002 0.001 0.006 0.235 64 K 0.004 0.001 0.001 0.021 0.020 0.034 0.022 0.001 0.001 0.002 0.895 65 D 0.023 0.001 0.001 0.058 0.066 0.126 0.127 0.001 0.001 0.010 0.587 66 F 0.341 0.003 0.005 0.075 0.094 0.085 0.083 0.001 0.001 0.022 0.290 67 M 0.041 0.010 0.005 0.160 0.156 0.193 0.115 0.001 0.001 0.005 0.314 68 V 0.006 0.004 0.001 0.188 0.233 0.399 0.052 0.001 0.001 0.002 0.116 69 Q 0.010 0.006 0.001 0.202 0.165 0.330 0.056 0.001 0.001 0.002 0.228 70 G 0.011 0.004 0.002 0.061 0.107 0.185 0.058 0.001 0.001 0.004 0.567 71 G 0.022 0.002 0.004 0.066 0.127 0.220 0.117 0.001 0.001 0.011 0.429 72 D 0.025 0.002 0.003 0.036 0.073 0.093 0.127 0.001 0.001 0.009 0.632 73 F 0.020 0.002 0.002 0.047 0.109 0.134 0.091 0.001 0.001 0.007 0.588 74 S 0.024 0.005 0.001 0.045 0.121 0.199 0.168 0.001 0.001 0.007 0.429 75 E 0.062 0.012 0.001 0.032 0.077 0.099 0.136 0.001 0.001 0.011 0.569 76 G 0.131 0.022 0.003 0.028 0.070 0.097 0.228 0.002 0.001 0.021 0.398 77 N 0.106 0.017 0.004 0.020 0.036 0.049 0.256 0.002 0.001 0.018 0.491 78 G 0.097 0.018 0.006 0.022 0.036 0.045 0.207 0.003 0.001 0.023 0.544 79 R 0.131 0.021 0.019 0.020 0.044 0.070 0.226 0.002 0.001 0.024 0.443 80 G 0.029 0.012 0.006 0.018 0.050 0.075 0.124 0.001 0.001 0.007 0.677 81 G 0.052 0.010 0.005 0.026 0.113 0.171 0.098 0.001 0.001 0.009 0.516 82 E 0.036 0.010 0.004 0.023 0.091 0.160 0.082 0.001 0.001 0.006 0.587 83 S 0.018 0.014 0.001 0.051 0.185 0.263 0.092 0.001 0.001 0.004 0.371 84 I 0.043 0.029 0.002 0.073 0.142 0.241 0.103 0.002 0.001 0.008 0.357 85 Y 0.063 0.057 0.003 0.078 0.132 0.210 0.124 0.003 0.001 0.012 0.318 86 G 0.099 0.049 0.007 0.044 0.065 0.123 0.156 0.006 0.001 0.020 0.433 87 G 0.165 0.041 0.014 0.040 0.069 0.095 0.127 0.006 0.001 0.017 0.427 88 F 0.079 0.022 0.017 0.023 0.054 0.069 0.083 0.003 0.001 0.008 0.641 89 F 0.038 0.014 0.009 0.033 0.147 0.212 0.088 0.002 0.001 0.005 0.452 90 E 0.026 0.010 0.002 0.028 0.073 0.133 0.056 0.001 0.001 0.003 0.668 91 D 0.043 0.019 0.001 0.024 0.078 0.122 0.143 0.002 0.001 0.006 0.562 92 E 0.103 0.023 0.002 0.013 0.026 0.038 0.163 0.002 0.001 0.013 0.616 93 S 0.205 0.034 0.004 0.020 0.024 0.036 0.331 0.004 0.001 0.033 0.308 94 F 0.293 0.041 0.017 0.025 0.025 0.029 0.218 0.003 0.001 0.025 0.324 95 A 0.074 0.038 0.014 0.024 0.045 0.054 0.169 0.002 0.001 0.008 0.571 96 V 0.044 0.022 0.008 0.030 0.078 0.147 0.100 0.001 0.001 0.005 0.565 97 K 0.030 0.016 0.002 0.021 0.071 0.110 0.068 0.001 0.001 0.003 0.678 98 H 0.047 0.019 0.002 0.019 0.061 0.109 0.090 0.002 0.001 0.006 0.645 99 N 0.101 0.020 0.002 0.022 0.064 0.112 0.174 0.004 0.001 0.014 0.486 100 A 0.147 0.020 0.008 0.030 0.030 0.041 0.127 0.003 0.001 0.017 0.576 101 A 0.053 0.013 0.011 0.041 0.022 0.037 0.116 0.001 0.001 0.012 0.693 102 F 0.063 0.016 0.011 0.095 0.096 0.133 0.229 0.002 0.001 0.020 0.336 103 L 0.058 0.053 0.009 0.167 0.117 0.203 0.140 0.001 0.001 0.008 0.244 104 L 0.008 0.060 0.002 0.194 0.195 0.328 0.041 0.001 0.001 0.002 0.171 105 S 0.010 0.073 0.001 0.200 0.194 0.328 0.062 0.001 0.001 0.003 0.129 106 M 0.039 0.148 0.002 0.093 0.093 0.160 0.068 0.004 0.001 0.003 0.391 107 A 0.040 0.259 0.003 0.186 0.145 0.209 0.059 0.012 0.001 0.007 0.080 108 N 0.153 0.147 0.012 0.028 0.039 0.090 0.222 0.025 0.001 0.034 0.250 109 R 0.108 0.074 0.085 0.035 0.030 0.047 0.093 0.023 0.001 0.011 0.496 110 G 0.158 0.012 0.013 0.018 0.035 0.027 0.200 0.029 0.001 0.018 0.489 111 K 0.092 0.003 0.188 0.005 0.008 0.009 0.038 0.001 0.001 0.008 0.649 112 D 0.008 0.003 0.002 0.025 0.046 0.043 0.185 0.002 0.001 0.002 0.683 113 T 0.162 0.007 0.002 0.028 0.031 0.029 0.199 0.001 0.001 0.030 0.511 114 N 0.088 0.021 0.001 0.013 0.015 0.022 0.433 0.002 0.001 0.031 0.374 115 G 0.253 0.016 0.003 0.020 0.014 0.018 0.316 0.005 0.001 0.095 0.260 116 S 0.621 0.014 0.013 0.037 0.012 0.010 0.131 0.003 0.001 0.060 0.100 117 Q 0.080 0.010 0.056 0.103 0.105 0.085 0.204 0.002 0.001 0.020 0.335 118 F 0.004 0.001 0.005 0.158 0.296 0.430 0.061 0.001 0.001 0.002 0.043 119 F 0.001 0.001 0.001 0.230 0.273 0.456 0.013 0.001 0.001 0.001 0.026 120 I 0.001 0.001 0.001 0.172 0.322 0.432 0.009 0.001 0.001 0.001 0.063 121 T 0.001 0.001 0.001 0.185 0.303 0.415 0.016 0.001 0.001 0.001 0.079 122 T 0.004 0.001 0.001 0.253 0.117 0.255 0.041 0.001 0.001 0.003 0.325 123 K 0.003 0.001 0.001 0.211 0.117 0.261 0.073 0.001 0.001 0.003 0.329 124 P 0.002 0.001 0.001 0.026 0.011 0.031 0.018 0.001 0.001 0.002 0.909 125 T 0.025 0.001 0.001 0.055 0.089 0.214 0.132 0.001 0.001 0.007 0.477 126 P 0.010 0.001 0.001 0.005 0.008 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.965 127 H 0.052 0.003 0.001 0.041 0.086 0.092 0.136 0.001 0.001 0.005 0.585 128 L 0.188 0.007 0.001 0.018 0.040 0.059 0.202 0.001 0.001 0.019 0.466 129 D 0.070 0.019 0.001 0.016 0.028 0.033 0.273 0.001 0.001 0.010 0.548 130 G 0.202 0.006 0.003 0.013 0.015 0.020 0.156 0.001 0.001 0.038 0.545 131 H 0.355 0.003 0.021 0.036 0.039 0.028 0.216 0.001 0.001 0.042 0.259 132 H 0.038 0.001 0.039 0.098 0.128 0.119 0.222 0.001 0.001 0.012 0.343 133 V 0.001 0.001 0.003 0.238 0.276 0.413 0.033 0.001 0.001 0.001 0.035 134 V 0.001 0.001 0.001 0.311 0.240 0.408 0.012 0.001 0.001 0.001 0.029 135 F 0.001 0.001 0.001 0.242 0.255 0.463 0.007 0.001 0.001 0.001 0.032 136 G 0.001 0.001 0.001 0.304 0.210 0.380 0.015 0.001 0.001 0.001 0.089 137 Q 0.002 0.001 0.001 0.319 0.216 0.315 0.026 0.001 0.001 0.002 0.119 138 V 0.003 0.002 0.001 0.218 0.143 0.248 0.059 0.001 0.001 0.004 0.321 139 I 0.008 0.005 0.001 0.175 0.169 0.369 0.070 0.001 0.001 0.006 0.197 140 S 0.022 0.015 0.002 0.075 0.088 0.194 0.125 0.002 0.001 0.005 0.473 141 G 0.060 0.018 0.003 0.020 0.019 0.038 0.080 0.002 0.001 0.006 0.753 142 Q 0.080 0.036 0.010 0.019 0.011 0.031 0.130 0.001 0.001 0.009 0.673 143 E 0.017 0.034 0.001 0.008 0.011 0.012 0.195 0.001 0.001 0.002 0.719 144 V 0.051 0.277 0.003 0.009 0.011 0.022 0.090 0.001 0.001 0.003 0.534 145 V 0.024 0.777 0.001 0.008 0.014 0.038 0.026 0.001 0.001 0.001 0.111 146 R 0.020 0.777 0.001 0.002 0.006 0.017 0.020 0.002 0.001 0.001 0.154 147 E 0.047 0.870 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.073 148 I 0.030 0.935 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.020 149 E 0.032 0.895 0.004 0.002 0.003 0.010 0.003 0.012 0.001 0.001 0.038 150 N 0.093 0.611 0.010 0.004 0.008 0.014 0.007 0.107 0.001 0.001 0.146 151 Q 0.405 0.378 0.026 0.005 0.005 0.005 0.006 0.049 0.001 0.001 0.121 152 K 0.145 0.121 0.088 0.015 0.029 0.024 0.054 0.030 0.001 0.003 0.491 153 T 0.020 0.021 0.061 0.019 0.028 0.037 0.072 0.003 0.001 0.002 0.736 154 D 0.043 0.024 0.002 0.055 0.046 0.050 0.185 0.003 0.001 0.003 0.588 155 A 0.144 0.026 0.003 0.019 0.012 0.015 0.178 0.002 0.001 0.018 0.584 156 A 0.119 0.027 0.003 0.013 0.009 0.014 0.409 0.003 0.001 0.025 0.376 157 S 0.501 0.020 0.007 0.026 0.008 0.011 0.165 0.007 0.001 0.045 0.210 158 K 0.437 0.022 0.023 0.029 0.020 0.017 0.164 0.003 0.001 0.018 0.265 159 P 0.003 0.001 0.005 0.006 0.007 0.007 0.019 0.001 0.001 0.001 0.951 160 F 0.012 0.002 0.002 0.049 0.087 0.282 0.144 0.001 0.001 0.005 0.418 161 A 0.072 0.005 0.001 0.068 0.141 0.225 0.078 0.001 0.001 0.008 0.402 162 E 0.024 0.007 0.001 0.061 0.098 0.188 0.046 0.001 0.001 0.004 0.571 163 V 0.020 0.002 0.002 0.200 0.239 0.349 0.042 0.001 0.001 0.004 0.142 164 R 0.012 0.003 0.001 0.422 0.206 0.219 0.037 0.001 0.001 0.002 0.097 165 I 0.003 0.004 0.001 0.294 0.196 0.301 0.032 0.001 0.001 0.001 0.167 166 L 0.002 0.003 0.001 0.285 0.227 0.395 0.029 0.001 0.001 0.001 0.059 167 S 0.009 0.008 0.001 0.147 0.138 0.235 0.097 0.001 0.001 0.005 0.359 168 C 0.025 0.011 0.003 0.134 0.106 0.167 0.103 0.001 0.001 0.010 0.440 169 G 0.045 0.008 0.002 0.068 0.084 0.123 0.222 0.002 0.001 0.017 0.429 170 E 0.084 0.010 0.006 0.042 0.054 0.073 0.145 0.002 0.001 0.015 0.570 171 L 0.064 0.021 0.011 0.051 0.079 0.156 0.110 0.002 0.001 0.009 0.497 172 I 0.050 0.017 0.005 0.057 0.124 0.227 0.099 0.001 0.001 0.004 0.415 173 P 0.002 0.001 0.001 0.004 0.006 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.970