# TARGET T0290 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0290.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95.3807 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.117 0.301 0.142 0.010 0.356 0.003 0.011 0.020 0.008 0.007 0.026 2 P 0.101 0.142 0.032 0.003 0.192 0.005 0.018 0.150 0.242 0.075 0.039 3 R 0.082 0.169 0.037 0.006 0.194 0.019 0.082 0.165 0.137 0.085 0.025 4 C 0.304 0.117 0.021 0.005 0.380 0.005 0.017 0.040 0.020 0.039 0.053 5 F 0.248 0.117 0.029 0.019 0.330 0.023 0.030 0.058 0.032 0.050 0.063 6 F 0.155 0.212 0.064 0.026 0.372 0.018 0.015 0.055 0.025 0.024 0.032 7 D 0.350 0.056 0.017 0.009 0.285 0.016 0.036 0.070 0.026 0.044 0.092 8 I 0.245 0.153 0.027 0.006 0.440 0.010 0.010 0.028 0.015 0.027 0.040 9 A 0.267 0.117 0.031 0.008 0.438 0.008 0.018 0.044 0.013 0.016 0.041 10 I 0.162 0.103 0.035 0.055 0.208 0.064 0.055 0.104 0.056 0.089 0.068 11 N 0.051 0.264 0.117 0.089 0.246 0.044 0.046 0.051 0.028 0.041 0.023 12 N 0.182 0.034 0.015 0.008 0.111 0.007 0.012 0.033 0.053 0.362 0.183 13 Q 0.018 0.416 0.401 0.014 0.123 0.003 0.005 0.012 0.005 0.003 0.002 14 P 0.095 0.187 0.198 0.044 0.135 0.054 0.086 0.136 0.033 0.014 0.020 15 A 0.026 0.078 0.056 0.100 0.032 0.072 0.317 0.147 0.087 0.057 0.029 16 G 0.033 0.145 0.161 0.197 0.075 0.073 0.008 0.019 0.026 0.211 0.052 17 R 0.145 0.201 0.022 0.004 0.534 0.006 0.022 0.026 0.012 0.015 0.013 18 V 0.376 0.059 0.003 0.001 0.539 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 19 V 0.257 0.048 0.003 0.004 0.656 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.017 20 F 0.287 0.057 0.003 0.002 0.622 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.021 21 E 0.234 0.101 0.005 0.001 0.572 0.001 0.003 0.006 0.001 0.007 0.068 22 L 0.256 0.189 0.037 0.008 0.308 0.013 0.016 0.020 0.010 0.040 0.102 23 F 0.225 0.135 0.070 0.024 0.262 0.006 0.008 0.036 0.036 0.061 0.138 24 S 0.015 0.049 0.014 0.015 0.029 0.038 0.048 0.300 0.450 0.033 0.009 25 D 0.008 0.010 0.006 0.007 0.010 0.024 0.187 0.420 0.223 0.090 0.015 26 V 0.020 0.043 0.023 0.009 0.026 0.008 0.066 0.202 0.209 0.375 0.019 27 C 0.063 0.144 0.079 0.017 0.102 0.007 0.010 0.392 0.118 0.038 0.031 28 P 0.003 0.042 0.015 0.006 0.018 0.015 0.036 0.757 0.100 0.005 0.003 29 K 0.007 0.011 0.004 0.001 0.010 0.001 0.017 0.876 0.063 0.006 0.003 30 T 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.893 0.066 0.016 0.003 31 C 0.004 0.008 0.001 0.001 0.009 0.004 0.008 0.859 0.093 0.010 0.002 32 E 0.002 0.008 0.003 0.002 0.004 0.013 0.032 0.895 0.034 0.004 0.001 33 N 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.911 0.040 0.032 0.001 34 F 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.868 0.096 0.024 0.002 35 R 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.902 0.081 0.001 0.001 36 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.948 0.031 0.001 0.001 37 L 0.002 0.002 0.004 0.001 0.002 0.002 0.035 0.883 0.061 0.009 0.001 38 C 0.008 0.007 0.002 0.001 0.007 0.006 0.066 0.804 0.060 0.032 0.005 39 T 0.003 0.669 0.125 0.021 0.039 0.011 0.016 0.044 0.016 0.051 0.005 40 G 0.052 0.041 0.075 0.062 0.031 0.023 0.009 0.045 0.035 0.424 0.203 41 E 0.067 0.160 0.119 0.041 0.149 0.030 0.045 0.196 0.100 0.066 0.027 42 K 0.029 0.098 0.074 0.098 0.054 0.079 0.226 0.188 0.083 0.047 0.024 43 G 0.018 0.038 0.068 0.265 0.022 0.107 0.049 0.091 0.077 0.225 0.039 44 T 0.056 0.185 0.100 0.049 0.137 0.065 0.100 0.085 0.075 0.108 0.039 45 G 0.059 0.084 0.109 0.076 0.072 0.039 0.015 0.061 0.069 0.314 0.103 46 K 0.083 0.179 0.093 0.026 0.189 0.023 0.056 0.135 0.089 0.092 0.035 47 S 0.085 0.108 0.055 0.029 0.130 0.022 0.040 0.146 0.135 0.189 0.061 48 T 0.056 0.229 0.111 0.035 0.182 0.025 0.057 0.114 0.086 0.076 0.028 49 Q 0.107 0.065 0.081 0.029 0.102 0.025 0.044 0.072 0.098 0.278 0.098 50 K 0.040 0.432 0.275 0.012 0.179 0.003 0.011 0.025 0.008 0.005 0.009 51 P 0.123 0.356 0.074 0.006 0.294 0.007 0.013 0.042 0.031 0.021 0.033 52 L 0.198 0.138 0.028 0.009 0.297 0.024 0.037 0.073 0.094 0.051 0.050 53 H 0.228 0.117 0.033 0.019 0.286 0.021 0.031 0.066 0.039 0.078 0.081 54 Y 0.203 0.138 0.057 0.054 0.251 0.025 0.014 0.038 0.036 0.099 0.085 55 K 0.018 0.051 0.027 0.076 0.039 0.149 0.276 0.226 0.086 0.038 0.012 56 S 0.103 0.047 0.024 0.015 0.087 0.008 0.011 0.033 0.072 0.425 0.175 57 C 0.104 0.325 0.095 0.009 0.379 0.005 0.008 0.020 0.017 0.019 0.020 58 L 0.222 0.171 0.037 0.004 0.421 0.005 0.014 0.043 0.019 0.019 0.044 59 F 0.290 0.098 0.025 0.015 0.321 0.014 0.019 0.050 0.037 0.047 0.084 60 H 0.149 0.149 0.036 0.022 0.314 0.026 0.035 0.104 0.057 0.059 0.050 61 R 0.172 0.241 0.054 0.003 0.419 0.002 0.008 0.050 0.015 0.012 0.024 62 V 0.268 0.127 0.026 0.009 0.243 0.010 0.027 0.080 0.039 0.073 0.097 63 V 0.125 0.212 0.116 0.081 0.264 0.037 0.021 0.046 0.030 0.022 0.047 64 K 0.012 0.026 0.019 0.069 0.025 0.205 0.235 0.287 0.100 0.015 0.006 65 D 0.071 0.077 0.056 0.045 0.095 0.028 0.064 0.149 0.133 0.223 0.059 66 F 0.164 0.157 0.034 0.028 0.336 0.023 0.021 0.048 0.045 0.068 0.077 67 M 0.242 0.123 0.017 0.005 0.398 0.007 0.014 0.025 0.021 0.041 0.107 68 V 0.226 0.156 0.054 0.007 0.355 0.006 0.012 0.019 0.017 0.053 0.094 69 Q 0.163 0.134 0.090 0.048 0.244 0.050 0.082 0.052 0.030 0.063 0.044 70 G 0.056 0.101 0.128 0.130 0.082 0.053 0.070 0.074 0.075 0.174 0.057 71 G 0.025 0.088 0.143 0.187 0.060 0.080 0.032 0.060 0.072 0.202 0.052 72 D 0.136 0.124 0.053 0.011 0.341 0.009 0.028 0.059 0.062 0.114 0.064 73 F 0.069 0.187 0.126 0.015 0.154 0.012 0.028 0.150 0.137 0.078 0.044 74 S 0.052 0.132 0.107 0.025 0.112 0.037 0.105 0.210 0.099 0.096 0.025 75 E 0.028 0.207 0.195 0.075 0.065 0.045 0.107 0.104 0.063 0.087 0.024 76 G 0.021 0.058 0.119 0.175 0.037 0.089 0.041 0.054 0.056 0.269 0.083 77 N 0.063 0.267 0.175 0.055 0.159 0.031 0.056 0.049 0.042 0.062 0.042 78 G 0.046 0.044 0.078 0.062 0.046 0.032 0.037 0.110 0.131 0.310 0.104 79 R 0.040 0.270 0.112 0.061 0.126 0.056 0.123 0.083 0.046 0.061 0.021 80 G 0.031 0.069 0.133 0.181 0.035 0.036 0.026 0.022 0.040 0.316 0.112 81 G 0.056 0.116 0.223 0.156 0.087 0.043 0.017 0.026 0.040 0.156 0.081 82 E 0.061 0.348 0.114 0.016 0.252 0.014 0.024 0.060 0.055 0.035 0.021 83 S 0.171 0.249 0.113 0.010 0.276 0.009 0.024 0.043 0.024 0.026 0.057 84 I 0.140 0.078 0.034 0.031 0.128 0.089 0.128 0.134 0.095 0.083 0.058 85 Y 0.063 0.156 0.137 0.177 0.112 0.071 0.057 0.065 0.036 0.083 0.043 86 G 0.024 0.057 0.088 0.277 0.026 0.065 0.026 0.043 0.062 0.275 0.056 87 G 0.019 0.166 0.236 0.208 0.068 0.060 0.032 0.084 0.054 0.059 0.014 88 F 0.137 0.185 0.056 0.012 0.209 0.014 0.039 0.145 0.072 0.065 0.066 89 F 0.103 0.214 0.127 0.034 0.173 0.021 0.027 0.110 0.065 0.069 0.058 90 E 0.053 0.157 0.084 0.043 0.100 0.077 0.085 0.221 0.106 0.049 0.027 91 D 0.106 0.069 0.040 0.016 0.102 0.014 0.028 0.179 0.146 0.212 0.088 92 E 0.067 0.090 0.029 0.008 0.098 0.011 0.037 0.271 0.209 0.140 0.038 93 S 0.077 0.139 0.042 0.015 0.145 0.016 0.051 0.218 0.127 0.134 0.035 94 F 0.109 0.148 0.061 0.020 0.184 0.011 0.018 0.156 0.106 0.126 0.061 95 A 0.115 0.093 0.040 0.014 0.141 0.021 0.037 0.225 0.117 0.137 0.061 96 V 0.130 0.210 0.075 0.015 0.253 0.010 0.021 0.158 0.058 0.041 0.030 97 K 0.147 0.125 0.076 0.026 0.170 0.033 0.058 0.183 0.062 0.064 0.056 98 H 0.065 0.124 0.041 0.054 0.100 0.055 0.121 0.233 0.086 0.083 0.037 99 N 0.079 0.086 0.061 0.035 0.076 0.020 0.019 0.089 0.110 0.342 0.084 100 A 0.016 0.203 0.141 0.024 0.078 0.018 0.032 0.303 0.132 0.047 0.005 101 A 0.150 0.091 0.024 0.007 0.179 0.010 0.061 0.256 0.102 0.069 0.051 102 F 0.076 0.293 0.093 0.044 0.249 0.022 0.020 0.120 0.029 0.033 0.022 103 L 0.302 0.078 0.006 0.003 0.499 0.003 0.007 0.064 0.007 0.005 0.024 104 L 0.343 0.057 0.007 0.008 0.444 0.014 0.011 0.063 0.010 0.011 0.031 105 S 0.193 0.108 0.011 0.011 0.500 0.014 0.029 0.089 0.010 0.007 0.026 106 M 0.238 0.099 0.029 0.015 0.351 0.012 0.026 0.113 0.023 0.041 0.052 107 A 0.117 0.211 0.049 0.019 0.204 0.034 0.078 0.136 0.042 0.055 0.054 108 N 0.176 0.172 0.079 0.025 0.205 0.024 0.047 0.063 0.027 0.091 0.090 109 R 0.055 0.234 0.121 0.100 0.109 0.076 0.066 0.043 0.038 0.103 0.054 110 G 0.036 0.084 0.178 0.331 0.049 0.086 0.021 0.025 0.035 0.103 0.052 111 K 0.061 0.124 0.052 0.044 0.137 0.064 0.119 0.131 0.124 0.098 0.046 112 D 0.106 0.116 0.094 0.030 0.128 0.017 0.041 0.090 0.111 0.165 0.101 113 T 0.050 0.112 0.053 0.040 0.086 0.052 0.096 0.177 0.184 0.119 0.031 114 N 0.051 0.213 0.155 0.059 0.125 0.045 0.087 0.081 0.074 0.078 0.031 115 G 0.096 0.052 0.023 0.018 0.081 0.015 0.030 0.059 0.105 0.359 0.161 116 S 0.214 0.143 0.022 0.006 0.386 0.004 0.008 0.029 0.036 0.099 0.052 117 Q 0.309 0.062 0.008 0.008 0.459 0.022 0.041 0.023 0.017 0.022 0.030 118 F 0.176 0.093 0.008 0.005 0.694 0.005 0.004 0.004 0.001 0.002 0.009 119 F 0.293 0.043 0.003 0.001 0.625 0.002 0.002 0.004 0.001 0.002 0.024 120 I 0.263 0.097 0.009 0.002 0.549 0.002 0.003 0.006 0.002 0.009 0.058 121 T 0.295 0.095 0.017 0.003 0.367 0.002 0.005 0.010 0.006 0.059 0.141 122 T 0.102 0.251 0.157 0.050 0.201 0.019 0.024 0.035 0.041 0.077 0.042 123 K 0.018 0.262 0.362 0.079 0.078 0.038 0.061 0.056 0.029 0.010 0.005 124 P 0.096 0.174 0.142 0.032 0.159 0.018 0.049 0.064 0.076 0.110 0.080 125 T 0.079 0.311 0.146 0.012 0.276 0.008 0.018 0.034 0.058 0.023 0.032 126 P 0.035 0.122 0.047 0.012 0.101 0.067 0.085 0.197 0.258 0.058 0.017 127 H 0.177 0.082 0.036 0.008 0.153 0.008 0.047 0.081 0.073 0.239 0.096 128 L 0.143 0.049 0.030 0.077 0.090 0.110 0.060 0.046 0.057 0.200 0.137 129 D 0.021 0.069 0.086 0.379 0.048 0.139 0.127 0.041 0.036 0.035 0.020 130 G 0.012 0.024 0.036 0.062 0.013 0.022 0.012 0.066 0.189 0.517 0.047 131 H 0.050 0.162 0.062 0.037 0.152 0.025 0.057 0.075 0.124 0.220 0.035 132 H 0.232 0.167 0.024 0.003 0.476 0.003 0.005 0.010 0.009 0.018 0.052 133 V 0.237 0.142 0.034 0.003 0.507 0.005 0.009 0.011 0.007 0.013 0.032 134 V 0.464 0.066 0.031 0.010 0.299 0.009 0.010 0.014 0.005 0.019 0.072 135 F 0.151 0.112 0.081 0.172 0.103 0.035 0.034 0.035 0.030 0.140 0.107 136 G 0.024 0.156 0.179 0.308 0.068 0.119 0.017 0.027 0.027 0.058 0.017 137 Q 0.048 0.451 0.081 0.003 0.354 0.002 0.004 0.029 0.014 0.009 0.007 138 V 0.389 0.089 0.036 0.008 0.234 0.013 0.026 0.074 0.020 0.021 0.090 139 I 0.018 0.030 0.031 0.114 0.034 0.396 0.155 0.139 0.037 0.026 0.019 140 S 0.011 0.076 0.116 0.137 0.023 0.075 0.124 0.283 0.080 0.059 0.015 141 G 0.020 0.031 0.080 0.068 0.017 0.011 0.003 0.071 0.063 0.562 0.075 142 Q 0.008 0.078 0.029 0.007 0.049 0.004 0.007 0.592 0.197 0.022 0.006 143 E 0.009 0.012 0.003 0.001 0.017 0.001 0.012 0.875 0.061 0.004 0.005 144 V 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.860 0.082 0.036 0.002 145 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.880 0.100 0.009 0.002 146 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.912 0.068 0.002 0.001 147 E 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.014 0.868 0.076 0.033 0.001 148 I 0.005 0.007 0.004 0.002 0.007 0.004 0.017 0.685 0.222 0.044 0.003 149 E 0.002 0.014 0.005 0.004 0.004 0.010 0.081 0.705 0.163 0.011 0.001 150 N 0.018 0.011 0.006 0.002 0.018 0.006 0.067 0.280 0.177 0.384 0.032 151 Q 0.048 0.449 0.153 0.004 0.264 0.003 0.011 0.022 0.011 0.020 0.014 152 K 0.244 0.100 0.040 0.009 0.206 0.013 0.024 0.064 0.037 0.102 0.161 153 T 0.064 0.306 0.115 0.017 0.247 0.017 0.034 0.064 0.043 0.066 0.025 154 D 0.060 0.164 0.207 0.037 0.132 0.016 0.023 0.140 0.082 0.098 0.041 155 A 0.018 0.042 0.035 0.018 0.030 0.021 0.053 0.396 0.280 0.091 0.014 156 A 0.012 0.307 0.127 0.061 0.080 0.037 0.093 0.166 0.061 0.046 0.010 157 S 0.051 0.023 0.021 0.011 0.032 0.005 0.010 0.029 0.063 0.591 0.163 158 K 0.011 0.539 0.333 0.003 0.096 0.001 0.003 0.009 0.003 0.002 0.002 159 P 0.209 0.253 0.040 0.001 0.452 0.001 0.003 0.007 0.003 0.006 0.025 160 F 0.196 0.099 0.085 0.038 0.171 0.054 0.102 0.057 0.077 0.061 0.061 161 A 0.020 0.467 0.223 0.033 0.178 0.023 0.013 0.025 0.008 0.005 0.005 162 E 0.482 0.039 0.005 0.002 0.267 0.002 0.006 0.006 0.005 0.042 0.144 163 V 0.150 0.266 0.021 0.001 0.542 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 164 R 0.098 0.246 0.013 0.001 0.632 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 165 I 0.688 0.010 0.003 0.001 0.198 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.091 166 L 0.018 0.051 0.020 0.097 0.066 0.447 0.227 0.042 0.016 0.008 0.009 167 S 0.295 0.171 0.074 0.002 0.365 0.001 0.002 0.006 0.004 0.019 0.062 168 C 0.163 0.103 0.021 0.058 0.140 0.040 0.025 0.090 0.112 0.138 0.109 169 G 0.027 0.126 0.115 0.219 0.095 0.084 0.022 0.082 0.128 0.087 0.015 170 E 0.130 0.235 0.050 0.004 0.320 0.003 0.029 0.118 0.043 0.035 0.033 171 L 0.131 0.244 0.083 0.016 0.258 0.014 0.047 0.057 0.033 0.067 0.051 172 I 0.094 0.293 0.243 0.025 0.215 0.013 0.023 0.047 0.017 0.006 0.023 173 P 0.044 0.277 0.121 0.018 0.120 0.024 0.037 0.166 0.123 0.047 0.023