# TARGET T0287 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0287.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.066 0.032 0.057 0.034 0.066 0.126 0.008 0.612 2 S 0.059 0.062 0.049 0.030 0.064 0.173 0.010 0.552 3 N 0.094 0.065 0.022 0.014 0.029 0.119 0.011 0.646 4 N 0.116 0.069 0.011 0.007 0.010 0.297 0.013 0.477 5 M 0.199 0.153 0.022 0.007 0.017 0.217 0.015 0.370 6 R 0.059 0.447 0.017 0.011 0.016 0.184 0.009 0.257 7 K 0.046 0.522 0.011 0.008 0.013 0.123 0.010 0.267 8 L 0.039 0.811 0.013 0.007 0.012 0.024 0.006 0.087 9 F 0.023 0.865 0.014 0.011 0.016 0.014 0.007 0.051 10 S 0.023 0.831 0.025 0.018 0.019 0.013 0.010 0.061 11 M 0.057 0.752 0.029 0.018 0.032 0.018 0.014 0.080 12 I 0.092 0.722 0.033 0.023 0.036 0.024 0.014 0.056 13 A 0.086 0.596 0.061 0.034 0.035 0.047 0.026 0.116 14 D 0.111 0.482 0.046 0.025 0.029 0.034 0.030 0.242 15 S 0.208 0.176 0.046 0.014 0.029 0.067 0.034 0.426 16 K 0.076 0.081 0.021 0.006 0.011 0.310 0.018 0.477 17 D 0.088 0.106 0.008 0.005 0.008 0.451 0.016 0.317 18 K 0.114 0.327 0.010 0.004 0.007 0.129 0.009 0.399 19 K 0.045 0.248 0.010 0.002 0.006 0.278 0.011 0.399 20 E 0.109 0.392 0.012 0.004 0.006 0.175 0.014 0.289 21 K 0.055 0.778 0.006 0.004 0.005 0.032 0.005 0.115 22 L 0.062 0.715 0.013 0.007 0.023 0.035 0.009 0.135 23 I 0.029 0.805 0.014 0.012 0.028 0.015 0.004 0.092 24 E 0.024 0.783 0.011 0.013 0.022 0.031 0.008 0.108 25 S 0.051 0.764 0.007 0.009 0.012 0.019 0.014 0.125 26 L 0.101 0.697 0.012 0.009 0.020 0.014 0.016 0.132 27 Q 0.068 0.490 0.015 0.016 0.023 0.123 0.027 0.237 28 E 0.103 0.435 0.021 0.010 0.016 0.075 0.035 0.304 29 N 0.100 0.599 0.017 0.012 0.010 0.023 0.027 0.212 30 E 0.223 0.294 0.044 0.020 0.022 0.068 0.048 0.280 31 L 0.147 0.273 0.109 0.034 0.056 0.116 0.020 0.245 32 L 0.173 0.252 0.102 0.084 0.129 0.096 0.020 0.144 33 N 0.116 0.252 0.073 0.085 0.076 0.077 0.020 0.300 34 T 0.073 0.105 0.074 0.034 0.065 0.061 0.014 0.574 35 D 0.031 0.060 0.021 0.018 0.039 0.167 0.008 0.657 36 E 0.062 0.046 0.009 0.008 0.019 0.384 0.013 0.459 37 K 0.075 0.094 0.007 0.005 0.009 0.516 0.012 0.282 38 K 0.151 0.404 0.012 0.007 0.008 0.108 0.012 0.299 39 K 0.066 0.527 0.018 0.011 0.011 0.086 0.010 0.271 40 I 0.066 0.573 0.027 0.017 0.034 0.055 0.012 0.215 41 I 0.033 0.726 0.026 0.017 0.046 0.021 0.005 0.127 42 D 0.018 0.718 0.012 0.017 0.031 0.034 0.006 0.163 43 Q 0.055 0.698 0.012 0.008 0.012 0.044 0.014 0.157 44 I 0.064 0.804 0.011 0.006 0.008 0.020 0.011 0.074 45 K 0.033 0.788 0.022 0.009 0.009 0.032 0.011 0.096 46 T 0.030 0.785 0.010 0.006 0.007 0.024 0.009 0.128 47 M 0.064 0.752 0.020 0.005 0.013 0.016 0.014 0.115 48 H 0.036 0.717 0.014 0.005 0.008 0.044 0.011 0.166 49 D 0.051 0.634 0.009 0.004 0.005 0.066 0.015 0.216 50 F 0.056 0.826 0.006 0.003 0.004 0.016 0.007 0.083 51 F 0.024 0.877 0.007 0.003 0.006 0.013 0.006 0.063 52 K 0.025 0.841 0.009 0.006 0.008 0.021 0.010 0.081 53 Q 0.041 0.872 0.007 0.005 0.005 0.009 0.010 0.052 54 M 0.084 0.800 0.016 0.008 0.011 0.009 0.017 0.056 55 H 0.084 0.673 0.035 0.021 0.017 0.022 0.027 0.119 56 T 0.070 0.493 0.092 0.024 0.029 0.035 0.028 0.230 57 N 0.115 0.316 0.051 0.020 0.029 0.067 0.036 0.366 58 K 0.126 0.171 0.052 0.012 0.016 0.096 0.028 0.498 59 G 0.107 0.155 0.042 0.013 0.014 0.183 0.024 0.461 60 A 0.184 0.151 0.040 0.011 0.020 0.236 0.014 0.343 61 L 0.101 0.286 0.037 0.019 0.037 0.122 0.011 0.388 62 D 0.076 0.331 0.027 0.017 0.034 0.122 0.012 0.382 63 K 0.073 0.411 0.019 0.011 0.017 0.099 0.010 0.360 64 V 0.051 0.708 0.008 0.007 0.014 0.056 0.007 0.148 65 L 0.026 0.826 0.010 0.006 0.017 0.023 0.006 0.086 66 R 0.014 0.900 0.005 0.003 0.006 0.010 0.004 0.058 67 N 0.031 0.857 0.006 0.003 0.004 0.009 0.011 0.080 68 Y 0.070 0.823 0.006 0.002 0.003 0.011 0.016 0.068 69 M 0.055 0.810 0.013 0.004 0.007 0.017 0.013 0.081 70 K 0.055 0.653 0.014 0.006 0.008 0.054 0.018 0.191 71 D 0.071 0.677 0.008 0.004 0.004 0.029 0.019 0.187 72 Y 0.103 0.658 0.021 0.005 0.007 0.024 0.024 0.158 73 R 0.041 0.641 0.037 0.015 0.013 0.075 0.016 0.162 74 A 0.034 0.625 0.037 0.024 0.024 0.045 0.011 0.200 75 V 0.078 0.591 0.038 0.029 0.049 0.045 0.015 0.156 76 I 0.020 0.751 0.055 0.036 0.041 0.016 0.005 0.077 77 K 0.013 0.686 0.049 0.050 0.058 0.021 0.012 0.111 78 S 0.058 0.465 0.043 0.036 0.046 0.028 0.029 0.296 79 I 0.162 0.318 0.064 0.072 0.067 0.035 0.038 0.245 80 G 0.120 0.114 0.054 0.050 0.051 0.090 0.032 0.488 81 V 0.064 0.093 0.100 0.048 0.082 0.060 0.012 0.541 82 D 0.024 0.106 0.022 0.038 0.057 0.113 0.006 0.633 83 K 0.054 0.084 0.013 0.013 0.024 0.125 0.009 0.679 84 F 0.110 0.311 0.025 0.019 0.030 0.147 0.014 0.344 85 K 0.108 0.453 0.026 0.021 0.024 0.104 0.016 0.247 86 K 0.047 0.511 0.013 0.013 0.015 0.063 0.011 0.326 87 V 0.063 0.646 0.031 0.017 0.034 0.041 0.013 0.156 88 Y 0.016 0.823 0.021 0.020 0.024 0.014 0.005 0.076 89 R 0.018 0.744 0.026 0.021 0.031 0.020 0.011 0.130 90 L 0.033 0.737 0.034 0.019 0.029 0.018 0.009 0.122 91 L 0.039 0.789 0.018 0.023 0.029 0.016 0.010 0.076 92 E 0.091 0.511 0.035 0.021 0.032 0.057 0.032 0.221 93 S 0.104 0.484 0.027 0.016 0.019 0.030 0.024 0.297 94 E 0.141 0.275 0.020 0.009 0.013 0.088 0.025 0.428 95 T 0.088 0.338 0.014 0.009 0.012 0.151 0.021 0.367 96 M 0.062 0.553 0.024 0.010 0.018 0.058 0.011 0.263 97 E 0.025 0.646 0.010 0.007 0.012 0.100 0.005 0.194 98 L 0.029 0.807 0.007 0.005 0.008 0.041 0.005 0.098 99 L 0.011 0.954 0.003 0.003 0.005 0.004 0.002 0.017 100 H 0.010 0.944 0.005 0.006 0.006 0.004 0.004 0.021 101 A 0.024 0.915 0.008 0.007 0.008 0.005 0.006 0.027 102 I 0.077 0.826 0.009 0.009 0.014 0.009 0.019 0.038 103 A 0.121 0.712 0.022 0.015 0.018 0.011 0.027 0.073 104 E 0.123 0.445 0.045 0.016 0.023 0.036 0.091 0.222 105 N 0.264 0.197 0.044 0.021 0.022 0.044 0.048 0.360 106 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 107 N 0.020 0.014 0.030 0.022 0.037 0.396 0.011 0.470 108 F 0.460 0.025 0.051 0.013 0.016 0.121 0.019 0.295 109 L 0.180 0.153 0.107 0.047 0.086 0.138 0.007 0.283 110 F 0.074 0.160 0.134 0.069 0.119 0.097 0.007 0.340 111 S 0.108 0.148 0.090 0.069 0.110 0.133 0.016 0.325 112 K 0.147 0.117 0.040 0.045 0.065 0.077 0.023 0.485 113 F 0.153 0.134 0.066 0.037 0.076 0.146 0.021 0.366 114 D 0.078 0.155 0.046 0.039 0.066 0.162 0.022 0.432 115 R 0.064 0.156 0.038 0.018 0.036 0.096 0.016 0.575 116 S 0.099 0.160 0.030 0.015 0.025 0.317 0.027 0.327 117 I 0.178 0.334 0.064 0.021 0.025 0.107 0.027 0.245 118 L 0.059 0.488 0.096 0.038 0.045 0.062 0.017 0.197 119 G 0.109 0.234 0.092 0.056 0.068 0.072 0.035 0.333 120 I 0.108 0.213 0.230 0.067 0.079 0.044 0.024 0.234 121 F 0.063 0.183 0.107 0.075 0.165 0.087 0.033 0.285 122 L 0.081 0.082 0.121 0.108 0.153 0.051 0.012 0.393 123 P 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 0.986 124 F 0.039 0.041 0.040 0.073 0.137 0.103 0.013 0.553 125 F 0.279 0.092 0.045 0.056 0.068 0.060 0.031 0.368 126 S 0.158 0.072 0.059 0.069 0.108 0.089 0.051 0.394 127 K 0.200 0.028 0.056 0.067 0.063 0.075 0.016 0.496 128 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 129 I 0.042 0.020 0.096 0.117 0.189 0.170 0.014 0.351 130 M 0.133 0.065 0.157 0.096 0.122 0.079 0.009 0.339 131 F 0.045 0.065 0.116 0.192 0.290 0.066 0.008 0.218 132 K 0.081 0.080 0.111 0.125 0.188 0.075 0.007 0.333 133 M 0.069 0.106 0.140 0.162 0.203 0.070 0.012 0.237 134 S 0.058 0.092 0.051 0.128 0.171 0.117 0.014 0.369 135 I 0.043 0.070 0.040 0.055 0.163 0.041 0.007 0.580 136 R 0.042 0.178 0.037 0.087 0.146 0.183 0.010 0.316 137 E 0.127 0.209 0.019 0.032 0.054 0.220 0.028 0.311 138 M 0.145 0.543 0.026 0.025 0.041 0.031 0.015 0.174 139 D 0.072 0.380 0.029 0.026 0.039 0.078 0.026 0.349 140 S 0.144 0.235 0.036 0.026 0.030 0.095 0.043 0.392 141 Q 0.284 0.187 0.030 0.019 0.038 0.145 0.036 0.260 142 I 0.158 0.289 0.072 0.048 0.065 0.078 0.021 0.269 143 E 0.051 0.310 0.139 0.092 0.100 0.085 0.021 0.202 144 L 0.051 0.261 0.117 0.080 0.100 0.045 0.014 0.333 145 Y 0.065 0.188 0.153 0.118 0.169 0.049 0.020 0.238 146 G 0.079 0.126 0.085 0.082 0.098 0.066 0.027 0.437 147 T 0.111 0.082 0.120 0.062 0.091 0.078 0.033 0.422 148 N 0.069 0.040 0.037 0.028 0.043 0.101 0.037 0.645 149 L 0.201 0.030 0.051 0.049 0.066 0.127 0.015 0.462 150 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 151 L 0.023 0.022 0.027 0.051 0.137 0.182 0.007 0.551 152 L 0.235 0.111 0.080 0.118 0.126 0.091 0.016 0.223 153 K 0.134 0.117 0.078 0.187 0.198 0.069 0.020 0.197 154 L 0.103 0.085 0.153 0.166 0.243 0.044 0.008 0.198 155 F 0.050 0.055 0.132 0.301 0.338 0.034 0.010 0.080 156 V 0.029 0.049 0.113 0.210 0.279 0.036 0.010 0.275 157 M 0.024 0.041 0.175 0.251 0.337 0.036 0.009 0.128 158 T 0.028 0.034 0.065 0.139 0.192 0.091 0.011 0.440 159 D 0.023 0.020 0.035 0.042 0.117 0.052 0.009 0.703 160 E 0.028 0.012 0.016 0.016 0.032 0.263 0.008 0.626 161 E 0.083 0.019 0.007 0.010 0.015 0.509 0.018 0.339 162 V 0.226 0.217 0.040 0.037 0.043 0.104 0.016 0.317 163 N 0.033 0.267 0.055 0.074 0.077 0.096 0.009 0.390 164 F 0.035 0.181 0.052 0.063 0.117 0.064 0.010 0.478 165 Y 0.077 0.360 0.053 0.071 0.176 0.063 0.010 0.190 166 A 0.077 0.360 0.042 0.093 0.121 0.094 0.016 0.198 167 N 0.102 0.355 0.025 0.044 0.054 0.070 0.025 0.326 168 L 0.193 0.259 0.056 0.031 0.067 0.050 0.022 0.323 169 K 0.071 0.305 0.041 0.045 0.045 0.163 0.017 0.314 170 T 0.067 0.223 0.021 0.018 0.035 0.154 0.019 0.463 171 I 0.077 0.604 0.026 0.018 0.046 0.025 0.006 0.198 172 E 0.028 0.540 0.022 0.014 0.025 0.103 0.010 0.257 173 Q 0.089 0.550 0.011 0.009 0.013 0.081 0.017 0.229 174 Y 0.078 0.801 0.010 0.004 0.008 0.011 0.009 0.079 175 N 0.051 0.670 0.013 0.007 0.009 0.032 0.022 0.196 176 D 0.112 0.456 0.020 0.007 0.007 0.040 0.027 0.330 177 Y 0.149 0.463 0.013 0.005 0.008 0.104 0.020 0.237 178 V 0.066 0.630 0.022 0.008 0.017 0.067 0.012 0.177 179 R 0.014 0.771 0.016 0.007 0.010 0.034 0.005 0.143 180 D 0.015 0.808 0.009 0.006 0.006 0.023 0.007 0.126 181 L 0.041 0.871 0.011 0.005 0.008 0.012 0.008 0.044 182 L 0.021 0.931 0.006 0.005 0.008 0.007 0.004 0.017 183 M 0.063 0.821 0.021 0.015 0.016 0.013 0.020 0.030 184 K 0.195 0.626 0.023 0.015 0.012 0.011 0.029 0.089 185 F 0.111 0.543 0.092 0.025 0.022 0.022 0.024 0.161 186 D 0.043 0.329 0.033 0.024 0.028 0.092 0.019 0.432 187 L 0.053 0.272 0.048 0.015 0.046 0.048 0.011 0.507 188 E 0.032 0.215 0.015 0.008 0.019 0.407 0.009 0.296 189 K 0.081 0.383 0.007 0.003 0.005 0.261 0.010 0.250 190 Y 0.014 0.948 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.028 191 M 0.010 0.936 0.003 0.003 0.006 0.005 0.003 0.035 192 K 0.031 0.862 0.005 0.004 0.009 0.011 0.012 0.065 193 E 0.054 0.864 0.006 0.004 0.005 0.007 0.016 0.043 194 K 0.099 0.782 0.009 0.008 0.005 0.006 0.034 0.057 195 G 0.332 0.268 0.036 0.013 0.010 0.022 0.098 0.222 196 V 0.152 0.161 0.325 0.034 0.041 0.054 0.022 0.211 197 Q 0.049 0.118 0.103 0.049 0.074 0.111 0.014 0.482 198 N 0.059 0.113 0.059 0.035 0.059 0.080 0.016 0.579 199 A 0.067 0.084 0.081 0.026 0.050 0.078 0.012 0.602