# TARGET T0289 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.2611 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.196 0.010 0.002 0.010 0.021 0.017 0.127 0.018 0.001 0.082 0.518 2 P 0.051 0.005 0.001 0.009 0.004 0.010 0.117 0.002 0.001 0.031 0.769 3 C 0.022 0.020 0.001 0.062 0.047 0.078 0.118 0.003 0.001 0.043 0.606 4 A 0.012 0.014 0.001 0.090 0.085 0.143 0.105 0.002 0.001 0.059 0.489 5 I 0.004 0.032 0.001 0.099 0.209 0.189 0.049 0.002 0.001 0.032 0.383 6 D 0.008 0.020 0.001 0.156 0.324 0.300 0.025 0.002 0.001 0.034 0.130 7 V 0.005 0.039 0.002 0.120 0.239 0.260 0.033 0.002 0.001 0.019 0.281 8 Y 0.022 0.035 0.007 0.148 0.273 0.325 0.028 0.003 0.004 0.031 0.125 9 K 0.095 0.011 0.014 0.070 0.193 0.242 0.049 0.007 0.010 0.061 0.250 10 I 0.119 0.010 0.002 0.046 0.135 0.223 0.061 0.011 0.002 0.039 0.352 11 M 0.078 0.007 0.005 0.070 0.057 0.149 0.095 0.003 0.002 0.034 0.501 12 E 0.003 0.002 0.001 0.061 0.163 0.421 0.052 0.001 0.001 0.024 0.271 13 K 0.005 0.001 0.001 0.040 0.196 0.304 0.058 0.001 0.001 0.046 0.349 14 V 0.002 0.001 0.001 0.062 0.319 0.169 0.048 0.001 0.001 0.027 0.371 15 D 0.010 0.001 0.001 0.057 0.091 0.143 0.094 0.001 0.001 0.041 0.560 16 Y 0.009 0.001 0.001 0.023 0.112 0.134 0.097 0.006 0.001 0.054 0.563 17 P 0.035 0.006 0.001 0.042 0.032 0.044 0.124 0.001 0.001 0.050 0.664 18 R 0.007 0.001 0.003 0.017 0.035 0.069 0.135 0.006 0.002 0.031 0.694 19 N 0.512 0.011 0.002 0.008 0.008 0.009 0.047 0.005 0.002 0.036 0.361 20 E 0.310 0.013 0.002 0.008 0.005 0.008 0.070 0.006 0.001 0.071 0.505 21 S 0.020 0.011 0.001 0.007 0.003 0.010 0.098 0.001 0.001 0.019 0.831 22 G 0.031 0.021 0.002 0.019 0.062 0.101 0.126 0.004 0.001 0.043 0.591 23 D 0.027 0.037 0.001 0.031 0.131 0.130 0.124 0.004 0.001 0.068 0.446 24 V 0.023 0.039 0.002 0.049 0.136 0.224 0.101 0.005 0.001 0.071 0.348 25 A 0.015 0.051 0.001 0.081 0.185 0.338 0.067 0.004 0.001 0.060 0.198 26 A 0.019 0.011 0.001 0.114 0.159 0.300 0.070 0.001 0.001 0.079 0.245 27 V 0.004 0.005 0.001 0.144 0.274 0.329 0.050 0.001 0.001 0.052 0.140 28 I 0.006 0.019 0.004 0.131 0.137 0.222 0.081 0.002 0.003 0.034 0.360 29 H 0.494 0.086 0.005 0.015 0.089 0.075 0.033 0.019 0.004 0.054 0.127 30 P 0.100 0.161 0.005 0.012 0.010 0.019 0.067 0.009 0.004 0.053 0.560 31 N 0.069 0.147 0.012 0.004 0.009 0.024 0.064 0.007 0.007 0.031 0.625 32 L 0.291 0.134 0.022 0.007 0.018 0.022 0.045 0.012 0.007 0.055 0.387 33 Q 0.198 0.081 0.003 0.004 0.025 0.029 0.059 0.015 0.002 0.044 0.541 34 D 0.103 0.051 0.004 0.010 0.011 0.022 0.054 0.004 0.001 0.028 0.711 35 Q 0.052 0.014 0.002 0.011 0.026 0.032 0.089 0.003 0.001 0.029 0.741 36 D 0.014 0.013 0.001 0.015 0.040 0.071 0.139 0.004 0.001 0.036 0.667 37 W 0.028 0.021 0.001 0.026 0.022 0.038 0.109 0.004 0.001 0.033 0.719 38 K 0.083 0.012 0.001 0.018 0.085 0.063 0.122 0.003 0.001 0.071 0.544 39 P 0.002 0.002 0.001 0.016 0.022 0.036 0.157 0.001 0.001 0.020 0.742 40 L 0.061 0.005 0.004 0.024 0.016 0.029 0.108 0.007 0.003 0.042 0.701 41 H 0.782 0.008 0.001 0.005 0.004 0.003 0.029 0.005 0.001 0.069 0.093 42 P 0.026 0.002 0.001 0.009 0.002 0.007 0.133 0.001 0.001 0.030 0.788 43 G 0.012 0.009 0.001 0.026 0.013 0.040 0.125 0.001 0.001 0.028 0.744 44 D 0.017 0.005 0.001 0.038 0.204 0.198 0.119 0.007 0.001 0.135 0.277 45 P 0.007 0.009 0.001 0.058 0.075 0.189 0.085 0.001 0.001 0.079 0.495 46 V 0.002 0.004 0.001 0.076 0.237 0.478 0.023 0.001 0.001 0.056 0.122 47 F 0.007 0.002 0.001 0.065 0.237 0.338 0.040 0.001 0.001 0.080 0.228 48 V 0.004 0.002 0.004 0.118 0.273 0.353 0.042 0.001 0.003 0.059 0.143 49 S 0.152 0.003 0.003 0.044 0.101 0.216 0.058 0.004 0.004 0.063 0.350 50 L 0.329 0.002 0.002 0.018 0.036 0.052 0.072 0.007 0.002 0.064 0.416 51 D 0.020 0.002 0.001 0.013 0.016 0.049 0.102 0.005 0.001 0.028 0.766 52 G 0.020 0.002 0.001 0.019 0.022 0.045 0.112 0.002 0.001 0.024 0.754 53 K 0.002 0.001 0.001 0.027 0.355 0.323 0.048 0.002 0.001 0.023 0.217 54 V 0.006 0.004 0.001 0.040 0.088 0.150 0.065 0.001 0.001 0.039 0.608 55 I 0.004 0.001 0.002 0.042 0.391 0.284 0.050 0.002 0.001 0.046 0.178 56 P 0.066 0.002 0.004 0.057 0.047 0.117 0.083 0.003 0.003 0.081 0.539 57 L 0.319 0.001 0.002 0.021 0.029 0.059 0.052 0.006 0.002 0.090 0.420 58 G 0.055 0.001 0.001 0.008 0.004 0.008 0.055 0.001 0.001 0.020 0.847 59 G 0.003 0.001 0.001 0.004 0.018 0.027 0.115 0.002 0.001 0.012 0.818 60 D 0.006 0.001 0.001 0.010 0.063 0.057 0.118 0.003 0.001 0.031 0.711 61 C 0.016 0.001 0.001 0.044 0.118 0.100 0.105 0.002 0.001 0.058 0.557 62 T 0.007 0.002 0.001 0.095 0.110 0.137 0.077 0.001 0.001 0.039 0.531 63 V 0.008 0.004 0.001 0.110 0.072 0.078 0.097 0.001 0.001 0.037 0.592 64 Y 0.007 0.003 0.001 0.257 0.177 0.083 0.093 0.005 0.001 0.048 0.327 65 P 0.009 0.008 0.001 0.420 0.073 0.064 0.079 0.001 0.001 0.042 0.302 66 V 0.006 0.012 0.001 0.383 0.096 0.122 0.068 0.002 0.001 0.030 0.280 67 F 0.031 0.079 0.002 0.355 0.048 0.073 0.065 0.002 0.001 0.088 0.257 68 V 0.016 0.381 0.004 0.200 0.023 0.026 0.054 0.004 0.002 0.107 0.183 69 N 0.016 0.907 0.002 0.011 0.002 0.003 0.009 0.003 0.001 0.009 0.038 70 E 0.016 0.915 0.002 0.005 0.001 0.002 0.007 0.004 0.001 0.011 0.037 71 A 0.016 0.824 0.002 0.003 0.004 0.005 0.013 0.005 0.001 0.064 0.064 72 A 0.019 0.876 0.004 0.001 0.002 0.002 0.008 0.006 0.001 0.043 0.038 73 Y 0.060 0.655 0.058 0.002 0.002 0.002 0.016 0.015 0.020 0.081 0.086 74 Y 0.099 0.612 0.009 0.002 0.002 0.003 0.028 0.010 0.005 0.089 0.142 75 E 0.031 0.746 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.003 0.001 0.021 0.178 76 K 0.007 0.874 0.004 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.013 0.085 77 K 0.004 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.024 78 E 0.014 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.010 0.024 79 A 0.017 0.225 0.002 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.714 0.029 80 F 0.006 0.110 0.003 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.835 0.029 81 A 0.032 0.715 0.018 0.005 0.001 0.003 0.019 0.017 0.003 0.085 0.104 82 K 0.081 0.558 0.028 0.010 0.002 0.004 0.025 0.014 0.008 0.062 0.208 83 T 0.086 0.097 0.011 0.009 0.004 0.012 0.079 0.006 0.009 0.266 0.422 84 T 0.098 0.289 0.005 0.006 0.004 0.013 0.063 0.017 0.003 0.081 0.419 85 K 0.113 0.094 0.024 0.016 0.006 0.013 0.104 0.014 0.009 0.092 0.516 86 L 0.030 0.129 0.005 0.036 0.017 0.032 0.143 0.006 0.003 0.048 0.552 87 T 0.056 0.056 0.003 0.018 0.014 0.023 0.123 0.003 0.001 0.057 0.647 88 L 0.031 0.032 0.008 0.075 0.048 0.043 0.138 0.011 0.003 0.097 0.515 89 N 0.085 0.174 0.004 0.051 0.021 0.053 0.115 0.013 0.003 0.082 0.400 90 A 0.146 0.195 0.010 0.033 0.024 0.039 0.072 0.018 0.003 0.038 0.423 91 K 0.061 0.096 0.005 0.065 0.069 0.102 0.085 0.009 0.002 0.105 0.401 92 S 0.040 0.053 0.007 0.055 0.068 0.128 0.090 0.005 0.003 0.211 0.340 93 I 0.055 0.055 0.012 0.099 0.110 0.137 0.095 0.011 0.004 0.104 0.319 94 R 0.117 0.032 0.014 0.077 0.071 0.104 0.085 0.009 0.006 0.065 0.418 95 S 0.076 0.010 0.002 0.042 0.059 0.093 0.098 0.004 0.001 0.048 0.566 96 T 0.035 0.007 0.001 0.029 0.030 0.064 0.107 0.003 0.001 0.039 0.683 97 L 0.035 0.008 0.004 0.026 0.026 0.043 0.146 0.006 0.002 0.036 0.668 98 H 0.082 0.014 0.003 0.024 0.029 0.041 0.128 0.009 0.002 0.044 0.624