# TARGET T0288 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1801 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.837 0.128 0.026 0.007 0.002 0.001 0.001 2 M 0.620 0.227 0.101 0.039 0.010 0.002 0.001 3 V 0.615 0.232 0.098 0.043 0.011 0.001 0.001 4 P 0.503 0.317 0.122 0.045 0.011 0.002 0.001 5 G 0.216 0.384 0.263 0.109 0.024 0.003 0.001 6 K 0.065 0.319 0.379 0.185 0.047 0.005 0.001 7 V 0.004 0.017 0.056 0.184 0.424 0.301 0.013 8 T 0.010 0.120 0.377 0.349 0.121 0.022 0.001 9 L 0.005 0.018 0.046 0.169 0.415 0.328 0.019 10 Q 0.034 0.263 0.387 0.259 0.053 0.005 0.001 11 K 0.090 0.286 0.310 0.249 0.060 0.005 0.001 12 D 0.450 0.379 0.127 0.037 0.006 0.001 0.001 13 A 0.717 0.198 0.057 0.024 0.004 0.001 0.001 14 Q 0.637 0.292 0.060 0.010 0.001 0.001 0.001 15 N 0.172 0.406 0.282 0.120 0.019 0.001 0.001 16 L 0.026 0.216 0.361 0.261 0.117 0.019 0.001 17 I 0.001 0.014 0.060 0.172 0.387 0.350 0.016 18 G 0.001 0.015 0.114 0.253 0.323 0.247 0.046 19 I 0.001 0.004 0.007 0.022 0.123 0.539 0.306 20 S 0.001 0.016 0.113 0.332 0.328 0.174 0.037 21 I 0.001 0.004 0.011 0.064 0.276 0.510 0.135 22 G 0.004 0.052 0.187 0.315 0.261 0.159 0.021 23 G 0.022 0.105 0.185 0.297 0.246 0.132 0.013 24 G 0.090 0.240 0.290 0.231 0.114 0.032 0.003 25 A 0.221 0.279 0.240 0.179 0.065 0.015 0.001 26 Q 0.493 0.313 0.115 0.051 0.021 0.007 0.001 27 Y 0.303 0.250 0.191 0.155 0.077 0.022 0.002 28 C 0.222 0.263 0.214 0.166 0.094 0.036 0.005 29 P 0.061 0.180 0.249 0.268 0.168 0.064 0.010 30 C 0.008 0.037 0.106 0.216 0.295 0.282 0.055 31 L 0.002 0.009 0.023 0.070 0.200 0.498 0.199 32 Y 0.001 0.003 0.022 0.101 0.259 0.470 0.144 33 I 0.001 0.002 0.006 0.020 0.108 0.507 0.357 34 V 0.011 0.058 0.108 0.200 0.257 0.280 0.086 35 Q 0.007 0.077 0.224 0.313 0.245 0.120 0.015 36 V 0.003 0.011 0.032 0.156 0.419 0.339 0.040 37 F 0.064 0.224 0.297 0.258 0.120 0.034 0.002 38 D 0.292 0.379 0.205 0.089 0.026 0.007 0.001 39 N 0.312 0.330 0.202 0.105 0.038 0.011 0.001 40 T 0.168 0.192 0.224 0.218 0.139 0.055 0.004 41 P 0.209 0.247 0.208 0.166 0.112 0.051 0.006 42 A 0.216 0.165 0.160 0.207 0.170 0.075 0.007 43 A 0.308 0.313 0.216 0.114 0.037 0.011 0.001 44 L 0.311 0.253 0.186 0.148 0.074 0.025 0.002 45 D 0.229 0.221 0.190 0.169 0.115 0.065 0.011 46 G 0.306 0.245 0.185 0.149 0.077 0.032 0.007 47 T 0.161 0.309 0.262 0.166 0.073 0.026 0.003 48 V 0.037 0.050 0.087 0.200 0.323 0.261 0.042 49 A 0.130 0.241 0.234 0.184 0.117 0.074 0.020 50 A 0.052 0.140 0.197 0.238 0.203 0.138 0.032 51 G 0.043 0.089 0.147 0.257 0.255 0.167 0.042 52 D 0.013 0.050 0.084 0.166 0.283 0.317 0.086 53 E 0.004 0.017 0.062 0.153 0.229 0.353 0.182 54 I 0.004 0.009 0.016 0.042 0.132 0.439 0.358 55 T 0.008 0.028 0.062 0.131 0.223 0.356 0.192 56 G 0.011 0.055 0.127 0.204 0.255 0.262 0.086 57 V 0.011 0.016 0.029 0.100 0.283 0.411 0.148 58 N 0.040 0.146 0.222 0.280 0.202 0.098 0.011 59 G 0.228 0.293 0.213 0.164 0.079 0.022 0.002 60 R 0.161 0.314 0.294 0.176 0.047 0.008 0.001 61 S 0.191 0.380 0.265 0.125 0.033 0.007 0.001 62 I 0.083 0.097 0.151 0.274 0.281 0.107 0.006 63 K 0.338 0.358 0.195 0.081 0.023 0.005 0.001 64 G 0.443 0.314 0.147 0.070 0.021 0.005 0.001 65 K 0.188 0.285 0.247 0.182 0.079 0.019 0.001 66 T 0.118 0.392 0.285 0.150 0.045 0.009 0.001 67 K 0.016 0.088 0.268 0.381 0.203 0.043 0.002 68 V 0.265 0.424 0.206 0.075 0.024 0.005 0.001 69 E 0.034 0.263 0.407 0.236 0.054 0.006 0.001 70 V 0.001 0.003 0.012 0.099 0.452 0.415 0.017 71 A 0.006 0.095 0.320 0.395 0.162 0.021 0.001 72 K 0.119 0.610 0.224 0.041 0.005 0.001 0.001 73 M 0.003 0.029 0.206 0.472 0.254 0.038 0.001 74 I 0.002 0.006 0.021 0.136 0.459 0.365 0.012 75 Q 0.067 0.454 0.347 0.115 0.016 0.001 0.001 76 E 0.347 0.482 0.133 0.034 0.004 0.001 0.001 77 V 0.047 0.176 0.323 0.339 0.103 0.012 0.001 78 K 0.581 0.319 0.080 0.017 0.002 0.001 0.001 79 G 0.227 0.382 0.242 0.120 0.026 0.002 0.001 80 E 0.092 0.427 0.336 0.121 0.022 0.002 0.001 81 V 0.005 0.018 0.064 0.239 0.459 0.209 0.005 82 T 0.023 0.171 0.372 0.304 0.106 0.023 0.001 83 I 0.008 0.022 0.058 0.195 0.414 0.288 0.016 84 H 0.108 0.323 0.323 0.195 0.045 0.006 0.001 85 Y 0.115 0.225 0.280 0.257 0.105 0.017 0.001 86 N 0.533 0.303 0.114 0.040 0.009 0.002 0.001 87 K 0.561 0.262 0.110 0.052 0.013 0.002 0.001 88 L 0.384 0.232 0.193 0.129 0.050 0.011 0.001 89 Q 0.517 0.290 0.124 0.053 0.014 0.002 0.001 90 Y 0.420 0.260 0.176 0.103 0.032 0.007 0.001 91 Y 0.505 0.240 0.142 0.082 0.026 0.005 0.001 92 K 0.709 0.180 0.069 0.030 0.010 0.002 0.001 93 V 0.736 0.167 0.062 0.025 0.007 0.002 0.001