# TARGET T0288 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0288.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1591 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.149 0.262 0.230 0.138 0.106 0.030 0.031 0.023 0.012 0.019 0.001 2 M 0.099 0.266 0.387 0.119 0.058 0.021 0.015 0.006 0.017 0.011 0.001 3 V 0.009 0.520 0.203 0.001 0.020 0.011 0.004 0.001 0.231 0.001 0.001 4 P 0.027 0.003 0.891 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 5 G 0.027 0.072 0.092 0.067 0.209 0.011 0.172 0.316 0.008 0.025 0.001 6 K 0.015 0.673 0.200 0.015 0.070 0.015 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 7 V 0.001 0.724 0.184 0.003 0.026 0.031 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 8 T 0.003 0.731 0.184 0.002 0.009 0.043 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 9 L 0.006 0.606 0.273 0.004 0.024 0.058 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 10 Q 0.005 0.652 0.217 0.005 0.027 0.042 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 11 K 0.047 0.346 0.474 0.031 0.042 0.039 0.002 0.001 0.016 0.002 0.001 12 D 0.017 0.184 0.430 0.020 0.155 0.071 0.016 0.005 0.084 0.017 0.001 13 A 0.624 0.025 0.073 0.194 0.018 0.016 0.018 0.015 0.005 0.010 0.003 14 Q 0.235 0.044 0.069 0.551 0.017 0.010 0.039 0.020 0.010 0.004 0.001 15 N 0.076 0.092 0.197 0.165 0.107 0.018 0.208 0.081 0.031 0.025 0.001 16 L 0.105 0.243 0.408 0.053 0.050 0.057 0.042 0.007 0.024 0.005 0.006 17 I 0.058 0.412 0.249 0.173 0.053 0.020 0.010 0.002 0.021 0.002 0.001 18 G 0.012 0.138 0.139 0.028 0.526 0.007 0.025 0.048 0.004 0.072 0.001 19 I 0.003 0.798 0.103 0.003 0.083 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 20 S 0.004 0.781 0.133 0.002 0.034 0.026 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 21 I 0.018 0.711 0.172 0.012 0.032 0.033 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 22 G 0.034 0.389 0.179 0.032 0.247 0.019 0.032 0.010 0.040 0.017 0.001 23 G 0.023 0.033 0.109 0.032 0.273 0.004 0.107 0.127 0.006 0.285 0.002 24 G 0.064 0.028 0.302 0.025 0.152 0.007 0.024 0.129 0.004 0.260 0.006 25 A 0.504 0.114 0.165 0.140 0.032 0.015 0.008 0.005 0.007 0.009 0.001 26 Q 0.297 0.099 0.158 0.272 0.033 0.032 0.071 0.013 0.016 0.007 0.002 27 Y 0.209 0.147 0.169 0.306 0.066 0.028 0.028 0.019 0.021 0.006 0.001 28 C 0.053 0.205 0.305 0.012 0.063 0.026 0.063 0.002 0.263 0.006 0.001 29 P 0.297 0.013 0.505 0.049 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 30 C 0.104 0.222 0.331 0.098 0.107 0.055 0.029 0.026 0.016 0.011 0.001 31 L 0.022 0.560 0.315 0.012 0.063 0.010 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 32 Y 0.009 0.685 0.244 0.004 0.012 0.032 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 33 I 0.005 0.416 0.497 0.001 0.004 0.069 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 34 V 0.541 0.068 0.010 0.363 0.009 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 35 Q 0.002 0.642 0.031 0.001 0.312 0.003 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 36 V 0.022 0.749 0.167 0.009 0.009 0.019 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 37 F 0.009 0.609 0.149 0.003 0.036 0.014 0.002 0.001 0.178 0.001 0.001 38 D 0.043 0.011 0.916 0.011 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 39 N 0.020 0.006 0.029 0.239 0.010 0.008 0.106 0.575 0.003 0.004 0.001 40 T 0.002 0.160 0.766 0.001 0.026 0.013 0.003 0.001 0.027 0.002 0.001 41 P 0.335 0.029 0.550 0.027 0.002 0.029 0.002 0.001 0.003 0.001 0.021 42 A 0.435 0.153 0.304 0.042 0.030 0.017 0.002 0.003 0.008 0.005 0.001 43 A 0.448 0.173 0.199 0.113 0.035 0.018 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 44 L 0.552 0.169 0.124 0.082 0.021 0.019 0.007 0.001 0.021 0.003 0.001 45 D 0.111 0.046 0.292 0.394 0.019 0.020 0.088 0.007 0.018 0.004 0.001 46 G 0.007 0.003 0.015 0.015 0.025 0.001 0.144 0.740 0.001 0.049 0.001 47 T 0.055 0.426 0.361 0.060 0.025 0.051 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 48 V 0.011 0.360 0.571 0.003 0.009 0.033 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 49 A 0.012 0.505 0.410 0.003 0.020 0.015 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 50 A 0.038 0.007 0.947 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 G 0.029 0.002 0.011 0.011 0.010 0.001 0.020 0.807 0.001 0.109 0.001 52 D 0.034 0.086 0.725 0.040 0.017 0.061 0.020 0.001 0.015 0.001 0.001 53 E 0.043 0.611 0.275 0.018 0.018 0.021 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 54 I 0.035 0.475 0.423 0.001 0.003 0.052 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 55 T 0.566 0.206 0.036 0.158 0.008 0.012 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 56 G 0.041 0.416 0.119 0.009 0.394 0.010 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 57 V 0.181 0.652 0.041 0.045 0.014 0.018 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 58 N 0.040 0.109 0.106 0.303 0.040 0.043 0.233 0.003 0.116 0.007 0.001 59 G 0.010 0.003 0.018 0.013 0.029 0.002 0.140 0.713 0.001 0.071 0.001 60 R 0.070 0.485 0.337 0.038 0.042 0.011 0.002 0.001 0.010 0.002 0.001 61 S 0.065 0.101 0.732 0.008 0.016 0.053 0.007 0.002 0.007 0.007 0.003 62 I 0.333 0.238 0.140 0.181 0.023 0.049 0.008 0.001 0.026 0.001 0.001 63 K 0.141 0.128 0.549 0.102 0.016 0.014 0.033 0.001 0.013 0.002 0.001 64 G 0.015 0.002 0.007 0.047 0.012 0.002 0.146 0.730 0.001 0.037 0.001 65 K 0.007 0.265 0.644 0.009 0.019 0.031 0.007 0.001 0.016 0.001 0.001 66 T 0.003 0.054 0.902 0.001 0.007 0.028 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 67 K 0.993 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 M 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.924 0.001 0.001 0.074 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.953 0.002 0.026 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.323 0.002 0.011 0.647 0.002 0.003 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 77 V 0.108 0.108 0.507 0.100 0.006 0.075 0.010 0.001 0.084 0.001 0.001 78 K 0.049 0.026 0.090 0.219 0.014 0.022 0.534 0.017 0.016 0.012 0.001 79 G 0.012 0.015 0.074 0.022 0.144 0.001 0.041 0.502 0.001 0.188 0.001 80 E 0.019 0.470 0.401 0.024 0.050 0.023 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 81 V 0.001 0.571 0.346 0.001 0.013 0.043 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 82 T 0.004 0.792 0.144 0.003 0.009 0.029 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 83 I 0.001 0.819 0.136 0.001 0.016 0.013 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 84 H 0.001 0.815 0.126 0.001 0.005 0.031 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 85 Y 0.006 0.719 0.186 0.002 0.015 0.046 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 86 N 0.023 0.502 0.146 0.017 0.097 0.091 0.008 0.001 0.114 0.001 0.001 87 K 0.196 0.208 0.371 0.063 0.036 0.063 0.009 0.001 0.041 0.002 0.010 88 L 0.276 0.102 0.414 0.089 0.023 0.046 0.011 0.004 0.021 0.004 0.011 89 Q 0.257 0.173 0.318 0.118 0.032 0.040 0.020 0.004 0.031 0.003 0.005 90 Y 0.191 0.176 0.290 0.166 0.044 0.051 0.030 0.009 0.035 0.006 0.003 91 Y 0.109 0.278 0.308 0.130 0.065 0.039 0.021 0.010 0.034 0.007 0.001 92 K 0.080 0.277 0.382 0.085 0.049 0.042 0.032 0.012 0.031 0.008 0.002 93 V 0.121 0.222 0.347 0.052 0.101 0.030 0.032 0.033 0.021 0.038 0.001