# TARGET T0288 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1801 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.167 0.174 0.067 0.015 0.277 0.015 0.046 0.056 0.048 0.068 0.067 2 M 0.220 0.190 0.077 0.010 0.288 0.008 0.015 0.027 0.033 0.068 0.064 3 V 0.038 0.298 0.461 0.031 0.124 0.013 0.012 0.010 0.004 0.004 0.005 4 P 0.149 0.114 0.050 0.071 0.117 0.084 0.177 0.067 0.042 0.054 0.075 5 G 0.034 0.181 0.120 0.252 0.113 0.102 0.018 0.019 0.028 0.097 0.036 6 K 0.253 0.085 0.006 0.001 0.608 0.001 0.004 0.007 0.006 0.010 0.020 7 V 0.227 0.078 0.005 0.001 0.674 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 8 T 0.155 0.114 0.013 0.001 0.705 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 9 L 0.367 0.105 0.017 0.001 0.438 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.064 10 Q 0.223 0.198 0.055 0.004 0.442 0.002 0.003 0.002 0.001 0.012 0.059 11 K 0.127 0.214 0.058 0.053 0.233 0.062 0.058 0.048 0.039 0.054 0.055 12 D 0.102 0.164 0.312 0.076 0.173 0.016 0.013 0.032 0.030 0.036 0.046 13 A 0.027 0.053 0.043 0.053 0.036 0.051 0.073 0.294 0.265 0.084 0.019 14 Q 0.025 0.186 0.098 0.100 0.078 0.069 0.141 0.102 0.079 0.099 0.023 15 N 0.072 0.115 0.096 0.068 0.074 0.038 0.031 0.038 0.057 0.303 0.107 16 L 0.163 0.133 0.065 0.035 0.183 0.038 0.052 0.088 0.056 0.119 0.069 17 I 0.160 0.166 0.083 0.081 0.215 0.042 0.025 0.017 0.022 0.092 0.097 18 G 0.153 0.130 0.139 0.161 0.212 0.045 0.011 0.008 0.009 0.066 0.065 19 I 0.294 0.130 0.017 0.002 0.505 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.039 20 S 0.191 0.187 0.030 0.002 0.551 0.002 0.003 0.005 0.002 0.005 0.022 21 I 0.484 0.044 0.012 0.006 0.232 0.008 0.013 0.020 0.012 0.033 0.136 22 G 0.090 0.096 0.113 0.214 0.130 0.137 0.064 0.036 0.024 0.052 0.044 23 G 0.030 0.101 0.156 0.345 0.054 0.067 0.026 0.025 0.027 0.132 0.039 24 G 0.040 0.071 0.157 0.362 0.052 0.074 0.024 0.032 0.038 0.106 0.043 25 A 0.072 0.154 0.078 0.057 0.133 0.052 0.055 0.094 0.141 0.115 0.048 26 Q 0.108 0.123 0.063 0.053 0.164 0.074 0.146 0.084 0.059 0.068 0.058 27 Y 0.094 0.061 0.056 0.050 0.077 0.031 0.044 0.048 0.077 0.340 0.122 28 C 0.040 0.189 0.228 0.102 0.098 0.052 0.073 0.108 0.052 0.041 0.017 29 P 0.048 0.181 0.165 0.059 0.092 0.036 0.034 0.089 0.106 0.140 0.049 30 C 0.121 0.307 0.112 0.021 0.334 0.006 0.008 0.016 0.016 0.020 0.038 31 L 0.233 0.137 0.015 0.001 0.581 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.027 32 Y 0.044 0.531 0.049 0.001 0.370 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 33 I 0.682 0.015 0.003 0.001 0.180 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.113 34 V 0.008 0.037 0.012 0.075 0.034 0.469 0.265 0.041 0.045 0.009 0.005 35 Q 0.314 0.126 0.028 0.001 0.437 0.001 0.002 0.004 0.006 0.023 0.060 36 V 0.330 0.103 0.019 0.042 0.247 0.024 0.011 0.021 0.026 0.051 0.126 37 F 0.032 0.161 0.313 0.242 0.117 0.039 0.014 0.022 0.028 0.019 0.013 38 D 0.023 0.055 0.038 0.132 0.042 0.231 0.277 0.132 0.040 0.018 0.012 39 N 0.040 0.032 0.035 0.070 0.041 0.017 0.023 0.025 0.039 0.562 0.115 40 T 0.055 0.346 0.326 0.045 0.142 0.010 0.013 0.027 0.007 0.011 0.018 41 P 0.036 0.179 0.073 0.014 0.124 0.012 0.019 0.327 0.154 0.042 0.021 42 A 0.045 0.085 0.024 0.008 0.094 0.019 0.044 0.371 0.221 0.071 0.020 43 A 0.053 0.050 0.059 0.013 0.046 0.014 0.051 0.476 0.135 0.071 0.031 44 L 0.023 0.046 0.071 0.042 0.035 0.048 0.107 0.344 0.134 0.128 0.022 45 D 0.027 0.458 0.120 0.084 0.109 0.038 0.053 0.051 0.024 0.024 0.013 46 G 0.024 0.025 0.021 0.018 0.022 0.010 0.004 0.028 0.074 0.623 0.151 47 T 0.062 0.322 0.060 0.005 0.222 0.007 0.034 0.098 0.099 0.074 0.017 48 V 0.318 0.175 0.021 0.002 0.317 0.001 0.002 0.014 0.018 0.030 0.102 49 A 0.006 0.144 0.725 0.056 0.041 0.007 0.002 0.004 0.006 0.008 0.002 50 A 0.003 0.004 0.005 0.021 0.003 0.083 0.534 0.297 0.045 0.003 0.002 51 G 0.040 0.021 0.028 0.042 0.021 0.010 0.010 0.010 0.035 0.527 0.257 52 D 0.216 0.265 0.030 0.001 0.438 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.026 53 E 0.071 0.357 0.029 0.001 0.534 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 54 I 0.731 0.007 0.001 0.001 0.198 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 55 T 0.083 0.121 0.008 0.088 0.297 0.311 0.032 0.011 0.009 0.013 0.028 56 G 0.362 0.095 0.022 0.001 0.476 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.031 57 V 0.162 0.010 0.008 0.278 0.040 0.346 0.034 0.018 0.009 0.026 0.070 58 N 0.001 0.019 0.042 0.810 0.006 0.065 0.037 0.014 0.004 0.001 0.001 59 G 0.017 0.008 0.038 0.107 0.008 0.018 0.006 0.016 0.041 0.630 0.111 60 R 0.005 0.651 0.203 0.007 0.117 0.001 0.002 0.007 0.004 0.002 0.001 61 S 0.398 0.095 0.015 0.001 0.371 0.001 0.005 0.008 0.003 0.007 0.097 62 I 0.242 0.052 0.030 0.051 0.164 0.067 0.041 0.032 0.067 0.094 0.159 63 K 0.002 0.013 0.010 0.118 0.007 0.209 0.397 0.174 0.049 0.017 0.003 64 G 0.027 0.019 0.047 0.030 0.012 0.007 0.004 0.011 0.024 0.678 0.142 65 K 0.031 0.554 0.134 0.008 0.241 0.002 0.003 0.009 0.004 0.009 0.005 66 T 0.007 0.740 0.194 0.001 0.040 0.001 0.001 0.014 0.001 0.002 0.001 67 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.854 0.137 0.002 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.027 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.029 0.005 0.001 70 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 72 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.013 0.001 0.001 73 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.033 0.003 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.852 0.134 0.011 0.001 75 Q 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.026 0.835 0.124 0.004 0.001 76 E 0.007 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.112 0.513 0.145 0.197 0.013 77 V 0.150 0.209 0.232 0.017 0.296 0.009 0.017 0.014 0.005 0.015 0.038 78 K 0.004 0.011 0.007 0.122 0.005 0.141 0.357 0.240 0.063 0.041 0.009 79 G 0.022 0.079 0.099 0.158 0.040 0.026 0.007 0.035 0.066 0.410 0.058 80 E 0.188 0.076 0.005 0.003 0.573 0.004 0.009 0.030 0.044 0.039 0.030 81 V 0.174 0.089 0.007 0.001 0.701 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 82 T 0.236 0.082 0.006 0.001 0.636 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.032 83 I 0.445 0.056 0.013 0.003 0.348 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.115 84 H 0.151 0.292 0.084 0.006 0.389 0.003 0.006 0.007 0.004 0.020 0.038 85 Y 0.173 0.199 0.068 0.041 0.243 0.043 0.050 0.038 0.027 0.048 0.071 86 N 0.098 0.204 0.148 0.050 0.250 0.021 0.029 0.064 0.044 0.049 0.042 87 K 0.098 0.119 0.041 0.010 0.148 0.013 0.029 0.190 0.173 0.135 0.044 88 L 0.094 0.172 0.047 0.015 0.210 0.018 0.040 0.190 0.104 0.075 0.035 89 Q 0.156 0.109 0.027 0.011 0.229 0.021 0.051 0.228 0.071 0.052 0.045 90 Y 0.160 0.094 0.025 0.017 0.206 0.022 0.037 0.229 0.079 0.073 0.058 91 Y 0.157 0.141 0.029 0.014 0.264 0.013 0.023 0.177 0.070 0.061 0.052 92 K 0.140 0.132 0.046 0.016 0.223 0.017 0.043 0.212 0.069 0.060 0.043 93 V 0.091 0.207 0.073 0.021 0.184 0.018 0.043 0.219 0.066 0.047 0.032