# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 925 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.050 0.003 0.002 0.003 0.011 0.009 0.923 2 T 0.358 0.024 0.006 0.007 0.016 0.007 0.582 3 S 0.726 0.026 0.007 0.009 0.016 0.006 0.210 4 C 0.837 0.020 0.009 0.008 0.011 0.007 0.108 5 V 0.749 0.031 0.009 0.008 0.026 0.023 0.155 6 A 0.466 0.020 0.011 0.004 0.158 0.098 0.243 7 E 0.132 0.009 0.031 0.004 0.302 0.170 0.353 8 E 0.073 0.008 0.022 0.003 0.362 0.072 0.460 9 P 0.087 0.021 0.049 0.003 0.167 0.149 0.523 10 I 0.149 0.021 0.018 0.001 0.164 0.032 0.616 11 K 0.215 0.004 0.007 0.001 0.166 0.027 0.580 12 K 0.838 0.002 0.003 0.001 0.054 0.008 0.095 13 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 14 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 16 F 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 17 G 0.658 0.002 0.002 0.001 0.057 0.023 0.257 18 G 0.245 0.006 0.009 0.002 0.300 0.074 0.364 19 T 0.227 0.037 0.014 0.007 0.261 0.071 0.382 20 H 0.103 0.034 0.013 0.014 0.223 0.058 0.555 21 G 0.021 0.011 0.094 0.106 0.191 0.390 0.187 22 N 0.014 0.010 0.109 0.170 0.138 0.404 0.155 23 E 0.011 0.010 0.069 0.390 0.150 0.145 0.226 24 L 0.008 0.011 0.017 0.719 0.076 0.059 0.110 25 T 0.004 0.005 0.010 0.897 0.018 0.028 0.037 26 G 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.005 0.004 27 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 28 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 30 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 31 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 32 H 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 33 W 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.010 0.001 34 L 0.001 0.001 0.004 0.976 0.001 0.017 0.001 35 K 0.001 0.001 0.011 0.852 0.003 0.131 0.003 36 N 0.001 0.001 0.014 0.547 0.008 0.417 0.014 37 G 0.001 0.001 0.022 0.304 0.052 0.499 0.121 38 A 0.005 0.005 0.089 0.146 0.109 0.163 0.484 39 E 0.016 0.005 0.290 0.189 0.125 0.162 0.213 40 V 0.066 0.017 0.273 0.125 0.141 0.211 0.168 41 H 0.072 0.012 0.150 0.089 0.111 0.157 0.409 42 R 0.135 0.010 0.161 0.102 0.123 0.147 0.322 43 A 0.041 0.004 0.056 0.024 0.158 0.631 0.086 44 G 0.103 0.001 0.019 0.001 0.105 0.629 0.142 45 L 0.446 0.007 0.001 0.001 0.037 0.006 0.503 46 E 0.962 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.033 47 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 48 K 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 49 P 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 50 F 0.938 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.054 51 I 0.791 0.002 0.001 0.001 0.027 0.003 0.176 52 T 0.304 0.016 0.001 0.001 0.169 0.013 0.495 53 N 0.164 0.008 0.001 0.004 0.173 0.012 0.638 54 P 0.045 0.005 0.042 0.349 0.127 0.232 0.200 55 R 0.025 0.004 0.064 0.646 0.070 0.131 0.061 56 A 0.053 0.005 0.094 0.684 0.042 0.063 0.058 57 V 0.131 0.018 0.057 0.677 0.019 0.046 0.052 58 E 0.133 0.008 0.041 0.629 0.030 0.116 0.044 59 K 0.119 0.006 0.042 0.430 0.041 0.293 0.070 60 C 0.163 0.013 0.021 0.257 0.081 0.267 0.199 61 T 0.206 0.015 0.023 0.118 0.170 0.159 0.311 62 R 0.278 0.023 0.027 0.167 0.134 0.147 0.224 63 Y 0.266 0.037 0.025 0.110 0.099 0.115 0.348 64 I 0.182 0.030 0.022 0.134 0.141 0.246 0.246 65 D 0.158 0.010 0.013 0.075 0.151 0.290 0.303 66 C 0.211 0.040 0.012 0.109 0.166 0.044 0.418 67 D 0.232 0.052 0.021 0.107 0.080 0.050 0.458 68 L 0.139 0.029 0.066 0.152 0.094 0.377 0.143 69 N 0.114 0.026 0.085 0.082 0.077 0.248 0.367 70 R 0.112 0.024 0.106 0.108 0.121 0.197 0.333 71 V 0.097 0.048 0.072 0.086 0.116 0.240 0.342 72 F 0.058 0.037 0.030 0.031 0.271 0.080 0.493 73 D 0.045 0.018 0.031 0.033 0.096 0.077 0.700 74 L 0.018 0.019 0.245 0.279 0.089 0.162 0.189 75 E 0.008 0.005 0.323 0.317 0.056 0.190 0.101 76 N 0.010 0.009 0.333 0.307 0.037 0.208 0.097 77 L 0.018 0.019 0.139 0.340 0.062 0.257 0.164 78 S 0.029 0.014 0.112 0.231 0.098 0.260 0.257 79 K 0.048 0.029 0.091 0.202 0.227 0.143 0.259 80 E 0.061 0.033 0.056 0.081 0.171 0.133 0.466 81 M 0.046 0.032 0.066 0.069 0.124 0.184 0.479 82 S 0.042 0.028 0.067 0.041 0.154 0.130 0.539 83 E 0.023 0.015 0.056 0.046 0.428 0.221 0.210 84 D 0.015 0.011 0.030 0.049 0.206 0.191 0.499 85 L 0.011 0.009 0.009 0.064 0.111 0.029 0.767 86 P 0.016 0.015 0.012 0.293 0.046 0.041 0.577 87 Y 0.018 0.010 0.019 0.763 0.040 0.044 0.106 88 E 0.013 0.003 0.009 0.882 0.016 0.022 0.056 89 V 0.017 0.003 0.006 0.928 0.009 0.010 0.027 90 R 0.018 0.002 0.006 0.932 0.010 0.013 0.018 91 R 0.020 0.003 0.008 0.907 0.009 0.024 0.029 92 A 0.008 0.001 0.008 0.951 0.004 0.014 0.015 93 Q 0.007 0.001 0.008 0.967 0.003 0.009 0.006 94 E 0.008 0.001 0.014 0.956 0.002 0.011 0.007 95 I 0.008 0.002 0.028 0.926 0.004 0.022 0.010 96 N 0.011 0.003 0.046 0.867 0.010 0.048 0.014 97 H 0.017 0.002 0.060 0.762 0.022 0.111 0.025 98 L 0.019 0.004 0.043 0.577 0.096 0.145 0.117 99 F 0.024 0.017 0.029 0.248 0.237 0.141 0.305 100 G 0.015 0.014 0.010 0.026 0.152 0.050 0.732 101 P 0.017 0.009 0.080 0.033 0.083 0.213 0.566 102 K 0.021 0.017 0.159 0.044 0.137 0.399 0.223 103 N 0.019 0.006 0.207 0.028 0.132 0.308 0.300 104 S 0.038 0.015 0.126 0.024 0.248 0.220 0.328 105 D 0.046 0.012 0.094 0.016 0.234 0.347 0.251 106 D 0.075 0.007 0.056 0.010 0.368 0.239 0.246 107 A 0.213 0.022 0.016 0.003 0.132 0.056 0.558 108 Y 0.490 0.014 0.003 0.001 0.022 0.006 0.464 109 D 0.676 0.002 0.001 0.001 0.151 0.004 0.165 110 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 111 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 112 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 D 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 114 L 0.791 0.001 0.002 0.002 0.012 0.014 0.178 115 H 0.369 0.011 0.017 0.007 0.209 0.105 0.282 116 N 0.189 0.022 0.040 0.017 0.233 0.153 0.346 117 T 0.118 0.014 0.039 0.031 0.337 0.190 0.271 118 T 0.077 0.024 0.090 0.065 0.233 0.172 0.338 119 S 0.050 0.009 0.150 0.090 0.181 0.374 0.146 120 N 0.067 0.021 0.158 0.107 0.119 0.311 0.217 121 M 0.081 0.033 0.097 0.074 0.144 0.423 0.148 122 G 0.069 0.011 0.041 0.038 0.163 0.456 0.221 123 C 0.156 0.019 0.022 0.038 0.224 0.037 0.505 124 T 0.311 0.032 0.045 0.073 0.090 0.058 0.391 125 L 0.460 0.035 0.058 0.104 0.069 0.071 0.204 126 I 0.509 0.040 0.051 0.094 0.052 0.058 0.196 127 L 0.400 0.042 0.056 0.117 0.071 0.061 0.252 128 E 0.295 0.025 0.059 0.091 0.127 0.107 0.296 129 D 0.111 0.015 0.104 0.085 0.179 0.192 0.314 130 S 0.042 0.019 0.130 0.099 0.168 0.273 0.269 131 R 0.020 0.013 0.085 0.131 0.225 0.206 0.320 132 N 0.016 0.011 0.048 0.250 0.174 0.086 0.416 133 D 0.004 0.002 0.053 0.701 0.054 0.106 0.080 134 F 0.004 0.005 0.024 0.797 0.033 0.072 0.064 135 L 0.002 0.002 0.007 0.942 0.005 0.018 0.024 136 I 0.001 0.001 0.004 0.982 0.002 0.005 0.005 137 Q 0.001 0.001 0.004 0.983 0.001 0.005 0.005 138 M 0.001 0.001 0.005 0.981 0.001 0.009 0.003 139 F 0.001 0.001 0.004 0.982 0.001 0.011 0.001 140 H 0.001 0.001 0.003 0.974 0.001 0.018 0.002 141 Y 0.001 0.001 0.006 0.964 0.002 0.018 0.009 142 I 0.002 0.002 0.010 0.953 0.004 0.021 0.009 143 K 0.002 0.001 0.025 0.927 0.006 0.031 0.008 144 T 0.002 0.001 0.040 0.869 0.008 0.070 0.010 145 C 0.003 0.002 0.031 0.727 0.023 0.176 0.038 146 M 0.010 0.011 0.041 0.408 0.105 0.274 0.152 147 A 0.025 0.010 0.013 0.059 0.357 0.181 0.354 148 P 0.031 0.005 0.013 0.028 0.294 0.147 0.483 149 L 0.074 0.016 0.007 0.017 0.177 0.029 0.681 150 P 0.168 0.027 0.016 0.016 0.059 0.035 0.679 151 C 0.435 0.027 0.028 0.023 0.123 0.034 0.329 152 S 0.580 0.020 0.026 0.030 0.066 0.024 0.254 153 V 0.619 0.016 0.039 0.050 0.045 0.029 0.202 154 Y 0.684 0.024 0.034 0.043 0.033 0.034 0.147 155 L 0.515 0.021 0.053 0.041 0.066 0.056 0.248 156 I 0.310 0.023 0.040 0.028 0.169 0.109 0.321 157 E 0.131 0.029 0.022 0.019 0.370 0.112 0.317 158 H 0.039 0.011 0.022 0.024 0.321 0.051 0.532 159 P 0.030 0.009 0.070 0.093 0.190 0.299 0.309 160 S 0.049 0.022 0.092 0.194 0.116 0.326 0.200 161 L 0.074 0.023 0.093 0.370 0.092 0.119 0.229 162 K 0.085 0.015 0.041 0.473 0.080 0.091 0.214 163 Y 0.072 0.008 0.043 0.647 0.056 0.058 0.116 164 A 0.091 0.013 0.039 0.629 0.040 0.056 0.133 165 T 0.100 0.010 0.036 0.640 0.038 0.065 0.111 166 T 0.097 0.007 0.065 0.632 0.043 0.072 0.084 167 R 0.059 0.005 0.114 0.600 0.043 0.105 0.073 168 S 0.042 0.008 0.137 0.478 0.053 0.185 0.096 169 I 0.036 0.007 0.162 0.269 0.086 0.326 0.115 170 A 0.078 0.010 0.097 0.093 0.191 0.262 0.269 171 K 0.111 0.010 0.035 0.013 0.358 0.126 0.346 172 Y 0.217 0.007 0.004 0.001 0.316 0.021 0.434 173 P 0.597 0.004 0.003 0.001 0.082 0.014 0.298 174 V 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 175 G 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 176 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 177 E 0.919 0.006 0.001 0.001 0.005 0.003 0.065 178 V 0.331 0.010 0.005 0.001 0.067 0.022 0.566 179 G 0.087 0.007 0.005 0.001 0.394 0.097 0.408 180 P 0.037 0.026 0.010 0.002 0.500 0.105 0.320 181 Q 0.015 0.008 0.003 0.001 0.570 0.012 0.390 182 P 0.013 0.009 0.022 0.010 0.170 0.112 0.665 183 H 0.020 0.019 0.082 0.043 0.272 0.364 0.200 184 G 0.041 0.010 0.079 0.066 0.313 0.249 0.241 185 V 0.079 0.025 0.062 0.234 0.165 0.080 0.355 186 L 0.084 0.062 0.026 0.238 0.120 0.047 0.423 187 R 0.028 0.010 0.013 0.493 0.041 0.024 0.391 188 A 0.002 0.001 0.016 0.935 0.008 0.014 0.024 189 D 0.002 0.001 0.015 0.954 0.005 0.011 0.012 190 I 0.001 0.001 0.008 0.977 0.001 0.009 0.004 191 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.004 0.001 192 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 193 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 194 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 195 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 196 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 197 M 0.001 0.001 0.005 0.967 0.001 0.025 0.002 198 L 0.001 0.001 0.016 0.855 0.012 0.105 0.010 199 K 0.002 0.003 0.017 0.564 0.010 0.360 0.043 200 H 0.003 0.001 0.011 0.230 0.057 0.074 0.624