# TARGET T0288 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1591 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.010 0.001 0.008 0.016 0.060 0.101 0.016 0.788 2 M 0.016 0.001 0.011 0.012 0.035 0.089 0.018 0.817 3 V 0.153 0.002 0.027 0.127 0.127 0.107 0.047 0.409 4 P 0.005 0.001 0.024 0.024 0.061 0.064 0.018 0.804 5 G 0.003 0.001 0.129 0.150 0.423 0.053 0.018 0.222 6 K 0.002 0.001 0.116 0.232 0.396 0.023 0.031 0.200 7 V 0.004 0.001 0.119 0.408 0.248 0.020 0.015 0.185 8 T 0.002 0.002 0.182 0.299 0.394 0.014 0.012 0.095 9 L 0.010 0.005 0.078 0.277 0.259 0.042 0.021 0.309 10 Q 0.022 0.006 0.135 0.316 0.232 0.036 0.057 0.195 11 K 0.051 0.006 0.027 0.074 0.089 0.084 0.057 0.611 12 D 0.649 0.008 0.009 0.023 0.017 0.032 0.043 0.220 13 A 0.156 0.008 0.006 0.016 0.028 0.092 0.025 0.670 14 Q 0.006 0.001 0.008 0.005 0.020 0.083 0.013 0.864 15 N 0.089 0.004 0.025 0.052 0.102 0.148 0.040 0.540 16 L 0.030 0.003 0.022 0.068 0.064 0.110 0.069 0.634 17 I 0.004 0.002 0.146 0.078 0.220 0.117 0.026 0.407 18 G 0.002 0.001 0.202 0.121 0.396 0.039 0.050 0.187 19 I 0.002 0.001 0.231 0.340 0.206 0.030 0.036 0.153 20 S 0.007 0.003 0.486 0.160 0.206 0.022 0.043 0.073 21 I 0.043 0.005 0.164 0.189 0.197 0.069 0.060 0.272 22 G 0.043 0.004 0.196 0.089 0.115 0.080 0.058 0.414 23 G 0.051 0.005 0.063 0.043 0.096 0.104 0.066 0.571 24 G 0.103 0.005 0.031 0.052 0.078 0.099 0.061 0.571 25 A 0.056 0.003 0.019 0.057 0.067 0.111 0.045 0.642 26 Q 0.010 0.001 0.020 0.026 0.053 0.124 0.033 0.733 27 Y 0.043 0.002 0.023 0.034 0.069 0.111 0.038 0.681 28 C 0.070 0.004 0.033 0.059 0.060 0.132 0.077 0.564 29 P 0.009 0.004 0.085 0.064 0.164 0.115 0.030 0.529 30 C 0.004 0.003 0.160 0.102 0.371 0.051 0.049 0.261 31 L 0.002 0.002 0.214 0.243 0.300 0.031 0.050 0.158 32 Y 0.005 0.002 0.311 0.271 0.285 0.018 0.034 0.072 33 I 0.009 0.004 0.217 0.227 0.275 0.035 0.040 0.193 34 V 0.015 0.004 0.251 0.173 0.239 0.053 0.052 0.212 35 Q 0.013 0.003 0.187 0.158 0.246 0.065 0.063 0.265 36 V 0.040 0.003 0.058 0.078 0.107 0.087 0.030 0.597 37 F 0.479 0.010 0.033 0.057 0.049 0.075 0.046 0.250 38 D 0.013 0.009 0.004 0.009 0.020 0.113 0.006 0.826 39 N 0.007 0.022 0.004 0.003 0.006 0.045 0.004 0.909 40 T 0.223 0.517 0.006 0.031 0.011 0.042 0.033 0.136 41 P 0.264 0.317 0.032 0.029 0.022 0.057 0.078 0.199 42 A 0.216 0.116 0.033 0.034 0.059 0.056 0.142 0.346 43 A 0.398 0.017 0.018 0.014 0.027 0.069 0.150 0.306 44 L 0.087 0.020 0.004 0.016 0.024 0.079 0.076 0.693 45 D 0.008 0.010 0.008 0.010 0.048 0.087 0.011 0.818 46 G 0.032 0.018 0.039 0.080 0.198 0.129 0.045 0.459 47 T 0.014 0.016 0.049 0.206 0.179 0.092 0.056 0.387 48 V 0.040 0.016 0.070 0.068 0.080 0.097 0.028 0.599 49 A 0.256 0.058 0.058 0.098 0.061 0.090 0.071 0.309 50 A 0.068 0.066 0.023 0.019 0.031 0.073 0.034 0.687 51 G 0.028 0.046 0.033 0.028 0.115 0.094 0.240 0.416 52 D 0.012 0.043 0.030 0.174 0.270 0.062 0.215 0.193 53 E 0.014 0.022 0.047 0.334 0.362 0.036 0.036 0.149 54 I 0.014 0.008 0.039 0.214 0.412 0.049 0.040 0.224 55 T 0.004 0.002 0.075 0.240 0.491 0.035 0.050 0.102 56 G 0.049 0.002 0.041 0.157 0.349 0.069 0.037 0.297 57 V 0.282 0.003 0.021 0.135 0.095 0.086 0.072 0.305 58 N 0.017 0.003 0.011 0.026 0.072 0.138 0.010 0.723 59 G 0.012 0.002 0.012 0.010 0.051 0.089 0.012 0.811 60 R 0.018 0.005 0.051 0.215 0.132 0.119 0.066 0.394 61 S 0.109 0.010 0.040 0.059 0.070 0.091 0.047 0.575 62 I 0.321 0.009 0.027 0.070 0.055 0.060 0.084 0.375 63 K 0.022 0.010 0.026 0.020 0.040 0.098 0.024 0.760 64 G 0.022 0.027 0.010 0.011 0.035 0.075 0.020 0.800 65 K 0.021 0.093 0.021 0.072 0.046 0.123 0.034 0.590 66 T 0.024 0.798 0.004 0.010 0.012 0.020 0.027 0.104 67 K 0.010 0.968 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.010 68 V 0.003 0.956 0.002 0.005 0.004 0.003 0.014 0.013 69 E 0.001 0.975 0.001 0.003 0.003 0.001 0.011 0.004 70 V 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 71 A 0.005 0.944 0.003 0.002 0.002 0.001 0.039 0.003 72 K 0.007 0.927 0.006 0.007 0.005 0.002 0.028 0.017 73 M 0.110 0.637 0.019 0.010 0.010 0.015 0.123 0.077 74 I 0.188 0.120 0.054 0.070 0.025 0.029 0.370 0.144 75 Q 0.074 0.014 0.012 0.015 0.019 0.043 0.089 0.735 76 E 0.147 0.002 0.005 0.002 0.002 0.039 0.031 0.772 77 V 0.218 0.001 0.006 0.007 0.007 0.082 0.028 0.650 78 K 0.011 0.001 0.004 0.001 0.004 0.064 0.005 0.910 79 G 0.006 0.001 0.048 0.016 0.073 0.152 0.017 0.688 80 E 0.002 0.001 0.172 0.111 0.174 0.068 0.038 0.435 81 V 0.001 0.001 0.254 0.314 0.246 0.019 0.022 0.142 82 T 0.001 0.001 0.298 0.261 0.320 0.009 0.031 0.080 83 I 0.001 0.001 0.265 0.389 0.258 0.007 0.015 0.064 84 H 0.002 0.002 0.311 0.334 0.292 0.007 0.014 0.038 85 Y 0.010 0.005 0.171 0.271 0.295 0.027 0.031 0.191 86 N 0.049 0.013 0.125 0.259 0.228 0.041 0.053 0.232 87 K 0.111 0.015 0.033 0.091 0.124 0.071 0.045 0.510 88 L 0.076 0.009 0.025 0.050 0.071 0.082 0.045 0.641 89 Q 0.067 0.006 0.014 0.067 0.089 0.083 0.038 0.634 90 Y 0.033 0.002 0.009 0.024 0.041 0.079 0.034 0.779 91 Y 0.029 0.003 0.013 0.052 0.066 0.107 0.029 0.703 92 K 0.033 0.003 0.011 0.028 0.050 0.089 0.031 0.755 93 V 0.033 0.005 0.015 0.035 0.049 0.100 0.032 0.731