# TARGET T0287 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0287.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.125 0.239 0.005 0.015 0.016 0.017 0.082 0.010 0.002 0.058 0.430 2 S 0.118 0.296 0.003 0.008 0.010 0.016 0.063 0.006 0.001 0.027 0.452 3 N 0.028 0.360 0.002 0.015 0.011 0.018 0.068 0.006 0.001 0.038 0.453 4 N 0.041 0.755 0.003 0.005 0.006 0.008 0.027 0.007 0.001 0.026 0.122 5 M 0.065 0.804 0.003 0.006 0.004 0.005 0.014 0.009 0.001 0.015 0.074 6 R 0.070 0.438 0.004 0.016 0.018 0.026 0.043 0.004 0.001 0.180 0.199 7 K 0.018 0.741 0.005 0.016 0.010 0.013 0.033 0.004 0.001 0.038 0.121 8 L 0.050 0.736 0.008 0.012 0.009 0.012 0.027 0.023 0.002 0.015 0.106 9 F 0.102 0.573 0.007 0.024 0.020 0.025 0.035 0.015 0.003 0.049 0.147 10 S 0.065 0.296 0.007 0.026 0.020 0.046 0.080 0.008 0.004 0.077 0.371 11 M 0.096 0.198 0.021 0.033 0.017 0.037 0.088 0.014 0.008 0.109 0.377 12 I 0.166 0.136 0.017 0.027 0.027 0.036 0.105 0.009 0.010 0.083 0.384 13 A 0.057 0.092 0.004 0.016 0.013 0.026 0.099 0.004 0.003 0.035 0.651 14 D 0.061 0.300 0.004 0.009 0.007 0.013 0.070 0.008 0.002 0.029 0.498 15 S 0.221 0.307 0.010 0.004 0.006 0.008 0.053 0.014 0.003 0.044 0.330 16 K 0.058 0.387 0.002 0.005 0.004 0.007 0.041 0.007 0.001 0.028 0.462 17 D 0.073 0.638 0.003 0.003 0.003 0.005 0.028 0.004 0.001 0.031 0.211 18 K 0.022 0.893 0.004 0.002 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.008 0.056 19 K 0.021 0.928 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.001 0.001 0.036 20 E 0.051 0.831 0.001 0.003 0.003 0.004 0.010 0.004 0.001 0.017 0.078 21 K 0.023 0.556 0.009 0.011 0.006 0.008 0.037 0.004 0.003 0.196 0.149 22 L 0.027 0.770 0.009 0.005 0.004 0.005 0.030 0.011 0.002 0.050 0.087 23 I 0.098 0.676 0.011 0.006 0.005 0.007 0.020 0.020 0.003 0.029 0.125 24 E 0.065 0.573 0.005 0.008 0.003 0.005 0.035 0.006 0.002 0.041 0.255 25 S 0.073 0.237 0.011 0.010 0.006 0.013 0.058 0.007 0.005 0.195 0.386 26 L 0.063 0.486 0.023 0.008 0.004 0.008 0.049 0.014 0.006 0.100 0.238 27 Q 0.150 0.498 0.010 0.004 0.005 0.008 0.038 0.015 0.006 0.020 0.245 28 E 0.129 0.391 0.009 0.010 0.003 0.006 0.048 0.011 0.004 0.027 0.362 29 N 0.148 0.187 0.004 0.012 0.009 0.018 0.093 0.018 0.002 0.063 0.447 30 E 0.183 0.099 0.005 0.035 0.011 0.029 0.099 0.012 0.002 0.098 0.426 31 L 0.054 0.053 0.005 0.044 0.016 0.033 0.142 0.003 0.002 0.044 0.605 32 L 0.022 0.063 0.004 0.036 0.022 0.033 0.124 0.002 0.002 0.023 0.669 33 N 0.133 0.168 0.004 0.012 0.021 0.020 0.087 0.010 0.002 0.039 0.505 34 T 0.113 0.269 0.002 0.009 0.008 0.012 0.071 0.025 0.001 0.048 0.441 35 D 0.145 0.565 0.005 0.006 0.002 0.005 0.033 0.005 0.002 0.032 0.200 36 E 0.042 0.774 0.007 0.006 0.004 0.005 0.018 0.003 0.001 0.013 0.126 37 K 0.050 0.778 0.001 0.002 0.008 0.009 0.014 0.011 0.001 0.005 0.122 38 K 0.075 0.661 0.001 0.009 0.018 0.015 0.021 0.005 0.001 0.028 0.166 39 K 0.013 0.764 0.007 0.010 0.010 0.013 0.033 0.003 0.002 0.019 0.125 40 I 0.067 0.752 0.007 0.005 0.010 0.013 0.021 0.018 0.002 0.012 0.093 41 I 0.147 0.594 0.005 0.010 0.008 0.010 0.024 0.013 0.002 0.045 0.142 42 D 0.048 0.175 0.006 0.024 0.018 0.027 0.071 0.005 0.002 0.287 0.336 43 Q 0.020 0.416 0.015 0.030 0.009 0.024 0.059 0.008 0.003 0.101 0.315 44 I 0.170 0.207 0.024 0.019 0.027 0.028 0.066 0.014 0.006 0.104 0.334 45 K 0.082 0.180 0.007 0.030 0.018 0.022 0.084 0.006 0.004 0.067 0.499 46 T 0.058 0.362 0.001 0.007 0.005 0.009 0.059 0.005 0.001 0.017 0.476 47 M 0.064 0.673 0.006 0.006 0.002 0.004 0.027 0.031 0.002 0.011 0.173 48 H 0.069 0.668 0.003 0.005 0.002 0.003 0.029 0.010 0.001 0.022 0.187 49 D 0.048 0.619 0.012 0.008 0.004 0.007 0.037 0.006 0.004 0.052 0.204 50 F 0.117 0.599 0.010 0.009 0.007 0.008 0.038 0.020 0.003 0.048 0.140 51 F 0.200 0.327 0.019 0.018 0.009 0.013 0.055 0.027 0.010 0.066 0.257 52 K 0.182 0.109 0.004 0.028 0.014 0.023 0.095 0.009 0.002 0.088 0.447 53 Q 0.041 0.076 0.004 0.041 0.011 0.034 0.109 0.005 0.002 0.086 0.592 54 M 0.065 0.066 0.010 0.039 0.019 0.037 0.134 0.005 0.003 0.064 0.559 55 H 0.097 0.060 0.010 0.038 0.028 0.045 0.116 0.006 0.005 0.063 0.533 56 T 0.077 0.108 0.002 0.013 0.010 0.018 0.089 0.008 0.001 0.037 0.637 57 N 0.271 0.352 0.003 0.007 0.004 0.007 0.052 0.013 0.001 0.036 0.253 58 K 0.083 0.404 0.004 0.012 0.004 0.008 0.068 0.010 0.001 0.035 0.370 59 G 0.049 0.605 0.003 0.009 0.006 0.011 0.046 0.005 0.001 0.025 0.241 60 A 0.035 0.788 0.003 0.007 0.010 0.008 0.022 0.005 0.001 0.016 0.106 61 L 0.013 0.917 0.001 0.002 0.002 0.003 0.008 0.005 0.001 0.004 0.046 62 D 0.029 0.889 0.001 0.003 0.003 0.004 0.007 0.004 0.001 0.019 0.041 63 K 0.019 0.692 0.008 0.008 0.004 0.005 0.019 0.003 0.003 0.154 0.085 64 V 0.013 0.854 0.009 0.003 0.004 0.004 0.015 0.006 0.002 0.042 0.048 65 L 0.033 0.893 0.005 0.002 0.001 0.002 0.006 0.013 0.001 0.006 0.038 66 R 0.047 0.696 0.002 0.005 0.003 0.004 0.018 0.004 0.001 0.058 0.162 67 N 0.022 0.575 0.016 0.006 0.003 0.006 0.042 0.006 0.008 0.120 0.196 68 Y 0.062 0.738 0.016 0.002 0.001 0.002 0.023 0.014 0.005 0.039 0.098 69 M 0.162 0.602 0.016 0.003 0.002 0.003 0.019 0.013 0.009 0.029 0.144 70 K 0.058 0.490 0.001 0.004 0.001 0.003 0.043 0.002 0.001 0.020 0.376 71 D 0.015 0.706 0.006 0.006 0.002 0.004 0.030 0.003 0.002 0.039 0.189 72 Y 0.055 0.818 0.006 0.004 0.003 0.004 0.018 0.016 0.001 0.013 0.063 73 R 0.081 0.562 0.002 0.014 0.008 0.017 0.027 0.006 0.001 0.083 0.199 74 A 0.062 0.209 0.018 0.029 0.014 0.023 0.073 0.004 0.005 0.225 0.337 75 V 0.095 0.229 0.015 0.051 0.020 0.033 0.104 0.018 0.005 0.141 0.289 76 I 0.226 0.088 0.027 0.040 0.018 0.028 0.086 0.016 0.013 0.093 0.366 77 K 0.141 0.056 0.003 0.042 0.024 0.035 0.098 0.007 0.002 0.038 0.554 78 S 0.047 0.033 0.001 0.017 0.013 0.035 0.092 0.004 0.001 0.029 0.728 79 I 0.035 0.052 0.004 0.031 0.036 0.045 0.143 0.009 0.001 0.035 0.607 80 G 0.067 0.235 0.004 0.027 0.021 0.030 0.088 0.009 0.002 0.024 0.493 81 V 0.124 0.300 0.003 0.018 0.021 0.026 0.052 0.012 0.001 0.023 0.419 82 D 0.061 0.482 0.003 0.028 0.017 0.023 0.050 0.007 0.002 0.035 0.292 83 K 0.038 0.702 0.009 0.013 0.008 0.010 0.028 0.005 0.002 0.032 0.152 84 F 0.057 0.770 0.004 0.008 0.009 0.009 0.019 0.009 0.001 0.015 0.100 85 K 0.046 0.680 0.002 0.012 0.015 0.021 0.023 0.004 0.001 0.029 0.166 86 K 0.019 0.760 0.006 0.012 0.011 0.015 0.025 0.003 0.002 0.025 0.123 87 V 0.027 0.796 0.003 0.009 0.014 0.018 0.021 0.009 0.001 0.015 0.087 88 Y 0.065 0.674 0.004 0.013 0.017 0.025 0.028 0.007 0.001 0.051 0.114 89 R 0.064 0.292 0.008 0.036 0.034 0.046 0.063 0.006 0.002 0.187 0.262 90 L 0.046 0.377 0.011 0.031 0.009 0.020 0.072 0.007 0.003 0.117 0.308 91 L 0.066 0.050 0.008 0.015 0.013 0.013 0.048 0.005 0.002 0.638 0.143 92 E 0.021 0.479 0.005 0.013 0.006 0.010 0.047 0.007 0.002 0.104 0.305 93 S 0.063 0.599 0.004 0.003 0.003 0.005 0.025 0.008 0.001 0.023 0.266 94 E 0.030 0.671 0.009 0.010 0.004 0.008 0.025 0.013 0.003 0.058 0.170 95 T 0.041 0.814 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.005 0.001 0.019 0.098 96 M 0.050 0.734 0.010 0.007 0.003 0.004 0.017 0.012 0.003 0.058 0.102 97 E 0.025 0.839 0.005 0.005 0.003 0.003 0.018 0.005 0.002 0.017 0.078 98 L 0.042 0.779 0.004 0.005 0.003 0.005 0.025 0.011 0.001 0.012 0.113 99 L 0.048 0.733 0.007 0.010 0.004 0.004 0.032 0.012 0.003 0.034 0.112 100 H 0.142 0.279 0.039 0.017 0.007 0.013 0.090 0.022 0.019 0.138 0.234 101 A 0.139 0.318 0.010 0.019 0.007 0.019 0.069 0.038 0.006 0.077 0.298 102 I 0.291 0.066 0.004 0.019 0.007 0.017 0.084 0.006 0.003 0.076 0.427 103 A 0.029 0.026 0.011 0.057 0.017 0.034 0.141 0.001 0.004 0.059 0.621 104 E 0.008 0.032 0.004 0.035 0.012 0.031 0.111 0.002 0.002 0.025 0.739 105 N 0.474 0.214 0.003 0.008 0.011 0.011 0.047 0.033 0.002 0.060 0.135 106 P 0.260 0.247 0.005 0.015 0.003 0.006 0.074 0.013 0.002 0.059 0.316 107 N 0.067 0.141 0.003 0.023 0.010 0.037 0.097 0.006 0.001 0.064 0.551 108 F 0.061 0.127 0.005 0.043 0.045 0.082 0.118 0.007 0.002 0.089 0.422 109 L 0.079 0.201 0.006 0.052 0.056 0.064 0.101 0.010 0.002 0.067 0.364 110 F 0.095 0.124 0.007 0.036 0.082 0.096 0.079 0.008 0.003 0.091 0.380 111 S 0.065 0.216 0.003 0.022 0.028 0.056 0.090 0.011 0.002 0.051 0.457 112 K 0.111 0.155 0.013 0.023 0.019 0.029 0.079 0.008 0.005 0.200 0.358 113 F 0.052 0.318 0.011 0.018 0.022 0.031 0.076 0.017 0.003 0.079 0.374 114 D 0.102 0.495 0.003 0.007 0.009 0.016 0.033 0.010 0.002 0.031 0.294 115 R 0.111 0.157 0.060 0.027 0.022 0.028 0.063 0.011 0.017 0.148 0.356 116 S 0.103 0.287 0.003 0.020 0.029 0.055 0.087 0.013 0.001 0.067 0.335 117 I 0.154 0.154 0.011 0.040 0.030 0.062 0.098 0.015 0.004 0.079 0.352 118 L 0.044 0.085 0.007 0.119 0.055 0.097 0.141 0.009 0.002 0.047 0.394 119 G 0.032 0.016 0.002 0.064 0.063 0.149 0.113 0.003 0.001 0.105 0.451 120 I 0.012 0.015 0.003 0.097 0.128 0.126 0.107 0.002 0.001 0.046 0.462 121 F 0.034 0.037 0.008 0.107 0.068 0.129 0.115 0.007 0.004 0.070 0.421 122 L 0.158 0.011 0.007 0.048 0.118 0.109 0.084 0.022 0.005 0.130 0.308 123 P 0.095 0.010 0.002 0.058 0.032 0.076 0.092 0.006 0.001 0.063 0.565 124 F 0.125 0.007 0.003 0.036 0.024 0.045 0.098 0.002 0.001 0.046 0.614 125 F 0.021 0.007 0.002 0.058 0.034 0.048 0.136 0.003 0.001 0.031 0.660 126 S 0.040 0.064 0.001 0.019 0.022 0.026 0.106 0.005 0.001 0.017 0.699 127 K 0.070 0.067 0.002 0.028 0.115 0.073 0.116 0.037 0.001 0.048 0.442 128 P 0.071 0.166 0.004 0.047 0.040 0.065 0.108 0.008 0.002 0.035 0.454 129 I 0.058 0.201 0.005 0.069 0.077 0.158 0.070 0.010 0.001 0.046 0.304 130 M 0.065 0.096 0.009 0.096 0.075 0.089 0.080 0.005 0.003 0.092 0.391 131 F 0.036 0.154 0.006 0.094 0.113 0.141 0.085 0.008 0.002 0.058 0.304 132 K 0.067 0.188 0.004 0.067 0.073 0.108 0.065 0.007 0.002 0.049 0.371 133 M 0.046 0.204 0.008 0.052 0.087 0.109 0.079 0.009 0.003 0.037 0.367 134 S 0.043 0.328 0.004 0.025 0.091 0.131 0.061 0.010 0.002 0.030 0.275 135 I 0.111 0.305 0.009 0.021 0.053 0.079 0.054 0.018 0.004 0.037 0.310 136 R 0.121 0.187 0.007 0.031 0.063 0.076 0.069 0.009 0.004 0.076 0.357 137 E 0.079 0.072 0.028 0.030 0.029 0.054 0.106 0.005 0.014 0.098 0.485 138 M 0.131 0.138 0.009 0.028 0.028 0.039 0.085 0.014 0.004 0.051 0.472 139 D 0.176 0.157 0.005 0.019 0.019 0.028 0.077 0.009 0.002 0.053 0.453 140 S 0.035 0.120 0.003 0.038 0.048 0.103 0.106 0.008 0.001 0.048 0.490 141 Q 0.025 0.111 0.005 0.051 0.047 0.134 0.081 0.005 0.002 0.070 0.471 142 I 0.046 0.038 0.011 0.054 0.149 0.128 0.090 0.005 0.003 0.083 0.391 143 E 0.129 0.026 0.004 0.081 0.072 0.120 0.076 0.006 0.002 0.118 0.366 144 L 0.070 0.018 0.003 0.076 0.033 0.062 0.100 0.005 0.001 0.092 0.540 145 Y 0.077 0.019 0.002 0.072 0.027 0.060 0.114 0.007 0.001 0.055 0.566 146 G 0.090 0.014 0.003 0.029 0.030 0.035 0.105 0.003 0.001 0.053 0.639 147 T 0.007 0.007 0.001 0.023 0.057 0.065 0.115 0.004 0.001 0.020 0.701 148 N 0.119 0.277 0.003 0.018 0.017 0.024 0.075 0.010 0.001 0.026 0.430 149 L 0.235 0.152 0.011 0.022 0.046 0.040 0.092 0.035 0.004 0.061 0.301 150 P 0.105 0.160 0.004 0.040 0.042 0.091 0.098 0.008 0.002 0.030 0.420 151 L 0.060 0.076 0.006 0.069 0.072 0.188 0.092 0.007 0.002 0.062 0.366 152 L 0.037 0.052 0.004 0.121 0.141 0.175 0.107 0.006 0.001 0.061 0.294 153 K 0.012 0.023 0.002 0.117 0.151 0.342 0.072 0.003 0.001 0.059 0.218 154 L 0.008 0.008 0.001 0.111 0.194 0.287 0.052 0.002 0.001 0.060 0.276 155 F 0.008 0.005 0.001 0.163 0.196 0.324 0.056 0.002 0.001 0.067 0.178 156 V 0.014 0.007 0.002 0.091 0.188 0.244 0.075 0.001 0.001 0.056 0.322 157 M 0.016 0.007 0.003 0.081 0.120 0.169 0.096 0.002 0.002 0.046 0.459 158 T 0.097 0.105 0.002 0.032 0.025 0.042 0.092 0.015 0.003 0.059 0.528 159 D 0.404 0.226 0.006 0.012 0.005 0.008 0.046 0.010 0.003 0.072 0.208 160 E 0.039 0.502 0.006 0.015 0.011 0.014 0.050 0.005 0.002 0.027 0.328 161 E 0.067 0.587 0.003 0.005 0.018 0.036 0.034 0.016 0.001 0.007 0.227 162 V 0.095 0.547 0.002 0.013 0.038 0.029 0.029 0.014 0.001 0.048 0.183 163 N 0.073 0.146 0.027 0.018 0.040 0.054 0.087 0.010 0.013 0.209 0.323 164 F 0.163 0.228 0.015 0.018 0.037 0.068 0.073 0.020 0.005 0.080 0.292 165 Y 0.172 0.127 0.019 0.023 0.025 0.051 0.073 0.010 0.011 0.058 0.432 166 A 0.066 0.058 0.006 0.030 0.044 0.058 0.108 0.003 0.002 0.074 0.550 167 N 0.024 0.163 0.002 0.024 0.029 0.065 0.086 0.008 0.001 0.047 0.553 168 L 0.091 0.123 0.007 0.016 0.041 0.042 0.098 0.015 0.002 0.045 0.521 169 K 0.055 0.260 0.006 0.048 0.050 0.071 0.078 0.010 0.002 0.037 0.382 170 T 0.083 0.364 0.003 0.017 0.012 0.029 0.057 0.010 0.001 0.027 0.397 171 I 0.159 0.208 0.009 0.048 0.028 0.026 0.059 0.013 0.003 0.116 0.331 172 E 0.063 0.289 0.010 0.039 0.017 0.024 0.099 0.007 0.004 0.104 0.343 173 Q 0.039 0.438 0.008 0.018 0.011 0.014 0.056 0.007 0.002 0.039 0.369 174 Y 0.059 0.774 0.004 0.004 0.003 0.004 0.016 0.018 0.001 0.010 0.108 175 N 0.053 0.599 0.002 0.005 0.005 0.006 0.028 0.007 0.001 0.066 0.229 176 D 0.020 0.731 0.013 0.005 0.002 0.004 0.023 0.005 0.004 0.062 0.131 177 Y 0.046 0.788 0.005 0.003 0.003 0.003 0.017 0.009 0.001 0.038 0.086 178 V 0.040 0.826 0.009 0.002 0.002 0.003 0.012 0.011 0.004 0.016 0.075 179 R 0.055 0.781 0.001 0.004 0.002 0.003 0.020 0.005 0.001 0.013 0.117 180 D 0.039 0.568 0.027 0.014 0.004 0.009 0.039 0.012 0.010 0.078 0.200 181 L 0.194 0.430 0.008 0.011 0.007 0.012 0.069 0.017 0.002 0.078 0.171 182 L 0.092 0.265 0.013 0.032 0.010 0.027 0.081 0.011 0.007 0.095 0.368 183 M 0.055 0.258 0.003 0.020 0.012 0.015 0.096 0.004 0.001 0.026 0.510 184 K 0.053 0.340 0.005 0.021 0.017 0.031 0.074 0.007 0.002 0.027 0.424 185 F 0.020 0.295 0.003 0.016 0.012 0.015 0.074 0.008 0.001 0.038 0.517 186 D 0.032 0.856 0.005 0.004 0.003 0.004 0.013 0.005 0.003 0.019 0.057 187 L 0.054 0.901 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.003 0.025 188 E 0.039 0.807 0.002 0.003 0.004 0.005 0.010 0.006 0.001 0.014 0.110 189 K 0.031 0.760 0.005 0.003 0.004 0.008 0.019 0.004 0.002 0.030 0.133 190 Y 0.041 0.709 0.017 0.004 0.006 0.010 0.024 0.011 0.007 0.058 0.112 191 M 0.129 0.252 0.167 0.004 0.008 0.010 0.038 0.020 0.100 0.064 0.209 192 K 0.434 0.089 0.005 0.002 0.005 0.010 0.033 0.013 0.004 0.022 0.383 193 E 0.132 0.053 0.002 0.004 0.003 0.009 0.038 0.004 0.001 0.031 0.723 194 K 0.015 0.018 0.003 0.010 0.006 0.019 0.081 0.001 0.001 0.028 0.818 195 G 0.020 0.028 0.005 0.025 0.026 0.061 0.076 0.003 0.001 0.063 0.693 196 V 0.065 0.012 0.002 0.013 0.037 0.031 0.086 0.003 0.001 0.054 0.696 197 Q 0.081 0.014 0.001 0.030 0.036 0.038 0.100 0.005 0.001 0.054 0.641 198 N 0.094 0.020 0.001 0.021 0.013 0.020 0.125 0.004 0.001 0.041 0.660 199 A 0.031 0.007 0.001 0.024 0.017 0.031 0.161 0.012 0.001 0.029 0.685