# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 925 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.578 0.249 0.099 0.046 0.019 0.008 0.001 2 T 0.269 0.178 0.192 0.193 0.126 0.039 0.003 3 S 0.372 0.291 0.174 0.103 0.044 0.014 0.001 4 C 0.092 0.130 0.175 0.248 0.240 0.107 0.008 5 V 0.106 0.186 0.275 0.259 0.138 0.034 0.002 6 A 0.312 0.363 0.208 0.090 0.024 0.004 0.001 7 E 0.627 0.236 0.093 0.035 0.008 0.001 0.001 8 E 0.704 0.209 0.064 0.018 0.004 0.001 0.001 9 P 0.568 0.311 0.094 0.024 0.003 0.001 0.001 10 I 0.054 0.252 0.327 0.272 0.085 0.010 0.001 11 K 0.004 0.059 0.203 0.362 0.299 0.069 0.003 12 K 0.001 0.013 0.085 0.321 0.418 0.150 0.013 13 I 0.001 0.001 0.002 0.012 0.096 0.606 0.284 14 A 0.001 0.001 0.002 0.012 0.077 0.382 0.526 15 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.166 0.813 16 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.029 0.171 0.795 17 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.173 0.803 18 G 0.001 0.002 0.008 0.038 0.092 0.243 0.617 19 T 0.005 0.012 0.024 0.050 0.091 0.262 0.556 20 H 0.011 0.022 0.031 0.060 0.107 0.294 0.475 21 G 0.011 0.018 0.034 0.077 0.145 0.316 0.398 22 N 0.022 0.043 0.054 0.104 0.171 0.281 0.324 23 E 0.015 0.025 0.042 0.088 0.156 0.320 0.355 24 L 0.016 0.031 0.053 0.091 0.153 0.307 0.350 25 T 0.012 0.034 0.063 0.101 0.132 0.272 0.387 26 G 0.004 0.007 0.011 0.029 0.081 0.292 0.576 27 V 0.004 0.015 0.034 0.103 0.221 0.348 0.276 28 F 0.004 0.017 0.048 0.111 0.212 0.338 0.270 29 L 0.001 0.002 0.006 0.020 0.071 0.352 0.547 30 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.041 0.351 0.597 31 T 0.001 0.005 0.037 0.180 0.330 0.345 0.101 32 H 0.001 0.009 0.053 0.210 0.357 0.315 0.056 33 W 0.001 0.002 0.002 0.008 0.062 0.544 0.381 34 L 0.001 0.004 0.016 0.086 0.306 0.524 0.063 35 K 0.014 0.125 0.302 0.319 0.186 0.048 0.006 36 N 0.019 0.098 0.227 0.369 0.225 0.056 0.005 37 G 0.008 0.024 0.059 0.188 0.370 0.317 0.035 38 A 0.049 0.142 0.215 0.285 0.219 0.084 0.005 39 E 0.447 0.372 0.128 0.042 0.010 0.002 0.001 40 V 0.323 0.351 0.189 0.100 0.029 0.006 0.001 41 H 0.218 0.282 0.230 0.170 0.076 0.023 0.002 42 R 0.121 0.226 0.268 0.229 0.126 0.028 0.002 43 A 0.386 0.323 0.171 0.084 0.029 0.006 0.001 44 G 0.197 0.361 0.227 0.142 0.056 0.017 0.002 45 L 0.009 0.052 0.139 0.303 0.340 0.147 0.010 46 E 0.005 0.041 0.144 0.315 0.301 0.160 0.035 47 V 0.001 0.001 0.003 0.017 0.110 0.517 0.352 48 K 0.001 0.002 0.010 0.066 0.248 0.432 0.242 49 P 0.001 0.001 0.002 0.006 0.033 0.257 0.701 50 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.153 0.826 51 I 0.001 0.001 0.003 0.009 0.032 0.180 0.776 52 T 0.001 0.001 0.003 0.012 0.051 0.234 0.699 53 N 0.001 0.003 0.009 0.031 0.096 0.350 0.510 54 P 0.003 0.011 0.022 0.065 0.172 0.411 0.316 55 R 0.025 0.079 0.125 0.214 0.237 0.209 0.111 56 A 0.024 0.048 0.076 0.130 0.218 0.331 0.171 57 V 0.034 0.045 0.075 0.151 0.242 0.310 0.143 58 E 0.103 0.205 0.226 0.206 0.140 0.091 0.030 59 K 0.156 0.196 0.189 0.190 0.145 0.092 0.032 60 C 0.137 0.153 0.155 0.171 0.173 0.154 0.057 61 T 0.199 0.183 0.161 0.156 0.134 0.120 0.046 62 R 0.115 0.134 0.150 0.207 0.201 0.143 0.048 63 Y 0.137 0.134 0.156 0.200 0.194 0.130 0.049 64 I 0.164 0.227 0.211 0.192 0.117 0.065 0.025 65 D 0.238 0.274 0.197 0.144 0.082 0.042 0.024 66 C 0.048 0.083 0.140 0.219 0.252 0.189 0.069 67 D 0.028 0.077 0.146 0.205 0.227 0.222 0.096 68 L 0.005 0.009 0.016 0.047 0.152 0.445 0.325 69 N 0.005 0.023 0.061 0.142 0.241 0.335 0.192 70 R 0.002 0.007 0.020 0.070 0.222 0.489 0.190 71 V 0.009 0.045 0.113 0.218 0.295 0.252 0.070 72 F 0.006 0.022 0.070 0.197 0.355 0.298 0.051 73 D 0.121 0.260 0.259 0.185 0.107 0.056 0.012 74 L 0.109 0.171 0.238 0.272 0.158 0.047 0.004 75 E 0.422 0.280 0.156 0.084 0.039 0.017 0.002 76 N 0.395 0.238 0.160 0.118 0.065 0.022 0.002 77 L 0.332 0.211 0.185 0.158 0.086 0.026 0.002 78 S 0.527 0.260 0.124 0.062 0.022 0.006 0.001 79 K 0.522 0.263 0.126 0.062 0.022 0.005 0.001 80 E 0.440 0.264 0.145 0.093 0.044 0.013 0.001 81 M 0.307 0.223 0.194 0.165 0.086 0.023 0.002 82 S 0.415 0.258 0.162 0.105 0.045 0.014 0.002 83 E 0.545 0.236 0.117 0.066 0.026 0.008 0.001 84 D 0.386 0.246 0.157 0.115 0.064 0.028 0.004 85 L 0.132 0.135 0.172 0.224 0.189 0.120 0.028 86 P 0.223 0.230 0.193 0.165 0.106 0.064 0.019 87 Y 0.127 0.127 0.140 0.188 0.185 0.165 0.068 88 E 0.086 0.108 0.140 0.191 0.195 0.185 0.094 89 V 0.088 0.141 0.174 0.208 0.186 0.156 0.046 90 R 0.080 0.168 0.216 0.236 0.184 0.093 0.023 91 R 0.032 0.077 0.140 0.224 0.268 0.217 0.042 92 A 0.027 0.026 0.036 0.097 0.239 0.445 0.130 93 Q 0.043 0.152 0.245 0.295 0.177 0.078 0.010 94 E 0.063 0.197 0.302 0.262 0.122 0.047 0.007 95 I 0.015 0.027 0.049 0.132 0.312 0.394 0.072 96 N 0.030 0.075 0.175 0.292 0.279 0.133 0.016 97 H 0.167 0.325 0.245 0.145 0.078 0.034 0.006 98 L 0.115 0.183 0.268 0.247 0.140 0.042 0.005 99 F 0.078 0.128 0.168 0.242 0.231 0.139 0.014 100 G 0.114 0.178 0.215 0.244 0.183 0.060 0.005 101 P 0.464 0.296 0.142 0.067 0.025 0.006 0.001 102 K 0.507 0.307 0.118 0.052 0.014 0.003 0.001 103 N 0.611 0.202 0.094 0.064 0.024 0.004 0.001 104 S 0.763 0.176 0.047 0.012 0.002 0.001 0.001 105 D 0.760 0.183 0.044 0.012 0.002 0.001 0.001 106 D 0.372 0.371 0.181 0.065 0.011 0.001 0.001 107 A 0.135 0.482 0.273 0.092 0.017 0.002 0.001 108 Y 0.001 0.012 0.068 0.317 0.470 0.127 0.005 109 D 0.001 0.017 0.091 0.301 0.406 0.167 0.016 110 V 0.001 0.001 0.001 0.009 0.078 0.582 0.329 111 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.228 0.755 112 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.089 0.902 113 D 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.094 0.894 114 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.147 0.839 115 H 0.001 0.002 0.005 0.020 0.076 0.308 0.589 116 N 0.003 0.012 0.026 0.066 0.152 0.349 0.393 117 T 0.013 0.027 0.049 0.110 0.183 0.300 0.318 118 T 0.025 0.055 0.086 0.144 0.202 0.270 0.216 119 S 0.096 0.117 0.114 0.141 0.153 0.189 0.189 120 N 0.089 0.102 0.101 0.127 0.158 0.213 0.210 121 M 0.058 0.076 0.096 0.127 0.157 0.229 0.257 122 G 0.051 0.071 0.091 0.137 0.154 0.231 0.265 123 C 0.021 0.032 0.051 0.092 0.162 0.319 0.323 124 T 0.021 0.032 0.060 0.122 0.217 0.310 0.240 125 L 0.014 0.017 0.036 0.076 0.173 0.377 0.308 126 I 0.011 0.019 0.030 0.071 0.194 0.415 0.260 127 L 0.014 0.021 0.042 0.112 0.271 0.393 0.147 128 E 0.042 0.118 0.195 0.275 0.241 0.112 0.018 129 D 0.102 0.216 0.253 0.233 0.137 0.050 0.008 130 S 0.271 0.280 0.184 0.139 0.079 0.038 0.008 131 R 0.210 0.247 0.212 0.179 0.105 0.041 0.005 132 N 0.211 0.239 0.220 0.177 0.100 0.045 0.008 133 D 0.431 0.279 0.138 0.079 0.044 0.023 0.006 134 F 0.127 0.206 0.227 0.199 0.138 0.084 0.019 135 L 0.045 0.068 0.100 0.199 0.279 0.253 0.056 136 I 0.072 0.157 0.240 0.253 0.169 0.090 0.018 137 Q 0.106 0.234 0.255 0.211 0.123 0.060 0.012 138 M 0.033 0.045 0.071 0.134 0.249 0.338 0.129 139 F 0.018 0.033 0.079 0.201 0.303 0.293 0.072 140 H 0.099 0.242 0.255 0.207 0.113 0.064 0.019 141 Y 0.058 0.103 0.152 0.239 0.240 0.170 0.038 142 I 0.044 0.040 0.052 0.111 0.247 0.371 0.135 143 K 0.091 0.182 0.239 0.248 0.149 0.074 0.018 144 T 0.199 0.257 0.203 0.160 0.100 0.059 0.022 145 C 0.096 0.145 0.166 0.204 0.203 0.142 0.043 146 M 0.112 0.123 0.162 0.214 0.209 0.141 0.039 147 A 0.296 0.222 0.172 0.144 0.097 0.048 0.021 148 P 0.433 0.260 0.125 0.077 0.049 0.036 0.019 149 L 0.113 0.134 0.165 0.210 0.189 0.143 0.046 150 P 0.119 0.158 0.179 0.199 0.169 0.127 0.048 151 C 0.043 0.053 0.090 0.160 0.241 0.287 0.127 152 S 0.039 0.061 0.103 0.179 0.241 0.266 0.111 153 V 0.020 0.036 0.069 0.128 0.231 0.343 0.174 154 Y 0.015 0.034 0.062 0.135 0.244 0.361 0.149 155 L 0.021 0.045 0.086 0.168 0.281 0.305 0.094 156 I 0.074 0.148 0.189 0.223 0.202 0.127 0.037 157 E 0.218 0.256 0.208 0.158 0.092 0.052 0.018 158 H 0.209 0.249 0.210 0.171 0.097 0.049 0.014 159 P 0.235 0.237 0.184 0.152 0.108 0.066 0.019 160 S 0.127 0.155 0.159 0.180 0.178 0.152 0.050 161 L 0.038 0.042 0.072 0.152 0.230 0.309 0.158 162 K 0.070 0.138 0.187 0.220 0.174 0.145 0.065 163 Y 0.073 0.102 0.128 0.172 0.198 0.218 0.110 164 A 0.080 0.070 0.088 0.145 0.226 0.261 0.131 165 T 0.081 0.064 0.082 0.114 0.164 0.283 0.212 166 T 0.059 0.073 0.095 0.164 0.207 0.257 0.144 167 R 0.076 0.150 0.173 0.197 0.189 0.147 0.067 168 S 0.057 0.098 0.130 0.192 0.243 0.207 0.074 169 I 0.024 0.053 0.098 0.169 0.272 0.278 0.106 170 A 0.035 0.113 0.154 0.216 0.220 0.187 0.075 171 K 0.007 0.039 0.079 0.177 0.294 0.289 0.116 172 Y 0.001 0.007 0.026 0.104 0.257 0.377 0.229 173 P 0.001 0.001 0.005 0.025 0.105 0.395 0.470 174 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.222 0.759 175 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.160 0.824 176 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.121 0.872 177 E 0.001 0.001 0.001 0.005 0.042 0.258 0.694 178 V 0.001 0.001 0.003 0.022 0.125 0.468 0.382 179 G 0.001 0.018 0.067 0.197 0.340 0.298 0.078 180 P 0.051 0.180 0.223 0.247 0.178 0.099 0.022 181 Q 0.055 0.160 0.241 0.269 0.185 0.080 0.010 182 P 0.222 0.245 0.212 0.175 0.100 0.041 0.006 183 H 0.142 0.184 0.228 0.218 0.146 0.069 0.012 184 G 0.250 0.246 0.199 0.150 0.094 0.050 0.011 185 V 0.105 0.189 0.218 0.207 0.155 0.102 0.025 186 L 0.039 0.072 0.120 0.234 0.301 0.206 0.028 187 R 0.043 0.119 0.183 0.228 0.225 0.168 0.034 188 A 0.081 0.186 0.239 0.241 0.161 0.081 0.010 189 D 0.060 0.217 0.278 0.230 0.142 0.063 0.012 190 I 0.005 0.014 0.034 0.108 0.288 0.445 0.106 191 L 0.006 0.031 0.096 0.264 0.341 0.238 0.025 192 D 0.036 0.229 0.349 0.249 0.108 0.027 0.002 193 Q 0.004 0.018 0.088 0.266 0.386 0.221 0.018 194 M 0.002 0.002 0.002 0.009 0.086 0.621 0.278 195 R 0.005 0.035 0.139 0.372 0.342 0.103 0.004 196 R 0.028 0.141 0.305 0.345 0.147 0.032 0.002 197 M 0.016 0.026 0.033 0.080 0.216 0.532 0.096 198 L 0.025 0.040 0.068 0.190 0.372 0.275 0.029 199 K 0.291 0.344 0.220 0.103 0.033 0.008 0.001 200 H 0.300 0.315 0.229 0.115 0.035 0.005 0.001