# TARGET T0288 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 195.398 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.057 0.099 0.214 0.134 0.015 0.013 0.178 0.032 0.010 0.004 0.007 0.014 0.008 0.007 0.004 0.032 0.034 0.053 0.024 0.012 0.021 0.026 2 M 0.147 0.120 0.114 0.039 0.015 0.027 0.218 0.008 0.006 0.003 0.005 0.008 0.005 0.008 0.011 0.021 0.017 0.011 0.024 0.009 0.019 0.162 3 V 0.004 0.361 0.067 0.142 0.005 0.012 0.008 0.003 0.007 0.011 0.010 0.010 0.005 0.007 0.002 0.046 0.051 0.039 0.121 0.024 0.054 0.012 4 P 0.029 0.045 0.076 0.447 0.037 0.016 0.021 0.008 0.013 0.005 0.005 0.011 0.016 0.006 0.012 0.032 0.046 0.004 0.022 0.008 0.014 0.128 5 G 0.036 0.090 0.031 0.036 0.005 0.014 0.079 0.010 0.022 0.018 0.023 0.023 0.015 0.020 0.033 0.088 0.196 0.009 0.039 0.049 0.095 0.069 6 K 0.009 0.048 0.013 0.026 0.002 0.005 0.011 0.007 0.021 0.010 0.016 0.026 0.029 0.018 0.011 0.129 0.276 0.004 0.076 0.099 0.077 0.088 7 V 0.002 0.037 0.006 0.015 0.001 0.003 0.003 0.003 0.012 0.016 0.022 0.015 0.013 0.016 0.022 0.110 0.191 0.009 0.023 0.182 0.119 0.179 8 T 0.004 0.028 0.010 0.014 0.003 0.005 0.004 0.005 0.022 0.025 0.031 0.032 0.026 0.024 0.015 0.093 0.209 0.027 0.021 0.129 0.176 0.099 9 L 0.003 0.037 0.012 0.024 0.001 0.003 0.006 0.007 0.017 0.011 0.014 0.014 0.015 0.013 0.018 0.090 0.071 0.047 0.009 0.273 0.123 0.192 10 Q 0.003 0.058 0.016 0.028 0.002 0.005 0.006 0.006 0.008 0.010 0.011 0.011 0.010 0.008 0.009 0.051 0.035 0.310 0.004 0.242 0.091 0.075 11 K 0.008 0.124 0.075 0.125 0.007 0.017 0.014 0.010 0.010 0.009 0.011 0.017 0.010 0.010 0.007 0.055 0.033 0.087 0.006 0.158 0.098 0.109 12 D 0.014 0.159 0.117 0.163 0.026 0.019 0.023 0.024 0.004 0.006 0.008 0.009 0.005 0.005 0.004 0.019 0.016 0.239 0.004 0.043 0.041 0.052 13 A 0.025 0.058 0.505 0.073 0.013 0.076 0.046 0.030 0.004 0.002 0.003 0.007 0.003 0.002 0.001 0.017 0.011 0.048 0.005 0.020 0.022 0.028 14 Q 0.063 0.053 0.149 0.040 0.011 0.025 0.515 0.035 0.003 0.001 0.004 0.003 0.002 0.003 0.001 0.011 0.006 0.017 0.006 0.009 0.016 0.026 15 N 0.119 0.112 0.099 0.086 0.025 0.023 0.181 0.026 0.009 0.003 0.004 0.007 0.004 0.009 0.002 0.046 0.040 0.011 0.111 0.017 0.045 0.022 16 L 0.044 0.144 0.074 0.083 0.008 0.016 0.068 0.013 0.016 0.006 0.008 0.007 0.016 0.009 0.012 0.071 0.069 0.004 0.134 0.015 0.041 0.141 17 I 0.004 0.117 0.043 0.052 0.001 0.004 0.014 0.003 0.019 0.020 0.017 0.014 0.018 0.022 0.009 0.124 0.172 0.006 0.150 0.040 0.104 0.047 18 G 0.021 0.020 0.010 0.012 0.012 0.003 0.016 0.003 0.029 0.022 0.026 0.033 0.034 0.027 0.014 0.124 0.156 0.006 0.149 0.064 0.109 0.110 19 I 0.001 0.028 0.005 0.008 0.001 0.003 0.002 0.002 0.029 0.041 0.047 0.021 0.029 0.039 0.042 0.120 0.144 0.037 0.086 0.087 0.095 0.134 20 S 0.002 0.011 0.004 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.031 0.035 0.039 0.093 0.069 0.036 0.013 0.096 0.084 0.064 0.007 0.216 0.112 0.076 21 I 0.003 0.024 0.009 0.006 0.001 0.003 0.003 0.002 0.025 0.031 0.051 0.030 0.025 0.026 0.077 0.100 0.044 0.095 0.005 0.143 0.108 0.190 22 G 0.007 0.032 0.030 0.019 0.006 0.004 0.007 0.003 0.024 0.039 0.053 0.062 0.043 0.021 0.009 0.077 0.051 0.300 0.004 0.098 0.083 0.029 23 G 0.087 0.073 0.075 0.080 0.065 0.015 0.064 0.006 0.012 0.013 0.034 0.017 0.014 0.018 0.018 0.045 0.018 0.134 0.009 0.075 0.056 0.071 24 G 0.109 0.106 0.120 0.057 0.101 0.044 0.099 0.012 0.006 0.009 0.015 0.016 0.011 0.016 0.006 0.027 0.023 0.069 0.035 0.032 0.045 0.043 25 A 0.014 0.132 0.303 0.137 0.013 0.026 0.051 0.019 0.005 0.002 0.007 0.010 0.006 0.004 0.002 0.022 0.023 0.058 0.047 0.027 0.030 0.061 26 Q 0.081 0.105 0.217 0.118 0.017 0.011 0.183 0.011 0.003 0.002 0.003 0.007 0.003 0.003 0.002 0.019 0.014 0.068 0.026 0.014 0.022 0.072 27 Y 0.126 0.137 0.108 0.054 0.029 0.015 0.245 0.003 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.004 0.002 0.020 0.012 0.014 0.130 0.009 0.030 0.050 28 C 0.006 0.331 0.043 0.214 0.013 0.008 0.016 0.001 0.004 0.004 0.003 0.004 0.004 0.003 0.002 0.024 0.016 0.015 0.223 0.017 0.032 0.017 29 P 0.006 0.068 0.054 0.521 0.014 0.006 0.012 0.002 0.016 0.009 0.004 0.010 0.016 0.007 0.007 0.040 0.072 0.005 0.037 0.018 0.027 0.050 30 C 0.012 0.053 0.012 0.035 0.003 0.003 0.035 0.002 0.039 0.016 0.013 0.023 0.047 0.024 0.039 0.152 0.183 0.003 0.033 0.040 0.086 0.149 31 L 0.001 0.025 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.059 0.032 0.026 0.050 0.024 0.028 0.173 0.235 0.003 0.036 0.077 0.168 0.032 32 Y 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.073 0.063 0.060 0.050 0.053 0.017 0.138 0.149 0.002 0.007 0.160 0.133 0.053 33 I 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.149 0.098 0.034 0.076 0.040 0.061 0.152 0.121 0.004 0.002 0.047 0.125 0.029 34 V 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.097 0.073 0.048 0.110 0.064 0.043 0.130 0.055 0.031 0.001 0.110 0.119 0.049 35 Q 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.107 0.106 0.053 0.053 0.037 0.017 0.072 0.018 0.072 0.001 0.267 0.131 0.020 36 V 0.002 0.044 0.014 0.011 0.001 0.004 0.002 0.001 0.061 0.113 0.071 0.029 0.090 0.072 0.068 0.108 0.059 0.014 0.002 0.033 0.057 0.143 37 F 0.002 0.221 0.039 0.067 0.006 0.005 0.004 0.004 0.024 0.070 0.046 0.052 0.049 0.027 0.015 0.061 0.014 0.123 0.003 0.049 0.106 0.014 38 D 0.031 0.085 0.193 0.362 0.027 0.032 0.046 0.008 0.010 0.017 0.033 0.008 0.018 0.014 0.020 0.023 0.007 0.019 0.002 0.008 0.018 0.019 39 N 0.167 0.103 0.111 0.037 0.047 0.012 0.396 0.003 0.003 0.007 0.004 0.011 0.003 0.013 0.002 0.013 0.003 0.001 0.010 0.012 0.036 0.007 40 T 0.003 0.597 0.013 0.271 0.011 0.020 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.048 0.003 0.006 0.002 41 P 0.003 0.024 0.428 0.155 0.013 0.308 0.002 0.027 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.018 42 A 0.003 0.029 0.074 0.019 0.001 0.044 0.274 0.511 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.015 0.006 0.001 0.002 0.009 43 A 0.003 0.054 0.066 0.041 0.001 0.024 0.189 0.530 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.008 0.009 0.019 0.006 0.006 0.006 0.027 44 L 0.010 0.143 0.244 0.128 0.002 0.008 0.103 0.253 0.003 0.001 0.002 0.005 0.002 0.003 0.003 0.009 0.015 0.024 0.003 0.015 0.010 0.015 45 D 0.051 0.091 0.153 0.177 0.005 0.010 0.424 0.011 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.007 0.006 0.008 0.005 0.017 0.006 46 G 0.466 0.013 0.017 0.012 0.238 0.004 0.170 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.005 0.001 0.036 0.003 0.011 0.003 47 T 0.007 0.086 0.027 0.096 0.001 0.009 0.011 0.008 0.004 0.003 0.008 0.004 0.005 0.006 0.012 0.007 0.007 0.007 0.640 0.008 0.009 0.036 48 V 0.006 0.235 0.061 0.123 0.003 0.010 0.009 0.008 0.017 0.013 0.015 0.068 0.038 0.034 0.006 0.031 0.042 0.015 0.026 0.023 0.045 0.174 49 A 0.005 0.317 0.067 0.178 0.005 0.009 0.009 0.005 0.021 0.008 0.010 0.009 0.013 0.013 0.025 0.035 0.014 0.023 0.125 0.008 0.026 0.071 50 A 0.005 0.156 0.087 0.425 0.008 0.023 0.011 0.005 0.018 0.016 0.014 0.020 0.033 0.014 0.013 0.027 0.017 0.030 0.017 0.010 0.031 0.019 51 G 0.041 0.054 0.081 0.127 0.107 0.026 0.122 0.019 0.017 0.008 0.015 0.078 0.031 0.021 0.009 0.025 0.020 0.008 0.005 0.110 0.042 0.035 52 D 0.009 0.126 0.090 0.128 0.003 0.036 0.062 0.033 0.037 0.020 0.021 0.018 0.033 0.018 0.012 0.096 0.103 0.004 0.017 0.041 0.056 0.036 53 E 0.008 0.054 0.064 0.036 0.005 0.010 0.049 0.038 0.024 0.015 0.012 0.015 0.026 0.020 0.011 0.093 0.363 0.003 0.008 0.028 0.062 0.053 54 I 0.006 0.053 0.029 0.012 0.001 0.008 0.035 0.028 0.026 0.017 0.026 0.025 0.027 0.016 0.022 0.157 0.163 0.043 0.020 0.073 0.119 0.094 55 T 0.004 0.024 0.025 0.010 0.001 0.008 0.018 0.020 0.014 0.025 0.034 0.029 0.030 0.040 0.013 0.099 0.056 0.211 0.021 0.060 0.098 0.159 56 G 0.004 0.022 0.009 0.005 0.003 0.003 0.013 0.017 0.017 0.020 0.023 0.056 0.014 0.029 0.007 0.075 0.066 0.091 0.016 0.229 0.161 0.121 57 V 0.003 0.157 0.034 0.043 0.001 0.005 0.003 0.009 0.019 0.043 0.020 0.009 0.019 0.011 0.062 0.038 0.030 0.368 0.005 0.016 0.043 0.060 58 N 0.048 0.046 0.174 0.146 0.019 0.017 0.063 0.008 0.021 0.027 0.041 0.045 0.046 0.017 0.014 0.048 0.042 0.075 0.003 0.043 0.041 0.016 59 G 0.549 0.012 0.007 0.004 0.151 0.008 0.200 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.002 0.005 0.003 0.005 0.006 0.009 0.007 0.004 0.008 0.006 60 R 0.008 0.111 0.047 0.069 0.005 0.020 0.015 0.008 0.003 0.006 0.009 0.009 0.008 0.007 0.003 0.012 0.018 0.020 0.583 0.008 0.010 0.020 61 S 0.009 0.277 0.065 0.221 0.006 0.011 0.014 0.022 0.003 0.003 0.006 0.014 0.014 0.006 0.006 0.012 0.016 0.040 0.024 0.008 0.014 0.211 62 I 0.028 0.134 0.385 0.077 0.007 0.047 0.031 0.027 0.003 0.002 0.010 0.008 0.006 0.006 0.011 0.012 0.028 0.017 0.074 0.006 0.012 0.069 63 K 0.034 0.131 0.183 0.192 0.007 0.011 0.235 0.031 0.002 0.001 0.003 0.011 0.004 0.003 0.003 0.010 0.003 0.009 0.098 0.006 0.012 0.010 64 G 0.366 0.059 0.034 0.045 0.093 0.047 0.258 0.017 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.005 0.004 0.001 0.003 0.029 0.012 0.005 0.011 65 K 0.019 0.217 0.190 0.189 0.007 0.110 0.043 0.033 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.005 0.001 0.009 0.002 0.001 0.122 0.019 0.013 0.009 66 T 0.006 0.350 0.020 0.471 0.009 0.037 0.010 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.005 0.006 0.004 67 K 0.002 0.004 0.036 0.008 0.001 0.907 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.045 0.006 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 M 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.002 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.059 0.001 0.001 0.002 0.019 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.006 0.004 0.123 0.002 0.001 0.007 0.111 0.730 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 76 E 0.005 0.012 0.320 0.007 0.001 0.011 0.250 0.355 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.002 0.001 0.020 77 V 0.015 0.271 0.340 0.183 0.001 0.012 0.047 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.046 0.003 0.001 0.004 0.004 78 K 0.117 0.068 0.369 0.265 0.013 0.024 0.097 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.005 0.001 0.003 0.005 79 G 0.223 0.030 0.041 0.031 0.071 0.009 0.508 0.005 0.003 0.001 0.003 0.004 0.003 0.005 0.001 0.010 0.009 0.003 0.027 0.001 0.007 0.003 80 E 0.017 0.155 0.033 0.104 0.005 0.018 0.045 0.007 0.021 0.013 0.024 0.021 0.037 0.024 0.029 0.034 0.063 0.004 0.276 0.004 0.014 0.054 81 V 0.003 0.095 0.017 0.033 0.001 0.003 0.003 0.002 0.037 0.075 0.058 0.085 0.090 0.031 0.019 0.069 0.221 0.007 0.026 0.009 0.053 0.062 82 T 0.004 0.019 0.008 0.006 0.001 0.002 0.003 0.001 0.061 0.025 0.045 0.039 0.120 0.048 0.085 0.132 0.129 0.002 0.074 0.006 0.024 0.167 83 I 0.001 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.089 0.098 0.074 0.081 0.051 0.042 0.100 0.189 0.017 0.035 0.037 0.091 0.043 84 H 0.001 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.047 0.068 0.105 0.093 0.047 0.031 0.096 0.122 0.009 0.007 0.139 0.071 0.105 85 Y 0.001 0.025 0.005 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.037 0.095 0.047 0.031 0.051 0.035 0.048 0.114 0.079 0.059 0.004 0.128 0.113 0.115 86 N 0.003 0.025 0.013 0.013 0.004 0.004 0.003 0.003 0.028 0.030 0.028 0.030 0.040 0.026 0.011 0.093 0.063 0.095 0.003 0.229 0.168 0.088 87 K 0.007 0.098 0.029 0.052 0.004 0.008 0.012 0.006 0.016 0.027 0.020 0.016 0.020 0.018 0.018 0.091 0.061 0.042 0.005 0.202 0.143 0.106 88 L 0.011 0.154 0.088 0.114 0.010 0.015 0.018 0.009 0.012 0.027 0.015 0.015 0.016 0.012 0.008 0.047 0.042 0.084 0.008 0.101 0.121 0.072 89 Q 0.026 0.153 0.146 0.207 0.016 0.022 0.056 0.017 0.010 0.009 0.011 0.013 0.010 0.010 0.005 0.052 0.048 0.018 0.011 0.051 0.071 0.037 90 Y 0.053 0.192 0.105 0.135 0.021 0.034 0.152 0.016 0.009 0.008 0.008 0.008 0.008 0.010 0.011 0.031 0.029 0.009 0.019 0.025 0.045 0.071 91 Y 0.009 0.263 0.087 0.204 0.007 0.022 0.031 0.018 0.013 0.010 0.011 0.011 0.009 0.012 0.005 0.049 0.059 0.012 0.063 0.032 0.058 0.018 92 K 0.020 0.151 0.070 0.251 0.011 0.018 0.044 0.036 0.015 0.006 0.010 0.011 0.020 0.016 0.022 0.035 0.041 0.007 0.021 0.018 0.024 0.152 93 V 0.006 0.284 0.058 0.092 0.002 0.016 0.027 0.019 0.016 0.021 0.021 0.022 0.014 0.023 0.018 0.056 0.044 0.029 0.034 0.048 0.107 0.043