# TARGET T0288 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 195.398 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.282 0.121 0.252 0.176 0.103 0.007 0.013 0.014 0.005 0.026 0.001 2 M 0.174 0.068 0.159 0.198 0.064 0.026 0.172 0.096 0.019 0.022 0.001 3 V 0.042 0.547 0.280 0.006 0.020 0.021 0.004 0.001 0.079 0.001 0.001 4 P 0.056 0.045 0.831 0.006 0.001 0.048 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 5 G 0.143 0.271 0.135 0.067 0.312 0.005 0.015 0.028 0.006 0.017 0.001 6 K 0.013 0.688 0.182 0.004 0.093 0.010 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 7 V 0.010 0.489 0.431 0.003 0.004 0.042 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 8 T 0.018 0.813 0.078 0.008 0.026 0.015 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 9 L 0.010 0.483 0.446 0.002 0.011 0.036 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 10 Q 0.023 0.427 0.424 0.009 0.020 0.054 0.003 0.001 0.038 0.001 0.001 11 K 0.085 0.410 0.362 0.018 0.055 0.032 0.004 0.001 0.028 0.004 0.001 12 D 0.056 0.173 0.418 0.045 0.073 0.088 0.034 0.004 0.095 0.013 0.001 13 A 0.535 0.026 0.098 0.167 0.040 0.017 0.044 0.041 0.004 0.026 0.002 14 Q 0.456 0.057 0.080 0.328 0.018 0.012 0.028 0.011 0.005 0.004 0.001 15 N 0.124 0.107 0.099 0.342 0.071 0.018 0.169 0.029 0.034 0.006 0.001 16 L 0.093 0.214 0.357 0.060 0.066 0.067 0.092 0.011 0.032 0.006 0.003 17 I 0.062 0.507 0.194 0.144 0.054 0.015 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 18 G 0.013 0.163 0.137 0.028 0.531 0.008 0.019 0.030 0.005 0.065 0.001 19 I 0.003 0.804 0.095 0.003 0.084 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 20 S 0.005 0.807 0.109 0.003 0.040 0.021 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 21 I 0.015 0.748 0.135 0.012 0.037 0.030 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 22 G 0.031 0.360 0.180 0.032 0.263 0.019 0.040 0.011 0.042 0.021 0.001 23 G 0.020 0.026 0.101 0.029 0.229 0.003 0.110 0.151 0.005 0.325 0.002 24 G 0.069 0.025 0.233 0.030 0.132 0.006 0.035 0.190 0.003 0.272 0.005 25 A 0.420 0.130 0.183 0.166 0.038 0.020 0.013 0.008 0.009 0.012 0.001 26 Q 0.278 0.153 0.174 0.225 0.050 0.024 0.060 0.013 0.013 0.008 0.001 27 Y 0.206 0.132 0.155 0.299 0.071 0.032 0.048 0.028 0.019 0.009 0.002 28 C 0.031 0.261 0.282 0.006 0.056 0.020 0.030 0.001 0.311 0.003 0.001 29 P 0.337 0.008 0.469 0.033 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 30 C 0.107 0.207 0.319 0.124 0.082 0.077 0.034 0.021 0.020 0.006 0.002 31 L 0.017 0.590 0.291 0.013 0.061 0.009 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 32 Y 0.006 0.727 0.208 0.003 0.016 0.025 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 33 I 0.003 0.399 0.519 0.001 0.003 0.068 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 34 V 0.478 0.103 0.014 0.380 0.013 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 35 Q 0.001 0.693 0.034 0.001 0.261 0.003 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 36 V 0.019 0.669 0.245 0.006 0.005 0.028 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 37 F 0.014 0.636 0.130 0.004 0.037 0.016 0.002 0.001 0.160 0.001 0.001 38 D 0.061 0.021 0.861 0.021 0.003 0.017 0.007 0.001 0.001 0.006 0.002 39 N 0.021 0.010 0.036 0.267 0.015 0.011 0.146 0.484 0.005 0.005 0.001 40 T 0.004 0.196 0.712 0.001 0.036 0.014 0.004 0.001 0.030 0.002 0.001 41 P 0.326 0.031 0.551 0.028 0.003 0.032 0.003 0.002 0.003 0.001 0.021 42 A 0.437 0.144 0.303 0.044 0.031 0.019 0.003 0.004 0.009 0.006 0.001 43 A 0.451 0.154 0.208 0.121 0.032 0.018 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 44 L 0.545 0.163 0.133 0.084 0.021 0.020 0.009 0.002 0.021 0.003 0.001 45 D 0.110 0.046 0.272 0.403 0.021 0.020 0.098 0.008 0.017 0.004 0.001 46 G 0.008 0.004 0.019 0.016 0.032 0.001 0.129 0.732 0.001 0.058 0.001 47 T 0.050 0.459 0.352 0.051 0.026 0.045 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 48 V 0.013 0.429 0.498 0.003 0.011 0.033 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 49 A 0.012 0.551 0.367 0.003 0.020 0.013 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 50 A 0.037 0.008 0.948 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 G 0.027 0.001 0.010 0.011 0.007 0.001 0.024 0.838 0.001 0.079 0.001 52 D 0.028 0.096 0.734 0.031 0.016 0.058 0.018 0.001 0.017 0.001 0.001 53 E 0.045 0.623 0.263 0.019 0.017 0.021 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 54 I 0.041 0.456 0.433 0.001 0.003 0.055 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 55 T 0.667 0.101 0.019 0.195 0.005 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 56 G 0.041 0.386 0.098 0.010 0.447 0.008 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 57 V 0.187 0.654 0.039 0.045 0.013 0.016 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 58 N 0.039 0.120 0.100 0.308 0.041 0.045 0.205 0.003 0.132 0.006 0.001 59 G 0.012 0.004 0.023 0.017 0.036 0.002 0.132 0.690 0.001 0.083 0.001 60 R 0.070 0.466 0.351 0.042 0.045 0.011 0.002 0.001 0.010 0.003 0.001 61 S 0.069 0.110 0.724 0.008 0.016 0.048 0.007 0.002 0.007 0.006 0.003 62 I 0.256 0.309 0.166 0.146 0.024 0.056 0.007 0.001 0.033 0.001 0.001 63 K 0.103 0.132 0.582 0.085 0.014 0.018 0.045 0.001 0.017 0.002 0.001 64 G 0.012 0.002 0.007 0.029 0.013 0.001 0.145 0.744 0.001 0.046 0.001 65 K 0.014 0.293 0.595 0.017 0.025 0.032 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 66 T 0.005 0.072 0.873 0.001 0.011 0.030 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 67 K 0.993 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 M 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.937 0.001 0.001 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.954 0.002 0.022 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.405 0.003 0.015 0.559 0.002 0.004 0.004 0.006 0.004 0.001 0.001 77 V 0.153 0.111 0.438 0.111 0.004 0.074 0.008 0.001 0.099 0.001 0.001 78 K 0.055 0.025 0.125 0.213 0.012 0.022 0.503 0.012 0.015 0.019 0.001 79 G 0.007 0.004 0.021 0.016 0.047 0.001 0.046 0.758 0.001 0.101 0.001 80 E 0.020 0.468 0.401 0.031 0.044 0.021 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 81 V 0.001 0.433 0.504 0.001 0.008 0.039 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 82 T 0.005 0.843 0.102 0.003 0.012 0.019 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 83 I 0.001 0.744 0.211 0.001 0.015 0.015 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 84 H 0.001 0.790 0.154 0.001 0.008 0.027 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 85 Y 0.005 0.770 0.154 0.002 0.023 0.028 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 86 N 0.011 0.612 0.161 0.009 0.067 0.065 0.005 0.001 0.067 0.001 0.001 87 K 0.089 0.407 0.337 0.018 0.038 0.057 0.007 0.001 0.043 0.001 0.002 88 L 0.204 0.121 0.505 0.040 0.010 0.072 0.011 0.001 0.027 0.002 0.006 89 Q 0.215 0.212 0.342 0.074 0.031 0.051 0.028 0.004 0.034 0.002 0.006 90 Y 0.272 0.177 0.265 0.121 0.044 0.041 0.034 0.009 0.024 0.008 0.004 91 Y 0.123 0.231 0.302 0.101 0.084 0.045 0.052 0.010 0.046 0.006 0.001 92 K 0.165 0.214 0.370 0.109 0.019 0.067 0.022 0.003 0.026 0.001 0.003 93 V 0.093 0.358 0.380 0.048 0.032 0.056 0.005 0.002 0.025 0.002 0.001