# TARGET T0287 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0287.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.079 0.117 0.057 0.019 0.088 0.017 0.029 0.316 0.102 0.121 0.055 2 S 0.026 0.178 0.092 0.040 0.079 0.033 0.039 0.393 0.075 0.034 0.012 3 N 0.012 0.048 0.031 0.019 0.032 0.037 0.052 0.575 0.128 0.052 0.014 4 N 0.043 0.041 0.029 0.007 0.037 0.005 0.015 0.549 0.079 0.158 0.037 5 M 0.017 0.010 0.002 0.001 0.017 0.002 0.004 0.754 0.124 0.061 0.008 6 R 0.005 0.018 0.004 0.002 0.016 0.005 0.012 0.853 0.074 0.009 0.002 7 K 0.009 0.008 0.004 0.002 0.014 0.002 0.014 0.884 0.050 0.011 0.003 8 L 0.006 0.008 0.004 0.002 0.012 0.004 0.014 0.892 0.041 0.015 0.002 9 F 0.020 0.019 0.003 0.002 0.032 0.002 0.007 0.752 0.103 0.051 0.008 10 S 0.011 0.014 0.005 0.002 0.021 0.006 0.023 0.790 0.105 0.020 0.004 11 M 0.013 0.018 0.009 0.003 0.023 0.005 0.034 0.747 0.094 0.048 0.007 12 I 0.036 0.029 0.011 0.005 0.040 0.008 0.037 0.562 0.150 0.105 0.018 13 A 0.027 0.111 0.023 0.009 0.071 0.024 0.061 0.509 0.110 0.045 0.011 14 D 0.075 0.103 0.073 0.009 0.139 0.010 0.030 0.168 0.088 0.250 0.054 15 S 0.071 0.136 0.066 0.006 0.141 0.004 0.015 0.371 0.097 0.067 0.025 16 K 0.007 0.040 0.015 0.004 0.018 0.010 0.029 0.651 0.173 0.048 0.005 17 D 0.052 0.057 0.023 0.006 0.103 0.006 0.031 0.470 0.090 0.117 0.045 18 K 0.010 0.025 0.017 0.002 0.013 0.003 0.006 0.745 0.110 0.061 0.009 19 K 0.004 0.014 0.006 0.002 0.009 0.002 0.006 0.851 0.070 0.034 0.003 20 E 0.005 0.031 0.007 0.002 0.019 0.004 0.011 0.851 0.057 0.012 0.002 21 K 0.004 0.007 0.004 0.001 0.008 0.001 0.007 0.909 0.042 0.013 0.003 22 L 0.004 0.004 0.002 0.001 0.005 0.001 0.004 0.934 0.034 0.011 0.002 23 I 0.006 0.009 0.002 0.001 0.011 0.001 0.004 0.874 0.076 0.014 0.002 24 E 0.003 0.006 0.002 0.001 0.005 0.004 0.019 0.895 0.057 0.007 0.001 25 S 0.004 0.011 0.008 0.002 0.009 0.003 0.026 0.849 0.055 0.031 0.002 26 L 0.019 0.022 0.009 0.003 0.019 0.005 0.017 0.735 0.105 0.055 0.011 27 Q 0.010 0.027 0.017 0.011 0.012 0.011 0.027 0.706 0.138 0.035 0.007 28 E 0.007 0.050 0.022 0.012 0.021 0.018 0.061 0.661 0.119 0.025 0.004 29 N 0.034 0.073 0.026 0.012 0.061 0.010 0.027 0.322 0.188 0.202 0.045 30 E 0.058 0.061 0.025 0.006 0.074 0.009 0.039 0.437 0.177 0.089 0.027 31 L 0.078 0.086 0.021 0.005 0.123 0.010 0.039 0.398 0.109 0.104 0.028 32 L 0.076 0.234 0.067 0.020 0.170 0.032 0.055 0.153 0.050 0.094 0.048 33 N 0.209 0.122 0.065 0.015 0.264 0.010 0.014 0.057 0.023 0.116 0.105 34 T 0.035 0.180 0.103 0.012 0.119 0.010 0.020 0.289 0.122 0.093 0.017 35 D 0.027 0.036 0.026 0.006 0.042 0.007 0.022 0.515 0.172 0.120 0.026 36 E 0.009 0.030 0.011 0.002 0.017 0.003 0.013 0.744 0.119 0.045 0.006 37 K 0.006 0.022 0.009 0.003 0.014 0.003 0.011 0.740 0.112 0.074 0.006 38 K 0.008 0.039 0.015 0.004 0.027 0.006 0.013 0.771 0.088 0.023 0.006 39 K 0.016 0.037 0.020 0.002 0.031 0.003 0.014 0.782 0.059 0.028 0.007 40 I 0.009 0.016 0.006 0.001 0.013 0.002 0.006 0.860 0.053 0.030 0.003 41 I 0.005 0.018 0.004 0.002 0.014 0.003 0.007 0.858 0.076 0.012 0.002 42 D 0.002 0.005 0.002 0.002 0.004 0.003 0.014 0.895 0.063 0.008 0.002 43 Q 0.002 0.004 0.003 0.001 0.004 0.002 0.012 0.891 0.057 0.023 0.001 44 I 0.006 0.011 0.003 0.001 0.010 0.001 0.005 0.842 0.089 0.029 0.003 45 K 0.002 0.006 0.002 0.001 0.005 0.008 0.028 0.852 0.082 0.011 0.002 46 T 0.006 0.021 0.016 0.003 0.009 0.003 0.019 0.790 0.071 0.056 0.006 47 M 0.005 0.009 0.005 0.002 0.007 0.002 0.006 0.805 0.099 0.056 0.004 48 H 0.002 0.021 0.004 0.002 0.007 0.002 0.005 0.873 0.075 0.008 0.001 49 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.937 0.044 0.005 0.001 50 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.946 0.035 0.008 0.001 51 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.882 0.091 0.018 0.001 52 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.889 0.085 0.004 0.001 53 Q 0.003 0.003 0.002 0.001 0.005 0.003 0.043 0.816 0.072 0.049 0.002 54 M 0.011 0.048 0.023 0.005 0.030 0.010 0.060 0.674 0.087 0.046 0.006 55 H 0.072 0.058 0.018 0.008 0.086 0.009 0.029 0.440 0.100 0.131 0.048 56 T 0.025 0.170 0.094 0.018 0.057 0.024 0.061 0.366 0.114 0.059 0.013 57 N 0.049 0.055 0.042 0.019 0.052 0.021 0.056 0.376 0.099 0.180 0.052 58 K 0.025 0.403 0.140 0.041 0.091 0.017 0.040 0.135 0.041 0.053 0.014 59 G 0.014 0.029 0.056 0.145 0.018 0.051 0.018 0.289 0.082 0.229 0.070 60 A 0.016 0.114 0.039 0.006 0.040 0.007 0.013 0.659 0.063 0.035 0.006 61 L 0.013 0.014 0.004 0.001 0.017 0.001 0.002 0.837 0.076 0.028 0.006 62 D 0.002 0.007 0.002 0.001 0.005 0.002 0.006 0.928 0.040 0.006 0.001 63 K 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.944 0.036 0.005 0.001 64 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.954 0.029 0.005 0.001 65 L 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.869 0.083 0.027 0.002 66 R 0.001 0.006 0.002 0.002 0.004 0.009 0.038 0.825 0.103 0.008 0.001 67 N 0.002 0.008 0.008 0.005 0.004 0.008 0.070 0.763 0.095 0.033 0.003 68 Y 0.005 0.006 0.005 0.005 0.004 0.009 0.043 0.628 0.150 0.136 0.008 69 M 0.038 0.052 0.009 0.005 0.038 0.006 0.013 0.598 0.161 0.059 0.022 70 K 0.003 0.028 0.013 0.009 0.013 0.042 0.070 0.685 0.122 0.012 0.003 71 D 0.036 0.040 0.029 0.005 0.041 0.004 0.029 0.572 0.089 0.131 0.024 72 Y 0.037 0.019 0.005 0.001 0.032 0.002 0.005 0.616 0.153 0.114 0.016 73 R 0.006 0.014 0.002 0.002 0.016 0.004 0.011 0.836 0.094 0.012 0.003 74 A 0.025 0.021 0.004 0.002 0.053 0.002 0.010 0.807 0.056 0.015 0.005 75 V 0.011 0.020 0.007 0.002 0.036 0.004 0.014 0.854 0.039 0.010 0.002 76 I 0.049 0.020 0.003 0.001 0.076 0.002 0.009 0.715 0.071 0.039 0.014 77 K 0.019 0.027 0.010 0.004 0.026 0.011 0.057 0.678 0.128 0.030 0.010 78 S 0.038 0.047 0.018 0.007 0.060 0.015 0.133 0.506 0.081 0.075 0.021 79 I 0.026 0.410 0.176 0.034 0.093 0.021 0.035 0.072 0.042 0.072 0.019 80 G 0.110 0.090 0.081 0.071 0.067 0.024 0.016 0.090 0.044 0.267 0.141 81 V 0.059 0.175 0.038 0.012 0.120 0.015 0.020 0.275 0.162 0.092 0.033 82 D 0.024 0.063 0.037 0.016 0.060 0.030 0.052 0.538 0.135 0.029 0.017 83 K 0.020 0.046 0.020 0.004 0.029 0.003 0.013 0.659 0.135 0.062 0.009 84 F 0.018 0.023 0.009 0.003 0.026 0.004 0.010 0.660 0.156 0.082 0.009 85 K 0.003 0.019 0.006 0.003 0.012 0.006 0.010 0.870 0.064 0.006 0.002 86 K 0.012 0.011 0.004 0.001 0.017 0.002 0.011 0.867 0.049 0.020 0.005 87 V 0.007 0.006 0.002 0.002 0.010 0.003 0.011 0.876 0.059 0.022 0.002 88 Y 0.012 0.016 0.002 0.002 0.025 0.003 0.007 0.816 0.096 0.017 0.004 89 R 0.008 0.015 0.005 0.001 0.018 0.002 0.017 0.858 0.063 0.010 0.003 90 L 0.009 0.016 0.006 0.002 0.018 0.006 0.041 0.801 0.067 0.030 0.004 91 L 0.023 0.047 0.017 0.008 0.029 0.010 0.037 0.663 0.103 0.051 0.013 92 E 0.033 0.056 0.019 0.008 0.043 0.015 0.047 0.536 0.124 0.095 0.023 93 S 0.017 0.125 0.050 0.008 0.067 0.011 0.025 0.529 0.113 0.045 0.011 94 E 0.014 0.018 0.009 0.002 0.016 0.004 0.016 0.702 0.132 0.073 0.013 95 T 0.008 0.025 0.009 0.003 0.011 0.003 0.009 0.822 0.065 0.041 0.004 96 M 0.004 0.011 0.003 0.001 0.012 0.002 0.002 0.896 0.054 0.012 0.003 97 E 0.003 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.949 0.025 0.002 0.001 98 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.961 0.021 0.007 0.001 99 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.932 0.048 0.007 0.001 100 H 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.008 0.903 0.069 0.006 0.001 101 A 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.003 0.032 0.842 0.092 0.018 0.001 102 I 0.014 0.014 0.007 0.005 0.019 0.016 0.066 0.578 0.210 0.064 0.006 103 A 0.024 0.038 0.012 0.007 0.036 0.013 0.081 0.582 0.136 0.061 0.011 104 E 0.016 0.050 0.046 0.033 0.039 0.112 0.281 0.139 0.080 0.183 0.022 105 N 0.447 0.040 0.010 0.001 0.377 0.001 0.002 0.006 0.003 0.006 0.108 106 P 0.009 0.019 0.004 0.001 0.020 0.003 0.005 0.313 0.581 0.039 0.005 107 N 0.014 0.010 0.003 0.003 0.019 0.008 0.098 0.371 0.241 0.218 0.014 108 F 0.098 0.083 0.017 0.004 0.158 0.005 0.030 0.313 0.155 0.112 0.026 109 L 0.069 0.096 0.023 0.005 0.145 0.010 0.032 0.403 0.122 0.055 0.039 110 F 0.123 0.095 0.029 0.010 0.157 0.010 0.024 0.213 0.152 0.108 0.078 111 S 0.038 0.145 0.103 0.022 0.102 0.039 0.079 0.311 0.115 0.029 0.016 112 K 0.080 0.089 0.033 0.009 0.111 0.012 0.069 0.309 0.108 0.131 0.048 113 F 0.078 0.209 0.105 0.035 0.132 0.027 0.037 0.115 0.069 0.136 0.057 114 D 0.236 0.100 0.030 0.015 0.261 0.013 0.026 0.100 0.052 0.051 0.117 115 R 0.031 0.055 0.013 0.004 0.060 0.005 0.012 0.313 0.401 0.086 0.021 116 S 0.043 0.043 0.015 0.005 0.060 0.011 0.082 0.419 0.204 0.098 0.019 117 I 0.105 0.067 0.017 0.007 0.128 0.012 0.049 0.333 0.131 0.124 0.028 118 L 0.081 0.142 0.033 0.031 0.158 0.036 0.066 0.214 0.089 0.099 0.051 119 G 0.059 0.093 0.067 0.084 0.111 0.051 0.034 0.175 0.106 0.165 0.056 120 I 0.119 0.178 0.045 0.007 0.314 0.007 0.034 0.172 0.062 0.035 0.026 121 F 0.155 0.140 0.047 0.012 0.220 0.009 0.025 0.112 0.074 0.115 0.093 122 L 0.050 0.395 0.143 0.012 0.219 0.007 0.020 0.093 0.036 0.010 0.013 123 P 0.064 0.187 0.084 0.015 0.132 0.026 0.082 0.242 0.120 0.027 0.021 124 F 0.057 0.071 0.037 0.022 0.074 0.047 0.101 0.217 0.156 0.172 0.047 125 F 0.110 0.124 0.049 0.026 0.155 0.027 0.061 0.165 0.105 0.118 0.060 126 S 0.043 0.120 0.114 0.089 0.076 0.068 0.080 0.101 0.100 0.174 0.034 127 K 0.030 0.304 0.274 0.032 0.126 0.010 0.027 0.140 0.039 0.010 0.008 128 P 0.118 0.189 0.039 0.009 0.238 0.015 0.040 0.235 0.059 0.021 0.038 129 I 0.132 0.130 0.018 0.009 0.371 0.020 0.055 0.143 0.049 0.040 0.032 130 M 0.230 0.103 0.016 0.011 0.324 0.019 0.028 0.159 0.038 0.032 0.040 131 F 0.090 0.238 0.043 0.017 0.327 0.018 0.023 0.163 0.029 0.028 0.025 132 K 0.272 0.056 0.010 0.005 0.220 0.008 0.039 0.121 0.035 0.130 0.105 133 M 0.135 0.301 0.070 0.006 0.321 0.007 0.012 0.063 0.019 0.023 0.044 134 S 0.066 0.414 0.128 0.007 0.229 0.003 0.007 0.094 0.019 0.017 0.014 135 I 0.110 0.035 0.009 0.005 0.067 0.008 0.020 0.430 0.217 0.063 0.037 136 R 0.011 0.098 0.037 0.014 0.050 0.029 0.047 0.569 0.130 0.012 0.004 137 E 0.108 0.044 0.015 0.003 0.082 0.004 0.029 0.516 0.067 0.092 0.041 138 M 0.036 0.088 0.041 0.019 0.066 0.024 0.035 0.476 0.108 0.090 0.018 139 D 0.060 0.085 0.033 0.026 0.095 0.027 0.032 0.456 0.099 0.060 0.028 140 S 0.021 0.042 0.015 0.005 0.046 0.005 0.018 0.587 0.152 0.096 0.014 141 Q 0.050 0.063 0.015 0.003 0.091 0.007 0.032 0.582 0.085 0.058 0.014 142 I 0.134 0.099 0.013 0.005 0.289 0.005 0.011 0.314 0.063 0.039 0.028 143 E 0.142 0.089 0.029 0.006 0.192 0.010 0.039 0.351 0.070 0.035 0.038 144 L 0.113 0.058 0.032 0.023 0.112 0.046 0.107 0.346 0.065 0.060 0.038 145 Y 0.025 0.214 0.123 0.141 0.087 0.081 0.106 0.122 0.036 0.049 0.017 146 G 0.052 0.037 0.045 0.065 0.038 0.027 0.014 0.066 0.079 0.467 0.111 147 T 0.019 0.222 0.124 0.033 0.094 0.035 0.091 0.205 0.116 0.052 0.010 148 N 0.083 0.068 0.058 0.015 0.085 0.009 0.019 0.063 0.102 0.390 0.107 149 L 0.041 0.499 0.163 0.005 0.179 0.002 0.009 0.067 0.021 0.005 0.008 150 P 0.070 0.348 0.076 0.004 0.242 0.004 0.016 0.159 0.047 0.018 0.017 151 L 0.129 0.090 0.021 0.007 0.170 0.014 0.046 0.310 0.130 0.059 0.024 152 L 0.134 0.134 0.021 0.011 0.311 0.017 0.024 0.249 0.048 0.027 0.024 153 K 0.147 0.081 0.012 0.013 0.304 0.020 0.055 0.232 0.052 0.050 0.034 154 L 0.193 0.128 0.018 0.005 0.433 0.009 0.029 0.103 0.027 0.030 0.026 155 F 0.179 0.132 0.018 0.004 0.457 0.008 0.016 0.083 0.027 0.028 0.048 156 V 0.253 0.162 0.028 0.003 0.351 0.005 0.014 0.043 0.014 0.050 0.078 157 M 0.179 0.198 0.062 0.018 0.292 0.018 0.031 0.042 0.015 0.066 0.077 158 T 0.044 0.343 0.213 0.054 0.147 0.024 0.032 0.055 0.031 0.043 0.015 159 D 0.033 0.048 0.047 0.015 0.057 0.009 0.013 0.354 0.296 0.102 0.026 160 E 0.008 0.025 0.012 0.003 0.017 0.004 0.016 0.674 0.208 0.029 0.005 161 E 0.025 0.033 0.006 0.003 0.050 0.007 0.039 0.629 0.104 0.094 0.012 162 V 0.072 0.128 0.024 0.006 0.146 0.009 0.015 0.387 0.085 0.094 0.032 163 N 0.079 0.052 0.022 0.007 0.117 0.009 0.024 0.454 0.106 0.095 0.035 164 F 0.043 0.078 0.021 0.005 0.080 0.007 0.019 0.573 0.107 0.055 0.014 165 Y 0.038 0.055 0.016 0.009 0.085 0.010 0.031 0.535 0.142 0.059 0.021 166 A 0.023 0.078 0.032 0.010 0.050 0.015 0.046 0.624 0.090 0.022 0.010 167 N 0.050 0.066 0.026 0.005 0.069 0.004 0.020 0.409 0.092 0.225 0.035 168 L 0.087 0.121 0.027 0.003 0.130 0.003 0.008 0.381 0.123 0.083 0.034 169 K 0.018 0.049 0.015 0.005 0.042 0.013 0.031 0.668 0.121 0.025 0.012 170 T 0.036 0.061 0.028 0.004 0.055 0.002 0.012 0.670 0.078 0.044 0.011 171 I 0.016 0.014 0.005 0.003 0.023 0.004 0.012 0.755 0.130 0.033 0.006 172 E 0.006 0.024 0.005 0.003 0.020 0.008 0.025 0.793 0.101 0.011 0.004 173 Q 0.018 0.019 0.009 0.002 0.018 0.004 0.037 0.764 0.067 0.050 0.012 174 Y 0.012 0.037 0.020 0.016 0.023 0.020 0.031 0.600 0.101 0.125 0.014 175 N 0.018 0.070 0.029 0.024 0.037 0.023 0.026 0.580 0.126 0.054 0.013 176 D 0.006 0.014 0.009 0.006 0.011 0.009 0.032 0.747 0.113 0.045 0.008 177 Y 0.003 0.011 0.007 0.003 0.005 0.002 0.011 0.845 0.069 0.042 0.003 178 V 0.006 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.860 0.091 0.021 0.003 179 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.916 0.063 0.003 0.001 180 D 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.013 0.920 0.043 0.010 0.001 181 L 0.003 0.003 0.002 0.001 0.004 0.002 0.013 0.875 0.072 0.023 0.001 182 L 0.011 0.010 0.001 0.001 0.015 0.002 0.013 0.796 0.107 0.036 0.006 183 M 0.010 0.034 0.010 0.004 0.024 0.007 0.038 0.706 0.118 0.041 0.007 184 K 0.047 0.032 0.008 0.002 0.078 0.007 0.063 0.575 0.085 0.081 0.023 185 F 0.048 0.404 0.098 0.010 0.203 0.011 0.018 0.122 0.026 0.038 0.022 186 D 0.354 0.131 0.038 0.002 0.300 0.001 0.004 0.057 0.008 0.024 0.079 187 L 0.012 0.017 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 0.619 0.262 0.064 0.006 188 E 0.001 0.007 0.002 0.001 0.005 0.002 0.008 0.872 0.096 0.005 0.001 189 K 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.930 0.044 0.007 0.001 190 Y 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.002 0.008 0.924 0.040 0.011 0.001 191 M 0.007 0.007 0.002 0.001 0.011 0.001 0.003 0.863 0.068 0.033 0.004 192 K 0.009 0.016 0.010 0.002 0.008 0.004 0.020 0.774 0.124 0.029 0.005 193 E 0.007 0.028 0.016 0.006 0.019 0.009 0.087 0.706 0.079 0.039 0.004 194 K 0.011 0.469 0.249 0.031 0.063 0.012 0.027 0.081 0.027 0.024 0.006 195 G 0.072 0.021 0.030 0.069 0.024 0.029 0.020 0.170 0.054 0.325 0.187 196 V 0.128 0.115 0.022 0.013 0.191 0.021 0.029 0.219 0.111 0.104 0.047 197 Q 0.038 0.087 0.043 0.048 0.080 0.068 0.080 0.341 0.114 0.072 0.030 198 N 0.117 0.127 0.092 0.025 0.171 0.012 0.018 0.146 0.095 0.143 0.054 199 A 0.070 0.121 0.050 0.014 0.128 0.016 0.034 0.316 0.151 0.072 0.028