# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 925 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.099 0.236 0.362 0.094 0.091 0.046 0.030 0.009 0.024 0.006 0.003 2 T 0.055 0.526 0.238 0.043 0.097 0.019 0.003 0.001 0.017 0.002 0.001 3 S 0.037 0.573 0.218 0.023 0.082 0.035 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 4 C 0.034 0.628 0.241 0.014 0.041 0.022 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 5 V 0.060 0.675 0.122 0.028 0.036 0.027 0.002 0.001 0.049 0.001 0.001 6 A 0.094 0.360 0.243 0.077 0.113 0.033 0.034 0.006 0.026 0.013 0.001 7 E 0.093 0.098 0.132 0.172 0.092 0.060 0.199 0.070 0.049 0.029 0.004 8 E 0.046 0.310 0.424 0.008 0.071 0.016 0.014 0.001 0.102 0.005 0.002 9 P 0.175 0.011 0.503 0.069 0.001 0.068 0.007 0.001 0.004 0.001 0.161 10 I 0.021 0.363 0.442 0.018 0.088 0.023 0.014 0.004 0.023 0.002 0.001 11 K 0.052 0.286 0.552 0.028 0.019 0.042 0.003 0.001 0.014 0.001 0.003 12 K 0.004 0.776 0.140 0.005 0.051 0.010 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 13 I 0.001 0.849 0.098 0.001 0.021 0.010 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 14 A 0.001 0.718 0.230 0.001 0.005 0.030 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 15 I 0.003 0.726 0.159 0.001 0.011 0.068 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 16 F 0.007 0.694 0.115 0.008 0.045 0.052 0.003 0.001 0.075 0.001 0.001 17 G 0.030 0.320 0.209 0.040 0.255 0.039 0.047 0.010 0.029 0.018 0.001 18 G 0.040 0.132 0.168 0.050 0.322 0.033 0.086 0.070 0.019 0.077 0.004 19 T 0.081 0.377 0.314 0.074 0.076 0.038 0.009 0.004 0.018 0.008 0.003 20 H 0.059 0.232 0.360 0.030 0.105 0.059 0.035 0.008 0.081 0.028 0.002 21 G 0.621 0.019 0.132 0.077 0.027 0.017 0.015 0.032 0.003 0.050 0.006 22 N 0.355 0.024 0.049 0.369 0.015 0.065 0.067 0.016 0.035 0.004 0.002 23 E 0.667 0.050 0.110 0.102 0.011 0.024 0.016 0.006 0.010 0.003 0.001 24 L 0.893 0.012 0.041 0.029 0.002 0.008 0.005 0.005 0.001 0.003 0.001 25 T 0.973 0.003 0.009 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 G 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 H 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 W 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 K 0.990 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 N 0.430 0.001 0.002 0.566 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 G 0.187 0.001 0.024 0.055 0.003 0.006 0.277 0.414 0.006 0.027 0.001 38 A 0.259 0.096 0.512 0.050 0.017 0.046 0.006 0.001 0.008 0.005 0.001 39 E 0.635 0.041 0.142 0.115 0.027 0.020 0.008 0.005 0.003 0.003 0.001 40 V 0.392 0.134 0.077 0.296 0.043 0.017 0.009 0.006 0.024 0.002 0.001 41 H 0.336 0.169 0.162 0.120 0.036 0.081 0.049 0.006 0.037 0.003 0.001 42 R 0.284 0.279 0.169 0.128 0.028 0.045 0.017 0.002 0.045 0.002 0.001 43 A 0.208 0.057 0.514 0.158 0.014 0.015 0.024 0.002 0.005 0.002 0.001 44 G 0.019 0.009 0.027 0.106 0.025 0.005 0.180 0.611 0.005 0.012 0.001 45 L 0.004 0.423 0.518 0.005 0.021 0.015 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 46 E 0.005 0.678 0.258 0.005 0.014 0.028 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 47 V 0.002 0.744 0.215 0.001 0.017 0.010 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 48 K 0.001 0.655 0.168 0.001 0.007 0.027 0.001 0.001 0.142 0.001 0.001 49 P 0.008 0.059 0.830 0.001 0.001 0.086 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 50 F 0.055 0.509 0.199 0.023 0.029 0.127 0.004 0.001 0.052 0.001 0.001 51 I 0.037 0.596 0.122 0.028 0.104 0.057 0.010 0.002 0.041 0.003 0.001 52 T 0.043 0.447 0.175 0.056 0.175 0.057 0.010 0.002 0.029 0.006 0.001 53 N 0.018 0.137 0.281 0.006 0.050 0.208 0.016 0.001 0.275 0.007 0.002 54 P 0.916 0.003 0.030 0.020 0.001 0.015 0.001 0.002 0.002 0.001 0.010 55 R 0.955 0.001 0.008 0.029 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 56 A 0.960 0.004 0.003 0.019 0.003 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 57 V 0.958 0.008 0.004 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.947 0.015 0.017 0.014 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.565 0.015 0.012 0.392 0.003 0.003 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 60 C 0.243 0.075 0.152 0.183 0.034 0.021 0.200 0.038 0.043 0.011 0.001 61 T 0.311 0.215 0.161 0.128 0.087 0.024 0.033 0.012 0.015 0.013 0.001 62 R 0.287 0.223 0.187 0.147 0.076 0.031 0.016 0.009 0.014 0.009 0.001 63 Y 0.253 0.227 0.183 0.109 0.061 0.059 0.024 0.010 0.060 0.012 0.002 64 I 0.198 0.250 0.132 0.196 0.054 0.052 0.047 0.004 0.061 0.005 0.001 65 D 0.131 0.039 0.096 0.141 0.056 0.063 0.346 0.077 0.020 0.026 0.006 66 C 0.193 0.381 0.191 0.125 0.062 0.022 0.004 0.004 0.015 0.003 0.001 67 D 0.049 0.119 0.287 0.035 0.025 0.212 0.080 0.002 0.187 0.003 0.002 68 L 0.600 0.054 0.080 0.208 0.007 0.025 0.009 0.003 0.010 0.001 0.003 69 N 0.309 0.060 0.099 0.277 0.031 0.060 0.114 0.017 0.027 0.006 0.001 70 R 0.382 0.121 0.105 0.237 0.041 0.023 0.043 0.026 0.014 0.005 0.001 71 V 0.302 0.153 0.166 0.259 0.019 0.035 0.031 0.006 0.024 0.002 0.001 72 F 0.135 0.266 0.350 0.055 0.083 0.039 0.023 0.006 0.036 0.008 0.001 73 D 0.164 0.073 0.362 0.103 0.014 0.188 0.039 0.003 0.044 0.003 0.005 74 L 0.551 0.065 0.141 0.128 0.027 0.026 0.022 0.011 0.020 0.006 0.002 75 E 0.762 0.033 0.092 0.082 0.006 0.008 0.006 0.003 0.003 0.002 0.001 76 N 0.456 0.057 0.126 0.230 0.019 0.030 0.042 0.005 0.033 0.002 0.001 77 L 0.540 0.034 0.093 0.254 0.011 0.018 0.034 0.005 0.007 0.002 0.001 78 S 0.499 0.053 0.112 0.214 0.033 0.016 0.028 0.023 0.008 0.013 0.001 79 K 0.428 0.126 0.207 0.157 0.034 0.016 0.010 0.004 0.015 0.003 0.001 80 E 0.336 0.118 0.377 0.066 0.033 0.028 0.014 0.004 0.020 0.003 0.002 81 M 0.533 0.096 0.162 0.146 0.019 0.020 0.006 0.003 0.010 0.002 0.001 82 S 0.446 0.120 0.162 0.136 0.072 0.019 0.009 0.006 0.013 0.017 0.001 83 E 0.600 0.039 0.086 0.220 0.022 0.012 0.006 0.005 0.005 0.004 0.001 84 D 0.135 0.083 0.194 0.277 0.022 0.113 0.054 0.005 0.114 0.002 0.001 85 L 0.311 0.136 0.344 0.041 0.011 0.043 0.022 0.002 0.086 0.002 0.001 86 P 0.619 0.008 0.333 0.011 0.001 0.015 0.002 0.002 0.001 0.003 0.006 87 Y 0.900 0.008 0.025 0.045 0.005 0.003 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 88 E 0.932 0.013 0.017 0.023 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 89 V 0.962 0.008 0.007 0.019 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 R 0.974 0.006 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 R 0.951 0.008 0.007 0.025 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 92 A 0.972 0.003 0.005 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 Q 0.980 0.002 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 E 0.955 0.006 0.006 0.025 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 95 I 0.935 0.006 0.014 0.041 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 N 0.890 0.013 0.013 0.065 0.003 0.005 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 97 H 0.662 0.071 0.050 0.167 0.016 0.011 0.011 0.002 0.009 0.001 0.001 98 L 0.535 0.123 0.183 0.107 0.013 0.017 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 99 F 0.367 0.134 0.207 0.225 0.017 0.022 0.005 0.002 0.020 0.001 0.001 100 G 0.083 0.031 0.172 0.006 0.137 0.004 0.033 0.026 0.033 0.476 0.001 101 P 0.398 0.007 0.361 0.046 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.170 102 K 0.310 0.197 0.226 0.164 0.033 0.034 0.007 0.007 0.018 0.003 0.001 103 N 0.141 0.167 0.239 0.225 0.049 0.053 0.054 0.014 0.047 0.010 0.001 104 S 0.309 0.182 0.179 0.127 0.055 0.036 0.037 0.014 0.041 0.019 0.001 105 D 0.272 0.047 0.088 0.347 0.015 0.047 0.135 0.021 0.021 0.005 0.001 106 D 0.101 0.101 0.148 0.211 0.093 0.041 0.240 0.032 0.029 0.003 0.001 107 A 0.115 0.321 0.213 0.200 0.067 0.031 0.029 0.008 0.014 0.002 0.001 108 Y 0.006 0.512 0.364 0.003 0.063 0.032 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 109 D 0.310 0.239 0.091 0.309 0.014 0.025 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 110 V 0.001 0.904 0.016 0.001 0.077 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 111 V 0.001 0.939 0.023 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 112 F 0.002 0.833 0.088 0.001 0.016 0.023 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 113 D 0.011 0.292 0.144 0.004 0.021 0.290 0.012 0.001 0.225 0.001 0.002 114 L 0.167 0.180 0.272 0.155 0.016 0.126 0.006 0.001 0.058 0.002 0.018 115 H 0.128 0.141 0.289 0.138 0.085 0.100 0.071 0.007 0.022 0.012 0.007 116 N 0.136 0.131 0.153 0.217 0.114 0.050 0.093 0.048 0.029 0.026 0.002 117 T 0.193 0.162 0.193 0.173 0.123 0.037 0.046 0.026 0.026 0.019 0.001 118 T 0.247 0.158 0.203 0.184 0.085 0.036 0.024 0.018 0.029 0.014 0.001 119 S 0.504 0.059 0.117 0.171 0.045 0.017 0.036 0.022 0.008 0.020 0.001 120 N 0.268 0.106 0.109 0.306 0.039 0.040 0.079 0.019 0.028 0.004 0.001 121 M 0.288 0.148 0.218 0.238 0.031 0.015 0.034 0.005 0.018 0.004 0.001 122 G 0.130 0.029 0.138 0.119 0.062 0.015 0.184 0.246 0.007 0.067 0.002 123 C 0.085 0.222 0.466 0.046 0.081 0.030 0.024 0.005 0.033 0.008 0.001 124 T 0.291 0.138 0.410 0.090 0.015 0.032 0.007 0.002 0.008 0.002 0.006 125 L 0.169 0.389 0.232 0.053 0.072 0.032 0.011 0.003 0.035 0.003 0.001 126 I 0.161 0.368 0.308 0.051 0.037 0.043 0.004 0.001 0.022 0.001 0.002 127 L 0.193 0.328 0.239 0.112 0.034 0.053 0.006 0.002 0.030 0.001 0.001 128 E 0.163 0.275 0.183 0.076 0.213 0.026 0.016 0.008 0.022 0.017 0.001 129 D 0.257 0.110 0.160 0.230 0.054 0.087 0.041 0.009 0.045 0.006 0.002 130 S 0.343 0.162 0.162 0.177 0.073 0.027 0.016 0.008 0.024 0.007 0.001 131 R 0.388 0.082 0.137 0.281 0.018 0.046 0.020 0.004 0.016 0.005 0.001 132 N 0.166 0.106 0.274 0.113 0.044 0.121 0.042 0.005 0.116 0.012 0.001 133 D 0.841 0.006 0.028 0.075 0.004 0.013 0.022 0.007 0.002 0.002 0.001 134 F 0.923 0.003 0.009 0.048 0.001 0.004 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 135 L 0.969 0.002 0.003 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 I 0.991 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 Q 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 M 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 F 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 H 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 Y 0.978 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 I 0.896 0.003 0.005 0.092 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 K 0.896 0.006 0.014 0.035 0.003 0.004 0.032 0.006 0.002 0.001 0.001 144 T 0.814 0.021 0.026 0.119 0.010 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 145 C 0.689 0.026 0.042 0.201 0.012 0.006 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 146 M 0.359 0.119 0.149 0.259 0.021 0.030 0.022 0.005 0.033 0.003 0.001 147 A 0.117 0.266 0.393 0.008 0.058 0.016 0.032 0.002 0.095 0.014 0.001 148 P 0.258 0.006 0.485 0.035 0.001 0.056 0.002 0.001 0.002 0.001 0.156 149 L 0.052 0.270 0.504 0.005 0.020 0.032 0.009 0.001 0.106 0.001 0.001 150 P 0.209 0.021 0.668 0.014 0.001 0.051 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 151 C 0.220 0.264 0.166 0.129 0.122 0.021 0.026 0.020 0.024 0.007 0.001 152 S 0.169 0.316 0.218 0.068 0.137 0.036 0.018 0.009 0.021 0.007 0.001 153 V 0.167 0.486 0.170 0.069 0.047 0.027 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 154 Y 0.168 0.266 0.282 0.092 0.039 0.077 0.026 0.003 0.044 0.002 0.002 155 L 0.124 0.387 0.238 0.047 0.075 0.052 0.019 0.004 0.049 0.002 0.001 156 I 0.219 0.236 0.393 0.048 0.023 0.046 0.010 0.003 0.019 0.002 0.002 157 E 0.187 0.258 0.301 0.109 0.046 0.050 0.014 0.005 0.023 0.004 0.002 158 H 0.065 0.238 0.374 0.009 0.078 0.026 0.030 0.003 0.166 0.011 0.001 159 P 0.640 0.004 0.254 0.044 0.003 0.010 0.002 0.002 0.001 0.003 0.037 160 S 0.445 0.092 0.101 0.180 0.078 0.013 0.018 0.048 0.011 0.013 0.001 161 L 0.462 0.157 0.186 0.097 0.026 0.035 0.011 0.003 0.021 0.002 0.001 162 K 0.737 0.080 0.067 0.066 0.009 0.017 0.010 0.002 0.010 0.002 0.001 163 Y 0.637 0.099 0.079 0.099 0.024 0.026 0.016 0.003 0.015 0.001 0.001 164 A 0.752 0.069 0.072 0.053 0.017 0.013 0.010 0.005 0.005 0.002 0.001 165 T 0.713 0.105 0.050 0.078 0.024 0.013 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 166 T 0.751 0.076 0.055 0.069 0.018 0.014 0.005 0.002 0.008 0.002 0.001 167 R 0.699 0.094 0.053 0.095 0.024 0.011 0.011 0.002 0.008 0.003 0.001 168 S 0.659 0.079 0.088 0.109 0.017 0.017 0.016 0.003 0.011 0.001 0.001 169 I 0.333 0.089 0.076 0.391 0.031 0.011 0.046 0.009 0.011 0.003 0.001 170 A 0.197 0.106 0.199 0.118 0.074 0.044 0.182 0.035 0.028 0.017 0.001 171 K 0.097 0.447 0.285 0.076 0.044 0.023 0.008 0.002 0.015 0.002 0.001 172 Y 0.024 0.254 0.539 0.005 0.020 0.028 0.013 0.001 0.115 0.001 0.001 173 P 0.094 0.042 0.789 0.008 0.003 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 174 V 0.041 0.705 0.086 0.034 0.092 0.018 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 175 G 0.022 0.583 0.127 0.010 0.231 0.009 0.002 0.002 0.009 0.005 0.001 176 I 0.012 0.835 0.063 0.005 0.058 0.011 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 177 E 0.028 0.341 0.490 0.007 0.018 0.087 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 178 V 0.082 0.476 0.199 0.121 0.044 0.031 0.003 0.001 0.042 0.001 0.001 179 G 0.019 0.036 0.129 0.003 0.298 0.002 0.015 0.021 0.007 0.469 0.001 180 P 0.265 0.015 0.324 0.226 0.004 0.027 0.002 0.001 0.002 0.002 0.131 181 Q 0.038 0.336 0.405 0.003 0.080 0.010 0.019 0.002 0.099 0.008 0.001 182 P 0.242 0.008 0.483 0.022 0.001 0.098 0.001 0.001 0.004 0.001 0.143 183 H 0.236 0.068 0.246 0.247 0.028 0.016 0.110 0.022 0.018 0.008 0.001 184 G 0.105 0.008 0.042 0.029 0.047 0.005 0.105 0.545 0.001 0.113 0.001 185 V 0.504 0.213 0.148 0.081 0.019 0.017 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 186 L 0.374 0.110 0.318 0.047 0.009 0.092 0.011 0.002 0.030 0.007 0.001 187 R 0.848 0.036 0.068 0.014 0.004 0.018 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 188 A 0.985 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 189 D 0.971 0.001 0.002 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 190 I 0.978 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 191 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 192 D 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 193 Q 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 194 M 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 195 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 196 R 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 197 M 0.967 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 198 L 0.874 0.004 0.013 0.103 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 199 K 0.662 0.017 0.047 0.219 0.003 0.012 0.027 0.006 0.004 0.002 0.001 200 H 0.383 0.092 0.241 0.153 0.023 0.027 0.043 0.012 0.020 0.007 0.001