# TARGET T0288 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1801 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.005 0.001 0.001 0.009 0.013 0.032 0.092 0.001 0.001 0.017 0.827 2 M 0.012 0.001 0.001 0.009 0.027 0.030 0.093 0.001 0.001 0.025 0.800 3 V 0.207 0.002 0.001 0.011 0.060 0.033 0.140 0.018 0.001 0.110 0.418 4 P 0.024 0.001 0.001 0.014 0.004 0.009 0.153 0.001 0.001 0.036 0.755 5 G 0.003 0.002 0.001 0.077 0.063 0.159 0.124 0.002 0.001 0.050 0.520 6 K 0.003 0.001 0.001 0.140 0.098 0.216 0.086 0.001 0.001 0.072 0.382 7 V 0.001 0.001 0.001 0.238 0.229 0.226 0.028 0.001 0.001 0.039 0.236 8 T 0.003 0.001 0.001 0.244 0.254 0.290 0.023 0.001 0.001 0.048 0.136 9 L 0.003 0.001 0.001 0.114 0.213 0.223 0.040 0.001 0.001 0.026 0.381 10 Q 0.009 0.004 0.001 0.187 0.180 0.250 0.069 0.001 0.001 0.039 0.260 11 K 0.018 0.002 0.008 0.052 0.052 0.108 0.086 0.002 0.008 0.027 0.637 12 D 0.372 0.008 0.004 0.012 0.030 0.035 0.050 0.013 0.006 0.049 0.422 13 A 0.274 0.006 0.002 0.005 0.008 0.012 0.061 0.005 0.001 0.063 0.562 14 Q 0.012 0.001 0.003 0.014 0.010 0.035 0.096 0.001 0.001 0.036 0.792 15 N 0.003 0.001 0.001 0.017 0.169 0.309 0.069 0.001 0.001 0.061 0.369 16 L 0.006 0.001 0.001 0.020 0.158 0.153 0.084 0.001 0.001 0.069 0.508 17 I 0.001 0.001 0.001 0.051 0.304 0.357 0.046 0.001 0.001 0.041 0.199 18 G 0.001 0.001 0.001 0.059 0.224 0.501 0.026 0.001 0.001 0.076 0.114 19 I 0.001 0.001 0.001 0.185 0.308 0.299 0.021 0.001 0.001 0.054 0.132 20 S 0.003 0.001 0.001 0.259 0.268 0.312 0.022 0.001 0.001 0.056 0.077 21 I 0.015 0.001 0.001 0.105 0.245 0.330 0.034 0.001 0.001 0.076 0.192 22 G 0.029 0.003 0.001 0.123 0.086 0.152 0.093 0.001 0.002 0.041 0.468 23 G 0.024 0.003 0.002 0.049 0.049 0.131 0.150 0.009 0.002 0.037 0.543 24 G 0.291 0.010 0.002 0.017 0.027 0.032 0.084 0.007 0.003 0.067 0.460 25 A 0.157 0.002 0.002 0.012 0.026 0.033 0.108 0.004 0.001 0.045 0.611 26 Q 0.018 0.001 0.001 0.013 0.015 0.033 0.100 0.001 0.001 0.021 0.797 27 Y 0.039 0.001 0.001 0.016 0.041 0.052 0.167 0.003 0.001 0.041 0.639 28 C 0.015 0.001 0.001 0.011 0.038 0.030 0.194 0.004 0.001 0.033 0.675 29 P 0.002 0.001 0.001 0.080 0.104 0.165 0.161 0.001 0.001 0.033 0.452 30 C 0.001 0.001 0.001 0.238 0.113 0.343 0.047 0.001 0.001 0.075 0.183 31 L 0.001 0.001 0.001 0.388 0.191 0.256 0.017 0.001 0.001 0.054 0.093 32 Y 0.001 0.001 0.001 0.423 0.253 0.207 0.010 0.001 0.001 0.039 0.066 33 I 0.002 0.001 0.001 0.337 0.237 0.234 0.017 0.001 0.001 0.046 0.126 34 V 0.005 0.001 0.001 0.356 0.127 0.194 0.045 0.001 0.001 0.061 0.212 35 Q 0.006 0.001 0.001 0.236 0.129 0.215 0.107 0.001 0.001 0.065 0.239 36 V 0.008 0.001 0.001 0.140 0.066 0.139 0.136 0.003 0.001 0.035 0.470 37 F 0.720 0.007 0.001 0.021 0.016 0.012 0.043 0.003 0.001 0.045 0.133 38 D 0.021 0.006 0.001 0.015 0.004 0.007 0.122 0.001 0.001 0.032 0.788 39 N 0.007 0.027 0.001 0.005 0.003 0.007 0.093 0.003 0.001 0.007 0.847 40 T 0.161 0.282 0.002 0.008 0.045 0.051 0.080 0.036 0.001 0.070 0.265 41 P 0.073 0.356 0.009 0.009 0.013 0.023 0.070 0.005 0.004 0.136 0.302 42 A 0.143 0.152 0.087 0.007 0.031 0.054 0.063 0.009 0.028 0.098 0.326 43 A 0.493 0.022 0.004 0.003 0.012 0.018 0.052 0.013 0.003 0.056 0.323 44 L 0.354 0.029 0.001 0.005 0.008 0.015 0.058 0.010 0.001 0.041 0.478 45 D 0.026 0.026 0.001 0.008 0.005 0.019 0.086 0.002 0.001 0.011 0.815 46 G 0.008 0.006 0.001 0.009 0.093 0.167 0.086 0.005 0.001 0.022 0.604 47 T 0.013 0.013 0.002 0.019 0.163 0.132 0.135 0.001 0.001 0.044 0.478 48 V 0.008 0.005 0.003 0.054 0.067 0.068 0.088 0.002 0.001 0.020 0.683 49 A 0.628 0.028 0.002 0.016 0.024 0.035 0.049 0.010 0.002 0.072 0.134 50 A 0.135 0.043 0.003 0.032 0.003 0.009 0.096 0.005 0.001 0.039 0.634 51 G 0.022 0.022 0.003 0.041 0.011 0.035 0.103 0.003 0.001 0.061 0.699 52 D 0.011 0.038 0.003 0.076 0.131 0.175 0.099 0.004 0.001 0.125 0.338 53 E 0.021 0.018 0.001 0.065 0.176 0.266 0.068 0.005 0.001 0.105 0.273 54 I 0.012 0.007 0.002 0.122 0.257 0.201 0.046 0.001 0.001 0.056 0.296 55 T 0.009 0.002 0.002 0.107 0.182 0.304 0.079 0.001 0.001 0.083 0.231 56 G 0.041 0.003 0.003 0.120 0.099 0.204 0.084 0.005 0.002 0.108 0.331 57 V 0.183 0.003 0.002 0.076 0.044 0.063 0.119 0.006 0.002 0.067 0.436 58 N 0.028 0.004 0.001 0.061 0.039 0.080 0.138 0.004 0.001 0.057 0.587 59 G 0.013 0.001 0.001 0.048 0.029 0.060 0.127 0.003 0.001 0.048 0.670 60 R 0.014 0.001 0.001 0.116 0.148 0.132 0.147 0.004 0.001 0.062 0.373 61 S 0.047 0.003 0.002 0.168 0.034 0.067 0.106 0.003 0.001 0.084 0.484 62 I 0.144 0.005 0.001 0.094 0.028 0.035 0.110 0.003 0.001 0.103 0.476 63 K 0.017 0.005 0.001 0.031 0.010 0.020 0.164 0.003 0.001 0.033 0.717 64 G 0.052 0.046 0.001 0.015 0.008 0.014 0.140 0.003 0.001 0.033 0.689 65 K 0.014 0.045 0.001 0.024 0.017 0.026 0.172 0.009 0.001 0.101 0.591 66 T 0.024 0.681 0.001 0.003 0.003 0.004 0.031 0.002 0.001 0.121 0.130 67 K 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.015 68 V 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.009 69 E 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 70 V 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 71 A 0.006 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 0.005 72 K 0.011 0.748 0.013 0.002 0.001 0.001 0.008 0.003 0.005 0.172 0.038 73 M 0.088 0.569 0.019 0.002 0.001 0.001 0.028 0.011 0.008 0.180 0.094 74 I 0.071 0.145 0.203 0.007 0.001 0.003 0.040 0.023 0.159 0.192 0.156 75 Q 0.251 0.024 0.016 0.002 0.002 0.003 0.075 0.005 0.017 0.045 0.560 76 E 0.049 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.050 0.001 0.002 0.023 0.865 77 V 0.104 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 0.107 0.004 0.001 0.044 0.727 78 K 0.024 0.002 0.001 0.018 0.001 0.004 0.105 0.001 0.001 0.030 0.814 79 G 0.004 0.002 0.001 0.035 0.024 0.050 0.105 0.002 0.001 0.051 0.727 80 E 0.006 0.002 0.001 0.122 0.050 0.113 0.105 0.002 0.001 0.084 0.515 81 V 0.004 0.001 0.001 0.362 0.104 0.102 0.045 0.001 0.001 0.037 0.344 82 T 0.005 0.001 0.001 0.236 0.193 0.189 0.054 0.001 0.001 0.064 0.258 83 I 0.001 0.001 0.001 0.143 0.070 0.091 0.085 0.001 0.001 0.017 0.592 84 H 0.234 0.017 0.003 0.128 0.047 0.059 0.081 0.008 0.004 0.047 0.373 85 Y 0.157 0.041 0.005 0.035 0.008 0.013 0.083 0.007 0.003 0.048 0.600 86 N 0.076 0.038 0.003 0.009 0.015 0.025 0.073 0.006 0.002 0.024 0.729 87 K 0.134 0.129 0.006 0.023 0.047 0.060 0.072 0.011 0.002 0.034 0.483 88 L 0.123 0.082 0.003 0.014 0.068 0.087 0.079 0.008 0.001 0.045 0.489 89 Q 0.084 0.049 0.005 0.025 0.104 0.126 0.069 0.007 0.001 0.038 0.492 90 Y 0.049 0.021 0.002 0.021 0.050 0.082 0.095 0.003 0.001 0.024 0.650 91 Y 0.061 0.017 0.002 0.021 0.105 0.110 0.097 0.004 0.001 0.038 0.544 92 K 0.030 0.015 0.002 0.022 0.038 0.060 0.108 0.003 0.001 0.025 0.696 93 V 0.043 0.014 0.002 0.015 0.054 0.061 0.098 0.009 0.001 0.034 0.668