# TARGET T0289 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 880 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.060 0.009 0.007 0.013 0.144 0.768 2 T 0.107 0.019 0.012 0.018 0.178 0.666 3 S 0.147 0.024 0.024 0.024 0.215 0.567 4 C 0.222 0.050 0.032 0.028 0.192 0.476 5 V 0.242 0.034 0.033 0.026 0.278 0.387 6 A 0.131 0.020 0.049 0.035 0.388 0.378 7 E 0.083 0.021 0.043 0.020 0.533 0.301 8 E 0.042 0.006 0.033 0.010 0.619 0.290 9 P 0.036 0.007 0.038 0.009 0.476 0.434 10 I 0.145 0.018 0.013 0.002 0.304 0.518 11 K 0.375 0.006 0.004 0.001 0.180 0.434 12 K 0.885 0.001 0.001 0.001 0.024 0.089 13 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 14 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 16 F 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 17 G 0.850 0.001 0.001 0.002 0.030 0.117 18 G 0.612 0.006 0.004 0.003 0.105 0.270 19 T 0.352 0.026 0.012 0.010 0.245 0.355 20 H 0.117 0.021 0.016 0.016 0.579 0.251 21 G 0.040 0.012 0.024 0.037 0.569 0.318 22 N 0.032 0.023 0.039 0.084 0.449 0.373 23 E 0.028 0.036 0.046 0.316 0.309 0.265 24 L 0.016 0.017 0.030 0.571 0.168 0.199 25 T 0.013 0.015 0.008 0.636 0.095 0.233 26 G 0.002 0.001 0.002 0.981 0.008 0.007 27 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 28 F 0.001 0.001 0.002 0.995 0.003 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 30 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 31 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 32 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 33 W 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 34 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 35 K 0.001 0.001 0.004 0.977 0.011 0.008 36 N 0.001 0.001 0.008 0.828 0.054 0.108 37 G 0.001 0.001 0.047 0.401 0.215 0.335 38 A 0.007 0.004 0.175 0.267 0.379 0.167 39 E 0.012 0.005 0.230 0.331 0.331 0.091 40 V 0.020 0.008 0.186 0.443 0.221 0.123 41 H 0.022 0.013 0.139 0.457 0.191 0.178 42 R 0.022 0.011 0.200 0.282 0.416 0.070 43 A 0.017 0.002 0.215 0.215 0.464 0.088 44 G 0.032 0.005 0.072 0.028 0.625 0.238 45 L 0.190 0.010 0.010 0.003 0.468 0.318 46 E 0.551 0.004 0.001 0.001 0.071 0.372 47 V 0.968 0.003 0.001 0.001 0.004 0.025 48 K 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 49 P 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 50 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 51 I 0.931 0.001 0.001 0.003 0.014 0.050 52 T 0.636 0.006 0.001 0.013 0.048 0.296 53 N 0.141 0.008 0.003 0.021 0.113 0.714 54 P 0.019 0.002 0.068 0.730 0.092 0.090 55 R 0.014 0.002 0.076 0.804 0.074 0.031 56 A 0.014 0.002 0.107 0.821 0.049 0.007 57 V 0.023 0.002 0.056 0.861 0.048 0.011 58 E 0.041 0.002 0.052 0.828 0.066 0.010 59 K 0.042 0.002 0.029 0.809 0.087 0.031 60 C 0.066 0.004 0.022 0.404 0.228 0.276 61 T 0.125 0.014 0.028 0.132 0.295 0.406 62 R 0.206 0.039 0.043 0.092 0.310 0.311 63 Y 0.193 0.046 0.042 0.075 0.368 0.275 64 I 0.120 0.038 0.034 0.072 0.408 0.329 65 D 0.047 0.021 0.022 0.041 0.501 0.368 66 C 0.031 0.019 0.028 0.041 0.535 0.345 67 D 0.042 0.033 0.029 0.031 0.571 0.294 68 L 0.041 0.057 0.087 0.058 0.522 0.236 69 N 0.036 0.022 0.178 0.060 0.525 0.179 70 R 0.052 0.017 0.171 0.073 0.484 0.203 71 V 0.065 0.029 0.098 0.077 0.429 0.302 72 F 0.092 0.051 0.028 0.040 0.351 0.438 73 D 0.073 0.024 0.022 0.051 0.374 0.456 74 L 0.041 0.018 0.174 0.176 0.377 0.214 75 E 0.022 0.008 0.314 0.250 0.295 0.111 76 N 0.021 0.007 0.405 0.229 0.270 0.068 77 L 0.019 0.010 0.238 0.365 0.263 0.105 78 S 0.031 0.014 0.188 0.289 0.297 0.180 79 K 0.038 0.013 0.214 0.200 0.361 0.174 80 E 0.045 0.029 0.165 0.161 0.367 0.234 81 M 0.033 0.076 0.087 0.111 0.377 0.317 82 S 0.010 0.024 0.036 0.051 0.726 0.153 83 E 0.002 0.003 0.109 0.093 0.677 0.117 84 D 0.002 0.003 0.052 0.088 0.673 0.181 85 L 0.005 0.006 0.015 0.095 0.506 0.374 86 P 0.002 0.004 0.005 0.747 0.067 0.176 87 Y 0.002 0.003 0.003 0.965 0.012 0.016 88 E 0.002 0.001 0.002 0.981 0.006 0.007 89 V 0.004 0.001 0.002 0.985 0.004 0.005 90 R 0.002 0.001 0.003 0.988 0.003 0.003 91 R 0.002 0.001 0.003 0.990 0.003 0.002 92 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 93 Q 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 94 E 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.001 95 I 0.001 0.001 0.003 0.987 0.006 0.003 96 N 0.001 0.001 0.005 0.988 0.005 0.002 97 H 0.001 0.001 0.010 0.977 0.009 0.003 98 L 0.002 0.001 0.009 0.937 0.022 0.030 99 F 0.005 0.007 0.017 0.814 0.044 0.113 100 G 0.016 0.006 0.034 0.120 0.311 0.513 101 P 0.012 0.007 0.157 0.088 0.463 0.272 102 K 0.025 0.023 0.230 0.051 0.501 0.170 103 N 0.013 0.015 0.139 0.045 0.658 0.130 104 S 0.014 0.008 0.106 0.036 0.684 0.152 105 D 0.030 0.009 0.078 0.028 0.602 0.253 106 D 0.048 0.013 0.051 0.018 0.524 0.346 107 A 0.106 0.017 0.015 0.004 0.362 0.496 108 Y 0.321 0.006 0.003 0.001 0.226 0.443 109 D 0.723 0.002 0.001 0.001 0.066 0.208 110 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 111 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 112 F 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 113 D 0.943 0.003 0.001 0.001 0.012 0.041 114 L 0.544 0.006 0.003 0.002 0.162 0.284 115 H 0.171 0.011 0.012 0.005 0.433 0.368 116 N 0.045 0.015 0.022 0.010 0.643 0.265 117 T 0.035 0.014 0.035 0.022 0.689 0.205 118 T 0.054 0.048 0.054 0.036 0.600 0.207 119 S 0.059 0.032 0.132 0.060 0.548 0.169 120 N 0.055 0.017 0.142 0.055 0.557 0.174 121 M 0.096 0.020 0.092 0.054 0.489 0.249 122 G 0.130 0.019 0.035 0.038 0.355 0.423 123 C 0.249 0.025 0.025 0.047 0.260 0.395 124 T 0.446 0.026 0.029 0.055 0.176 0.268 125 L 0.620 0.029 0.030 0.061 0.103 0.157 126 I 0.591 0.025 0.026 0.062 0.134 0.162 127 L 0.451 0.029 0.030 0.072 0.182 0.235 128 E 0.241 0.022 0.038 0.056 0.347 0.296 129 D 0.077 0.013 0.063 0.049 0.540 0.257 130 S 0.034 0.013 0.103 0.053 0.538 0.258 131 R 0.027 0.019 0.050 0.069 0.464 0.370 132 N 0.010 0.007 0.012 0.108 0.282 0.580 133 D 0.002 0.002 0.024 0.829 0.078 0.066 134 F 0.002 0.001 0.012 0.949 0.024 0.013 135 L 0.002 0.001 0.008 0.966 0.014 0.010 136 I 0.001 0.001 0.004 0.986 0.005 0.004 137 Q 0.001 0.001 0.005 0.986 0.005 0.003 138 M 0.001 0.001 0.004 0.989 0.003 0.002 139 F 0.001 0.001 0.006 0.985 0.005 0.003 140 H 0.001 0.001 0.007 0.981 0.006 0.004 141 Y 0.001 0.001 0.007 0.976 0.008 0.007 142 I 0.001 0.001 0.010 0.965 0.013 0.010 143 K 0.001 0.001 0.029 0.936 0.023 0.010 144 T 0.001 0.001 0.038 0.900 0.040 0.019 145 C 0.003 0.004 0.047 0.772 0.087 0.089 146 M 0.006 0.011 0.079 0.419 0.302 0.184 147 A 0.006 0.005 0.051 0.158 0.491 0.289 148 P 0.008 0.006 0.044 0.055 0.500 0.386 149 L 0.021 0.007 0.012 0.009 0.468 0.483 150 P 0.057 0.008 0.015 0.013 0.300 0.608 151 C 0.344 0.021 0.027 0.030 0.194 0.385 152 S 0.684 0.023 0.020 0.036 0.074 0.164 153 V 0.803 0.012 0.020 0.038 0.041 0.086 154 Y 0.762 0.014 0.016 0.038 0.056 0.113 155 L 0.602 0.015 0.020 0.034 0.142 0.187 156 I 0.337 0.019 0.027 0.033 0.299 0.285 157 E 0.137 0.028 0.032 0.031 0.398 0.375 158 H 0.049 0.016 0.031 0.017 0.696 0.192 159 P 0.020 0.008 0.048 0.041 0.650 0.233 160 S 0.026 0.016 0.043 0.051 0.580 0.284 161 L 0.059 0.041 0.027 0.148 0.450 0.274 162 K 0.077 0.033 0.014 0.313 0.168 0.395 163 Y 0.033 0.006 0.022 0.778 0.080 0.080 164 A 0.026 0.003 0.027 0.855 0.055 0.032 165 T 0.030 0.005 0.041 0.836 0.059 0.029 166 T 0.029 0.008 0.058 0.812 0.065 0.029 167 R 0.015 0.002 0.096 0.782 0.072 0.033 168 S 0.015 0.007 0.090 0.700 0.116 0.072 169 I 0.015 0.004 0.084 0.463 0.222 0.212 170 A 0.023 0.003 0.016 0.024 0.293 0.641 171 K 0.078 0.008 0.007 0.005 0.225 0.678 172 Y 0.240 0.007 0.004 0.001 0.229 0.520 173 P 0.663 0.004 0.002 0.001 0.070 0.261 174 V 0.932 0.003 0.001 0.001 0.013 0.050 175 G 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 176 I 0.974 0.002 0.001 0.001 0.004 0.020 177 E 0.898 0.003 0.001 0.001 0.022 0.075 178 V 0.592 0.012 0.003 0.002 0.075 0.316 179 G 0.153 0.018 0.006 0.002 0.234 0.587 180 P 0.065 0.020 0.023 0.006 0.364 0.523 181 Q 0.037 0.018 0.045 0.013 0.455 0.431 182 P 0.023 0.018 0.085 0.023 0.643 0.207 183 H 0.014 0.009 0.115 0.043 0.614 0.205 184 G 0.016 0.007 0.041 0.030 0.580 0.327 185 V 0.047 0.042 0.051 0.102 0.428 0.330 186 L 0.056 0.056 0.017 0.108 0.239 0.523 187 R 0.026 0.012 0.009 0.151 0.183 0.619 188 A 0.001 0.001 0.016 0.926 0.028 0.027 189 D 0.002 0.001 0.020 0.938 0.025 0.014 190 I 0.001 0.001 0.009 0.976 0.009 0.004 191 L 0.001 0.001 0.002 0.986 0.005 0.006 192 D 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 193 Q 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 194 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 195 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 196 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 197 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 198 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 199 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 200 H 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 201 A 0.001 0.001 0.004 0.979 0.007 0.009 202 L 0.001 0.001 0.013 0.968 0.012 0.006 203 D 0.002 0.001 0.010 0.964 0.014 0.010 204 F 0.002 0.001 0.014 0.921 0.019 0.042 205 I 0.005 0.002 0.032 0.883 0.036 0.042 206 Q 0.005 0.002 0.040 0.882 0.040 0.031 207 R 0.007 0.003 0.033 0.875 0.040 0.042 208 F 0.008 0.004 0.031 0.787 0.072 0.099 209 N 0.010 0.006 0.032 0.476 0.237 0.240 210 E 0.012 0.005 0.030 0.290 0.303 0.360 211 G 0.027 0.005 0.028 0.060 0.414 0.466 212 K 0.051 0.013 0.024 0.023 0.392 0.496 213 E 0.089 0.055 0.025 0.024 0.271 0.535 214 F 0.068 0.032 0.019 0.016 0.311 0.554 215 P 0.042 0.012 0.031 0.019 0.349 0.547 216 P 0.056 0.012 0.090 0.029 0.398 0.414 217 C 0.083 0.017 0.098 0.068 0.386 0.348 218 A 0.151 0.016 0.042 0.113 0.283 0.397 219 I 0.338 0.014 0.024 0.147 0.184 0.293 220 D 0.524 0.024 0.014 0.169 0.077 0.192 221 V 0.498 0.013 0.028 0.289 0.056 0.117 222 Y 0.471 0.005 0.052 0.317 0.065 0.090 223 K 0.445 0.005 0.061 0.332 0.071 0.085 224 I 0.446 0.008 0.052 0.309 0.084 0.101 225 M 0.448 0.007 0.031 0.275 0.122 0.116 226 E 0.512 0.009 0.027 0.209 0.103 0.141 227 K 0.445 0.009 0.034 0.223 0.124 0.165 228 V 0.373 0.016 0.026 0.186 0.154 0.244 229 D 0.242 0.016 0.028 0.137 0.219 0.358 230 Y 0.146 0.018 0.026 0.139 0.239 0.432 231 P 0.104 0.013 0.031 0.087 0.293 0.472 232 R 0.122 0.034 0.044 0.057 0.295 0.447 233 N 0.132 0.039 0.087 0.057 0.374 0.312 234 E 0.099 0.023 0.084 0.053 0.524 0.218 235 S 0.065 0.009 0.067 0.048 0.542 0.269 236 G 0.081 0.005 0.015 0.005 0.512 0.383 237 D 0.292 0.009 0.015 0.006 0.306 0.371 238 V 0.638 0.019 0.011 0.005 0.124 0.203 239 A 0.844 0.006 0.006 0.005 0.050 0.090 240 A 0.951 0.001 0.003 0.003 0.014 0.027 241 V 0.970 0.002 0.001 0.003 0.007 0.017 242 I 0.942 0.008 0.001 0.004 0.009 0.036 243 H 0.670 0.011 0.003 0.005 0.122 0.190 244 P 0.216 0.008 0.022 0.008 0.366 0.379 245 N 0.063 0.015 0.059 0.010 0.610 0.242 246 L 0.053 0.036 0.107 0.016 0.701 0.087 247 Q 0.046 0.017 0.080 0.022 0.670 0.164 248 D 0.030 0.012 0.054 0.015 0.720 0.170 249 Q 0.059 0.013 0.054 0.012 0.635 0.226 250 D 0.135 0.029 0.028 0.008 0.388 0.412 251 W 0.192 0.051 0.028 0.007 0.342 0.380 252 K 0.225 0.022 0.015 0.004 0.244 0.491 253 P 0.291 0.052 0.017 0.004 0.167 0.470 254 L 0.219 0.095 0.013 0.004 0.172 0.497 255 H 0.167 0.026 0.009 0.003 0.394 0.402 256 P 0.118 0.017 0.013 0.005 0.452 0.394 257 G 0.082 0.012 0.010 0.003 0.508 0.384 258 D 0.241 0.014 0.008 0.003 0.419 0.316 259 P 0.483 0.016 0.008 0.007 0.157 0.329 260 V 0.811 0.017 0.006 0.007 0.049 0.109 261 F 0.934 0.004 0.005 0.006 0.015 0.036 262 V 0.939 0.005 0.004 0.006 0.012 0.034 263 S 0.892 0.006 0.003 0.004 0.076 0.020 264 L 0.608 0.008 0.010 0.010 0.333 0.032 265 D 0.149 0.003 0.009 0.007 0.776 0.056 266 G 0.194 0.006 0.007 0.003 0.733 0.058 267 K 0.607 0.022 0.003 0.002 0.164 0.201 268 V 0.768 0.040 0.003 0.002 0.046 0.141 269 I 0.758 0.019 0.006 0.003 0.070 0.144 270 P 0.666 0.011 0.010 0.003 0.126 0.185 271 L 0.441 0.021 0.020 0.008 0.274 0.236 272 G 0.234 0.011 0.021 0.009 0.438 0.288 273 G 0.235 0.008 0.029 0.007 0.474 0.246 274 D 0.457 0.015 0.021 0.004 0.265 0.239 275 C 0.777 0.008 0.010 0.002 0.089 0.114 276 T 0.935 0.006 0.002 0.001 0.020 0.036 277 V 0.957 0.005 0.001 0.001 0.009 0.026 278 Y 0.926 0.004 0.001 0.001 0.017 0.050 279 P 0.778 0.008 0.005 0.003 0.060 0.147 280 V 0.529 0.013 0.010 0.004 0.140 0.303 281 F 0.342 0.013 0.014 0.007 0.236 0.388 282 V 0.225 0.022 0.023 0.038 0.253 0.440 283 N 0.114 0.017 0.015 0.062 0.328 0.465 284 E 0.020 0.002 0.130 0.640 0.155 0.053 285 A 0.032 0.002 0.095 0.677 0.140 0.055 286 A 0.036 0.003 0.070 0.741 0.107 0.043 287 Y 0.056 0.004 0.022 0.772 0.058 0.089 288 Y 0.055 0.004 0.029 0.786 0.059 0.068 289 E 0.061 0.003 0.038 0.764 0.063 0.071 290 K 0.064 0.002 0.040 0.763 0.062 0.068 291 K 0.073 0.004 0.041 0.727 0.073 0.081 292 E 0.108 0.003 0.050 0.593 0.110 0.137 293 A 0.220 0.005 0.045 0.408 0.147 0.175 294 F 0.315 0.009 0.039 0.310 0.154 0.173 295 A 0.443 0.005 0.030 0.198 0.140 0.183 296 K 0.540 0.006 0.022 0.147 0.102 0.183 297 T 0.619 0.006 0.013 0.085 0.093 0.184 298 T 0.669 0.005 0.009 0.060 0.089 0.168 299 K 0.670 0.004 0.007 0.046 0.087 0.186 300 L 0.796 0.003 0.003 0.019 0.047 0.132 301 T 0.802 0.006 0.003 0.023 0.042 0.125 302 L 0.697 0.015 0.003 0.022 0.041 0.222 303 N 0.462 0.009 0.006 0.030 0.177 0.316 304 A 0.101 0.004 0.187 0.278 0.285 0.145 305 K 0.068 0.002 0.269 0.218 0.343 0.101 306 S 0.067 0.004 0.320 0.186 0.354 0.070 307 I 0.141 0.018 0.096 0.299 0.238 0.208 308 R 0.236 0.014 0.072 0.292 0.166 0.220 309 S 0.248 0.010 0.072 0.265 0.132 0.272 310 T 0.322 0.012 0.041 0.150 0.108 0.367 311 L 0.165 0.023 0.017 0.146 0.083 0.566 312 H 0.005 0.001 0.001 0.002 0.016 0.976