# TARGET T0289 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0289.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.0479 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.015 0.009 0.005 0.004 0.213 0.754 2 P 0.019 0.014 0.125 0.030 0.407 0.405 3 C 0.053 0.008 0.130 0.033 0.379 0.396 4 A 0.214 0.012 0.132 0.059 0.287 0.297 5 I 0.638 0.007 0.020 0.035 0.108 0.192 6 D 0.877 0.003 0.007 0.020 0.030 0.062 7 V 0.919 0.003 0.006 0.040 0.012 0.020 8 Y 0.916 0.002 0.004 0.040 0.015 0.024 9 K 0.897 0.002 0.006 0.032 0.027 0.037 10 I 0.800 0.008 0.008 0.035 0.052 0.097 11 M 0.635 0.010 0.027 0.046 0.122 0.160 12 E 0.592 0.005 0.039 0.032 0.140 0.192 13 K 0.653 0.009 0.045 0.028 0.104 0.161 14 V 0.724 0.016 0.011 0.012 0.076 0.161 15 D 0.539 0.014 0.008 0.007 0.098 0.335 16 Y 0.200 0.017 0.006 0.005 0.143 0.630 17 P 0.171 0.022 0.013 0.004 0.233 0.555 18 R 0.176 0.049 0.026 0.006 0.260 0.485 19 N 0.113 0.039 0.034 0.005 0.600 0.209 20 E 0.068 0.015 0.037 0.009 0.820 0.051 21 S 0.048 0.005 0.016 0.008 0.846 0.078 22 G 0.067 0.005 0.009 0.006 0.813 0.100 23 D 0.312 0.021 0.006 0.011 0.372 0.278 24 V 0.658 0.035 0.006 0.018 0.075 0.209 25 A 0.852 0.007 0.007 0.014 0.046 0.074 26 A 0.952 0.002 0.005 0.010 0.012 0.018 27 V 0.960 0.003 0.005 0.010 0.009 0.012 28 I 0.871 0.015 0.005 0.014 0.031 0.064 29 H 0.331 0.010 0.010 0.032 0.421 0.197 30 P 0.016 0.001 0.190 0.093 0.584 0.116 31 N 0.005 0.004 0.181 0.078 0.638 0.094 32 L 0.006 0.023 0.351 0.072 0.519 0.029 33 Q 0.024 0.020 0.183 0.087 0.481 0.205 34 D 0.027 0.027 0.162 0.110 0.496 0.179 35 Q 0.044 0.017 0.125 0.071 0.481 0.262 36 D 0.105 0.035 0.059 0.046 0.378 0.377 37 W 0.099 0.044 0.096 0.058 0.430 0.271 38 K 0.127 0.021 0.094 0.032 0.331 0.396 39 P 0.218 0.023 0.123 0.031 0.263 0.341 40 L 0.138 0.091 0.050 0.017 0.190 0.514 41 H 0.068 0.048 0.013 0.005 0.708 0.159 42 P 0.040 0.011 0.013 0.006 0.819 0.112 43 G 0.012 0.005 0.012 0.004 0.873 0.094 44 D 0.090 0.025 0.008 0.003 0.769 0.105 45 P 0.220 0.013 0.016 0.012 0.268 0.471 46 V 0.548 0.035 0.022 0.018 0.171 0.206 47 F 0.853 0.009 0.013 0.013 0.050 0.061 48 V 0.926 0.008 0.004 0.007 0.016 0.039 49 S 0.873 0.014 0.003 0.005 0.071 0.034 50 L 0.487 0.009 0.006 0.005 0.458 0.034 51 D 0.125 0.003 0.004 0.003 0.823 0.043 52 G 0.096 0.003 0.004 0.002 0.847 0.048 53 K 0.667 0.015 0.002 0.002 0.211 0.103 54 V 0.908 0.016 0.001 0.001 0.019 0.056 55 I 0.906 0.011 0.001 0.001 0.023 0.058 56 P 0.786 0.012 0.002 0.002 0.094 0.104 57 L 0.495 0.026 0.005 0.002 0.289 0.184 58 G 0.139 0.012 0.009 0.003 0.648 0.189 59 G 0.108 0.012 0.014 0.002 0.675 0.189 60 D 0.179 0.016 0.020 0.003 0.492 0.291 61 C 0.413 0.019 0.020 0.006 0.274 0.269 62 T 0.599 0.028 0.011 0.011 0.157 0.194 63 V 0.551 0.034 0.008 0.029 0.110 0.268 64 Y 0.548 0.015 0.010 0.074 0.099 0.253 65 P 0.294 0.004 0.032 0.436 0.087 0.148 66 V 0.228 0.006 0.048 0.585 0.050 0.083 67 F 0.166 0.006 0.037 0.724 0.028 0.038 68 V 0.108 0.006 0.028 0.790 0.028 0.039 69 N 0.054 0.003 0.039 0.804 0.053 0.046 70 E 0.024 0.001 0.055 0.850 0.047 0.023 71 A 0.015 0.002 0.055 0.869 0.042 0.017 72 A 0.012 0.002 0.068 0.858 0.048 0.012 73 Y 0.009 0.001 0.047 0.888 0.042 0.012 74 Y 0.010 0.002 0.038 0.869 0.049 0.033 75 E 0.007 0.002 0.028 0.879 0.044 0.039 76 K 0.005 0.001 0.023 0.887 0.038 0.046 77 K 0.005 0.001 0.021 0.868 0.041 0.064 78 E 0.014 0.002 0.025 0.831 0.056 0.071 79 A 0.038 0.003 0.032 0.812 0.053 0.062 80 F 0.102 0.006 0.039 0.717 0.076 0.059 81 A 0.174 0.005 0.041 0.523 0.136 0.120 82 K 0.174 0.005 0.027 0.490 0.160 0.143 83 T 0.355 0.009 0.019 0.258 0.186 0.172 84 T 0.475 0.008 0.012 0.184 0.140 0.180 85 K 0.582 0.004 0.015 0.136 0.116 0.147 86 L 0.778 0.005 0.006 0.063 0.050 0.097 87 T 0.761 0.006 0.002 0.055 0.033 0.142 88 L 0.469 0.024 0.003 0.051 0.042 0.411 89 N 0.184 0.017 0.002 0.036 0.099 0.662 90 A 0.023 0.002 0.094 0.558 0.138 0.184 91 K 0.010 0.001 0.210 0.624 0.123 0.031 92 S 0.012 0.002 0.273 0.531 0.164 0.017 93 I 0.022 0.007 0.067 0.776 0.092 0.036 94 R 0.046 0.008 0.076 0.721 0.095 0.055 95 S 0.045 0.005 0.086 0.657 0.117 0.092 96 T 0.045 0.006 0.056 0.559 0.109 0.225 97 L 0.041 0.017 0.020 0.352 0.099 0.471 98 H 0.019 0.005 0.003 0.059 0.064 0.849