# TARGET T0288 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1591 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.009 0.008 0.085 0.085 0.175 0.006 0.120 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.014 0.145 0.057 0.116 0.141 0.001 2 M 0.010 0.014 0.075 0.070 0.234 0.003 0.095 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.028 0.026 0.068 0.133 0.087 0.138 0.002 3 V 0.008 0.014 0.184 0.173 0.057 0.001 0.013 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.056 0.014 0.034 0.019 0.106 0.305 0.003 4 P 0.008 0.018 0.010 0.020 0.750 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.010 0.044 0.028 0.011 0.027 0.052 0.002 5 G 0.054 0.096 0.301 0.195 0.063 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.024 0.010 0.146 0.009 0.009 0.010 0.010 0.020 0.010 6 K 0.121 0.191 0.018 0.043 0.290 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.053 0.024 0.051 0.018 0.029 0.056 0.003 0.003 0.015 0.006 0.076 7 V 0.178 0.242 0.056 0.033 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.035 0.130 0.040 0.120 0.012 0.001 0.001 0.004 0.002 0.033 8 T 0.204 0.301 0.040 0.094 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.035 0.076 0.022 0.023 0.015 0.001 0.001 0.003 0.002 0.053 9 L 0.221 0.247 0.026 0.030 0.219 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.022 0.071 0.019 0.046 0.022 0.002 0.001 0.003 0.002 0.035 10 Q 0.219 0.211 0.086 0.144 0.056 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.023 0.064 0.031 0.085 0.012 0.002 0.002 0.009 0.006 0.024 11 K 0.180 0.095 0.035 0.074 0.464 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.018 0.009 0.034 0.025 0.017 0.006 0.012 0.013 0.004 12 D 0.049 0.048 0.150 0.176 0.123 0.001 0.026 0.003 0.001 0.001 0.005 0.008 0.012 0.011 0.094 0.020 0.025 0.025 0.106 0.112 0.005 13 A 0.009 0.006 0.031 0.026 0.166 0.002 0.021 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.017 0.566 0.034 0.026 0.058 0.001 14 Q 0.003 0.004 0.020 0.017 0.053 0.008 0.663 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.011 0.077 0.029 0.023 0.063 0.001 15 N 0.007 0.013 0.077 0.057 0.064 0.007 0.261 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.004 0.034 0.022 0.085 0.171 0.063 0.116 0.002 16 L 0.022 0.040 0.103 0.074 0.195 0.002 0.041 0.003 0.002 0.001 0.011 0.008 0.017 0.012 0.054 0.077 0.077 0.052 0.086 0.111 0.011 17 I 0.047 0.091 0.082 0.054 0.227 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.027 0.019 0.040 0.039 0.135 0.061 0.024 0.010 0.035 0.060 0.021 18 G 0.066 0.119 0.088 0.075 0.088 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.054 0.030 0.076 0.088 0.155 0.033 0.008 0.013 0.015 0.011 0.071 19 I 0.088 0.109 0.028 0.023 0.090 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.090 0.050 0.119 0.145 0.075 0.076 0.002 0.003 0.012 0.005 0.082 20 S 0.093 0.083 0.069 0.046 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.048 0.134 0.232 0.134 0.022 0.002 0.001 0.007 0.004 0.038 21 I 0.086 0.092 0.017 0.045 0.124 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 0.036 0.092 0.251 0.064 0.111 0.006 0.004 0.007 0.005 0.021 22 G 0.071 0.070 0.069 0.083 0.044 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.025 0.033 0.083 0.239 0.178 0.035 0.011 0.007 0.016 0.015 0.012 23 G 0.035 0.039 0.044 0.079 0.190 0.002 0.029 0.002 0.001 0.001 0.010 0.014 0.027 0.096 0.073 0.142 0.052 0.038 0.047 0.074 0.005 24 G 0.017 0.018 0.072 0.057 0.157 0.004 0.072 0.005 0.002 0.002 0.005 0.005 0.009 0.019 0.114 0.056 0.075 0.089 0.075 0.145 0.003 25 A 0.011 0.008 0.104 0.055 0.095 0.010 0.049 0.008 0.003 0.001 0.003 0.002 0.003 0.006 0.067 0.030 0.202 0.056 0.100 0.184 0.002 26 Q 0.007 0.006 0.043 0.037 0.099 0.020 0.137 0.008 0.003 0.002 0.002 0.002 0.004 0.007 0.048 0.034 0.236 0.061 0.099 0.142 0.002 27 Y 0.007 0.010 0.052 0.048 0.091 0.005 0.137 0.004 0.002 0.002 0.003 0.003 0.004 0.005 0.055 0.030 0.134 0.077 0.134 0.198 0.002 28 C 0.007 0.009 0.085 0.059 0.098 0.002 0.024 0.002 0.002 0.003 0.003 0.003 0.004 0.003 0.028 0.028 0.073 0.053 0.159 0.353 0.002 29 P 0.008 0.013 0.065 0.053 0.145 0.003 0.036 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.004 0.057 0.048 0.268 0.042 0.041 0.198 0.004 30 C 0.028 0.076 0.043 0.054 0.180 0.005 0.143 0.003 0.001 0.001 0.016 0.014 0.038 0.048 0.107 0.085 0.026 0.035 0.032 0.043 0.023 31 L 0.112 0.190 0.068 0.060 0.086 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.046 0.034 0.093 0.113 0.071 0.054 0.005 0.007 0.019 0.009 0.027 32 Y 0.159 0.128 0.052 0.037 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.049 0.131 0.187 0.052 0.033 0.003 0.002 0.008 0.003 0.037 33 I 0.160 0.132 0.029 0.033 0.057 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.053 0.069 0.099 0.165 0.108 0.023 0.003 0.002 0.005 0.002 0.056 34 V 0.142 0.156 0.024 0.035 0.053 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 0.032 0.161 0.216 0.107 0.021 0.002 0.002 0.002 0.003 0.018 35 Q 0.112 0.127 0.075 0.150 0.050 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.070 0.045 0.074 0.138 0.060 0.025 0.004 0.006 0.012 0.010 0.037 36 V 0.075 0.115 0.020 0.029 0.441 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.030 0.028 0.046 0.115 0.020 0.020 0.015 0.016 0.004 37 F 0.033 0.025 0.160 0.184 0.024 0.001 0.013 0.001 0.002 0.002 0.006 0.008 0.009 0.016 0.252 0.015 0.022 0.012 0.070 0.140 0.003 38 D 0.003 0.002 0.006 0.010 0.220 0.002 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.041 0.495 0.017 0.034 0.125 0.001 39 N 0.001 0.002 0.016 0.011 0.021 0.007 0.607 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.009 0.064 0.130 0.026 0.062 0.001 40 T 0.005 0.006 0.097 0.041 0.042 0.002 0.019 0.014 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.016 0.018 0.081 0.086 0.190 0.375 0.001 41 P 0.005 0.011 0.035 0.029 0.326 0.003 0.021 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.021 0.243 0.061 0.060 0.123 0.002 42 A 0.016 0.026 0.086 0.050 0.132 0.014 0.174 0.169 0.003 0.001 0.004 0.002 0.004 0.002 0.037 0.013 0.150 0.048 0.034 0.031 0.002 43 A 0.030 0.035 0.097 0.097 0.102 0.014 0.133 0.242 0.005 0.001 0.004 0.003 0.009 0.006 0.036 0.008 0.072 0.021 0.049 0.032 0.003 44 L 0.029 0.023 0.044 0.070 0.101 0.005 0.115 0.038 0.074 0.022 0.005 0.006 0.014 0.010 0.022 0.026 0.280 0.043 0.036 0.034 0.003 45 D 0.009 0.011 0.015 0.022 0.124 0.002 0.487 0.010 0.003 0.001 0.002 0.002 0.006 0.003 0.017 0.028 0.068 0.013 0.049 0.125 0.001 46 G 0.011 0.013 0.090 0.036 0.118 0.004 0.132 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.016 0.010 0.032 0.435 0.031 0.049 0.004 47 T 0.032 0.029 0.155 0.059 0.276 0.003 0.015 0.008 0.001 0.001 0.004 0.003 0.008 0.006 0.032 0.086 0.071 0.039 0.103 0.061 0.008 48 V 0.027 0.048 0.116 0.105 0.276 0.001 0.011 0.005 0.001 0.001 0.004 0.005 0.021 0.007 0.153 0.014 0.031 0.017 0.078 0.076 0.004 49 A 0.012 0.016 0.127 0.139 0.134 0.001 0.006 0.006 0.002 0.002 0.009 0.005 0.004 0.003 0.050 0.032 0.033 0.025 0.097 0.291 0.005 50 A 0.004 0.004 0.021 0.022 0.154 0.001 0.017 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.032 0.029 0.561 0.019 0.023 0.096 0.001 51 G 0.006 0.015 0.027 0.026 0.066 0.006 0.643 0.018 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.004 0.036 0.019 0.032 0.043 0.017 0.032 0.002 52 D 0.107 0.114 0.194 0.086 0.180 0.003 0.044 0.035 0.001 0.001 0.007 0.006 0.017 0.005 0.018 0.026 0.027 0.038 0.056 0.030 0.006 53 E 0.196 0.141 0.194 0.095 0.144 0.002 0.006 0.043 0.001 0.001 0.006 0.009 0.037 0.010 0.028 0.012 0.028 0.010 0.019 0.009 0.010 54 I 0.235 0.268 0.029 0.066 0.215 0.002 0.012 0.029 0.001 0.001 0.006 0.022 0.033 0.018 0.015 0.012 0.010 0.004 0.007 0.004 0.012 55 T 0.221 0.244 0.092 0.127 0.042 0.002 0.010 0.037 0.001 0.001 0.012 0.015 0.064 0.053 0.045 0.004 0.008 0.003 0.003 0.003 0.012 56 G 0.180 0.298 0.035 0.096 0.113 0.003 0.012 0.040 0.003 0.001 0.019 0.021 0.048 0.057 0.022 0.009 0.011 0.005 0.005 0.004 0.019 57 V 0.216 0.156 0.093 0.071 0.075 0.002 0.015 0.016 0.036 0.012 0.019 0.026 0.049 0.038 0.077 0.014 0.034 0.006 0.012 0.010 0.022 58 N 0.081 0.062 0.045 0.065 0.257 0.002 0.073 0.009 0.005 0.001 0.007 0.007 0.016 0.014 0.079 0.031 0.074 0.007 0.030 0.126 0.008 59 G 0.023 0.028 0.046 0.029 0.259 0.004 0.116 0.008 0.002 0.001 0.007 0.006 0.011 0.012 0.033 0.034 0.032 0.266 0.029 0.039 0.015 60 R 0.027 0.032 0.256 0.093 0.062 0.004 0.013 0.010 0.002 0.001 0.010 0.009 0.023 0.028 0.103 0.066 0.047 0.027 0.067 0.107 0.014 61 S 0.021 0.026 0.038 0.034 0.502 0.002 0.012 0.007 0.001 0.001 0.005 0.006 0.020 0.026 0.054 0.054 0.053 0.021 0.070 0.043 0.006 62 I 0.014 0.012 0.123 0.100 0.052 0.003 0.030 0.007 0.006 0.005 0.010 0.010 0.010 0.023 0.241 0.051 0.087 0.040 0.085 0.088 0.004 63 K 0.005 0.004 0.020 0.032 0.098 0.010 0.094 0.014 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.010 0.054 0.050 0.325 0.022 0.057 0.191 0.001 64 G 0.002 0.003 0.007 0.010 0.046 0.008 0.372 0.019 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.038 0.064 0.061 0.265 0.043 0.050 0.001 65 K 0.005 0.003 0.092 0.057 0.013 0.001 0.031 0.025 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.045 0.016 0.136 0.056 0.144 0.364 0.001 66 T 0.002 0.002 0.007 0.010 0.102 0.001 0.010 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.033 0.033 0.023 0.216 0.514 0.001 67 K 0.001 0.001 0.015 0.002 0.003 0.001 0.003 0.101 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.828 0.017 0.011 0.009 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 70 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 73 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.946 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.187 0.599 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.003 0.002 0.002 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.438 0.082 0.205 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.163 0.043 0.010 0.004 0.001 77 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.274 0.009 0.034 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.144 0.068 0.297 0.131 0.001 78 K 0.001 0.001 0.006 0.002 0.010 0.001 0.175 0.002 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.125 0.320 0.163 0.168 0.001 79 G 0.001 0.002 0.023 0.010 0.035 0.003 0.120 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.125 0.046 0.225 0.138 0.245 0.002 80 E 0.008 0.026 0.116 0.049 0.140 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.016 0.022 0.172 0.117 0.037 0.053 0.078 0.103 0.018 81 V 0.033 0.087 0.069 0.038 0.135 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.057 0.030 0.059 0.109 0.181 0.105 0.004 0.005 0.018 0.011 0.057 82 T 0.070 0.103 0.043 0.035 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.052 0.130 0.178 0.182 0.033 0.001 0.001 0.003 0.001 0.051 83 I 0.110 0.108 0.015 0.014 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.066 0.150 0.164 0.087 0.036 0.001 0.001 0.002 0.001 0.048 84 H 0.147 0.137 0.044 0.052 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.053 0.150 0.122 0.134 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.043 85 Y 0.184 0.206 0.016 0.041 0.135 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.036 0.114 0.080 0.036 0.062 0.002 0.002 0.005 0.002 0.029 86 N 0.179 0.193 0.108 0.150 0.045 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 0.031 0.075 0.046 0.090 0.015 0.005 0.004 0.011 0.011 0.012 87 K 0.049 0.059 0.039 0.072 0.397 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.004 0.006 0.010 0.011 0.060 0.083 0.048 0.022 0.039 0.078 0.003 88 L 0.019 0.017 0.074 0.064 0.128 0.004 0.090 0.007 0.003 0.002 0.003 0.003 0.006 0.005 0.188 0.023 0.140 0.052 0.055 0.115 0.002 89 Q 0.008 0.007 0.076 0.060 0.067 0.016 0.162 0.017 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.042 0.023 0.138 0.072 0.097 0.203 0.001 90 Y 0.006 0.006 0.036 0.044 0.121 0.011 0.168 0.012 0.003 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.023 0.026 0.131 0.134 0.139 0.127 0.001 91 Y 0.006 0.008 0.083 0.081 0.075 0.006 0.068 0.011 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.039 0.018 0.084 0.052 0.169 0.285 0.001 92 K 0.006 0.008 0.050 0.061 0.174 0.004 0.037 0.015 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.033 0.025 0.093 0.074 0.153 0.254 0.002 93 V 0.008 0.011 0.065 0.081 0.176 0.004 0.040 0.020 0.002 0.001 0.004 0.002 0.005 0.003 0.054 0.046 0.094 0.054 0.135 0.193 0.002