# TARGET T0288 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1801 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.032 0.004 0.012 0.023 0.038 0.060 0.006 0.825 2 M 0.030 0.007 0.018 0.034 0.054 0.038 0.012 0.808 3 V 0.085 0.004 0.035 0.110 0.116 0.113 0.011 0.526 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 5 G 0.008 0.001 0.049 0.202 0.345 0.085 0.005 0.306 6 K 0.499 0.001 0.026 0.037 0.105 0.086 0.005 0.241 7 V 0.041 0.001 0.092 0.456 0.318 0.024 0.001 0.067 8 T 0.007 0.001 0.055 0.362 0.405 0.015 0.001 0.155 9 L 0.001 0.001 0.089 0.352 0.447 0.007 0.001 0.103 10 Q 0.002 0.001 0.076 0.298 0.544 0.019 0.001 0.061 11 K 0.003 0.001 0.055 0.285 0.444 0.035 0.001 0.176 12 D 0.005 0.003 0.040 0.100 0.350 0.090 0.002 0.410 13 A 0.022 0.002 0.017 0.026 0.081 0.114 0.007 0.730 14 Q 0.046 0.003 0.009 0.014 0.019 0.409 0.022 0.477 15 N 0.312 0.006 0.014 0.021 0.016 0.170 0.082 0.379 16 L 0.148 0.011 0.069 0.028 0.036 0.199 0.016 0.491 17 I 0.037 0.007 0.083 0.111 0.177 0.174 0.006 0.404 18 G 0.046 0.004 0.108 0.194 0.385 0.084 0.005 0.174 19 I 0.025 0.004 0.161 0.268 0.383 0.028 0.002 0.129 20 S 0.004 0.003 0.212 0.312 0.348 0.017 0.002 0.102 21 I 0.007 0.003 0.108 0.184 0.396 0.029 0.002 0.270 22 G 0.007 0.004 0.187 0.200 0.360 0.082 0.004 0.156 23 G 0.028 0.004 0.062 0.076 0.135 0.130 0.012 0.552 24 G 0.077 0.005 0.063 0.037 0.063 0.126 0.013 0.615 25 A 0.046 0.003 0.036 0.027 0.040 0.163 0.006 0.679 26 Q 0.040 0.005 0.022 0.045 0.069 0.214 0.015 0.589 27 Y 0.141 0.007 0.029 0.036 0.072 0.134 0.025 0.556 28 C 0.046 0.006 0.048 0.064 0.067 0.120 0.009 0.640 29 P 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.005 0.001 0.985 30 C 0.024 0.001 0.062 0.103 0.193 0.092 0.006 0.520 31 L 0.067 0.001 0.188 0.233 0.246 0.045 0.005 0.216 32 Y 0.009 0.001 0.206 0.271 0.331 0.029 0.001 0.152 33 I 0.003 0.001 0.166 0.248 0.423 0.019 0.001 0.141 34 V 0.001 0.001 0.173 0.361 0.422 0.008 0.001 0.035 35 Q 0.003 0.001 0.149 0.263 0.370 0.021 0.002 0.192 36 V 0.006 0.001 0.286 0.192 0.302 0.029 0.003 0.182 37 F 0.008 0.005 0.121 0.198 0.293 0.084 0.002 0.290 38 D 0.002 0.001 0.010 0.009 0.035 0.033 0.002 0.908 39 N 0.057 0.010 0.022 0.024 0.036 0.089 0.058 0.705 40 T 0.605 0.002 0.008 0.009 0.008 0.133 0.014 0.223 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 42 A 0.010 0.009 0.015 0.093 0.385 0.114 0.002 0.372 43 A 0.264 0.030 0.026 0.080 0.207 0.100 0.008 0.284 44 L 0.187 0.135 0.018 0.089 0.154 0.075 0.013 0.328 45 D 0.233 0.159 0.041 0.064 0.068 0.060 0.029 0.346 46 G 0.498 0.047 0.022 0.070 0.025 0.015 0.126 0.198 47 T 0.472 0.007 0.058 0.033 0.072 0.138 0.021 0.199 48 V 0.019 0.007 0.046 0.115 0.169 0.050 0.005 0.590 49 A 0.023 0.010 0.032 0.143 0.307 0.287 0.005 0.194 50 A 0.004 0.003 0.013 0.033 0.032 0.032 0.002 0.881 51 G 0.014 0.023 0.082 0.183 0.228 0.103 0.012 0.354 52 D 0.443 0.004 0.027 0.058 0.093 0.177 0.020 0.178 53 E 0.062 0.011 0.215 0.255 0.240 0.108 0.006 0.103 54 I 0.015 0.007 0.050 0.299 0.568 0.031 0.002 0.029 55 T 0.008 0.005 0.198 0.332 0.407 0.011 0.002 0.036 56 G 0.004 0.006 0.123 0.359 0.393 0.016 0.004 0.096 57 V 0.006 0.006 0.205 0.224 0.353 0.033 0.004 0.169 58 N 0.005 0.005 0.077 0.127 0.242 0.099 0.005 0.440 59 G 0.020 0.008 0.076 0.093 0.181 0.086 0.017 0.518 60 R 0.214 0.004 0.065 0.054 0.100 0.242 0.010 0.310 61 S 0.013 0.004 0.031 0.040 0.045 0.090 0.004 0.772 62 I 0.053 0.028 0.079 0.132 0.221 0.076 0.008 0.404 63 K 0.043 0.018 0.076 0.065 0.095 0.282 0.012 0.408 64 G 0.189 0.016 0.021 0.035 0.060 0.108 0.021 0.548 65 K 0.188 0.027 0.063 0.031 0.048 0.195 0.007 0.440 66 T 0.014 0.026 0.013 0.019 0.026 0.300 0.005 0.597 67 K 0.027 0.044 0.013 0.009 0.041 0.071 0.004 0.791 68 V 0.012 0.065 0.004 0.003 0.011 0.232 0.002 0.670 69 E 0.021 0.152 0.001 0.002 0.003 0.420 0.003 0.398 70 V 0.005 0.934 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.052 71 A 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 72 K 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 73 M 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 74 I 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 75 Q 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 76 E 0.049 0.899 0.002 0.002 0.001 0.001 0.027 0.019 77 V 0.177 0.646 0.017 0.006 0.005 0.004 0.088 0.057 78 K 0.082 0.322 0.041 0.022 0.013 0.025 0.121 0.374 79 G 0.067 0.052 0.101 0.045 0.024 0.046 0.112 0.553 80 E 0.197 0.005 0.117 0.028 0.038 0.124 0.019 0.473 81 V 0.029 0.004 0.218 0.153 0.126 0.063 0.004 0.403 82 T 0.007 0.001 0.272 0.297 0.275 0.021 0.002 0.125 83 I 0.003 0.001 0.201 0.177 0.172 0.012 0.001 0.433 84 H 0.003 0.001 0.294 0.242 0.319 0.021 0.001 0.121 85 Y 0.001 0.001 0.030 0.038 0.061 0.020 0.001 0.849 86 N 0.003 0.002 0.055 0.058 0.202 0.103 0.002 0.576 87 K 0.023 0.001 0.013 0.012 0.034 0.110 0.003 0.803 88 L 0.069 0.008 0.019 0.025 0.038 0.240 0.007 0.594 89 Q 0.135 0.026 0.019 0.041 0.060 0.286 0.013 0.419 90 Y 0.132 0.110 0.026 0.052 0.078 0.078 0.010 0.514 91 Y 0.110 0.129 0.043 0.106 0.170 0.082 0.015 0.345 92 K 0.083 0.100 0.033 0.096 0.125 0.075 0.016 0.472 93 V 0.057 0.101 0.036 0.075 0.144 0.052 0.012 0.523