# TARGET T0288 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1199 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.077 0.010 0.050 0.007 0.117 0.066 0.673 2 M 0.299 0.026 0.026 0.008 0.085 0.085 0.472 3 V 0.479 0.020 0.006 0.004 0.113 0.018 0.360 4 P 0.610 0.013 0.003 0.001 0.047 0.006 0.321 5 G 0.740 0.004 0.002 0.001 0.016 0.003 0.234 6 K 0.951 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.034 7 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 8 T 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 9 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 10 Q 0.926 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.064 11 K 0.696 0.010 0.003 0.002 0.059 0.015 0.216 12 D 0.289 0.014 0.010 0.002 0.189 0.077 0.419 13 A 0.038 0.005 0.026 0.002 0.287 0.467 0.174 14 Q 0.033 0.009 0.036 0.002 0.335 0.453 0.132 15 N 0.102 0.007 0.025 0.002 0.443 0.152 0.271 16 L 0.340 0.024 0.014 0.001 0.145 0.077 0.399 17 I 0.596 0.019 0.009 0.002 0.082 0.036 0.256 18 G 0.853 0.008 0.004 0.001 0.036 0.019 0.079 19 I 0.924 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.058 20 S 0.924 0.005 0.001 0.001 0.006 0.002 0.061 21 I 0.906 0.011 0.001 0.001 0.009 0.006 0.066 22 G 0.849 0.013 0.003 0.002 0.030 0.024 0.080 23 G 0.406 0.018 0.012 0.006 0.172 0.129 0.257 24 G 0.141 0.016 0.033 0.006 0.291 0.189 0.324 25 A 0.102 0.015 0.062 0.011 0.291 0.316 0.203 26 Q 0.092 0.020 0.074 0.014 0.271 0.362 0.167 27 Y 0.091 0.018 0.047 0.013 0.312 0.271 0.248 28 C 0.134 0.017 0.030 0.008 0.244 0.155 0.412 29 P 0.220 0.015 0.026 0.008 0.337 0.112 0.281 30 C 0.604 0.014 0.011 0.002 0.089 0.039 0.240 31 L 0.884 0.010 0.002 0.001 0.010 0.003 0.089 32 Y 0.954 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.034 33 I 0.945 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.045 34 V 0.926 0.001 0.003 0.001 0.010 0.003 0.056 35 Q 0.877 0.010 0.004 0.002 0.019 0.004 0.085 36 V 0.671 0.048 0.004 0.003 0.032 0.005 0.236 37 F 0.227 0.012 0.009 0.003 0.050 0.017 0.682 38 D 0.011 0.003 0.014 0.004 0.140 0.779 0.050 39 N 0.004 0.003 0.010 0.003 0.257 0.662 0.060 40 T 0.015 0.026 0.005 0.015 0.278 0.013 0.650 41 P 0.016 0.020 0.065 0.523 0.074 0.105 0.197 42 A 0.031 0.018 0.181 0.472 0.047 0.164 0.087 43 A 0.031 0.010 0.270 0.436 0.045 0.130 0.077 44 L 0.039 0.013 0.119 0.462 0.066 0.209 0.091 45 D 0.041 0.008 0.073 0.148 0.095 0.537 0.096 46 G 0.041 0.002 0.022 0.027 0.111 0.685 0.112 47 T 0.158 0.019 0.010 0.007 0.204 0.086 0.516 48 V 0.248 0.179 0.003 0.003 0.050 0.005 0.513 49 A 0.095 0.013 0.005 0.001 0.037 0.007 0.841 50 A 0.030 0.007 0.069 0.003 0.206 0.621 0.064 51 G 0.029 0.002 0.027 0.001 0.113 0.800 0.029 52 D 0.251 0.007 0.051 0.002 0.098 0.062 0.529 53 E 0.845 0.007 0.001 0.001 0.017 0.002 0.128 54 I 0.978 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 55 T 0.989 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 56 G 0.968 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.025 57 V 0.875 0.002 0.003 0.001 0.012 0.033 0.074 58 N 0.057 0.001 0.009 0.001 0.047 0.874 0.012 59 G 0.025 0.001 0.010 0.001 0.139 0.801 0.024 60 R 0.572 0.031 0.002 0.001 0.094 0.014 0.285 61 S 0.641 0.161 0.001 0.001 0.008 0.003 0.185 62 I 0.638 0.040 0.013 0.005 0.039 0.036 0.229 63 K 0.184 0.007 0.034 0.013 0.143 0.497 0.123 64 G 0.047 0.003 0.037 0.024 0.293 0.514 0.083 65 K 0.080 0.024 0.010 0.035 0.263 0.056 0.532 66 T 0.050 0.061 0.003 0.067 0.118 0.022 0.679 67 K 0.001 0.001 0.008 0.971 0.007 0.007 0.005 68 V 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.004 0.001 69 E 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.003 0.001 70 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 72 K 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.005 0.001 73 M 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.009 0.001 74 I 0.002 0.001 0.010 0.971 0.001 0.012 0.003 75 Q 0.003 0.001 0.017 0.902 0.004 0.071 0.003 76 E 0.003 0.001 0.011 0.735 0.020 0.220 0.011 77 V 0.010 0.006 0.019 0.247 0.229 0.171 0.317 78 K 0.007 0.003 0.021 0.017 0.277 0.520 0.156 79 G 0.014 0.002 0.016 0.003 0.370 0.515 0.080 80 E 0.261 0.007 0.009 0.001 0.188 0.063 0.472 81 V 0.745 0.004 0.001 0.001 0.013 0.002 0.236 82 T 0.978 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.015 83 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 84 H 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 85 Y 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 86 N 0.855 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.131 87 K 0.559 0.010 0.002 0.001 0.043 0.004 0.383 88 L 0.212 0.015 0.005 0.003 0.171 0.028 0.566 89 Q 0.057 0.012 0.006 0.004 0.255 0.062 0.603 90 Y 0.020 0.011 0.006 0.005 0.314 0.078 0.566 91 Y 0.008 0.007 0.005 0.007 0.199 0.053 0.721 92 K 0.009 0.008 0.004 0.006 0.007 0.070 0.894 93 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999