# TARGET T0290 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95.3807 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.024 0.270 0.381 0.003 0.051 0.019 0.026 0.001 0.219 0.004 0.001 2 P 0.223 0.008 0.590 0.016 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 3 R 0.129 0.401 0.286 0.057 0.043 0.040 0.010 0.004 0.027 0.001 0.001 4 C 0.084 0.513 0.274 0.033 0.037 0.028 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 5 F 0.089 0.464 0.225 0.052 0.055 0.053 0.013 0.003 0.043 0.003 0.001 6 F 0.099 0.441 0.188 0.044 0.111 0.037 0.022 0.002 0.050 0.005 0.001 7 D 0.136 0.188 0.343 0.065 0.053 0.127 0.036 0.005 0.033 0.002 0.012 8 I 0.066 0.683 0.140 0.026 0.043 0.018 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 9 A 0.055 0.562 0.291 0.011 0.032 0.028 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 10 I 0.084 0.694 0.077 0.028 0.026 0.032 0.003 0.001 0.056 0.001 0.001 11 N 0.103 0.205 0.149 0.146 0.082 0.060 0.185 0.008 0.052 0.009 0.001 12 N 0.086 0.088 0.149 0.195 0.078 0.059 0.194 0.105 0.017 0.026 0.003 13 Q 0.028 0.426 0.368 0.003 0.040 0.009 0.006 0.001 0.118 0.002 0.001 14 P 0.357 0.003 0.459 0.009 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 15 A 0.104 0.130 0.294 0.342 0.044 0.024 0.037 0.007 0.015 0.001 0.002 16 G 0.004 0.007 0.026 0.004 0.150 0.001 0.018 0.338 0.001 0.453 0.001 17 R 0.011 0.299 0.546 0.023 0.073 0.031 0.003 0.001 0.008 0.001 0.006 18 V 0.001 0.777 0.190 0.001 0.012 0.012 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 19 V 0.001 0.892 0.067 0.001 0.009 0.015 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 20 F 0.001 0.779 0.176 0.001 0.012 0.020 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 21 E 0.002 0.712 0.124 0.001 0.010 0.056 0.001 0.001 0.095 0.001 0.001 22 L 0.041 0.343 0.505 0.008 0.004 0.081 0.001 0.001 0.017 0.001 0.002 23 F 0.026 0.309 0.356 0.015 0.073 0.098 0.012 0.001 0.108 0.003 0.001 24 S 0.759 0.012 0.109 0.061 0.019 0.009 0.007 0.005 0.001 0.018 0.001 25 D 0.598 0.023 0.038 0.279 0.013 0.019 0.017 0.005 0.007 0.001 0.001 26 V 0.501 0.070 0.084 0.323 0.005 0.008 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 27 C 0.419 0.078 0.246 0.005 0.032 0.007 0.022 0.007 0.127 0.056 0.001 28 P 0.764 0.001 0.129 0.011 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 29 K 0.888 0.013 0.029 0.039 0.005 0.007 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 30 T 0.824 0.037 0.035 0.083 0.006 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 31 C 0.950 0.013 0.011 0.016 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 32 E 0.950 0.009 0.009 0.020 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 N 0.889 0.006 0.008 0.077 0.004 0.006 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 34 F 0.957 0.005 0.004 0.028 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.968 0.008 0.006 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 C 0.958 0.009 0.010 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 L 0.782 0.010 0.024 0.172 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 38 C 0.532 0.117 0.139 0.115 0.018 0.027 0.013 0.004 0.031 0.003 0.001 39 T 0.246 0.092 0.106 0.504 0.020 0.009 0.009 0.002 0.008 0.004 0.001 40 G 0.075 0.009 0.083 0.033 0.074 0.002 0.057 0.333 0.003 0.330 0.001 41 E 0.284 0.163 0.335 0.130 0.021 0.039 0.007 0.002 0.013 0.002 0.005 42 K 0.151 0.168 0.376 0.174 0.031 0.035 0.031 0.005 0.025 0.004 0.001 43 G 0.062 0.037 0.143 0.033 0.170 0.010 0.064 0.251 0.005 0.222 0.001 44 T 0.175 0.313 0.217 0.207 0.044 0.015 0.005 0.002 0.019 0.001 0.001 45 G 0.076 0.073 0.206 0.030 0.235 0.011 0.031 0.113 0.008 0.216 0.001 46 K 0.327 0.176 0.312 0.108 0.031 0.021 0.005 0.003 0.011 0.003 0.002 47 S 0.356 0.200 0.183 0.125 0.037 0.023 0.020 0.010 0.034 0.011 0.001 48 T 0.291 0.112 0.146 0.261 0.045 0.026 0.083 0.009 0.016 0.009 0.001 49 Q 0.183 0.046 0.150 0.262 0.024 0.049 0.197 0.048 0.026 0.012 0.003 50 K 0.033 0.273 0.556 0.002 0.024 0.011 0.007 0.001 0.090 0.002 0.001 51 P 0.075 0.008 0.789 0.003 0.001 0.033 0.001 0.001 0.002 0.001 0.089 52 L 0.104 0.204 0.493 0.059 0.024 0.073 0.017 0.005 0.017 0.001 0.002 53 H 0.122 0.460 0.169 0.067 0.090 0.034 0.021 0.005 0.028 0.005 0.001 54 Y 0.150 0.344 0.226 0.084 0.061 0.055 0.015 0.004 0.055 0.006 0.001 55 K 0.153 0.144 0.304 0.184 0.031 0.064 0.082 0.005 0.027 0.004 0.001 56 S 0.065 0.060 0.106 0.150 0.080 0.030 0.333 0.147 0.014 0.014 0.001 57 C 0.037 0.337 0.509 0.016 0.060 0.017 0.003 0.002 0.017 0.002 0.001 58 L 0.327 0.257 0.322 0.033 0.011 0.032 0.004 0.001 0.011 0.002 0.001 59 F 0.318 0.316 0.202 0.055 0.034 0.038 0.007 0.002 0.023 0.003 0.001 60 H 0.333 0.333 0.126 0.090 0.061 0.023 0.011 0.002 0.020 0.002 0.001 61 R 0.230 0.339 0.219 0.024 0.066 0.061 0.028 0.003 0.027 0.001 0.001 62 V 0.201 0.448 0.241 0.029 0.013 0.045 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 63 V 0.144 0.391 0.251 0.037 0.012 0.063 0.005 0.001 0.096 0.001 0.001 64 K 0.514 0.064 0.296 0.060 0.018 0.016 0.013 0.003 0.004 0.009 0.001 65 D 0.146 0.062 0.036 0.227 0.099 0.020 0.325 0.063 0.016 0.005 0.001 66 F 0.078 0.458 0.204 0.092 0.115 0.017 0.010 0.004 0.017 0.003 0.001 67 M 0.040 0.670 0.164 0.013 0.047 0.027 0.003 0.001 0.034 0.001 0.001 68 V 0.057 0.505 0.273 0.020 0.031 0.074 0.005 0.001 0.032 0.002 0.001 69 Q 0.064 0.431 0.180 0.091 0.033 0.070 0.019 0.001 0.109 0.001 0.001 70 G 0.070 0.098 0.163 0.087 0.257 0.017 0.094 0.074 0.015 0.122 0.003 71 G 0.071 0.046 0.135 0.032 0.222 0.008 0.028 0.147 0.005 0.304 0.003 72 D 0.128 0.145 0.277 0.161 0.052 0.118 0.038 0.007 0.056 0.008 0.011 73 F 0.208 0.149 0.260 0.135 0.070 0.054 0.060 0.011 0.039 0.009 0.004 74 S 0.313 0.132 0.305 0.126 0.040 0.033 0.011 0.011 0.011 0.015 0.004 75 E 0.223 0.127 0.232 0.297 0.040 0.018 0.026 0.010 0.020 0.005 0.001 76 G 0.064 0.016 0.044 0.049 0.066 0.007 0.137 0.416 0.006 0.195 0.001 77 N 0.137 0.090 0.199 0.390 0.030 0.031 0.083 0.006 0.028 0.004 0.001 78 G 0.049 0.020 0.147 0.045 0.104 0.008 0.098 0.335 0.002 0.188 0.002 79 R 0.180 0.207 0.282 0.258 0.035 0.013 0.007 0.003 0.009 0.003 0.001 80 G 0.031 0.016 0.109 0.047 0.104 0.004 0.101 0.268 0.005 0.315 0.001 81 G 0.064 0.054 0.340 0.024 0.192 0.009 0.019 0.110 0.005 0.177 0.004 82 E 0.209 0.153 0.413 0.140 0.040 0.019 0.005 0.003 0.010 0.004 0.003 83 S 0.137 0.144 0.448 0.040 0.145 0.022 0.008 0.017 0.008 0.029 0.002 84 I 0.361 0.247 0.137 0.168 0.026 0.029 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 85 Y 0.158 0.104 0.236 0.295 0.034 0.029 0.084 0.006 0.045 0.008 0.001 86 G 0.044 0.007 0.056 0.036 0.052 0.003 0.126 0.563 0.002 0.110 0.001 87 G 0.154 0.117 0.380 0.068 0.125 0.010 0.023 0.058 0.005 0.059 0.001 88 F 0.157 0.317 0.321 0.067 0.063 0.031 0.013 0.007 0.016 0.006 0.002 89 F 0.097 0.344 0.349 0.036 0.055 0.053 0.015 0.002 0.046 0.003 0.001 90 E 0.432 0.108 0.327 0.060 0.020 0.032 0.005 0.002 0.009 0.004 0.002 91 D 0.223 0.107 0.169 0.167 0.062 0.112 0.054 0.008 0.094 0.003 0.003 92 E 0.627 0.078 0.113 0.137 0.014 0.015 0.006 0.002 0.006 0.001 0.001 93 S 0.481 0.100 0.094 0.237 0.023 0.020 0.021 0.007 0.015 0.002 0.001 94 F 0.262 0.155 0.207 0.187 0.059 0.033 0.049 0.007 0.035 0.005 0.001 95 A 0.345 0.141 0.244 0.125 0.017 0.056 0.037 0.005 0.024 0.003 0.003 96 V 0.188 0.318 0.331 0.043 0.032 0.033 0.008 0.001 0.044 0.002 0.001 97 K 0.303 0.088 0.453 0.054 0.005 0.062 0.013 0.003 0.013 0.002 0.005 98 H 0.312 0.161 0.182 0.170 0.043 0.043 0.045 0.009 0.026 0.007 0.001 99 N 0.217 0.093 0.163 0.232 0.047 0.062 0.124 0.014 0.038 0.009 0.001 100 A 0.236 0.311 0.250 0.046 0.073 0.024 0.018 0.004 0.032 0.005 0.001 101 A 0.175 0.090 0.637 0.057 0.004 0.024 0.004 0.001 0.004 0.001 0.004 102 F 0.098 0.152 0.202 0.045 0.279 0.012 0.070 0.091 0.016 0.034 0.001 103 L 0.093 0.551 0.253 0.010 0.042 0.035 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 104 L 0.115 0.637 0.145 0.016 0.020 0.036 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 105 S 0.151 0.503 0.202 0.025 0.062 0.033 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 106 M 0.191 0.294 0.184 0.061 0.081 0.063 0.037 0.005 0.078 0.003 0.001 107 A 0.308 0.195 0.294 0.078 0.068 0.030 0.009 0.003 0.008 0.008 0.001 108 N 0.230 0.129 0.134 0.229 0.074 0.076 0.082 0.012 0.028 0.006 0.001 109 R 0.090 0.154 0.176 0.456 0.053 0.015 0.027 0.007 0.019 0.002 0.001 110 G 0.026 0.028 0.143 0.010 0.154 0.004 0.050 0.235 0.010 0.338 0.001 111 K 0.349 0.109 0.318 0.113 0.043 0.026 0.007 0.006 0.005 0.015 0.008 112 D 0.069 0.070 0.182 0.245 0.025 0.167 0.155 0.009 0.074 0.003 0.001 113 T 0.238 0.211 0.187 0.212 0.086 0.021 0.010 0.013 0.013 0.008 0.001 114 N 0.172 0.075 0.076 0.369 0.044 0.030 0.164 0.021 0.043 0.006 0.001 115 G 0.081 0.056 0.219 0.084 0.217 0.004 0.018 0.157 0.003 0.161 0.001 116 S 0.112 0.320 0.249 0.066 0.194 0.018 0.012 0.011 0.008 0.010 0.001 117 Q 0.059 0.543 0.181 0.073 0.081 0.028 0.008 0.001 0.024 0.002 0.001 118 F 0.014 0.719 0.099 0.007 0.129 0.013 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 119 F 0.011 0.762 0.144 0.003 0.030 0.021 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 120 I 0.019 0.788 0.122 0.005 0.016 0.028 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 121 T 0.021 0.637 0.150 0.017 0.092 0.055 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 122 T 0.095 0.374 0.170 0.202 0.048 0.040 0.009 0.001 0.056 0.003 0.001 123 K 0.010 0.423 0.323 0.001 0.119 0.012 0.019 0.001 0.091 0.003 0.001 124 P 0.170 0.003 0.466 0.017 0.001 0.116 0.001 0.001 0.002 0.001 0.225 125 T 0.024 0.365 0.391 0.005 0.085 0.016 0.010 0.001 0.100 0.001 0.002 126 P 0.276 0.010 0.654 0.006 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 127 H 0.213 0.065 0.194 0.400 0.019 0.030 0.017 0.018 0.041 0.001 0.001 128 L 0.113 0.189 0.406 0.127 0.014 0.107 0.007 0.001 0.033 0.002 0.001 129 D 0.039 0.070 0.201 0.305 0.018 0.063 0.223 0.005 0.070 0.006 0.001 130 G 0.023 0.002 0.012 0.019 0.019 0.001 0.069 0.704 0.001 0.150 0.001 131 H 0.194 0.304 0.244 0.155 0.050 0.018 0.013 0.007 0.012 0.003 0.001 132 H 0.029 0.350 0.456 0.041 0.042 0.043 0.013 0.003 0.022 0.002 0.001 133 V 0.015 0.612 0.301 0.006 0.023 0.029 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 134 V 0.019 0.797 0.117 0.006 0.029 0.018 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 135 F 0.016 0.718 0.086 0.038 0.078 0.030 0.008 0.001 0.024 0.001 0.001 136 G 0.006 0.146 0.070 0.003 0.734 0.002 0.006 0.014 0.002 0.018 0.001 137 Q 0.007 0.714 0.212 0.002 0.032 0.019 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 138 V 0.007 0.086 0.813 0.001 0.001 0.088 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 139 I 0.782 0.011 0.005 0.197 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 S 0.033 0.351 0.067 0.054 0.462 0.001 0.023 0.001 0.004 0.004 0.001 141 G 0.068 0.018 0.028 0.008 0.105 0.001 0.028 0.421 0.002 0.321 0.001 142 Q 0.809 0.037 0.108 0.011 0.015 0.006 0.001 0.003 0.004 0.005 0.001 143 E 0.980 0.002 0.006 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 V 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 E 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 I 0.914 0.002 0.001 0.083 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 E 0.933 0.006 0.038 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 150 N 0.325 0.003 0.015 0.615 0.003 0.009 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 151 Q 0.092 0.131 0.570 0.116 0.018 0.033 0.007 0.002 0.030 0.001 0.001 152 K 0.112 0.113 0.245 0.114 0.036 0.149 0.165 0.008 0.047 0.007 0.002 153 T 0.141 0.419 0.209 0.129 0.059 0.020 0.003 0.002 0.015 0.004 0.001 154 D 0.085 0.121 0.346 0.096 0.061 0.159 0.043 0.006 0.077 0.005 0.001 155 A 0.573 0.052 0.068 0.252 0.008 0.020 0.007 0.005 0.013 0.002 0.001 156 A 0.299 0.042 0.092 0.463 0.009 0.014 0.059 0.008 0.009 0.004 0.001 157 S 0.091 0.031 0.141 0.264 0.038 0.021 0.218 0.167 0.011 0.017 0.001 158 K 0.012 0.501 0.365 0.002 0.012 0.011 0.005 0.001 0.091 0.001 0.001 159 P 0.016 0.007 0.941 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 160 F 0.152 0.377 0.224 0.136 0.046 0.037 0.005 0.002 0.020 0.001 0.001 161 A 0.011 0.593 0.184 0.005 0.178 0.005 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 162 E 0.012 0.201 0.692 0.008 0.004 0.069 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 163 V 0.003 0.775 0.139 0.002 0.049 0.012 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 164 R 0.002 0.706 0.230 0.001 0.006 0.037 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 165 I 0.003 0.267 0.586 0.001 0.001 0.127 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 166 L 0.503 0.133 0.038 0.290 0.017 0.011 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 167 S 0.006 0.438 0.063 0.009 0.460 0.006 0.008 0.001 0.009 0.001 0.001 168 C 0.045 0.627 0.134 0.069 0.089 0.007 0.005 0.002 0.020 0.001 0.001 169 G 0.054 0.101 0.100 0.028 0.336 0.007 0.050 0.113 0.010 0.201 0.001 170 E 0.057 0.494 0.304 0.045 0.065 0.022 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 171 L 0.052 0.395 0.385 0.044 0.015 0.059 0.005 0.001 0.042 0.001 0.001 172 I 0.015 0.310 0.528 0.001 0.014 0.023 0.008 0.001 0.099 0.001 0.001 173 P 0.170 0.008 0.741 0.007 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044