# TARGET T0287 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0287.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.097 0.035 0.012 0.023 0.024 0.033 0.073 0.004 0.001 0.004 0.695 2 S 0.051 0.021 0.007 0.020 0.012 0.023 0.115 0.003 0.001 0.005 0.743 3 N 0.056 0.018 0.004 0.013 0.007 0.012 0.173 0.002 0.001 0.007 0.708 4 N 0.094 0.028 0.002 0.006 0.005 0.005 0.318 0.002 0.001 0.009 0.531 5 M 0.142 0.138 0.010 0.010 0.005 0.010 0.230 0.002 0.001 0.016 0.438 6 R 0.038 0.307 0.002 0.014 0.011 0.020 0.208 0.003 0.001 0.009 0.387 7 K 0.079 0.413 0.002 0.005 0.008 0.013 0.129 0.005 0.001 0.009 0.337 8 L 0.060 0.801 0.003 0.003 0.005 0.009 0.012 0.004 0.001 0.001 0.103 9 F 0.018 0.908 0.001 0.004 0.007 0.013 0.005 0.007 0.001 0.001 0.037 10 S 0.022 0.883 0.002 0.003 0.006 0.012 0.005 0.010 0.001 0.001 0.057 11 M 0.048 0.866 0.003 0.002 0.004 0.006 0.003 0.018 0.001 0.001 0.048 12 I 0.088 0.825 0.007 0.004 0.004 0.006 0.005 0.023 0.001 0.001 0.038 13 A 0.076 0.652 0.032 0.014 0.013 0.026 0.017 0.030 0.001 0.002 0.138 14 D 0.117 0.436 0.033 0.013 0.015 0.028 0.058 0.041 0.001 0.002 0.257 15 S 0.263 0.221 0.021 0.012 0.009 0.009 0.035 0.030 0.001 0.003 0.397 16 K 0.130 0.149 0.021 0.011 0.005 0.006 0.150 0.013 0.001 0.008 0.507 17 D 0.104 0.059 0.019 0.006 0.003 0.004 0.347 0.007 0.001 0.013 0.437 18 K 0.154 0.128 0.015 0.007 0.003 0.004 0.200 0.004 0.001 0.010 0.476 19 K 0.095 0.229 0.006 0.007 0.004 0.008 0.227 0.005 0.001 0.015 0.405 20 E 0.078 0.361 0.006 0.006 0.005 0.011 0.119 0.005 0.001 0.009 0.400 21 K 0.074 0.538 0.002 0.005 0.008 0.009 0.054 0.008 0.001 0.003 0.298 22 L 0.081 0.750 0.003 0.003 0.005 0.008 0.019 0.006 0.001 0.001 0.124 23 I 0.029 0.855 0.003 0.006 0.011 0.024 0.007 0.007 0.001 0.001 0.057 24 E 0.035 0.814 0.002 0.004 0.008 0.018 0.010 0.014 0.001 0.001 0.095 25 S 0.122 0.726 0.004 0.003 0.003 0.006 0.008 0.027 0.001 0.001 0.101 26 L 0.131 0.700 0.011 0.005 0.006 0.005 0.010 0.029 0.001 0.001 0.101 27 Q 0.086 0.560 0.030 0.008 0.012 0.018 0.092 0.021 0.001 0.007 0.166 28 E 0.061 0.478 0.031 0.013 0.014 0.034 0.065 0.023 0.001 0.005 0.276 29 N 0.120 0.492 0.009 0.017 0.018 0.021 0.037 0.026 0.001 0.006 0.254 30 E 0.228 0.339 0.018 0.012 0.019 0.019 0.113 0.021 0.001 0.015 0.217 31 L 0.138 0.360 0.042 0.025 0.032 0.042 0.075 0.023 0.001 0.006 0.257 32 L 0.097 0.304 0.027 0.086 0.059 0.096 0.068 0.019 0.001 0.006 0.237 33 N 0.132 0.153 0.013 0.043 0.053 0.074 0.131 0.022 0.001 0.008 0.370 34 T 0.209 0.102 0.029 0.033 0.017 0.026 0.083 0.011 0.001 0.007 0.483 35 D 0.032 0.044 0.008 0.015 0.007 0.010 0.228 0.004 0.001 0.005 0.647 36 E 0.034 0.027 0.004 0.008 0.006 0.010 0.345 0.002 0.001 0.022 0.543 37 K 0.090 0.111 0.006 0.009 0.006 0.015 0.495 0.005 0.001 0.032 0.231 38 K 0.125 0.430 0.004 0.010 0.006 0.011 0.136 0.006 0.001 0.013 0.261 39 K 0.077 0.637 0.003 0.004 0.006 0.006 0.036 0.004 0.001 0.002 0.225 40 I 0.054 0.815 0.004 0.002 0.005 0.008 0.010 0.004 0.001 0.001 0.097 41 I 0.024 0.879 0.002 0.004 0.007 0.016 0.007 0.007 0.001 0.001 0.052 42 D 0.025 0.803 0.002 0.002 0.004 0.007 0.012 0.009 0.001 0.001 0.134 43 Q 0.064 0.805 0.005 0.002 0.003 0.005 0.010 0.015 0.001 0.001 0.091 44 I 0.060 0.854 0.009 0.003 0.002 0.005 0.013 0.011 0.001 0.001 0.042 45 K 0.030 0.808 0.009 0.006 0.005 0.007 0.020 0.018 0.001 0.001 0.097 46 T 0.071 0.768 0.010 0.002 0.002 0.003 0.014 0.011 0.001 0.001 0.117 47 M 0.087 0.780 0.009 0.002 0.002 0.003 0.011 0.012 0.001 0.001 0.092 48 H 0.047 0.749 0.010 0.004 0.003 0.005 0.028 0.014 0.001 0.003 0.138 49 D 0.039 0.573 0.010 0.001 0.001 0.002 0.063 0.007 0.001 0.002 0.302 50 F 0.039 0.780 0.004 0.002 0.002 0.003 0.029 0.008 0.001 0.001 0.132 51 F 0.035 0.866 0.003 0.002 0.002 0.006 0.021 0.009 0.001 0.002 0.054 52 K 0.023 0.899 0.003 0.002 0.003 0.006 0.007 0.009 0.001 0.001 0.046 53 Q 0.054 0.879 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.050 54 M 0.120 0.773 0.004 0.001 0.003 0.002 0.002 0.028 0.001 0.001 0.067 55 H 0.131 0.622 0.024 0.007 0.011 0.014 0.012 0.055 0.001 0.002 0.121 56 T 0.087 0.389 0.091 0.017 0.016 0.029 0.062 0.040 0.001 0.003 0.267 57 N 0.118 0.214 0.019 0.022 0.013 0.017 0.095 0.027 0.001 0.004 0.472 58 K 0.157 0.089 0.018 0.014 0.003 0.005 0.117 0.010 0.001 0.011 0.575 59 G 0.127 0.059 0.025 0.012 0.004 0.005 0.342 0.006 0.001 0.018 0.403 60 A 0.138 0.097 0.028 0.014 0.007 0.009 0.284 0.003 0.001 0.015 0.406 61 L 0.044 0.285 0.007 0.028 0.019 0.041 0.170 0.003 0.001 0.006 0.397 62 D 0.037 0.476 0.002 0.017 0.014 0.024 0.058 0.004 0.001 0.004 0.365 63 K 0.050 0.546 0.001 0.002 0.004 0.004 0.045 0.004 0.001 0.002 0.340 64 V 0.061 0.769 0.004 0.003 0.005 0.010 0.040 0.006 0.001 0.003 0.100 65 L 0.031 0.878 0.003 0.005 0.006 0.015 0.012 0.006 0.001 0.001 0.043 66 R 0.015 0.916 0.001 0.003 0.003 0.007 0.003 0.008 0.001 0.001 0.043 67 N 0.071 0.805 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.104 68 Y 0.127 0.776 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 0.069 69 M 0.068 0.758 0.017 0.005 0.004 0.008 0.017 0.022 0.001 0.002 0.099 70 K 0.048 0.643 0.022 0.006 0.005 0.010 0.029 0.015 0.001 0.002 0.223 71 D 0.128 0.580 0.006 0.004 0.003 0.005 0.023 0.016 0.001 0.001 0.234 72 Y 0.140 0.647 0.012 0.006 0.004 0.005 0.016 0.014 0.001 0.002 0.153 73 R 0.048 0.676 0.019 0.009 0.010 0.015 0.035 0.009 0.001 0.003 0.176 74 A 0.038 0.597 0.008 0.013 0.022 0.033 0.054 0.009 0.001 0.002 0.224 75 V 0.065 0.729 0.005 0.012 0.014 0.024 0.017 0.006 0.001 0.001 0.126 76 I 0.034 0.765 0.006 0.021 0.025 0.057 0.015 0.005 0.001 0.001 0.071 77 K 0.018 0.732 0.003 0.022 0.036 0.058 0.010 0.008 0.001 0.001 0.111 78 S 0.128 0.629 0.005 0.010 0.012 0.026 0.013 0.021 0.001 0.002 0.154 79 I 0.153 0.528 0.020 0.015 0.019 0.026 0.032 0.037 0.001 0.002 0.169 80 G 0.196 0.215 0.036 0.018 0.019 0.024 0.095 0.037 0.001 0.011 0.351 81 V 0.083 0.163 0.271 0.019 0.012 0.028 0.100 0.004 0.001 0.006 0.313 82 D 0.020 0.122 0.003 0.032 0.020 0.025 0.101 0.006 0.001 0.002 0.670 83 K 0.081 0.088 0.005 0.007 0.006 0.006 0.064 0.002 0.001 0.005 0.735 84 F 0.111 0.329 0.010 0.013 0.012 0.032 0.156 0.004 0.001 0.012 0.320 85 K 0.087 0.374 0.006 0.026 0.026 0.055 0.119 0.010 0.001 0.009 0.288 86 K 0.082 0.511 0.003 0.012 0.014 0.018 0.027 0.006 0.001 0.002 0.324 87 V 0.071 0.710 0.006 0.009 0.017 0.028 0.012 0.007 0.001 0.002 0.140 88 Y 0.044 0.714 0.006 0.020 0.037 0.060 0.013 0.012 0.001 0.002 0.092 89 R 0.054 0.623 0.007 0.019 0.026 0.048 0.019 0.016 0.001 0.001 0.187 90 L 0.111 0.588 0.014 0.016 0.025 0.037 0.015 0.015 0.001 0.001 0.179 91 L 0.082 0.516 0.015 0.036 0.044 0.081 0.036 0.016 0.001 0.002 0.173 92 E 0.071 0.302 0.018 0.028 0.019 0.045 0.070 0.019 0.001 0.004 0.423 93 S 0.108 0.249 0.026 0.026 0.012 0.027 0.081 0.017 0.001 0.006 0.449 94 E 0.139 0.156 0.010 0.008 0.009 0.008 0.201 0.011 0.001 0.007 0.452 95 T 0.115 0.226 0.015 0.008 0.006 0.008 0.289 0.007 0.001 0.012 0.313 96 M 0.028 0.526 0.011 0.008 0.006 0.006 0.084 0.003 0.001 0.004 0.325 97 E 0.015 0.533 0.002 0.002 0.004 0.006 0.185 0.002 0.001 0.006 0.246 98 L 0.032 0.780 0.002 0.003 0.006 0.015 0.052 0.005 0.001 0.003 0.104 99 L 0.017 0.939 0.001 0.002 0.003 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.025 100 H 0.013 0.934 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.008 0.001 0.001 0.034 101 A 0.045 0.886 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.050 102 I 0.092 0.813 0.005 0.002 0.003 0.003 0.002 0.038 0.001 0.001 0.042 103 A 0.120 0.654 0.021 0.009 0.006 0.013 0.008 0.075 0.001 0.002 0.093 104 E 0.154 0.400 0.054 0.017 0.009 0.018 0.031 0.095 0.001 0.002 0.220 105 N 0.392 0.135 0.036 0.015 0.010 0.012 0.055 0.044 0.001 0.003 0.298 106 P 0.005 0.003 0.012 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.970 107 N 0.010 0.003 0.002 0.013 0.005 0.008 0.380 0.001 0.001 0.004 0.574 108 F 0.485 0.018 0.005 0.018 0.006 0.009 0.124 0.001 0.001 0.019 0.315 109 L 0.118 0.315 0.002 0.057 0.019 0.030 0.138 0.002 0.001 0.004 0.315 110 F 0.095 0.239 0.005 0.055 0.034 0.087 0.105 0.002 0.001 0.008 0.370 111 S 0.110 0.411 0.003 0.047 0.021 0.050 0.048 0.005 0.001 0.003 0.302 112 K 0.107 0.226 0.004 0.011 0.016 0.016 0.035 0.014 0.001 0.003 0.567 113 F 0.124 0.325 0.032 0.017 0.029 0.054 0.111 0.008 0.001 0.011 0.288 114 D 0.054 0.221 0.009 0.021 0.029 0.045 0.184 0.015 0.001 0.005 0.416 115 R 0.053 0.227 0.010 0.017 0.012 0.017 0.059 0.007 0.001 0.005 0.593 116 S 0.071 0.293 0.007 0.008 0.012 0.016 0.153 0.004 0.001 0.009 0.426 117 I 0.109 0.365 0.010 0.011 0.024 0.030 0.172 0.010 0.001 0.013 0.256 118 L 0.066 0.683 0.006 0.024 0.025 0.024 0.032 0.005 0.001 0.003 0.132 119 G 0.100 0.469 0.006 0.016 0.024 0.028 0.045 0.019 0.001 0.007 0.287 120 I 0.198 0.484 0.048 0.024 0.022 0.053 0.025 0.009 0.001 0.004 0.133 121 F 0.090 0.267 0.019 0.058 0.050 0.085 0.025 0.037 0.001 0.002 0.367 122 L 0.071 0.151 0.029 0.099 0.066 0.163 0.031 0.010 0.001 0.002 0.378 123 P 0.003 0.006 0.001 0.010 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.964 124 F 0.113 0.054 0.003 0.071 0.030 0.074 0.081 0.005 0.001 0.005 0.564 125 F 0.192 0.069 0.005 0.043 0.019 0.058 0.065 0.007 0.001 0.005 0.535 126 S 0.149 0.117 0.004 0.054 0.033 0.050 0.062 0.006 0.001 0.003 0.522 127 K 0.124 0.040 0.007 0.033 0.020 0.044 0.068 0.002 0.001 0.003 0.659 128 P 0.006 0.006 0.002 0.008 0.004 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.956 129 I 0.055 0.037 0.003 0.057 0.056 0.110 0.153 0.001 0.001 0.006 0.520 130 M 0.161 0.116 0.004 0.044 0.047 0.105 0.090 0.002 0.001 0.006 0.426 131 F 0.069 0.330 0.002 0.085 0.096 0.126 0.039 0.003 0.001 0.002 0.248 132 K 0.081 0.271 0.005 0.047 0.033 0.091 0.046 0.003 0.001 0.004 0.419 133 M 0.055 0.296 0.008 0.064 0.075 0.134 0.056 0.007 0.001 0.003 0.302 134 S 0.073 0.303 0.009 0.046 0.071 0.097 0.080 0.010 0.001 0.004 0.306 135 I 0.052 0.301 0.015 0.037 0.059 0.091 0.058 0.007 0.001 0.004 0.376 136 R 0.053 0.268 0.007 0.031 0.061 0.106 0.080 0.007 0.001 0.005 0.380 137 E 0.134 0.189 0.010 0.015 0.043 0.062 0.111 0.012 0.001 0.009 0.415 138 M 0.143 0.400 0.015 0.026 0.042 0.071 0.055 0.010 0.001 0.006 0.231 139 D 0.071 0.316 0.011 0.028 0.045 0.068 0.061 0.016 0.001 0.007 0.378 140 S 0.095 0.209 0.012 0.019 0.036 0.044 0.074 0.010 0.001 0.007 0.494 141 Q 0.164 0.145 0.014 0.025 0.040 0.065 0.121 0.017 0.001 0.013 0.395 142 I 0.138 0.173 0.046 0.054 0.076 0.095 0.113 0.008 0.001 0.010 0.288 143 E 0.038 0.160 0.010 0.088 0.136 0.181 0.110 0.005 0.001 0.004 0.268 144 L 0.052 0.154 0.008 0.061 0.126 0.196 0.056 0.005 0.001 0.004 0.338 145 Y 0.064 0.175 0.004 0.095 0.120 0.138 0.063 0.006 0.001 0.003 0.332 146 G 0.065 0.069 0.007 0.043 0.053 0.089 0.112 0.008 0.001 0.008 0.545 147 T 0.077 0.045 0.029 0.050 0.033 0.064 0.129 0.004 0.001 0.008 0.561 148 N 0.061 0.020 0.006 0.025 0.016 0.032 0.132 0.004 0.001 0.008 0.696 149 L 0.232 0.032 0.014 0.043 0.019 0.047 0.118 0.003 0.001 0.014 0.478 150 P 0.009 0.007 0.001 0.004 0.003 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.960 151 L 0.058 0.046 0.002 0.038 0.054 0.119 0.150 0.002 0.001 0.009 0.523 152 L 0.122 0.094 0.003 0.053 0.099 0.203 0.063 0.003 0.001 0.007 0.354 153 K 0.049 0.180 0.002 0.114 0.174 0.274 0.037 0.005 0.001 0.003 0.162 154 L 0.066 0.122 0.006 0.102 0.161 0.300 0.026 0.006 0.001 0.003 0.207 155 F 0.040 0.062 0.005 0.268 0.252 0.255 0.020 0.007 0.001 0.001 0.088 156 V 0.020 0.045 0.016 0.259 0.159 0.226 0.034 0.007 0.001 0.002 0.233 157 M 0.008 0.011 0.007 0.300 0.219 0.316 0.033 0.003 0.001 0.002 0.102 158 T 0.021 0.010 0.004 0.170 0.103 0.184 0.154 0.002 0.001 0.004 0.347 159 D 0.010 0.004 0.004 0.075 0.027 0.049 0.089 0.001 0.001 0.005 0.737 160 E 0.008 0.005 0.002 0.033 0.019 0.035 0.320 0.001 0.001 0.009 0.570 161 E 0.074 0.014 0.001 0.019 0.016 0.028 0.468 0.001 0.001 0.042 0.336 162 V 0.183 0.164 0.004 0.039 0.032 0.045 0.195 0.003 0.001 0.020 0.314 163 N 0.094 0.301 0.005 0.016 0.033 0.038 0.118 0.002 0.001 0.007 0.386 164 F 0.069 0.371 0.006 0.009 0.031 0.048 0.050 0.003 0.001 0.004 0.408 165 Y 0.100 0.475 0.006 0.011 0.045 0.090 0.039 0.008 0.001 0.006 0.220 166 A 0.071 0.394 0.013 0.011 0.039 0.066 0.071 0.011 0.001 0.006 0.318 167 N 0.117 0.375 0.011 0.014 0.034 0.058 0.069 0.021 0.001 0.006 0.295 168 L 0.160 0.349 0.038 0.023 0.014 0.030 0.041 0.014 0.001 0.007 0.323 169 K 0.049 0.347 0.015 0.033 0.034 0.047 0.108 0.011 0.001 0.005 0.351 170 T 0.083 0.288 0.011 0.014 0.016 0.028 0.106 0.010 0.001 0.006 0.439 171 I 0.071 0.600 0.009 0.014 0.013 0.019 0.036 0.007 0.001 0.002 0.229 172 E 0.054 0.538 0.005 0.012 0.011 0.028 0.120 0.010 0.001 0.009 0.212 173 Q 0.123 0.525 0.016 0.006 0.009 0.017 0.079 0.017 0.001 0.006 0.203 174 Y 0.110 0.741 0.010 0.006 0.005 0.008 0.014 0.010 0.001 0.001 0.095 175 N 0.042 0.717 0.006 0.005 0.005 0.005 0.023 0.016 0.001 0.002 0.179 176 D 0.050 0.455 0.009 0.002 0.002 0.003 0.046 0.009 0.001 0.003 0.421 177 Y 0.085 0.577 0.017 0.002 0.003 0.005 0.107 0.012 0.001 0.005 0.186 178 V 0.052 0.750 0.006 0.005 0.005 0.012 0.075 0.011 0.001 0.006 0.078 179 R 0.016 0.895 0.003 0.004 0.005 0.008 0.008 0.006 0.001 0.001 0.053 180 D 0.022 0.894 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.069 181 L 0.049 0.880 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.019 0.001 0.001 0.042 182 L 0.055 0.878 0.009 0.002 0.003 0.007 0.005 0.012 0.001 0.001 0.028 183 M 0.022 0.858 0.015 0.007 0.011 0.018 0.008 0.020 0.001 0.001 0.041 184 K 0.095 0.727 0.006 0.008 0.004 0.008 0.005 0.035 0.001 0.001 0.113 185 F 0.175 0.560 0.054 0.016 0.009 0.012 0.017 0.025 0.001 0.002 0.130 186 D 0.072 0.294 0.031 0.020 0.013 0.016 0.161 0.017 0.001 0.003 0.372 187 L 0.019 0.153 0.038 0.020 0.007 0.013 0.048 0.004 0.001 0.002 0.697 188 E 0.018 0.314 0.004 0.019 0.012 0.031 0.183 0.002 0.001 0.006 0.412 189 K 0.092 0.316 0.002 0.006 0.008 0.016 0.264 0.008 0.001 0.017 0.271 190 Y 0.125 0.763 0.003 0.003 0.002 0.002 0.009 0.003 0.001 0.001 0.088 191 M 0.040 0.877 0.003 0.003 0.003 0.006 0.007 0.003 0.001 0.001 0.058 192 K 0.026 0.822 0.002 0.004 0.009 0.014 0.005 0.010 0.001 0.001 0.107 193 E 0.118 0.711 0.006 0.002 0.002 0.008 0.005 0.018 0.001 0.001 0.128 194 K 0.125 0.619 0.009 0.004 0.008 0.007 0.013 0.065 0.001 0.001 0.150 195 G 0.340 0.236 0.016 0.009 0.010 0.007 0.031 0.071 0.001 0.005 0.275 196 V 0.097 0.167 0.402 0.012 0.009 0.016 0.041 0.005 0.001 0.003 0.248 197 Q 0.016 0.117 0.008 0.064 0.046 0.076 0.099 0.007 0.001 0.002 0.564 198 N 0.117 0.076 0.004 0.029 0.019 0.028 0.064 0.005 0.001 0.005 0.653 199 A 0.125 0.144 0.010 0.028 0.019 0.027 0.069 0.004 0.001 0.006 0.568