# TARGET T0288 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 195.398 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.076 0.015 0.006 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.011 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.121 0.012 0.069 0.668 2 M 0.084 0.016 0.006 0.003 0.006 0.004 0.004 0.003 0.002 0.008 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.223 0.008 0.082 0.545 3 V 0.033 0.009 0.004 0.001 0.005 0.005 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.181 0.003 0.335 0.412 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.995 5 G 0.011 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.542 0.004 0.039 0.386 6 K 0.310 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.314 0.009 0.048 0.300 7 V 0.015 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.532 0.001 0.041 0.386 8 T 0.004 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.003 0.850 0.001 0.012 0.097 9 L 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.030 0.020 0.018 0.683 0.002 0.026 0.193 10 Q 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.101 0.136 0.177 0.024 0.359 0.002 0.032 0.154 11 K 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.005 0.012 0.040 0.020 0.007 0.003 0.502 0.002 0.045 0.345 12 D 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.129 0.100 0.009 0.014 0.003 0.002 0.001 0.199 0.003 0.056 0.398 13 A 0.022 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.184 0.011 0.081 0.647 14 Q 0.031 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.012 0.288 0.587 15 N 0.430 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.072 0.119 0.339 16 L 0.126 0.027 0.012 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.028 0.131 0.548 17 I 0.031 0.004 0.040 0.004 0.065 0.015 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.435 0.013 0.117 0.262 18 G 0.012 0.001 0.001 0.001 0.034 0.085 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.469 0.004 0.080 0.301 19 I 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.025 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.826 0.001 0.023 0.095 20 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.879 0.001 0.017 0.085 21 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.006 0.005 0.011 0.841 0.002 0.017 0.104 22 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.005 0.024 0.024 0.015 0.020 0.650 0.005 0.067 0.180 23 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.009 0.009 0.015 0.017 0.005 0.005 0.270 0.009 0.101 0.545 24 G 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.016 0.002 0.007 0.005 0.003 0.003 0.002 0.174 0.011 0.122 0.626 25 A 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.001 0.002 0.015 0.011 0.007 0.001 0.001 0.086 0.007 0.132 0.642 26 Q 0.122 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.005 0.084 0.694 27 Y 0.221 0.011 0.003 0.004 0.007 0.008 0.002 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.009 0.066 0.593 28 C 0.175 0.016 0.007 0.005 0.016 0.015 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.007 0.097 0.558 29 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 30 C 0.013 0.001 0.001 0.001 0.031 0.045 0.034 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.343 0.004 0.079 0.434 31 L 0.036 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.615 0.003 0.046 0.275 32 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.908 0.001 0.012 0.062 33 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.727 0.002 0.034 0.219 34 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.945 0.001 0.009 0.037 35 Q 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.005 0.005 0.005 0.587 0.003 0.061 0.318 36 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.684 0.004 0.038 0.248 37 F 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.003 0.014 0.002 0.004 0.003 0.003 0.524 0.004 0.064 0.359 38 D 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.003 0.029 0.909 39 N 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.108 0.005 0.245 0.625 40 T 0.156 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.015 0.185 0.598 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 42 A 0.012 0.002 0.001 0.001 0.013 0.014 0.015 0.005 0.001 0.002 0.006 0.003 0.007 0.003 0.001 0.001 0.100 0.003 0.278 0.534 43 A 0.220 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.004 0.186 0.526 44 L 0.311 0.201 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.006 0.020 0.399 45 D 0.143 0.216 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.013 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.022 0.043 0.479 46 G 0.274 0.073 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.043 0.037 0.467 47 T 0.194 0.028 0.022 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.036 0.161 0.505 48 V 0.074 0.016 0.017 0.009 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.008 0.001 0.001 0.302 0.004 0.094 0.452 49 A 0.003 0.005 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.124 0.001 0.697 0.154 50 A 0.022 0.020 0.002 0.001 0.010 0.007 0.002 0.001 0.050 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.259 0.003 0.103 0.517 51 G 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.852 0.002 0.018 0.110 52 D 0.836 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.008 0.005 0.115 53 E 0.114 0.097 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.441 0.011 0.099 0.220 54 I 0.013 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.896 0.001 0.021 0.050 55 T 0.003 0.032 0.001 0.001 0.014 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.241 0.086 0.004 0.001 0.515 0.002 0.029 0.051 56 G 0.002 0.009 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.015 0.003 0.001 0.015 0.001 0.002 0.001 0.864 0.002 0.017 0.057 57 V 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.812 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.122 0.001 0.008 0.039 58 N 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.005 0.002 0.003 0.005 0.007 0.011 0.513 0.020 0.051 0.350 59 G 0.030 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.084 0.024 0.109 0.729 60 R 0.283 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.041 0.010 0.003 0.001 0.031 0.010 0.291 0.313 61 S 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.004 0.107 0.800 62 I 0.004 0.003 0.001 0.003 0.674 0.015 0.011 0.002 0.074 0.005 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.019 0.154 63 K 0.021 0.012 0.003 0.001 0.011 0.052 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.003 0.282 0.547 64 G 0.057 0.008 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.020 0.101 0.743 65 K 0.585 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.012 0.063 0.278 66 T 0.017 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.368 0.582 67 K 0.022 0.011 0.009 0.001 0.053 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.006 0.052 0.766 68 V 0.004 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.010 0.122 0.806 69 E 0.004 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.636 0.326 70 V 0.003 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.064 71 A 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 72 K 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 73 M 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.015 74 I 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.011 75 Q 0.021 0.924 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.028 76 E 0.086 0.781 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.001 0.060 77 V 0.171 0.635 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.001 0.089 78 K 0.144 0.300 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.035 0.021 0.474 79 G 0.015 0.034 0.200 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.009 0.060 0.649 80 E 0.349 0.011 0.025 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.018 0.090 0.409 81 V 0.030 0.007 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.446 0.004 0.096 0.400 82 T 0.003 0.002 0.003 0.002 0.061 0.015 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.661 0.001 0.052 0.192 83 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.831 0.001 0.019 0.117 84 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.001 0.009 0.040 85 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.838 0.001 0.014 0.137 86 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.940 0.001 0.008 0.043 87 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.477 0.004 0.058 0.447 88 L 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.632 0.004 0.053 0.287 89 Q 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.329 0.004 0.093 0.538 90 Y 0.025 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.210 0.004 0.036 0.704 91 Y 0.037 0.023 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.002 0.014 0.007 0.004 0.004 0.321 0.007 0.045 0.519 92 K 0.067 0.013 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.096 0.013 0.070 0.727 93 V 0.070 0.024 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.002 0.002 0.004 0.003 0.003 0.002 0.153 0.005 0.061 0.637