# TARGET T0290 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95.3807 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.035 0.003 0.024 0.026 0.028 0.067 0.004 0.811 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 3 R 0.026 0.002 0.063 0.079 0.149 0.089 0.006 0.585 4 C 0.080 0.003 0.076 0.051 0.052 0.049 0.005 0.684 5 F 0.029 0.006 0.110 0.101 0.174 0.058 0.003 0.519 6 F 0.030 0.005 0.111 0.103 0.179 0.094 0.003 0.475 7 D 0.031 0.008 0.101 0.112 0.165 0.098 0.005 0.481 8 I 0.054 0.013 0.103 0.122 0.225 0.115 0.006 0.362 9 A 0.055 0.036 0.095 0.203 0.313 0.124 0.008 0.166 10 I 0.045 0.054 0.088 0.218 0.279 0.074 0.010 0.233 11 N 0.038 0.065 0.062 0.197 0.271 0.052 0.015 0.300 12 N 0.095 0.034 0.048 0.074 0.151 0.061 0.046 0.490 13 Q 0.112 0.019 0.042 0.084 0.111 0.158 0.025 0.449 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 15 A 0.010 0.004 0.016 0.048 0.076 0.104 0.008 0.735 16 G 0.252 0.008 0.065 0.111 0.060 0.063 0.050 0.391 17 R 0.210 0.001 0.093 0.056 0.092 0.134 0.007 0.407 18 V 0.021 0.001 0.148 0.286 0.253 0.053 0.001 0.236 19 V 0.006 0.001 0.160 0.275 0.496 0.019 0.001 0.043 20 F 0.001 0.001 0.175 0.339 0.421 0.008 0.001 0.055 21 E 0.001 0.001 0.293 0.263 0.391 0.009 0.001 0.041 22 L 0.003 0.003 0.151 0.281 0.428 0.028 0.001 0.105 23 F 0.008 0.005 0.170 0.144 0.465 0.056 0.003 0.148 24 S 0.014 0.008 0.065 0.076 0.166 0.102 0.007 0.562 25 D 0.056 0.011 0.024 0.015 0.041 0.141 0.023 0.689 26 V 0.299 0.015 0.012 0.009 0.015 0.186 0.039 0.424 27 C 0.196 0.035 0.032 0.038 0.023 0.158 0.022 0.495 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 29 K 0.009 0.021 0.027 0.033 0.086 0.199 0.002 0.622 30 T 0.040 0.155 0.019 0.018 0.025 0.080 0.004 0.660 31 C 0.041 0.516 0.020 0.020 0.067 0.055 0.005 0.275 32 E 0.066 0.457 0.015 0.011 0.019 0.151 0.007 0.275 33 N 0.107 0.613 0.004 0.006 0.006 0.059 0.013 0.192 34 F 0.054 0.832 0.007 0.006 0.007 0.009 0.009 0.076 35 R 0.013 0.877 0.006 0.011 0.017 0.011 0.007 0.058 36 C 0.019 0.820 0.012 0.020 0.026 0.010 0.010 0.083 37 L 0.087 0.651 0.023 0.056 0.076 0.018 0.024 0.066 38 C 0.128 0.489 0.033 0.117 0.066 0.018 0.032 0.117 39 T 0.038 0.244 0.176 0.154 0.111 0.026 0.026 0.226 40 G 0.062 0.097 0.059 0.121 0.153 0.055 0.032 0.422 41 E 0.137 0.055 0.070 0.077 0.125 0.160 0.018 0.358 42 K 0.010 0.017 0.014 0.024 0.029 0.068 0.009 0.830 43 G 0.126 0.033 0.033 0.050 0.049 0.081 0.034 0.595 44 T 0.120 0.014 0.052 0.044 0.042 0.110 0.018 0.601 45 G 0.059 0.011 0.028 0.071 0.105 0.119 0.011 0.597 46 K 0.074 0.011 0.035 0.063 0.125 0.117 0.005 0.570 47 S 0.025 0.010 0.018 0.052 0.071 0.154 0.005 0.666 48 T 0.091 0.015 0.022 0.046 0.078 0.138 0.015 0.595 49 Q 0.153 0.020 0.031 0.036 0.060 0.168 0.038 0.494 50 K 0.178 0.009 0.053 0.067 0.084 0.299 0.012 0.298 51 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 52 L 0.010 0.005 0.057 0.114 0.291 0.097 0.003 0.423 53 H 0.085 0.008 0.060 0.075 0.102 0.079 0.009 0.582 54 Y 0.073 0.022 0.129 0.115 0.246 0.079 0.007 0.329 55 K 0.040 0.025 0.087 0.091 0.125 0.137 0.007 0.487 56 S 0.053 0.017 0.060 0.037 0.046 0.064 0.018 0.705 57 C 0.200 0.017 0.104 0.053 0.071 0.132 0.021 0.401 58 L 0.041 0.012 0.080 0.057 0.081 0.130 0.007 0.591 59 F 0.016 0.021 0.077 0.136 0.247 0.076 0.004 0.423 60 H 0.029 0.040 0.070 0.170 0.287 0.088 0.007 0.310 61 R 0.054 0.041 0.106 0.181 0.208 0.071 0.010 0.329 62 V 0.060 0.049 0.075 0.139 0.204 0.073 0.010 0.390 63 V 0.040 0.073 0.097 0.172 0.379 0.048 0.008 0.183 64 K 0.009 0.032 0.032 0.031 0.089 0.052 0.006 0.749 65 D 0.051 0.045 0.036 0.034 0.050 0.093 0.031 0.660 66 F 0.711 0.013 0.037 0.023 0.012 0.024 0.062 0.118 67 M 0.043 0.012 0.722 0.049 0.036 0.023 0.019 0.095 68 V 0.005 0.006 0.638 0.080 0.100 0.023 0.006 0.141 69 Q 0.009 0.007 0.543 0.097 0.152 0.070 0.004 0.118 70 G 0.007 0.009 0.223 0.065 0.126 0.055 0.004 0.511 71 G 0.010 0.005 0.273 0.052 0.085 0.120 0.007 0.447 72 D 0.058 0.002 0.045 0.040 0.053 0.193 0.009 0.601 73 F 0.047 0.006 0.055 0.088 0.102 0.088 0.006 0.608 74 S 0.024 0.006 0.020 0.058 0.106 0.410 0.005 0.370 75 E 0.064 0.010 0.027 0.057 0.085 0.120 0.008 0.630 76 G 0.045 0.022 0.017 0.039 0.053 0.334 0.008 0.483 77 N 0.111 0.025 0.024 0.049 0.051 0.182 0.026 0.532 78 G 0.095 0.046 0.065 0.072 0.072 0.132 0.036 0.481 79 R 0.061 0.010 0.027 0.032 0.058 0.448 0.014 0.350 80 G 0.062 0.014 0.035 0.043 0.061 0.160 0.018 0.607 81 G 0.126 0.018 0.043 0.055 0.101 0.171 0.012 0.474 82 E 0.035 0.007 0.084 0.071 0.090 0.133 0.006 0.573 83 S 0.019 0.008 0.023 0.054 0.129 0.087 0.004 0.677 84 I 0.056 0.020 0.080 0.154 0.296 0.083 0.007 0.303 85 Y 0.028 0.016 0.041 0.075 0.144 0.205 0.007 0.484 86 G 0.096 0.019 0.035 0.056 0.148 0.122 0.018 0.506 87 G 0.108 0.029 0.064 0.066 0.065 0.132 0.014 0.522 88 F 0.034 0.011 0.026 0.020 0.033 0.116 0.009 0.752 89 F 0.119 0.024 0.087 0.065 0.145 0.117 0.008 0.435 90 E 0.029 0.021 0.047 0.046 0.089 0.134 0.006 0.628 91 D 0.051 0.041 0.034 0.038 0.089 0.093 0.010 0.645 92 E 0.165 0.046 0.053 0.026 0.060 0.151 0.015 0.484 93 S 0.058 0.043 0.020 0.025 0.033 0.442 0.020 0.360 94 F 0.275 0.054 0.047 0.036 0.049 0.116 0.034 0.388 95 A 0.066 0.062 0.033 0.021 0.038 0.166 0.006 0.609 96 V 0.075 0.061 0.050 0.042 0.101 0.147 0.011 0.512 97 K 0.057 0.090 0.032 0.039 0.062 0.126 0.009 0.585 98 H 0.120 0.077 0.037 0.038 0.068 0.127 0.020 0.512 99 N 0.134 0.134 0.048 0.043 0.050 0.128 0.020 0.443 100 A 0.082 0.116 0.083 0.042 0.061 0.112 0.021 0.484 101 A 0.024 0.054 0.038 0.020 0.029 0.182 0.010 0.643 102 F 0.143 0.083 0.067 0.035 0.049 0.197 0.025 0.401 103 L 0.083 0.259 0.221 0.064 0.078 0.093 0.010 0.191 104 L 0.028 0.292 0.173 0.097 0.200 0.065 0.010 0.134 105 S 0.062 0.298 0.124 0.097 0.260 0.055 0.008 0.095 106 M 0.068 0.368 0.054 0.121 0.175 0.039 0.020 0.156 107 A 0.160 0.289 0.078 0.104 0.145 0.033 0.042 0.150 108 N 0.213 0.105 0.042 0.092 0.098 0.076 0.093 0.281 109 R 0.193 0.065 0.101 0.066 0.086 0.059 0.063 0.367 110 G 0.111 0.026 0.049 0.045 0.077 0.205 0.023 0.463 111 K 0.012 0.004 0.010 0.008 0.008 0.036 0.003 0.920 112 D 0.019 0.028 0.046 0.046 0.070 0.123 0.009 0.659 113 T 0.114 0.013 0.038 0.021 0.026 0.159 0.018 0.611 114 N 0.037 0.009 0.021 0.014 0.016 0.607 0.014 0.281 115 G 0.221 0.027 0.030 0.030 0.030 0.184 0.045 0.432 116 S 0.127 0.015 0.045 0.019 0.030 0.522 0.010 0.231 117 Q 0.084 0.014 0.046 0.087 0.154 0.331 0.008 0.275 118 F 0.063 0.029 0.035 0.160 0.372 0.151 0.004 0.187 119 F 0.026 0.014 0.059 0.274 0.510 0.052 0.004 0.061 120 I 0.019 0.041 0.032 0.349 0.424 0.028 0.003 0.103 121 T 0.008 0.038 0.049 0.303 0.513 0.013 0.005 0.071 122 T 0.023 0.029 0.049 0.205 0.381 0.042 0.018 0.253 123 K 0.047 0.013 0.049 0.160 0.275 0.159 0.013 0.284 124 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 125 T 0.022 0.007 0.022 0.075 0.151 0.215 0.005 0.502 126 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.991 127 H 0.057 0.008 0.022 0.059 0.123 0.195 0.007 0.529 128 L 0.362 0.013 0.040 0.054 0.060 0.184 0.013 0.274 129 D 0.099 0.036 0.051 0.069 0.081 0.166 0.016 0.482 130 G 0.101 0.018 0.063 0.057 0.069 0.104 0.035 0.553 131 H 0.188 0.004 0.032 0.023 0.038 0.493 0.012 0.211 132 H 0.051 0.006 0.058 0.108 0.103 0.111 0.012 0.552 133 V 0.021 0.005 0.112 0.275 0.383 0.067 0.006 0.130 134 V 0.005 0.002 0.131 0.223 0.252 0.042 0.003 0.343 135 F 0.003 0.001 0.094 0.211 0.387 0.036 0.001 0.267 136 G 0.005 0.003 0.078 0.297 0.448 0.029 0.001 0.138 137 Q 0.017 0.002 0.147 0.185 0.302 0.052 0.003 0.291 138 V 0.009 0.006 0.113 0.172 0.262 0.062 0.002 0.374 139 I 0.013 0.023 0.123 0.248 0.355 0.056 0.003 0.179 140 S 0.006 0.033 0.038 0.069 0.116 0.091 0.004 0.642 141 G 0.042 0.056 0.027 0.030 0.077 0.079 0.017 0.673 142 Q 0.164 0.089 0.023 0.017 0.025 0.106 0.014 0.561 143 E 0.035 0.087 0.009 0.010 0.014 0.231 0.009 0.605 144 V 0.052 0.422 0.006 0.011 0.022 0.096 0.006 0.386 145 V 0.013 0.847 0.007 0.006 0.017 0.013 0.002 0.094 146 R 0.004 0.914 0.002 0.003 0.007 0.010 0.002 0.057 147 E 0.005 0.965 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.022 148 I 0.022 0.942 0.001 0.002 0.003 0.001 0.006 0.022 149 E 0.045 0.886 0.004 0.004 0.005 0.004 0.015 0.036 150 N 0.132 0.655 0.009 0.006 0.006 0.007 0.051 0.135 151 Q 0.399 0.259 0.047 0.011 0.011 0.021 0.073 0.179 152 K 0.074 0.187 0.044 0.023 0.015 0.085 0.029 0.544 153 T 0.028 0.070 0.081 0.029 0.031 0.064 0.011 0.687 154 D 0.027 0.073 0.043 0.030 0.039 0.102 0.007 0.678 155 A 0.045 0.036 0.029 0.012 0.019 0.155 0.009 0.695 156 A 0.061 0.034 0.012 0.009 0.015 0.481 0.021 0.368 157 S 0.423 0.105 0.015 0.014 0.012 0.056 0.089 0.287 158 K 0.435 0.031 0.048 0.040 0.035 0.152 0.017 0.244 159 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 160 F 0.015 0.002 0.026 0.098 0.449 0.090 0.003 0.317 161 A 0.076 0.002 0.030 0.084 0.100 0.080 0.006 0.621 162 E 0.029 0.002 0.038 0.065 0.089 0.056 0.005 0.715 163 V 0.103 0.003 0.213 0.141 0.173 0.061 0.004 0.301 164 R 0.008 0.001 0.487 0.218 0.167 0.024 0.002 0.092 165 I 0.002 0.001 0.256 0.141 0.264 0.019 0.001 0.315 166 L 0.002 0.001 0.633 0.123 0.202 0.010 0.001 0.028 167 S 0.005 0.004 0.181 0.149 0.189 0.092 0.003 0.378 168 C 0.012 0.002 0.326 0.047 0.170 0.059 0.005 0.379 169 G 0.032 0.004 0.090 0.089 0.105 0.238 0.007 0.434 170 E 0.068 0.004 0.066 0.046 0.087 0.117 0.016 0.596 171 L 0.061 0.018 0.086 0.084 0.170 0.081 0.016 0.483 172 I 0.053 0.013 0.055 0.137 0.177 0.082 0.007 0.476 173 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999