# TARGET T0288 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0288/T0288.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1591 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.100 0.068 0.173 0.260 0.019 0.106 0.026 0.031 0.028 0.015 0.037 0.031 0.054 0.004 0.013 0.036 2 M 0.054 0.139 0.246 0.446 0.004 0.012 0.003 0.006 0.019 0.004 0.009 0.010 0.011 0.001 0.003 0.031 3 V 0.059 0.009 0.108 0.255 0.261 0.171 0.087 0.002 0.003 0.008 0.006 0.009 0.007 0.012 0.001 0.004 4 P 0.012 0.193 0.124 0.290 0.002 0.037 0.001 0.297 0.002 0.001 0.016 0.003 0.005 0.001 0.017 0.001 5 G 0.003 0.056 0.017 0.761 0.001 0.007 0.001 0.002 0.110 0.022 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 6 K 0.173 0.004 0.134 0.685 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 V 0.002 0.001 0.279 0.714 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 T 0.001 0.001 0.006 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.001 0.002 0.002 0.967 0.012 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.021 0.002 0.715 0.067 0.183 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.001 0.146 0.005 0.493 0.065 0.133 0.001 0.046 0.005 0.005 0.092 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 12 D 0.004 0.131 0.012 0.097 0.045 0.453 0.005 0.052 0.017 0.019 0.064 0.089 0.007 0.002 0.003 0.002 13 A 0.008 0.072 0.027 0.031 0.042 0.065 0.024 0.043 0.017 0.009 0.549 0.051 0.028 0.015 0.012 0.008 14 Q 0.022 0.212 0.076 0.060 0.009 0.022 0.020 0.059 0.036 0.006 0.054 0.195 0.025 0.015 0.152 0.036 15 N 0.084 0.046 0.221 0.069 0.006 0.035 0.012 0.012 0.068 0.022 0.015 0.025 0.056 0.004 0.048 0.278 16 L 0.255 0.040 0.248 0.040 0.047 0.067 0.130 0.004 0.012 0.007 0.022 0.009 0.023 0.039 0.002 0.056 17 I 0.051 0.263 0.276 0.176 0.001 0.017 0.004 0.136 0.004 0.001 0.011 0.012 0.009 0.001 0.035 0.004 18 G 0.007 0.024 0.196 0.617 0.001 0.009 0.001 0.001 0.084 0.009 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.040 19 I 0.128 0.005 0.198 0.659 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 20 S 0.002 0.003 0.130 0.760 0.049 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 I 0.001 0.006 0.004 0.205 0.686 0.081 0.003 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 G 0.001 0.086 0.002 0.193 0.481 0.020 0.007 0.166 0.010 0.006 0.013 0.004 0.001 0.007 0.002 0.001 23 G 0.007 0.050 0.009 0.150 0.010 0.049 0.002 0.433 0.130 0.083 0.010 0.013 0.005 0.001 0.040 0.008 24 G 0.073 0.039 0.044 0.060 0.018 0.098 0.010 0.016 0.158 0.300 0.101 0.023 0.017 0.002 0.002 0.039 25 A 0.274 0.059 0.046 0.061 0.022 0.076 0.010 0.035 0.007 0.005 0.194 0.180 0.020 0.005 0.007 0.002 26 Q 0.014 0.130 0.159 0.120 0.034 0.090 0.022 0.043 0.036 0.013 0.066 0.169 0.041 0.016 0.021 0.026 27 Y 0.039 0.136 0.160 0.313 0.016 0.026 0.022 0.020 0.035 0.011 0.022 0.047 0.057 0.004 0.038 0.054 28 C 0.085 0.043 0.230 0.128 0.032 0.138 0.124 0.008 0.020 0.023 0.016 0.025 0.051 0.019 0.009 0.049 29 P 0.104 0.214 0.215 0.249 0.001 0.028 0.009 0.048 0.009 0.004 0.037 0.017 0.022 0.001 0.025 0.017 30 C 0.045 0.060 0.165 0.558 0.001 0.016 0.002 0.001 0.078 0.005 0.004 0.014 0.007 0.001 0.001 0.044 31 L 0.057 0.016 0.302 0.619 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 32 Y 0.001 0.002 0.119 0.780 0.001 0.094 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.001 0.006 0.004 0.194 0.012 0.723 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 34 V 0.001 0.592 0.002 0.285 0.002 0.010 0.001 0.009 0.002 0.001 0.052 0.044 0.002 0.001 0.001 0.001 35 Q 0.003 0.020 0.032 0.765 0.012 0.027 0.004 0.005 0.019 0.002 0.016 0.034 0.046 0.002 0.002 0.010 36 V 0.009 0.020 0.672 0.168 0.018 0.019 0.017 0.003 0.001 0.001 0.004 0.004 0.049 0.001 0.003 0.011 37 F 0.002 0.007 0.014 0.053 0.587 0.070 0.156 0.004 0.001 0.003 0.007 0.004 0.012 0.078 0.001 0.003 38 D 0.002 0.036 0.006 0.029 0.006 0.048 0.001 0.671 0.003 0.002 0.043 0.003 0.011 0.001 0.136 0.003 39 N 0.004 0.127 0.011 0.054 0.001 0.004 0.001 0.006 0.419 0.192 0.016 0.020 0.007 0.001 0.002 0.137 40 T 0.476 0.003 0.013 0.011 0.001 0.334 0.003 0.001 0.002 0.004 0.007 0.097 0.045 0.001 0.001 0.001 41 P 0.002 0.011 0.041 0.004 0.001 0.041 0.001 0.002 0.001 0.001 0.819 0.013 0.064 0.001 0.001 0.001 42 A 0.001 0.028 0.003 0.030 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.849 0.068 0.001 0.001 0.001 43 A 0.002 0.003 0.022 0.019 0.008 0.025 0.013 0.002 0.002 0.001 0.005 0.017 0.852 0.007 0.005 0.017 44 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.023 0.001 0.147 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.020 0.778 0.003 0.005 45 D 0.001 0.004 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.048 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.920 0.001 46 G 0.004 0.002 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.020 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.812 47 T 0.970 0.003 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 48 V 0.005 0.008 0.866 0.082 0.004 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.002 49 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.950 0.009 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 50 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.978 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 51 G 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.760 0.207 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.018 52 D 0.954 0.004 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.004 0.001 0.002 0.001 53 E 0.020 0.048 0.726 0.023 0.001 0.065 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.031 0.036 0.001 0.001 0.032 54 I 0.023 0.014 0.126 0.137 0.046 0.296 0.028 0.003 0.002 0.001 0.173 0.032 0.091 0.022 0.002 0.004 55 T 0.002 0.378 0.137 0.209 0.007 0.010 0.008 0.031 0.002 0.001 0.017 0.062 0.111 0.001 0.019 0.005 56 G 0.008 0.014 0.042 0.319 0.041 0.035 0.026 0.005 0.053 0.019 0.007 0.017 0.225 0.027 0.003 0.159 57 V 0.020 0.004 0.087 0.020 0.245 0.016 0.441 0.004 0.001 0.001 0.008 0.002 0.023 0.121 0.005 0.003 58 N 0.001 0.051 0.028 0.051 0.002 0.022 0.003 0.634 0.004 0.004 0.008 0.006 0.013 0.001 0.168 0.006 59 G 0.010 0.021 0.009 0.058 0.001 0.003 0.001 0.001 0.636 0.055 0.005 0.004 0.005 0.001 0.001 0.191 60 R 0.790 0.014 0.072 0.088 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.006 0.001 0.001 0.002 61 S 0.005 0.024 0.352 0.060 0.013 0.490 0.005 0.003 0.001 0.003 0.007 0.014 0.018 0.001 0.001 0.003 62 I 0.002 0.023 0.005 0.038 0.548 0.044 0.061 0.002 0.001 0.001 0.201 0.008 0.006 0.060 0.001 0.001 63 K 0.002 0.089 0.011 0.035 0.002 0.006 0.002 0.546 0.004 0.001 0.008 0.087 0.005 0.001 0.202 0.001 64 G 0.003 0.007 0.018 0.014 0.001 0.012 0.002 0.002 0.339 0.156 0.007 0.005 0.026 0.001 0.003 0.404 65 K 0.824 0.018 0.071 0.024 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.016 0.014 0.015 0.001 0.001 0.006 66 T 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.932 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.030 0.020 0.001 0.001 0.001 67 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.006 0.031 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.976 0.019 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.989 0.001 0.001 0.001 70 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.991 0.001 0.001 0.001 72 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 73 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.002 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.002 0.004 0.007 76 E 0.006 0.003 0.009 0.005 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.319 0.242 0.013 0.383 77 V 0.012 0.002 0.076 0.002 0.014 0.009 0.367 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.262 0.126 0.105 0.013 78 K 0.009 0.126 0.085 0.013 0.001 0.011 0.012 0.145 0.006 0.004 0.022 0.004 0.127 0.010 0.258 0.165 79 G 0.183 0.061 0.028 0.149 0.001 0.006 0.003 0.002 0.226 0.017 0.007 0.013 0.023 0.002 0.005 0.277 80 E 0.392 0.018 0.484 0.091 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 81 V 0.006 0.008 0.461 0.522 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 T 0.001 0.001 0.035 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 I 0.001 0.001 0.006 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 H 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 Y 0.001 0.002 0.001 0.885 0.045 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 N 0.001 0.098 0.002 0.806 0.019 0.056 0.001 0.013 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 K 0.001 0.064 0.003 0.614 0.028 0.233 0.001 0.015 0.009 0.007 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 88 L 0.010 0.184 0.058 0.369 0.042 0.151 0.005 0.030 0.009 0.010 0.102 0.020 0.006 0.001 0.001 0.002 89 Q 0.011 0.155 0.046 0.333 0.038 0.148 0.009 0.032 0.017 0.011 0.073 0.100 0.015 0.003 0.004 0.005 90 Y 0.019 0.142 0.100 0.295 0.061 0.066 0.032 0.034 0.028 0.009 0.077 0.049 0.037 0.017 0.010 0.022 91 Y 0.028 0.105 0.184 0.405 0.013 0.034 0.013 0.034 0.024 0.010 0.020 0.044 0.040 0.003 0.022 0.022 92 K 0.042 0.026 0.120 0.173 0.148 0.166 0.079 0.009 0.023 0.043 0.034 0.030 0.055 0.018 0.003 0.031 93 V 0.054 0.127 0.082 0.212 0.043 0.066 0.020 0.129 0.007 0.005 0.134 0.037 0.042 0.011 0.024 0.008