# TARGET T0288 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0288/T0288.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 195.398 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.067 0.044 0.135 0.198 0.010 0.064 0.037 0.083 0.041 0.023 0.024 0.044 0.090 0.003 0.098 0.038 2 M 0.078 0.066 0.306 0.227 0.002 0.005 0.003 0.003 0.076 0.008 0.006 0.005 0.015 0.001 0.002 0.197 3 V 0.336 0.006 0.101 0.245 0.116 0.048 0.112 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.005 0.015 0.001 0.003 4 P 0.005 0.184 0.245 0.348 0.001 0.023 0.001 0.172 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.013 0.001 5 G 0.001 0.009 0.006 0.912 0.001 0.011 0.001 0.001 0.033 0.009 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 6 K 0.182 0.028 0.133 0.650 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 7 V 0.001 0.001 0.099 0.889 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 T 0.001 0.005 0.018 0.963 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.001 0.006 0.001 0.975 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.021 0.010 0.788 0.046 0.123 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.003 0.100 0.013 0.543 0.052 0.179 0.002 0.038 0.002 0.004 0.054 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 12 D 0.003 0.089 0.008 0.107 0.050 0.490 0.004 0.051 0.011 0.016 0.101 0.055 0.010 0.002 0.002 0.002 13 A 0.007 0.080 0.015 0.030 0.031 0.049 0.017 0.044 0.015 0.007 0.565 0.069 0.040 0.016 0.011 0.006 14 Q 0.019 0.151 0.063 0.050 0.011 0.024 0.033 0.042 0.039 0.007 0.049 0.252 0.049 0.022 0.147 0.042 15 N 0.074 0.045 0.225 0.062 0.004 0.019 0.011 0.013 0.048 0.012 0.015 0.019 0.069 0.004 0.073 0.308 16 L 0.245 0.030 0.266 0.042 0.040 0.047 0.125 0.003 0.016 0.007 0.012 0.009 0.023 0.048 0.002 0.084 17 I 0.073 0.193 0.353 0.168 0.001 0.018 0.004 0.119 0.003 0.001 0.009 0.008 0.011 0.001 0.033 0.004 18 G 0.005 0.028 0.179 0.650 0.001 0.010 0.001 0.002 0.065 0.009 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 0.038 19 I 0.106 0.005 0.142 0.736 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 20 S 0.002 0.003 0.130 0.730 0.064 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 21 I 0.001 0.008 0.004 0.207 0.675 0.086 0.003 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 22 G 0.001 0.083 0.003 0.168 0.490 0.026 0.009 0.167 0.011 0.008 0.016 0.006 0.001 0.009 0.002 0.001 23 G 0.006 0.047 0.008 0.109 0.011 0.049 0.002 0.480 0.117 0.073 0.014 0.016 0.006 0.001 0.051 0.008 24 G 0.069 0.043 0.042 0.051 0.016 0.071 0.011 0.018 0.188 0.269 0.116 0.029 0.022 0.003 0.003 0.051 25 A 0.305 0.050 0.053 0.052 0.032 0.056 0.023 0.026 0.007 0.005 0.142 0.206 0.022 0.010 0.008 0.003 26 Q 0.015 0.137 0.195 0.110 0.027 0.086 0.021 0.071 0.028 0.009 0.053 0.113 0.044 0.011 0.046 0.034 27 Y 0.035 0.145 0.190 0.322 0.011 0.014 0.013 0.013 0.053 0.014 0.014 0.027 0.032 0.003 0.021 0.092 28 C 0.139 0.021 0.172 0.094 0.039 0.280 0.121 0.005 0.011 0.020 0.010 0.020 0.035 0.011 0.005 0.017 29 P 0.055 0.353 0.176 0.162 0.001 0.030 0.005 0.072 0.006 0.002 0.084 0.012 0.014 0.001 0.018 0.011 30 C 0.030 0.073 0.100 0.599 0.001 0.009 0.001 0.001 0.120 0.003 0.003 0.021 0.004 0.001 0.001 0.035 31 L 0.056 0.009 0.453 0.477 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 Y 0.001 0.001 0.144 0.796 0.001 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.001 0.007 0.004 0.344 0.009 0.594 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 34 V 0.001 0.486 0.002 0.451 0.002 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 0.023 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 35 Q 0.002 0.010 0.022 0.876 0.011 0.023 0.002 0.004 0.007 0.001 0.009 0.010 0.018 0.001 0.001 0.004 36 V 0.008 0.025 0.572 0.248 0.040 0.032 0.016 0.004 0.001 0.001 0.005 0.004 0.032 0.001 0.002 0.009 37 F 0.002 0.009 0.009 0.071 0.648 0.075 0.107 0.006 0.001 0.003 0.008 0.004 0.007 0.047 0.001 0.002 38 D 0.002 0.047 0.005 0.034 0.006 0.054 0.001 0.682 0.004 0.003 0.038 0.003 0.008 0.001 0.108 0.003 39 N 0.006 0.127 0.012 0.063 0.001 0.004 0.001 0.007 0.407 0.214 0.017 0.019 0.006 0.001 0.002 0.115 40 T 0.408 0.004 0.013 0.011 0.001 0.405 0.003 0.001 0.002 0.004 0.008 0.100 0.037 0.001 0.001 0.001 41 P 0.001 0.010 0.031 0.004 0.001 0.038 0.001 0.002 0.001 0.001 0.843 0.013 0.053 0.001 0.001 0.001 42 A 0.001 0.027 0.003 0.026 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.863 0.060 0.001 0.001 0.001 43 A 0.002 0.003 0.023 0.018 0.009 0.024 0.015 0.002 0.002 0.001 0.005 0.016 0.847 0.008 0.005 0.020 44 L 0.001 0.001 0.015 0.001 0.025 0.001 0.181 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.025 0.726 0.003 0.006 45 D 0.001 0.005 0.011 0.003 0.001 0.001 0.002 0.064 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.895 0.002 46 G 0.005 0.002 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.155 0.022 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.785 47 T 0.963 0.003 0.013 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 48 V 0.005 0.008 0.842 0.087 0.007 0.028 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.001 0.001 0.002 49 A 0.001 0.001 0.001 0.006 0.944 0.009 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 50 A 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.968 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 51 G 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.705 0.247 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.026 52 D 0.946 0.006 0.006 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.005 0.001 0.002 0.001 53 E 0.027 0.059 0.671 0.030 0.001 0.078 0.002 0.002 0.004 0.002 0.011 0.038 0.043 0.001 0.001 0.031 54 I 0.020 0.012 0.123 0.116 0.050 0.330 0.032 0.003 0.002 0.001 0.155 0.033 0.097 0.022 0.002 0.004 55 T 0.002 0.404 0.114 0.192 0.007 0.011 0.007 0.035 0.002 0.001 0.021 0.066 0.112 0.001 0.020 0.004 56 G 0.008 0.014 0.038 0.266 0.045 0.036 0.030 0.005 0.064 0.021 0.008 0.020 0.231 0.035 0.004 0.176 57 V 0.022 0.005 0.102 0.019 0.198 0.014 0.467 0.005 0.001 0.001 0.010 0.002 0.027 0.117 0.006 0.004 58 N 0.001 0.053 0.032 0.050 0.002 0.025 0.004 0.603 0.004 0.005 0.009 0.007 0.016 0.001 0.180 0.008 59 G 0.013 0.022 0.010 0.061 0.001 0.003 0.001 0.001 0.624 0.049 0.005 0.005 0.005 0.001 0.001 0.198 60 R 0.775 0.014 0.080 0.093 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.007 0.001 0.001 0.003 61 S 0.006 0.026 0.437 0.073 0.014 0.390 0.005 0.003 0.001 0.002 0.007 0.012 0.017 0.001 0.001 0.004 62 I 0.002 0.020 0.005 0.039 0.615 0.047 0.064 0.002 0.001 0.001 0.136 0.006 0.005 0.056 0.001 0.001 63 K 0.001 0.087 0.010 0.035 0.002 0.005 0.002 0.609 0.004 0.001 0.007 0.059 0.004 0.001 0.172 0.001 64 G 0.003 0.007 0.017 0.016 0.001 0.014 0.002 0.002 0.378 0.202 0.007 0.005 0.023 0.001 0.003 0.319 65 K 0.828 0.018 0.064 0.022 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.020 0.016 0.015 0.001 0.001 0.005 66 T 0.002 0.001 0.011 0.002 0.001 0.904 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.045 0.025 0.001 0.001 0.001 67 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.008 0.041 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.966 0.026 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.986 0.001 0.001 0.001 70 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.990 0.001 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.989 0.001 0.001 0.001 72 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 73 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.005 0.002 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.002 0.005 0.007 76 E 0.006 0.003 0.010 0.005 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.392 0.140 0.013 0.414 77 V 0.008 0.001 0.041 0.001 0.025 0.005 0.460 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.151 0.258 0.034 0.008 78 K 0.004 0.055 0.040 0.006 0.001 0.007 0.008 0.253 0.002 0.001 0.014 0.003 0.069 0.006 0.486 0.045 79 G 0.050 0.041 0.014 0.060 0.001 0.003 0.002 0.001 0.383 0.026 0.004 0.008 0.014 0.001 0.004 0.390 80 E 0.723 0.014 0.200 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 81 V 0.006 0.005 0.697 0.288 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 T 0.001 0.002 0.047 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 I 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 H 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 Y 0.001 0.001 0.002 0.956 0.014 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 N 0.001 0.040 0.002 0.902 0.013 0.035 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 K 0.001 0.033 0.003 0.791 0.030 0.116 0.001 0.008 0.003 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 L 0.004 0.167 0.036 0.535 0.052 0.128 0.004 0.021 0.004 0.005 0.030 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 89 Q 0.007 0.141 0.032 0.400 0.042 0.209 0.006 0.040 0.013 0.013 0.050 0.032 0.008 0.002 0.003 0.004 90 Y 0.018 0.199 0.075 0.319 0.034 0.100 0.015 0.033 0.028 0.011 0.088 0.037 0.020 0.006 0.006 0.011 91 Y 0.037 0.133 0.127 0.379 0.009 0.061 0.010 0.029 0.026 0.012 0.042 0.072 0.030 0.002 0.014 0.015 92 K 0.050 0.069 0.191 0.304 0.034 0.093 0.023 0.008 0.030 0.014 0.040 0.044 0.046 0.007 0.004 0.042 93 V 0.061 0.073 0.174 0.364 0.037 0.068 0.026 0.024 0.006 0.004 0.057 0.035 0.044 0.008 0.008 0.011