# TARGET T0288 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1801 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.068 0.010 0.003 0.019 0.028 0.046 0.030 0.004 0.001 0.002 0.791 2 M 0.104 0.008 0.007 0.033 0.042 0.061 0.055 0.004 0.001 0.005 0.679 3 V 0.085 0.004 0.005 0.052 0.100 0.099 0.138 0.002 0.001 0.005 0.512 4 P 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.970 5 G 0.012 0.001 0.001 0.149 0.155 0.242 0.130 0.001 0.001 0.004 0.305 6 K 0.100 0.001 0.002 0.076 0.041 0.068 0.074 0.001 0.001 0.011 0.625 7 V 0.013 0.001 0.002 0.239 0.216 0.249 0.036 0.001 0.001 0.003 0.241 8 T 0.002 0.001 0.001 0.265 0.215 0.327 0.043 0.001 0.001 0.001 0.147 9 L 0.005 0.001 0.001 0.171 0.178 0.269 0.029 0.001 0.001 0.002 0.344 10 Q 0.003 0.001 0.001 0.094 0.314 0.417 0.027 0.001 0.001 0.002 0.143 11 K 0.004 0.001 0.001 0.037 0.154 0.302 0.055 0.001 0.001 0.003 0.444 12 D 0.010 0.001 0.001 0.056 0.177 0.223 0.160 0.001 0.001 0.008 0.364 13 A 0.026 0.002 0.001 0.015 0.037 0.044 0.140 0.001 0.001 0.014 0.721 14 Q 0.064 0.003 0.001 0.009 0.023 0.022 0.388 0.001 0.001 0.034 0.455 15 N 0.336 0.006 0.002 0.007 0.015 0.015 0.260 0.001 0.001 0.058 0.299 16 L 0.235 0.015 0.013 0.011 0.026 0.034 0.220 0.001 0.001 0.030 0.414 17 I 0.032 0.005 0.014 0.033 0.179 0.193 0.170 0.001 0.001 0.010 0.363 18 G 0.011 0.001 0.003 0.040 0.172 0.317 0.086 0.001 0.001 0.003 0.365 19 I 0.004 0.001 0.001 0.060 0.347 0.462 0.019 0.001 0.001 0.001 0.105 20 S 0.001 0.001 0.001 0.085 0.308 0.482 0.031 0.001 0.001 0.001 0.093 21 I 0.002 0.001 0.001 0.178 0.214 0.387 0.032 0.001 0.001 0.001 0.184 22 G 0.005 0.003 0.001 0.343 0.164 0.339 0.054 0.001 0.001 0.003 0.089 23 G 0.009 0.003 0.001 0.080 0.063 0.113 0.120 0.001 0.001 0.006 0.605 24 G 0.053 0.004 0.002 0.112 0.081 0.095 0.132 0.001 0.001 0.017 0.503 25 A 0.050 0.005 0.005 0.035 0.047 0.071 0.142 0.001 0.001 0.011 0.634 26 Q 0.027 0.005 0.001 0.035 0.070 0.094 0.118 0.001 0.001 0.005 0.643 27 Y 0.069 0.007 0.003 0.029 0.056 0.110 0.072 0.001 0.001 0.009 0.643 28 C 0.087 0.007 0.003 0.040 0.117 0.159 0.112 0.002 0.001 0.006 0.466 29 P 0.005 0.001 0.002 0.006 0.012 0.015 0.011 0.001 0.001 0.001 0.948 30 C 0.014 0.001 0.001 0.091 0.097 0.185 0.112 0.001 0.001 0.004 0.496 31 L 0.069 0.001 0.004 0.134 0.095 0.150 0.061 0.001 0.001 0.011 0.475 32 Y 0.010 0.001 0.001 0.342 0.228 0.250 0.048 0.001 0.001 0.002 0.118 33 I 0.003 0.001 0.001 0.303 0.156 0.272 0.042 0.001 0.001 0.001 0.220 34 V 0.003 0.001 0.001 0.448 0.196 0.261 0.022 0.001 0.001 0.001 0.068 35 Q 0.004 0.002 0.001 0.164 0.148 0.240 0.055 0.001 0.001 0.002 0.384 36 V 0.009 0.003 0.001 0.217 0.151 0.229 0.061 0.001 0.001 0.004 0.323 37 F 0.013 0.003 0.001 0.092 0.083 0.179 0.158 0.001 0.001 0.006 0.464 38 D 0.005 0.001 0.001 0.018 0.010 0.038 0.032 0.001 0.001 0.002 0.891 39 N 0.038 0.004 0.001 0.024 0.030 0.062 0.094 0.001 0.001 0.009 0.735 40 T 0.332 0.012 0.003 0.006 0.008 0.020 0.097 0.001 0.001 0.012 0.507 41 P 0.009 0.008 0.001 0.002 0.006 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.960 42 A 0.069 0.050 0.001 0.019 0.058 0.144 0.237 0.001 0.001 0.010 0.411 43 A 0.091 0.179 0.001 0.036 0.100 0.188 0.119 0.004 0.001 0.008 0.272 44 L 0.133 0.461 0.002 0.013 0.050 0.055 0.051 0.006 0.001 0.003 0.226 45 D 0.197 0.292 0.006 0.011 0.037 0.074 0.117 0.014 0.001 0.014 0.238 46 G 0.389 0.081 0.023 0.026 0.042 0.042 0.104 0.045 0.001 0.036 0.212 47 T 0.190 0.038 0.318 0.025 0.031 0.024 0.176 0.008 0.001 0.013 0.177 48 V 0.023 0.020 0.040 0.093 0.078 0.091 0.109 0.004 0.001 0.006 0.537 49 A 0.027 0.012 0.004 0.122 0.147 0.199 0.171 0.002 0.001 0.006 0.310 50 A 0.011 0.005 0.001 0.012 0.018 0.022 0.054 0.001 0.001 0.003 0.875 51 G 0.069 0.018 0.003 0.089 0.058 0.176 0.177 0.003 0.001 0.035 0.373 52 D 0.264 0.011 0.012 0.073 0.080 0.081 0.165 0.003 0.001 0.057 0.255 53 E 0.041 0.014 0.008 0.238 0.132 0.146 0.148 0.001 0.001 0.011 0.260 54 I 0.013 0.009 0.005 0.195 0.231 0.364 0.051 0.001 0.001 0.003 0.128 55 T 0.002 0.007 0.001 0.401 0.227 0.325 0.017 0.001 0.001 0.001 0.019 56 G 0.002 0.020 0.001 0.227 0.170 0.256 0.030 0.001 0.001 0.001 0.293 57 V 0.017 0.016 0.002 0.216 0.251 0.424 0.024 0.001 0.001 0.003 0.045 58 N 0.007 0.012 0.001 0.063 0.094 0.258 0.165 0.002 0.001 0.004 0.395 59 G 0.040 0.003 0.002 0.059 0.054 0.070 0.098 0.006 0.001 0.029 0.638 60 R 0.180 0.005 0.226 0.039 0.028 0.047 0.180 0.001 0.001 0.042 0.251 61 S 0.015 0.007 0.002 0.072 0.067 0.048 0.239 0.001 0.001 0.004 0.545 62 I 0.025 0.008 0.005 0.066 0.044 0.060 0.065 0.001 0.001 0.006 0.720 63 K 0.031 0.033 0.001 0.081 0.056 0.134 0.309 0.001 0.001 0.008 0.346 64 G 0.173 0.017 0.002 0.017 0.007 0.014 0.200 0.007 0.001 0.023 0.540 65 K 0.519 0.050 0.057 0.053 0.007 0.016 0.081 0.003 0.001 0.019 0.193 66 T 0.026 0.021 0.004 0.018 0.011 0.009 0.324 0.002 0.001 0.002 0.582 67 K 0.007 0.011 0.002 0.008 0.001 0.002 0.029 0.001 0.001 0.001 0.938 68 V 0.005 0.037 0.001 0.005 0.002 0.005 0.208 0.001 0.001 0.002 0.736 69 E 0.022 0.067 0.001 0.001 0.001 0.002 0.745 0.001 0.001 0.008 0.154 70 V 0.029 0.879 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.073 71 A 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 72 K 0.008 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 73 M 0.016 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 74 I 0.010 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 75 Q 0.046 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.013 76 E 0.093 0.777 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.055 0.001 0.001 0.061 77 V 0.221 0.496 0.008 0.002 0.003 0.002 0.003 0.082 0.001 0.001 0.183 78 K 0.158 0.124 0.032 0.012 0.005 0.008 0.016 0.032 0.001 0.002 0.610 79 G 0.059 0.015 0.084 0.022 0.017 0.017 0.067 0.010 0.001 0.004 0.706 80 E 0.210 0.006 0.032 0.086 0.021 0.026 0.102 0.002 0.001 0.007 0.508 81 V 0.054 0.003 0.021 0.204 0.082 0.104 0.085 0.001 0.001 0.004 0.440 82 T 0.005 0.001 0.002 0.325 0.218 0.255 0.055 0.001 0.001 0.001 0.137 83 I 0.004 0.001 0.001 0.244 0.153 0.264 0.035 0.001 0.001 0.001 0.297 84 H 0.004 0.001 0.001 0.196 0.254 0.328 0.047 0.001 0.001 0.002 0.167 85 Y 0.001 0.001 0.001 0.032 0.031 0.063 0.025 0.001 0.001 0.001 0.845 86 N 0.004 0.001 0.001 0.071 0.073 0.172 0.171 0.001 0.001 0.006 0.502 87 K 0.059 0.001 0.001 0.022 0.023 0.040 0.118 0.001 0.001 0.021 0.715 88 L 0.103 0.009 0.001 0.028 0.039 0.044 0.170 0.001 0.001 0.013 0.591 89 Q 0.100 0.016 0.003 0.025 0.045 0.066 0.168 0.001 0.001 0.011 0.566 90 Y 0.106 0.040 0.003 0.024 0.059 0.098 0.098 0.001 0.001 0.007 0.564 91 Y 0.059 0.045 0.004 0.019 0.087 0.171 0.083 0.001 0.001 0.005 0.525 92 K 0.035 0.032 0.003 0.017 0.099 0.190 0.061 0.001 0.001 0.003 0.558 93 V 0.032 0.031 0.003 0.021 0.077 0.160 0.054 0.002 0.001 0.003 0.617