# TARGET T0287 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0287.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.003 0.006 0.071 0.138 0.774 2 S 0.015 0.008 0.023 0.227 0.222 0.504 3 N 0.013 0.006 0.027 0.383 0.237 0.333 4 N 0.015 0.006 0.046 0.609 0.151 0.173 5 M 0.014 0.003 0.032 0.819 0.074 0.059 6 R 0.018 0.002 0.027 0.860 0.051 0.041 7 K 0.022 0.004 0.023 0.873 0.040 0.039 8 L 0.025 0.003 0.016 0.908 0.021 0.027 9 F 0.031 0.002 0.027 0.898 0.021 0.021 10 S 0.033 0.002 0.031 0.880 0.027 0.027 11 M 0.030 0.002 0.030 0.867 0.030 0.040 12 I 0.053 0.007 0.022 0.803 0.051 0.064 13 A 0.062 0.006 0.028 0.701 0.095 0.107 14 D 0.045 0.007 0.025 0.383 0.237 0.304 15 S 0.023 0.006 0.039 0.329 0.338 0.266 16 K 0.013 0.004 0.043 0.479 0.302 0.161 17 D 0.010 0.004 0.034 0.532 0.286 0.134 18 K 0.008 0.005 0.030 0.717 0.162 0.079 19 K 0.009 0.003 0.017 0.822 0.079 0.071 20 E 0.014 0.002 0.019 0.851 0.063 0.051 21 K 0.014 0.004 0.019 0.865 0.047 0.050 22 L 0.018 0.003 0.019 0.865 0.037 0.058 23 I 0.024 0.003 0.035 0.864 0.036 0.038 24 E 0.026 0.002 0.036 0.855 0.040 0.041 25 S 0.021 0.001 0.024 0.842 0.047 0.065 26 L 0.022 0.003 0.019 0.795 0.066 0.096 27 Q 0.018 0.002 0.020 0.765 0.094 0.101 28 E 0.010 0.002 0.022 0.781 0.099 0.086 29 N 0.013 0.004 0.036 0.592 0.192 0.163 30 E 0.018 0.004 0.054 0.497 0.250 0.177 31 L 0.029 0.012 0.049 0.496 0.225 0.188 32 L 0.026 0.014 0.055 0.450 0.226 0.230 33 N 0.031 0.007 0.021 0.286 0.272 0.383 34 T 0.023 0.004 0.027 0.425 0.236 0.285 35 D 0.018 0.007 0.031 0.496 0.238 0.209 36 E 0.015 0.004 0.050 0.698 0.149 0.085 37 K 0.017 0.003 0.041 0.760 0.097 0.082 38 K 0.023 0.003 0.032 0.790 0.074 0.079 39 K 0.035 0.007 0.031 0.786 0.061 0.080 40 I 0.033 0.006 0.020 0.861 0.028 0.052 41 I 0.030 0.002 0.049 0.850 0.033 0.035 42 D 0.024 0.002 0.051 0.858 0.032 0.033 43 Q 0.022 0.002 0.039 0.872 0.030 0.036 44 I 0.029 0.002 0.019 0.867 0.034 0.049 45 K 0.033 0.003 0.017 0.832 0.045 0.070 46 T 0.028 0.004 0.017 0.782 0.048 0.121 47 M 0.015 0.002 0.011 0.852 0.035 0.085 48 H 0.009 0.001 0.016 0.864 0.044 0.066 49 D 0.007 0.001 0.025 0.881 0.047 0.039 50 F 0.005 0.001 0.024 0.912 0.037 0.021 51 F 0.007 0.002 0.033 0.873 0.057 0.028 52 K 0.006 0.001 0.033 0.855 0.067 0.037 53 Q 0.007 0.002 0.032 0.813 0.082 0.065 54 M 0.010 0.004 0.024 0.779 0.096 0.087 55 H 0.018 0.009 0.028 0.508 0.202 0.233 56 T 0.018 0.008 0.029 0.372 0.265 0.307 57 N 0.014 0.005 0.023 0.277 0.293 0.388 58 K 0.007 0.003 0.040 0.485 0.267 0.199 59 G 0.008 0.004 0.045 0.544 0.218 0.181 60 A 0.007 0.006 0.066 0.729 0.115 0.077 61 L 0.007 0.004 0.051 0.821 0.062 0.055 62 D 0.006 0.002 0.043 0.819 0.064 0.066 63 K 0.003 0.001 0.039 0.894 0.035 0.027 64 V 0.004 0.002 0.030 0.908 0.031 0.025 65 L 0.005 0.001 0.019 0.919 0.030 0.025 66 R 0.005 0.001 0.019 0.912 0.036 0.027 67 N 0.005 0.001 0.021 0.853 0.065 0.055 68 Y 0.004 0.002 0.020 0.861 0.055 0.057 69 M 0.004 0.003 0.030 0.841 0.066 0.058 70 K 0.003 0.001 0.029 0.824 0.080 0.063 71 D 0.005 0.002 0.026 0.780 0.072 0.116 72 Y 0.006 0.002 0.014 0.897 0.035 0.047 73 R 0.013 0.001 0.016 0.895 0.039 0.036 74 A 0.019 0.002 0.014 0.915 0.027 0.023 75 V 0.029 0.002 0.019 0.898 0.031 0.020 76 I 0.037 0.002 0.036 0.863 0.039 0.023 77 K 0.041 0.001 0.042 0.828 0.048 0.040 78 S 0.043 0.002 0.036 0.750 0.079 0.090 79 I 0.063 0.010 0.021 0.496 0.146 0.264 80 G 0.069 0.008 0.012 0.164 0.188 0.559 81 V 0.048 0.005 0.055 0.382 0.247 0.264 82 D 0.043 0.006 0.091 0.481 0.242 0.137 83 K 0.042 0.004 0.112 0.630 0.154 0.058 84 F 0.053 0.003 0.052 0.752 0.085 0.055 85 K 0.063 0.003 0.031 0.805 0.048 0.050 86 K 0.064 0.003 0.025 0.842 0.030 0.036 87 V 0.077 0.003 0.018 0.856 0.019 0.025 88 Y 0.084 0.002 0.029 0.829 0.027 0.028 89 R 0.075 0.002 0.028 0.819 0.035 0.041 90 L 0.039 0.002 0.028 0.804 0.057 0.070 91 L 0.036 0.004 0.019 0.769 0.075 0.096 92 E 0.025 0.002 0.022 0.765 0.090 0.097 93 S 0.016 0.002 0.022 0.769 0.093 0.098 94 E 0.018 0.004 0.027 0.717 0.115 0.119 95 T 0.025 0.005 0.022 0.781 0.073 0.094 96 M 0.018 0.002 0.020 0.889 0.035 0.037 97 E 0.016 0.002 0.024 0.909 0.023 0.026 98 L 0.021 0.001 0.019 0.923 0.016 0.019 99 L 0.021 0.001 0.018 0.930 0.014 0.016 100 H 0.019 0.001 0.025 0.919 0.019 0.017 101 A 0.015 0.001 0.038 0.887 0.031 0.028 102 I 0.023 0.003 0.032 0.840 0.053 0.049 103 A 0.035 0.007 0.037 0.718 0.122 0.081 104 E 0.023 0.008 0.022 0.558 0.185 0.204 105 N 0.014 0.007 0.013 0.119 0.574 0.273 106 P 0.007 0.002 0.051 0.200 0.629 0.111 107 N 0.020 0.006 0.079 0.183 0.618 0.093 108 F 0.069 0.023 0.120 0.268 0.443 0.076 109 L 0.184 0.034 0.080 0.307 0.190 0.206 110 F 0.242 0.021 0.107 0.320 0.151 0.158 111 S 0.157 0.010 0.124 0.329 0.226 0.155 112 K 0.107 0.010 0.131 0.323 0.268 0.160 113 F 0.077 0.015 0.082 0.319 0.306 0.201 114 D 0.083 0.011 0.065 0.312 0.321 0.207 115 R 0.069 0.005 0.122 0.447 0.249 0.107 116 S 0.121 0.011 0.104 0.450 0.204 0.110 117 I 0.155 0.010 0.140 0.498 0.142 0.054 118 L 0.148 0.008 0.104 0.534 0.114 0.092 119 G 0.160 0.005 0.113 0.493 0.118 0.112 120 I 0.186 0.011 0.070 0.537 0.094 0.102 121 F 0.184 0.015 0.042 0.479 0.102 0.178 122 L 0.125 0.007 0.090 0.452 0.148 0.177 123 P 0.096 0.006 0.162 0.359 0.204 0.174 124 F 0.080 0.005 0.225 0.287 0.267 0.136 125 F 0.106 0.012 0.106 0.308 0.296 0.172 126 S 0.113 0.011 0.062 0.246 0.300 0.269 127 K 0.123 0.009 0.030 0.189 0.303 0.346 128 P 0.150 0.007 0.049 0.248 0.242 0.304 129 I 0.344 0.014 0.045 0.280 0.160 0.159 130 M 0.541 0.013 0.032 0.188 0.098 0.128 131 F 0.568 0.008 0.023 0.190 0.076 0.135 132 K 0.584 0.007 0.022 0.171 0.075 0.142 133 M 0.511 0.012 0.019 0.187 0.083 0.189 134 S 0.451 0.009 0.021 0.194 0.101 0.225 135 I 0.341 0.006 0.063 0.298 0.127 0.165 136 R 0.325 0.014 0.060 0.279 0.154 0.168 137 E 0.300 0.009 0.065 0.243 0.214 0.169 138 M 0.198 0.008 0.041 0.280 0.261 0.211 139 D 0.178 0.009 0.051 0.233 0.331 0.198 140 S 0.219 0.009 0.061 0.260 0.276 0.176 141 Q 0.341 0.013 0.060 0.257 0.174 0.155 142 I 0.508 0.015 0.054 0.200 0.113 0.109 143 E 0.452 0.009 0.058 0.238 0.130 0.114 144 L 0.397 0.014 0.061 0.239 0.160 0.129 145 Y 0.250 0.012 0.042 0.224 0.260 0.213 146 G 0.139 0.006 0.052 0.146 0.452 0.204 147 T 0.097 0.009 0.036 0.109 0.497 0.252 148 N 0.098 0.020 0.024 0.074 0.388 0.396 149 L 0.147 0.018 0.021 0.113 0.338 0.363 150 P 0.178 0.010 0.028 0.146 0.203 0.435 151 L 0.361 0.015 0.076 0.269 0.118 0.160 152 L 0.436 0.008 0.081 0.291 0.086 0.098 153 K 0.537 0.005 0.083 0.248 0.058 0.069 154 L 0.636 0.005 0.057 0.199 0.045 0.058 155 F 0.720 0.005 0.025 0.165 0.035 0.050 156 V 0.775 0.006 0.015 0.123 0.040 0.041 157 M 0.649 0.007 0.012 0.135 0.086 0.111 158 T 0.310 0.010 0.014 0.160 0.226 0.281 159 D 0.093 0.004 0.067 0.284 0.392 0.160 160 E 0.049 0.005 0.095 0.417 0.330 0.105 161 E 0.064 0.009 0.116 0.467 0.239 0.105 162 V 0.083 0.007 0.071 0.487 0.216 0.135 163 N 0.124 0.008 0.052 0.399 0.190 0.226 164 F 0.217 0.012 0.059 0.453 0.130 0.129 165 Y 0.231 0.008 0.060 0.466 0.127 0.108 166 A 0.231 0.007 0.063 0.438 0.138 0.123 167 N 0.156 0.004 0.039 0.483 0.134 0.184 168 L 0.106 0.004 0.039 0.641 0.107 0.103 169 K 0.090 0.006 0.031 0.658 0.105 0.110 170 T 0.091 0.006 0.030 0.707 0.073 0.093 171 I 0.067 0.004 0.040 0.771 0.059 0.060 172 E 0.046 0.003 0.044 0.788 0.058 0.061 173 Q 0.036 0.003 0.050 0.750 0.066 0.095 174 Y 0.022 0.004 0.024 0.759 0.062 0.128 175 N 0.014 0.002 0.034 0.721 0.098 0.130 176 D 0.006 0.001 0.041 0.813 0.072 0.066 177 Y 0.006 0.003 0.041 0.861 0.050 0.040 178 V 0.007 0.002 0.032 0.890 0.041 0.028 179 R 0.006 0.001 0.025 0.901 0.041 0.026 180 D 0.006 0.001 0.029 0.894 0.042 0.026 181 L 0.007 0.002 0.025 0.908 0.036 0.022 182 L 0.009 0.002 0.036 0.862 0.051 0.039 183 M 0.010 0.002 0.039 0.840 0.054 0.055 184 K 0.017 0.003 0.021 0.703 0.096 0.160 185 F 0.022 0.004 0.013 0.604 0.101 0.256 186 D 0.027 0.014 0.009 0.371 0.100 0.479 187 L 0.005 0.002 0.018 0.879 0.043 0.053 188 E 0.004 0.001 0.021 0.896 0.050 0.028 189 K 0.006 0.001 0.023 0.904 0.048 0.018 190 Y 0.012 0.002 0.016 0.901 0.045 0.024 191 M 0.012 0.002 0.014 0.886 0.048 0.038 192 K 0.017 0.002 0.016 0.853 0.062 0.050 193 E 0.009 0.001 0.016 0.849 0.067 0.058 194 K 0.010 0.003 0.013 0.760 0.087 0.127 195 G 0.018 0.003 0.011 0.251 0.184 0.532 196 V 0.044 0.011 0.019 0.187 0.217 0.522 197 Q 0.073 0.025 0.017 0.145 0.152 0.589 198 N 0.030 0.011 0.014 0.101 0.109 0.735 199 A 0.002 0.002 0.002 0.015 0.029 0.951