# TARGET T0288 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1801 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.010 0.009 0.096 0.088 0.163 0.007 0.121 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 0.013 0.140 0.067 0.116 0.129 0.001 2 M 0.011 0.014 0.075 0.068 0.227 0.004 0.083 0.004 0.002 0.002 0.003 0.002 0.004 0.002 0.032 0.030 0.080 0.120 0.094 0.141 0.002 3 V 0.006 0.012 0.153 0.140 0.051 0.001 0.014 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.003 0.075 0.016 0.039 0.018 0.115 0.340 0.004 4 P 0.006 0.015 0.010 0.020 0.685 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.002 0.013 0.061 0.034 0.014 0.038 0.077 0.002 5 G 0.042 0.073 0.311 0.170 0.056 0.002 0.028 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.025 0.014 0.173 0.011 0.011 0.015 0.012 0.023 0.013 6 K 0.093 0.148 0.020 0.040 0.262 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.059 0.027 0.053 0.029 0.046 0.086 0.004 0.003 0.019 0.008 0.099 7 V 0.128 0.186 0.048 0.028 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.039 0.142 0.067 0.175 0.018 0.001 0.001 0.005 0.003 0.035 8 T 0.154 0.239 0.047 0.110 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.044 0.089 0.044 0.035 0.024 0.001 0.001 0.005 0.003 0.056 9 L 0.166 0.186 0.022 0.026 0.261 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.026 0.082 0.035 0.063 0.043 0.002 0.002 0.005 0.003 0.037 10 Q 0.177 0.157 0.093 0.137 0.047 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.025 0.027 0.073 0.057 0.140 0.017 0.002 0.002 0.011 0.007 0.023 11 K 0.152 0.077 0.033 0.072 0.475 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.020 0.014 0.038 0.039 0.018 0.009 0.016 0.016 0.004 12 D 0.040 0.039 0.144 0.163 0.111 0.001 0.024 0.003 0.001 0.001 0.006 0.009 0.012 0.014 0.103 0.024 0.026 0.028 0.122 0.124 0.004 13 A 0.007 0.005 0.027 0.021 0.150 0.002 0.020 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.018 0.604 0.033 0.024 0.053 0.001 14 Q 0.002 0.003 0.019 0.016 0.046 0.007 0.688 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.010 0.070 0.028 0.021 0.058 0.001 15 N 0.007 0.012 0.076 0.056 0.061 0.006 0.264 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.004 0.034 0.023 0.085 0.170 0.066 0.119 0.002 16 L 0.022 0.040 0.103 0.073 0.189 0.002 0.042 0.003 0.002 0.001 0.011 0.009 0.017 0.013 0.056 0.078 0.078 0.053 0.086 0.110 0.012 17 I 0.047 0.092 0.079 0.052 0.228 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.028 0.020 0.040 0.040 0.133 0.065 0.022 0.010 0.035 0.059 0.021 18 G 0.065 0.116 0.090 0.075 0.086 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.054 0.030 0.076 0.087 0.159 0.032 0.007 0.013 0.015 0.011 0.072 19 I 0.084 0.106 0.027 0.023 0.094 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.093 0.050 0.117 0.141 0.076 0.080 0.002 0.003 0.012 0.005 0.086 20 S 0.089 0.080 0.069 0.046 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.048 0.135 0.231 0.140 0.022 0.002 0.001 0.007 0.004 0.038 21 I 0.083 0.088 0.017 0.047 0.128 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 0.035 0.090 0.247 0.065 0.119 0.006 0.004 0.008 0.006 0.019 22 G 0.068 0.067 0.070 0.083 0.047 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.024 0.032 0.080 0.231 0.184 0.037 0.012 0.007 0.017 0.017 0.011 23 G 0.032 0.036 0.045 0.078 0.188 0.002 0.033 0.002 0.001 0.001 0.009 0.013 0.025 0.090 0.076 0.143 0.055 0.040 0.048 0.078 0.005 24 G 0.016 0.018 0.071 0.055 0.159 0.004 0.077 0.004 0.002 0.002 0.004 0.005 0.008 0.018 0.107 0.055 0.075 0.093 0.076 0.146 0.003 25 A 0.011 0.009 0.110 0.057 0.095 0.010 0.048 0.008 0.003 0.001 0.003 0.003 0.004 0.006 0.067 0.030 0.191 0.058 0.098 0.186 0.002 26 Q 0.007 0.007 0.047 0.041 0.108 0.019 0.124 0.008 0.003 0.002 0.002 0.002 0.004 0.007 0.047 0.034 0.226 0.059 0.104 0.144 0.002 27 Y 0.007 0.011 0.054 0.052 0.102 0.005 0.132 0.004 0.002 0.002 0.003 0.003 0.005 0.005 0.054 0.029 0.134 0.075 0.126 0.193 0.002 28 C 0.008 0.011 0.091 0.066 0.106 0.002 0.024 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.004 0.003 0.027 0.025 0.066 0.051 0.156 0.345 0.002 29 P 0.009 0.015 0.068 0.058 0.158 0.003 0.032 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.004 0.054 0.044 0.273 0.043 0.038 0.182 0.004 30 C 0.032 0.087 0.045 0.059 0.193 0.005 0.144 0.003 0.001 0.001 0.015 0.013 0.038 0.041 0.098 0.075 0.026 0.032 0.030 0.042 0.022 31 L 0.127 0.213 0.069 0.064 0.091 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.043 0.032 0.088 0.090 0.064 0.046 0.005 0.007 0.018 0.009 0.025 32 Y 0.179 0.147 0.054 0.041 0.076 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.047 0.127 0.150 0.047 0.030 0.003 0.002 0.008 0.003 0.038 33 I 0.184 0.151 0.031 0.035 0.062 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.052 0.067 0.097 0.130 0.098 0.021 0.003 0.002 0.005 0.002 0.058 34 V 0.165 0.180 0.027 0.039 0.059 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 0.031 0.154 0.172 0.100 0.019 0.002 0.002 0.002 0.003 0.018 35 Q 0.124 0.143 0.076 0.157 0.054 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.065 0.043 0.073 0.115 0.055 0.023 0.004 0.006 0.011 0.009 0.038 36 V 0.081 0.124 0.021 0.031 0.442 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.030 0.025 0.046 0.102 0.019 0.019 0.014 0.016 0.004 37 F 0.035 0.026 0.163 0.188 0.025 0.001 0.013 0.001 0.002 0.002 0.006 0.008 0.009 0.015 0.239 0.015 0.022 0.012 0.070 0.141 0.003 38 D 0.003 0.002 0.006 0.010 0.220 0.002 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.039 0.501 0.016 0.033 0.123 0.001 39 N 0.001 0.002 0.016 0.010 0.022 0.007 0.615 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.009 0.062 0.130 0.025 0.060 0.001 40 T 0.005 0.006 0.099 0.042 0.040 0.002 0.018 0.013 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.016 0.017 0.080 0.084 0.192 0.375 0.001 41 P 0.005 0.011 0.033 0.028 0.332 0.003 0.020 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.020 0.244 0.060 0.060 0.122 0.002 42 A 0.015 0.025 0.086 0.049 0.128 0.014 0.174 0.176 0.003 0.001 0.003 0.002 0.004 0.002 0.038 0.013 0.153 0.048 0.034 0.031 0.002 43 A 0.029 0.034 0.094 0.095 0.101 0.014 0.134 0.253 0.005 0.001 0.004 0.003 0.009 0.006 0.035 0.008 0.073 0.021 0.047 0.032 0.002 44 L 0.028 0.022 0.045 0.070 0.099 0.006 0.117 0.041 0.074 0.022 0.005 0.006 0.014 0.010 0.022 0.026 0.277 0.043 0.036 0.034 0.003 45 D 0.009 0.011 0.015 0.022 0.123 0.002 0.489 0.010 0.003 0.001 0.002 0.002 0.006 0.003 0.017 0.028 0.070 0.013 0.048 0.123 0.001 46 G 0.011 0.013 0.091 0.036 0.114 0.005 0.136 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.017 0.009 0.033 0.430 0.032 0.049 0.004 47 T 0.031 0.028 0.148 0.057 0.276 0.003 0.016 0.009 0.001 0.001 0.004 0.003 0.008 0.006 0.031 0.088 0.072 0.041 0.107 0.062 0.007 48 V 0.026 0.046 0.117 0.107 0.261 0.001 0.011 0.005 0.001 0.001 0.004 0.004 0.021 0.007 0.158 0.014 0.032 0.017 0.081 0.082 0.004 49 A 0.011 0.014 0.118 0.129 0.134 0.001 0.006 0.006 0.002 0.002 0.009 0.005 0.004 0.003 0.048 0.033 0.033 0.026 0.100 0.310 0.005 50 A 0.004 0.004 0.021 0.021 0.139 0.001 0.017 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.032 0.028 0.579 0.020 0.023 0.096 0.001 51 G 0.005 0.013 0.025 0.024 0.062 0.007 0.648 0.021 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.035 0.020 0.033 0.043 0.017 0.032 0.002 52 D 0.100 0.104 0.198 0.084 0.171 0.003 0.047 0.044 0.001 0.001 0.007 0.006 0.016 0.005 0.019 0.026 0.031 0.040 0.060 0.031 0.006 53 E 0.182 0.132 0.191 0.092 0.149 0.002 0.006 0.056 0.001 0.001 0.006 0.009 0.036 0.011 0.030 0.013 0.034 0.011 0.021 0.010 0.009 54 I 0.223 0.259 0.029 0.070 0.213 0.002 0.015 0.038 0.001 0.001 0.006 0.022 0.033 0.019 0.016 0.013 0.012 0.004 0.008 0.004 0.011 55 T 0.207 0.226 0.096 0.131 0.043 0.002 0.012 0.050 0.001 0.001 0.012 0.015 0.061 0.056 0.048 0.005 0.011 0.003 0.004 0.004 0.012 56 G 0.169 0.278 0.035 0.096 0.118 0.004 0.015 0.054 0.004 0.001 0.018 0.021 0.047 0.060 0.023 0.010 0.013 0.005 0.006 0.004 0.018 57 V 0.197 0.143 0.096 0.073 0.072 0.002 0.019 0.020 0.045 0.015 0.019 0.024 0.047 0.040 0.082 0.015 0.040 0.006 0.013 0.011 0.021 58 N 0.073 0.055 0.041 0.062 0.255 0.003 0.081 0.010 0.005 0.001 0.006 0.007 0.016 0.015 0.076 0.033 0.079 0.007 0.032 0.135 0.007 59 G 0.021 0.025 0.045 0.027 0.246 0.004 0.122 0.008 0.002 0.001 0.007 0.006 0.010 0.012 0.032 0.034 0.033 0.281 0.030 0.039 0.014 60 R 0.026 0.031 0.252 0.090 0.063 0.004 0.013 0.011 0.002 0.001 0.010 0.009 0.023 0.028 0.102 0.069 0.049 0.028 0.068 0.109 0.014 61 S 0.020 0.025 0.039 0.034 0.501 0.002 0.012 0.007 0.001 0.001 0.005 0.006 0.020 0.026 0.056 0.053 0.054 0.021 0.070 0.042 0.006 62 I 0.013 0.012 0.120 0.099 0.054 0.003 0.029 0.007 0.006 0.005 0.010 0.010 0.010 0.024 0.242 0.052 0.084 0.041 0.087 0.087 0.004 63 K 0.005 0.004 0.021 0.033 0.097 0.010 0.091 0.013 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.010 0.056 0.051 0.319 0.022 0.057 0.198 0.001 64 G 0.001 0.003 0.007 0.009 0.047 0.008 0.366 0.017 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.037 0.065 0.059 0.276 0.044 0.048 0.001 65 K 0.005 0.003 0.091 0.058 0.012 0.001 0.029 0.021 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.046 0.016 0.123 0.053 0.149 0.383 0.001 66 T 0.002 0.002 0.006 0.010 0.095 0.001 0.009 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.029 0.022 0.216 0.537 0.001 67 K 0.001 0.001 0.014 0.002 0.003 0.001 0.002 0.092 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.837 0.018 0.011 0.009 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 70 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 73 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.947 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.180 0.604 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.003 0.002 0.003 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.407 0.080 0.222 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.172 0.042 0.009 0.004 0.001 77 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.291 0.009 0.035 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.143 0.067 0.248 0.157 0.001 78 K 0.001 0.001 0.004 0.002 0.013 0.001 0.183 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 0.109 0.289 0.181 0.181 0.001 79 G 0.001 0.002 0.030 0.010 0.036 0.004 0.098 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.011 0.047 0.150 0.040 0.203 0.145 0.208 0.004 80 E 0.007 0.020 0.089 0.047 0.072 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.012 0.010 0.023 0.057 0.244 0.109 0.035 0.035 0.103 0.075 0.039 81 V 0.020 0.042 0.036 0.017 0.219 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.054 0.032 0.058 0.099 0.140 0.177 0.005 0.008 0.029 0.015 0.044 82 T 0.031 0.035 0.115 0.083 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.032 0.082 0.137 0.325 0.028 0.003 0.003 0.008 0.008 0.030 83 I 0.031 0.034 0.008 0.014 0.282 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.062 0.025 0.068 0.111 0.080 0.240 0.004 0.004 0.009 0.005 0.020 84 H 0.044 0.037 0.121 0.139 0.017 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.031 0.034 0.071 0.108 0.320 0.022 0.004 0.004 0.020 0.017 0.008 85 Y 0.025 0.021 0.019 0.046 0.467 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.010 0.014 0.040 0.158 0.062 0.018 0.030 0.069 0.002 86 N 0.015 0.021 0.093 0.086 0.115 0.004 0.087 0.009 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.008 0.178 0.028 0.067 0.043 0.066 0.161 0.002 87 K 0.012 0.013 0.060 0.053 0.145 0.004 0.085 0.023 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.049 0.028 0.245 0.103 0.067 0.100 0.001 88 L 0.019 0.019 0.088 0.079 0.151 0.011 0.165 0.052 0.002 0.001 0.003 0.003 0.006 0.003 0.041 0.019 0.101 0.052 0.086 0.098 0.002 89 Q 0.025 0.033 0.087 0.113 0.156 0.010 0.105 0.062 0.003 0.001 0.003 0.004 0.007 0.003 0.034 0.017 0.103 0.060 0.082 0.090 0.002 90 Y 0.030 0.039 0.055 0.111 0.274 0.005 0.067 0.067 0.003 0.001 0.004 0.004 0.010 0.003 0.032 0.023 0.090 0.045 0.066 0.069 0.003 91 Y 0.037 0.047 0.104 0.153 0.179 0.005 0.059 0.077 0.003 0.001 0.005 0.005 0.011 0.004 0.047 0.016 0.067 0.034 0.064 0.079 0.003 92 K 0.038 0.043 0.067 0.112 0.278 0.004 0.051 0.071 0.004 0.001 0.004 0.004 0.010 0.004 0.037 0.022 0.082 0.040 0.062 0.062 0.004 93 V 0.038 0.044 0.094 0.126 0.213 0.005 0.055 0.070 0.004 0.001 0.005 0.004 0.011 0.004 0.057 0.019 0.071 0.032 0.067 0.077 0.004